Project measure / variable:   Levy1   Tb_volume

ID, description, units MPD:54904   Tb_volume   trabecular bone volume fraction of femur (BVTV)   [%]  
Data set, strains Levy1   CC pre   31 strains     sex: both     age: 8-14wks
Procedure computed tomography
Ontology mappings

  •   Or, add this measure to your collection.
       
  •     no folder
  •     put it in new folder  

  STRAIN COMPARISON PLOT
Dimensions Width:   px    Height:   px
Download Plot   
Visualization Options

Levy1 - trabecular bone volume fraction of femur (BVTV)



  MEASURE SUMMARY
Measure Summary FemaleMale
Number of strains tested24 strains27 strains
Mean of the strain means0.102   % 0.122   %
Median of the strain means0.0801   % 0.125   %
SD of the strain means± 0.0743 ± 0.0573
Coefficient of variation (CV)0.728 0.470
Min–max range of strain means0.0280   –   0.317   % 0.0154   –   0.258   %
Mean sample size per strain3.0   mice 3.1   mice


  ANOVA, Q-Q NORMALITY ASSESSMENT
ANOVA summary      
FactorDFSum of squaresMean sum of squaresF valuep value (Pr>F)
sex 1 0.0096 0.0096 8.1398 0.0054
strain 16 0.4324 0.027 22.82 < 0.0001
sex:strain 16 0.1359 0.0085 7.1715 < 0.0001
Residuals 88 0.1042 0.0012


Q-Q normality assessment based on residuals

  


  STRAIN MEANS (UNADJUSTED)
  
Select table page:
Strain Sex Mean SD N mice SEM CV Min, Max Z score
PreCC1061/Tau f 0.0925 0.00742   2   0.00525 0.0803 0.0872, 0.0977 -0.13
PreCC111/Tau f 0.121 0.0118   5 0.00529 0.0981 0.107, 0.133 0.25
PreCC111/Tau m 0.174 0.0228   4 0.0114 0.131 0.14, 0.186 0.91
PreCC1156/Tau m 0.159 0.00212   2   0.0015 0.0134 0.157, 0.16 0.64
PreCC1379/Tau m 0.181 0.0   1   0.0 0.0 0.181, 0.181 1.03
PreCC1452/Tau m 0.155 0.0   1   0.0 0.0 0.155, 0.155 0.57
PreCC1513/Tau f 0.317 0.0732   4 0.0366 0.231 0.249, 0.383 2.89
PreCC1513/Tau m 0.258 0.0392   3 0.0227 0.152 0.231, 0.303 2.37
PreCC188/Tau f 0.0792 0.0385   2   0.0272 0.486 0.052, 0.106 -0.31
PreCC188/Tau m 0.0658 0.0174   7 0.00658 0.264 0.0433, 0.0976 -0.98
PreCC1912/Tau f 0.116 0.013   2   0.0092 0.112 0.107, 0.125 0.19
PreCC1912/Tau m 0.134 0.00558   4 0.00279 0.0417 0.128, 0.14 0.21
PreCC2126/Tau f 0.028 0.026   4 0.013 0.928 0.0079, 0.0655 -1.0
PreCC2126/Tau m 0.0154 0.00693   2   0.0049 0.45 0.0105, 0.0203 -1.86
PreCC2156/Tau f 0.0593 0.00347   3 0.002 0.0584 0.0572, 0.0633 -0.58
PreCC2156/Tau m 0.0873 0.0306   5 0.0137 0.351 0.0523, 0.122 -0.61
PreCC2391/Tau m 0.0285 0.0176   2   0.0125 0.617 0.0161, 0.041 -1.63
PreCC2438/Tau f 0.233 0.0   1   0.0 0.0 0.233, 0.233 1.76
PreCC2573/Tau m 0.125 0.0942   3 0.0544 0.753 0.0626, 0.233 0.05
PreCC2680/Tau f 0.0509 0.00311   2   0.0022 0.0611 0.0487, 0.0531 -0.69
PreCC2680/Tau m 0.0602 0.0275   5 0.0123 0.456 0.0175, 0.0854 -1.08
PreCC2689/Tau f 0.0518 0.00955   4 0.00478 0.185 0.0428, 0.0652 -0.68
PreCC2689/Tau m 0.092 0.00955   2   0.00675 0.104 0.0852, 0.0987 -0.52
PreCC2750/Tau f 0.0324 0.0058   2   0.0041 0.179 0.0283, 0.0365 -0.94
PreCC2750/Tau m 0.0889 0.0335   3 0.0193 0.377 0.0546, 0.121 -0.58
PreCC3348/Tau f 0.23 0.0   1   0.0 0.0 0.23, 0.23 1.72
PreCC3348/Tau m 0.138 0.0192   6 0.00782 0.139 0.107, 0.157 0.28
PreCC3438/Tau f 0.0439 0.0157   2   0.0111 0.358 0.0328, 0.055 -0.78
PreCC3438/Tau m 0.0915 0.0302   3 0.0174 0.33 0.069, 0.126 -0.53
PreCC3480/Tau f 0.0292 0.0284   2   0.02 0.973 0.0091, 0.0492 -0.98
PreCC3480/Tau m 0.146 0.0   1   0.0 0.0 0.146, 0.146 0.42
PreCC3912/Tau f 0.117 0.022   5 0.00984 0.188 0.0912, 0.142 0.2
PreCC3912/Tau m 0.109 0.0262   5 0.0117 0.241 0.0847, 0.147 -0.23
PreCC4052/Tau f 0.0539 0.0122   7 0.00463 0.227 0.0384, 0.0732 -0.65
PreCC4052/Tau m 0.248 0.0927   5 0.0415 0.374 0.174, 0.407 2.2
PreCC4141/Tau f 0.0811 0.0179   3 0.0103 0.22 0.0612, 0.0958 -0.28
PreCC4141/Tau m 0.175 0.0224   3 0.0129 0.128 0.155, 0.199 0.92
PreCC4438/Tau f 0.0849 0.0067   3 0.00387 0.0789 0.0782, 0.0916 -0.23
PreCC4457/Tau f 0.15 0.027   4 0.0135 0.18 0.114, 0.179 0.64
PreCC4457/Tau m 0.147 0.0575   3 0.0332 0.39 0.0824, 0.192 0.43
PreCC519/Tau f 0.19 0.069   4 0.0345 0.363 0.126, 0.26 1.18
PreCC519/Tau m 0.0873 0.00891   2   0.0063 0.102 0.081, 0.0936 -0.61
PreCC521/Tau f 0.0507 0.00423   3 0.00244 0.0835 0.0475, 0.0555 -0.69
PreCC521/Tau m 0.069 0.0152   4 0.00758 0.22 0.0519, 0.0885 -0.93
PreCC557/Tau f 0.0529 0.0172   4 0.0086 0.325 0.0315, 0.0734 -0.66
PreCC611/Tau m 0.0873 0.00156   3 0.000902 0.0179 0.0855, 0.0883 -0.61
PreCC670/Tau m 0.149 0.0353   3 0.0204 0.237 0.123, 0.189 0.47
PreCC711/Tau f 0.121 0.0133   2   0.0094 0.11 0.112, 0.131 0.25
PreCC711/Tau m 0.128 0.0   1   0.0 0.0 0.128, 0.128 0.1
PreCC72/Tau f 0.0652 0.00547   3 0.00316 0.0839 0.0614, 0.0715 -0.5
PreCC72/Tau m 0.0966 0.0108   3 0.00626 0.112 0.0845, 0.105 -0.44


  LEAST SQUARES MEANS (MODEL-ADJUSTED)
Strain Sex Mean SEM UpperCL LowerCL
PreCC111/Tau f 0.1206 0.0154 0.1512 0.09
PreCC111/Tau m 0.1736 0.0172 0.2078 0.1394
PreCC1513/Tau f 0.3174 0.0172 0.3516 0.2832
PreCC1513/Tau m 0.2583 0.0199 0.2978 0.2188
PreCC188/Tau f 0.0792 0.0243 0.1276 0.0308
PreCC188/Tau m 0.0658 0.013 0.0917 0.04
PreCC1912/Tau f 0.1159 0.0243 0.1643 0.0675
PreCC1912/Tau m 0.1338 0.0172 0.168 0.0996
PreCC2126/Tau f 0.0281 0.0172 0.0622 0.0
PreCC2126/Tau m 0.0154 0.0243 0.0638 0.0
PreCC2156/Tau f 0.0593 0.0199 0.0988 0.0198
PreCC2156/Tau m 0.0873 0.0154 0.1179 0.0567
PreCC2680/Tau f 0.0509 0.0243 0.0993 0.0025
PreCC2680/Tau m 0.0602 0.0154 0.0908 0.0296
PreCC2689/Tau f 0.0518 0.0172 0.086 0.0176
PreCC2689/Tau m 0.0919 0.0243 0.1403 0.0436
PreCC2750/Tau f 0.0324 0.0243 0.0808 0.0
PreCC2750/Tau m 0.0889 0.0199 0.1284 0.0494
PreCC3438/Tau f 0.0439 0.0243 0.0923 0.0
PreCC3438/Tau m 0.0915 0.0199 0.131 0.052
PreCC3912/Tau f 0.117 0.0154 0.1476 0.0864
PreCC3912/Tau m 0.1089 0.0154 0.1395 0.0783
PreCC4052/Tau f 0.0539 0.013 0.0798 0.0281
PreCC4052/Tau m 0.2477 0.0154 0.2783 0.2171
PreCC4141/Tau f 0.0811 0.0199 0.1206 0.0416
PreCC4141/Tau m 0.1753 0.0199 0.2148 0.1358
PreCC4457/Tau f 0.1498 0.0172 0.184 0.1156
PreCC4457/Tau m 0.1474 0.0199 0.1869 0.1079
PreCC519/Tau f 0.1902 0.0172 0.2243 0.156
PreCC519/Tau m 0.0873 0.0243 0.1357 0.0389
PreCC521/Tau f 0.0507 0.0199 0.0902 0.0112
PreCC521/Tau m 0.069 0.0172 0.1032 0.0348
PreCC72/Tau f 0.0652 0.0199 0.1047 0.0257
PreCC72/Tau m 0.0966 0.0199 0.1361 0.0571


  LEAST SQUARES MEANS (MODEL-ADJUSTED), SEXES COMBINED
Strain Sex Mean SEM UpperCL LowerCL
PreCC111/Tau both 0.1471 0.0115 0.17 0.1241
PreCC1513/Tau both 0.2879 0.0131 0.314 0.2618
PreCC188/Tau both 0.0725 0.0138 0.0999 0.0451
PreCC1912/Tau both 0.1249 0.0149 0.1545 0.0952
PreCC2126/Tau both 0.0217 0.0149 0.0513 0.0
PreCC2156/Tau both 0.0733 0.0126 0.0983 0.0483
PreCC2680/Tau both 0.0555 0.0144 0.0841 0.0269
PreCC2689/Tau both 0.0719 0.0149 0.1015 0.0422
PreCC2750/Tau both 0.0607 0.0157 0.0919 0.0294
PreCC3438/Tau both 0.0677 0.0157 0.0989 0.0365
PreCC3912/Tau both 0.113 0.0109 0.1346 0.0913
PreCC4052/Tau both 0.1508 0.0101 0.1709 0.1308
PreCC4141/Tau both 0.1282 0.014 0.1561 0.1003
PreCC4457/Tau both 0.1486 0.0131 0.1747 0.1225
PreCC519/Tau both 0.1387 0.0149 0.1683 0.1091
PreCC521/Tau both 0.0599 0.0131 0.086 0.0337
PreCC72/Tau both 0.0809 0.014 0.1089 0.053




GWAS analysis not available: Strain panel must be either Inbred, HMDP, BXD, BXH, CXB, or AXB/BXA