Phenotype measure:   Levy1   Tb_thickness

ID, description, units MPD:54907   Tb_thickness   trabecular bone thickness of femur (Tb.Th)   [µm]
Data set, strains Levy1   CC pre   27 strains     sex: both     age: 8-14wks
Procedure computed tomography
Ontology mappings

  STRAIN COMPARISON PLOT
Dimensions Width:   px    Height:   px
Download Plot   
Visualization Options

Levy1 - trabecular bone thickness of femur (Tb.Th)



  MEASURE SUMMARY
Measure Summary FemaleMale
Number of strains tested24 strains27 strains
Mean of the strain means0.0488   µm 0.0489   µm
Median of the strain means0.0479   µm 0.0477   µm
SD of the strain means± 0.00830 ± 0.00647
Coefficient of variation (CV)0.170 0.132
Min–max range of strain means0.0345   –   0.0635   µm 0.0388   –   0.0694   µm
Mean sample size per strain3.0   mice 3.1   mice


  ANOVA, Q-Q NORMALITY ASSESSMENT
ANOVA summary      
FactorDFSum of squaresMean sum of squaresF valuep value (Pr>F)
sex 1 0.0 0.0 1.9986 0.161
strain 16 0.0051 0.0003 15.7919 < 0.0001
sex:strain 16 0.0022 0.0001 6.642 < 0.0001
Residuals 88 0.0018 0.0


Q-Q normality assessment based on residuals

  


  STRAIN MEANS (UNADJUSTED)
  
Select table page:
Strain Sex Mean SD N mice SEM CV Min, Max Z score
PreCC1061/Tau f 0.0588 0.0141   2   0.00995 0.239 0.0489, 0.0688 1.2
PreCC111/Tau f 0.0443 0.0011   5 0.000493 0.0248 0.0433, 0.0462 -0.54
PreCC111/Tau m 0.0535 0.00494   4 0.00247 0.0924 0.0463, 0.0574 0.71
PreCC1156/Tau m 0.0563 0.00134   2   0.00095 0.0238 0.0554, 0.0573 1.14
PreCC1379/Tau m 0.0551 0.0   1   0.0 0.0 0.0551, 0.0551 0.96
PreCC1452/Tau m 0.0557 0.0   1   0.0 0.0 0.0557, 0.0557 1.05
PreCC1513/Tau f 0.0635 0.0101   4 0.00507 0.16 0.053, 0.0748 1.77
PreCC1513/Tau m 0.0553 0.00329   3 0.0019 0.0595 0.0516, 0.0579 0.99
PreCC188/Tau f 0.0531 0.000283   2   0.0002 0.00533 0.0529, 0.0533 0.52
PreCC188/Tau m 0.0475 0.00286   7 0.00108 0.0603 0.0414, 0.05 -0.22
PreCC1912/Tau f 0.0426 7.07107e-05   2   5e-05 0.00166 0.0425, 0.0426 -0.75
PreCC1912/Tau m 0.0483 0.00665   4 0.00332 0.137 0.0423, 0.0543 -0.09
PreCC2126/Tau f 0.0454 0.00439   4 0.0022 0.0967 0.0389, 0.0485 -0.41
PreCC2126/Tau m 0.0427 0.00184   2   0.0013 0.0431 0.0414, 0.044 -0.96
PreCC2156/Tau f 0.0347 0.00301   3 0.00174 0.0868 0.0319, 0.0379 -1.7
PreCC2156/Tau m 0.043 0.00582   5 0.0026 0.135 0.0339, 0.0497 -0.91
PreCC2391/Tau m 0.0494 0.00672   2   0.00475 0.136 0.0446, 0.0541 0.08
PreCC2438/Tau f 0.0578 0.0   1   0.0 0.0 0.0578, 0.0578 1.08
PreCC2573/Tau m 0.0488 0.0103   3 0.00597 0.212 0.0425, 0.0607 -0.01
PreCC2680/Tau f 0.0391 0.00198   2   0.0014 0.0506 0.0377, 0.0405 -1.17
PreCC2680/Tau m 0.0408 0.00274   5 0.00123 0.0673 0.0369, 0.0435 -1.25
PreCC2689/Tau f 0.0345 0.00349   4 0.00175 0.101 0.0323, 0.0397 -1.73
PreCC2689/Tau m 0.0388 0.00219   2   0.00155 0.0564 0.0373, 0.0404 -1.56
PreCC2750/Tau f 0.0433 0.00177   2   0.00125 0.0408 0.0421, 0.0446 -0.66
PreCC2750/Tau m 0.0441 0.00266   3 0.00154 0.0603 0.0424, 0.0472 -0.74
PreCC3348/Tau f 0.0581 0.0   1   0.0 0.0 0.0581, 0.0581 1.12
PreCC3348/Tau m 0.047 0.00295   6 0.0012 0.0628 0.0429, 0.0507 -0.29
PreCC3438/Tau f 0.0374 0.00502   2   0.00355 0.134 0.0339, 0.041 -1.38
PreCC3438/Tau m 0.0416 0.00206   3 0.00119 0.0495 0.0393, 0.0432 -1.13
PreCC3480/Tau f 0.0502 0.000212   2   0.00015 0.00423 0.05, 0.0503 0.17
PreCC3480/Tau m 0.0485 0.0   1   0.0 0.0 0.0485, 0.0485 -0.06
PreCC3912/Tau f 0.0499 0.00392   5 0.00175 0.0786 0.0457, 0.0547 0.13
PreCC3912/Tau m 0.045 0.00183   5 0.00082 0.0407 0.0418, 0.0461 -0.6
PreCC4052/Tau f 0.0477 0.00389   7 0.00147 0.0816 0.0408, 0.0522 -0.13
PreCC4052/Tau m 0.0694 0.00937   5 0.00419 0.135 0.0636, 0.0861 3.17
PreCC4141/Tau f 0.0482 0.00146   3 0.000841 0.0302 0.0472, 0.0499 -0.07
PreCC4141/Tau m 0.0524 0.00112   3 0.000649 0.0214 0.0512, 0.0534 0.54
PreCC4438/Tau f 0.0531 0.00173   3 0.001 0.0327 0.0511, 0.0542 0.52
PreCC4457/Tau f 0.0618 0.00492   4 0.00246 0.0796 0.0556, 0.0669 1.57
PreCC4457/Tau m 0.0518 0.0053   3 0.00306 0.102 0.0457, 0.0553 0.45
PreCC519/Tau f 0.0526 0.00583   4 0.00291 0.111 0.0463, 0.06 0.46
PreCC519/Tau m 0.0447 0.00113   2   0.0008 0.0253 0.0439, 0.0455 -0.65
PreCC521/Tau f 0.0448 0.00458   3 0.00265 0.102 0.0399, 0.049 -0.48
PreCC521/Tau m 0.0455 0.0034   4 0.0017 0.0748 0.0433, 0.0506 -0.52
PreCC557/Tau f 0.0474 0.00244   4 0.00122 0.0515 0.0453, 0.0509 -0.17
PreCC611/Tau m 0.0453 0.000889   3 0.000513 0.0196 0.0443, 0.046 -0.56
PreCC670/Tau m 0.0457 0.00257   3 0.00148 0.0562 0.0442, 0.0487 -0.49
PreCC711/Tau f 0.0591 0.0082   2   0.0058 0.139 0.0533, 0.0649 1.24
PreCC711/Tau m 0.0563 0.0   1   0.0 0.0 0.0563, 0.0563 1.14
PreCC72/Tau f 0.0441 0.00163   3 0.000939 0.0368 0.0427, 0.0459 -0.57
PreCC72/Tau m 0.0477 0.00291   3 0.00168 0.061 0.0444, 0.0499 -0.18


  LEAST SQUARES MEANS (MODEL-ADJUSTED)
Strain Sex Mean SEM UpperCL LowerCL
PreCC111/Tau f 0.0443 0.002 0.0483 0.0403
PreCC111/Tau m 0.0535 0.0023 0.058 0.049
PreCC1513/Tau f 0.0635 0.0023 0.068 0.059
PreCC1513/Tau m 0.0553 0.0026 0.0605 0.0501
PreCC188/Tau f 0.0531 0.0032 0.0594 0.0468
PreCC188/Tau m 0.0475 0.0017 0.0508 0.0441
PreCC1912/Tau f 0.0425 0.0032 0.0489 0.0362
PreCC1912/Tau m 0.0483 0.0023 0.0528 0.0439
PreCC2126/Tau f 0.0454 0.0023 0.0499 0.0409
PreCC2126/Tau m 0.0427 0.0032 0.049 0.0364
PreCC2156/Tau f 0.0347 0.0026 0.0399 0.0296
PreCC2156/Tau m 0.043 0.002 0.047 0.039
PreCC2680/Tau f 0.0391 0.0032 0.0454 0.0328
PreCC2680/Tau m 0.0408 0.002 0.0448 0.0368
PreCC2689/Tau f 0.0345 0.0023 0.039 0.03
PreCC2689/Tau m 0.0388 0.0032 0.0452 0.0325
PreCC2750/Tau f 0.0433 0.0032 0.0497 0.037
PreCC2750/Tau m 0.0441 0.0026 0.0493 0.039
PreCC3438/Tau f 0.0375 0.0032 0.0438 0.0311
PreCC3438/Tau m 0.0416 0.0026 0.0468 0.0365
PreCC3912/Tau f 0.0499 0.002 0.0539 0.0459
PreCC3912/Tau m 0.045 0.002 0.049 0.041
PreCC4052/Tau f 0.0477 0.0017 0.0511 0.0443
PreCC4052/Tau m 0.0694 0.002 0.0734 0.0654
PreCC4141/Tau f 0.0482 0.0026 0.0534 0.0431
PreCC4141/Tau m 0.0524 0.0026 0.0576 0.0473
PreCC4457/Tau f 0.0618 0.0023 0.0663 0.0573
PreCC4457/Tau m 0.0518 0.0026 0.057 0.0466
PreCC519/Tau f 0.0526 0.0023 0.0571 0.0481
PreCC519/Tau m 0.0447 0.0032 0.051 0.0384
PreCC521/Tau f 0.0448 0.0026 0.0499 0.0396
PreCC521/Tau m 0.0455 0.0023 0.05 0.041
PreCC72/Tau f 0.0441 0.0026 0.0493 0.039
PreCC72/Tau m 0.0477 0.0026 0.0529 0.0425


  LEAST SQUARES MEANS (MODEL-ADJUSTED), SEXES COMBINED
Strain Sex Mean SEM UpperCL LowerCL
PreCC111/Tau both 0.0489 0.0015 0.0519 0.0459
PreCC1513/Tau both 0.0594 0.0017 0.0628 0.056
PreCC188/Tau both 0.0503 0.0018 0.0539 0.0467
PreCC1912/Tau both 0.0454 0.002 0.0493 0.0416
PreCC2126/Tau both 0.044 0.002 0.0479 0.0402
PreCC2156/Tau both 0.0389 0.0016 0.0421 0.0356
PreCC2680/Tau both 0.0399 0.0019 0.0437 0.0362
PreCC2689/Tau both 0.0367 0.002 0.0406 0.0328
PreCC2750/Tau both 0.0437 0.0021 0.0478 0.0397
PreCC3438/Tau both 0.0395 0.0021 0.0436 0.0355
PreCC3912/Tau both 0.0475 0.0014 0.0503 0.0446
PreCC4052/Tau both 0.0586 0.0013 0.0612 0.0559
PreCC4141/Tau both 0.0503 0.0018 0.054 0.0467
PreCC4457/Tau both 0.0568 0.0017 0.0602 0.0534
PreCC519/Tau both 0.0487 0.002 0.0525 0.0448
PreCC521/Tau both 0.0451 0.0017 0.0486 0.0417
PreCC72/Tau both 0.0459 0.0018 0.0496 0.0423




GWAS analysis not available: Strain panel must be either Inbred, HMDP, BXD, BXH, CXB, or AXB/BXA