Phenotype measure:   Berndt2   tidal_vol_mch10


  STRAIN COMPARISON PLOT
Dimensions Width:   px    Height:   px
Download Plot   
Visualization Options

Berndt2 - tidal volume 10 MCh



  MEASURE SUMMARY
Measure Summary FemaleMale
Number of strains tested29 strains29 strains
Mean of the strain means0.236   mL 0.268   mL
Median of the strain means0.228   mL 0.259   mL
SD of the strain means± 0.0559 ± 0.0619
Coefficient of variation (CV)0.237 0.231
Min–max range of strain means0.158   –   0.438   mL 0.164   –   0.507   mL
Mean sample size per strain8.0   mice 8.1   mice


  ANOVA, Q-Q NORMALITY ASSESSMENT
ANOVA summary      
FactorDFSum of squaresMean sum of squaresF valuep value (Pr>F)
sex 1 0.1064 0.1064 83.267 < 0.0001
strain 28 1.4795 0.0528 41.3571 < 0.0001
sex:strain 28 0.0943 0.0034 2.6361 < 0.0001
Residuals 412 0.5264 0.0013


Q-Q normality assessment based on residuals

  


  STRAIN MEANS (UNADJUSTED)
Strain Sex Mean SD N mice SEM CV Min, Max Z score
129S1/SvImJ f 0.203 0.0461   8 0.0163 0.227 0.169, 0.293 -0.58
129S1/SvImJ m 0.245 0.0617   8 0.0218 0.252 0.166, 0.329 -0.38
A/J f 0.251 0.0329   8 0.0116 0.131 0.206, 0.288 0.27
A/J m 0.254 0.0333   8 0.0118 0.131 0.22, 0.312 -0.23
AKR/J f 0.273 0.0324   8 0.0115 0.119 0.215, 0.317 0.67
AKR/J m 0.312 0.0487   8 0.0172 0.156 0.233, 0.368 0.71
BALB/cByJ f 0.269 0.0393   8 0.0139 0.146 0.229, 0.326 0.6
BALB/cByJ m 0.27 0.0364   8 0.0129 0.135 0.222, 0.324 0.03
BALB/cJ f 0.317 0.0664   10 0.021 0.21 0.224, 0.424 1.46
BALB/cJ m 0.323 0.0341   10 0.0108 0.106 0.251, 0.363 0.88
BTBR T+ Itpr3tf/J f 0.438 0.0727   8 0.0257 0.166 0.357, 0.572 3.62
BTBR T+ Itpr3tf/J m 0.507 0.0637   8 0.0225 0.126 0.436, 0.615 3.86
BUB/BnJ f 0.288 0.0485   7 0.0183 0.168 0.232, 0.368 0.94
BUB/BnJ m 0.315 0.0352   8 0.0125 0.112 0.251, 0.353 0.75
C3H/HeJ f 0.244 0.019   8 0.00671 0.0779 0.215, 0.276 0.15
C3H/HeJ m 0.251 0.0335   8 0.0118 0.133 0.204, 0.302 -0.28
C57BL/10J f 0.249 0.0133   8 0.00469 0.0533 0.235, 0.273 0.24
C57BL/10J m 0.318 0.0266   7 0.01 0.0836 0.288, 0.37 0.8
C57BL/6J f 0.216 0.0204   7 0.00769 0.0941 0.178, 0.237 -0.35
C57BL/6J m 0.233 0.0388   13 0.0108 0.167 0.166, 0.293 -0.57
C57BLKS/J f 0.228 0.03   11 0.00906 0.132 0.184, 0.27 -0.14
C57BLKS/J m 0.259 0.069   8 0.0244 0.266 0.146, 0.326 -0.15
C57BR/cdJ f 0.217 0.0338   6 0.0138 0.156 0.164, 0.266 -0.33
C57BR/cdJ m 0.275 0.036   8 0.0127 0.131 0.236, 0.335 0.11
C57L/J f 0.216 0.0284   8 0.01 0.131 0.178, 0.258 -0.35
C57L/J m 0.292 0.0368   8 0.013 0.126 0.227, 0.345 0.38
CBA/J f 0.236 0.0166   8 0.00588 0.0705 0.21, 0.264 0.01
CBA/J m 0.26 0.037   8 0.0131 0.142 0.202, 0.334 -0.13
CE/J f 0.192 0.0238   8 0.00842 0.124 0.152, 0.218 -0.78
CE/J m 0.257 0.0316   9 0.0105 0.123 0.214, 0.302 -0.18
DBA/1J f 0.24 0.0402   10 0.0127 0.167 0.152, 0.299 0.08
DBA/1J m 0.284 0.0317   8 0.0112 0.112 0.233, 0.323 0.25
DBA/2J f 0.207 0.0241   8 0.00852 0.116 0.178, 0.251 -0.51
DBA/2J m 0.224 0.0237   10 0.0075 0.106 0.189, 0.26 -0.72
FVB/NJ f 0.203 0.0146   8 0.00517 0.0719 0.177, 0.219 -0.58
FVB/NJ m 0.317 0.0412   7 0.0156 0.13 0.266, 0.373 0.79
I/LnJ f 0.22 0.0246   7 0.00928 0.112 0.19, 0.256 -0.28
I/LnJ m 0.281 0.0464   5 0.0207 0.165 0.244, 0.361 0.21
KK/HlJ f 0.321 0.0205   8 0.00725 0.0639 0.29, 0.353 1.53
KK/HlJ m 0.316 0.0327   6 0.0133 0.103 0.261, 0.358 0.77
LP/J f 0.158 0.0208   8 0.00736 0.132 0.143, 0.205 -1.39
LP/J m 0.17 0.0288   8 0.0102 0.169 0.138, 0.227 -1.59
NOD/ShiLtJ f 0.24 0.0342   8 0.0121 0.142 0.2, 0.287 0.08
NOD/ShiLtJ m 0.237 0.0271   8 0.00957 0.114 0.197, 0.273 -0.51
NON/ShiLtJ f 0.244 0.0297   8 0.0105 0.122 0.193, 0.287 0.15
NON/ShiLtJ m 0.241 0.0227   8 0.00801 0.0941 0.2, 0.271 -0.44
NZW/LacJ f 0.235 0.0117   8 0.00414 0.0498 0.216, 0.252 -0.01
NZW/LacJ m 0.261 0.043   8 0.0152 0.165 0.183, 0.328 -0.12
PL/J f 0.171 0.0153   8 0.00542 0.0897 0.151, 0.197 -1.16
PL/J m 0.202 0.017   8 0.00601 0.084 0.18, 0.236 -1.07
RIIIS/J f 0.187 0.0168   8 0.00594 0.0898 0.167, 0.217 -0.87
RIIIS/J m 0.211 0.0341   8 0.0121 0.162 0.183, 0.288 -0.92
SJL/J f 0.164 0.0249   8 0.00879 0.151 0.133, 0.201 -1.28
SJL/J m 0.164 0.0211   8 0.00745 0.129 0.144, 0.2 -1.68
SM/J f 0.221 0.0276   8 0.00975 0.124 0.182, 0.256 -0.26
SM/J m 0.25 0.0398   8 0.0141 0.159 0.208, 0.302 -0.3
SWR/J f 0.186 0.0164   8 0.00581 0.0886 0.168, 0.211 -0.89
SWR/J m 0.251 0.0291   9 0.00971 0.116 0.201, 0.296 -0.28


  LEAST SQUARES MEANS (MODEL-ADJUSTED)
Strain Sex Mean SEM UpperCL LowerCL
129S1/SvImJ f 0.2031 0.0126 0.228 0.1783
129S1/SvImJ m 0.2452 0.0126 0.2701 0.2204
A/J f 0.2514 0.0126 0.2762 0.2265
A/J m 0.254 0.0126 0.2788 0.2292
AKR/J f 0.2728 0.0126 0.2976 0.2479
AKR/J m 0.3116 0.0126 0.3365 0.2868
BALB/cByJ f 0.2686 0.0126 0.2935 0.2438
BALB/cByJ m 0.2705 0.0126 0.2953 0.2457
BALB/cJ f 0.317 0.0113 0.3392 0.2948
BALB/cJ m 0.3233 0.0113 0.3455 0.3011
BTBR T+ Itpr3tf/J f 0.4384 0.0126 0.4632 0.4135
BTBR T+ Itpr3tf/J m 0.5072 0.0126 0.5321 0.4824
BUB/BnJ f 0.2879 0.0135 0.3144 0.2613
BUB/BnJ m 0.3149 0.0126 0.3397 0.29
C3H/HeJ f 0.2436 0.0126 0.2685 0.2188
C3H/HeJ m 0.2509 0.0126 0.2757 0.226
C57BL/10J f 0.249 0.0126 0.2738 0.2242
C57BL/10J m 0.3176 0.0135 0.3441 0.291
C57BL/6J f 0.2163 0.0135 0.2428 0.1897
C57BL/6J m 0.2328 0.0099 0.2523 0.2133
C57BLKS/J f 0.2281 0.0108 0.2493 0.2069
C57BLKS/J m 0.2593 0.0126 0.2841 0.2344
C57BR/cdJ f 0.217 0.0146 0.2457 0.1883
C57BR/cdJ m 0.2752 0.0126 0.3001 0.2504
C57L/J f 0.2157 0.0126 0.2406 0.1909
C57L/J m 0.2916 0.0126 0.3165 0.2668
CBA/J f 0.236 0.0126 0.2608 0.2112
CBA/J m 0.2601 0.0126 0.285 0.2353
CE/J f 0.1916 0.0126 0.2165 0.1668
CE/J m 0.2566 0.0119 0.28 0.2331
DBA/1J f 0.2401 0.0113 0.2623 0.2179
DBA/1J m 0.2839 0.0126 0.3087 0.259
DBA/2J f 0.207 0.0126 0.2318 0.1822
DBA/2J m 0.2243 0.0113 0.2465 0.2021
FVB/NJ f 0.2034 0.0126 0.2282 0.1785
FVB/NJ m 0.317 0.0135 0.3436 0.2904
I/LnJ f 0.2197 0.0135 0.2463 0.1932
I/LnJ m 0.281 0.016 0.3124 0.2496
KK/HlJ f 0.3209 0.0126 0.3457 0.296
KK/HlJ m 0.3162 0.0146 0.3449 0.2875
LP/J f 0.158 0.0126 0.1828 0.1332
LP/J m 0.1705 0.0126 0.1953 0.1457
NOD/ShiLtJ f 0.24 0.0126 0.2648 0.2152
NOD/ShiLtJ m 0.2365 0.0126 0.2613 0.2117
NON/ShiLtJ f 0.2436 0.0126 0.2685 0.2188
NON/ShiLtJ m 0.2408 0.0126 0.2656 0.2159
NZW/LacJ f 0.2354 0.0126 0.2602 0.2105
NZW/LacJ m 0.2605 0.0126 0.2853 0.2357
PL/J f 0.171 0.0126 0.1958 0.1462
PL/J m 0.2024 0.0126 0.2272 0.1775
RIIIS/J f 0.1871 0.0126 0.212 0.1623
RIIIS/J m 0.2108 0.0126 0.2356 0.1859
SJL/J f 0.1642 0.0126 0.1891 0.1394
SJL/J m 0.1639 0.0126 0.1887 0.139
SM/J f 0.2215 0.0126 0.2463 0.1967
SM/J m 0.2497 0.0126 0.2746 0.2249
SWR/J f 0.1856 0.0126 0.2105 0.1608
SWR/J m 0.2507 0.0119 0.2741 0.2272


  LEAST SQUARES MEANS (MODEL-ADJUSTED), SEXES COMBINED
Strain Sex Mean SEM UpperCL LowerCL
129S1/SvImJ both 0.2242 0.0089 0.2418 0.2066
A/J both 0.2527 0.0089 0.2703 0.2351
AKR/J both 0.2922 0.0089 0.3098 0.2746
BALB/cByJ both 0.2696 0.0089 0.2871 0.252
BALB/cJ both 0.3201 0.008 0.3359 0.3044
BTBR T+ Itpr3tf/J both 0.4728 0.0089 0.4904 0.4552
BUB/BnJ both 0.3014 0.0092 0.3195 0.2832
C3H/HeJ both 0.2472 0.0089 0.2648 0.2297
C57BL/10J both 0.2833 0.0092 0.3015 0.2651
C57BL/6J both 0.2245 0.0084 0.241 0.2081
C57BLKS/J both 0.2437 0.0083 0.26 0.2273
C57BR/cdJ both 0.2461 0.0097 0.2651 0.2272
C57L/J both 0.2537 0.0089 0.2713 0.2361
CBA/J both 0.2481 0.0089 0.2656 0.2305
CE/J both 0.2241 0.0087 0.2412 0.207
DBA/1J both 0.262 0.0085 0.2787 0.2453
DBA/2J both 0.2156 0.0085 0.2323 0.199
FVB/NJ both 0.2602 0.0092 0.2784 0.242
I/LnJ both 0.2504 0.0105 0.2709 0.2298
KK/HlJ both 0.3185 0.0097 0.3375 0.2995
LP/J both 0.1642 0.0089 0.1818 0.1467
NOD/ShiLtJ both 0.2382 0.0089 0.2558 0.2207
NON/ShiLtJ both 0.2422 0.0089 0.2598 0.2246
NZW/LacJ both 0.2479 0.0089 0.2655 0.2304
PL/J both 0.1867 0.0089 0.2043 0.1691
RIIIS/J both 0.1989 0.0089 0.2165 0.1814
SJL/J both 0.1641 0.0089 0.1816 0.1465
SM/J both 0.2356 0.0089 0.2532 0.2181
SWR/J both 0.2181 0.0087 0.2352 0.2011




  GWAS USING LINEAR MIXED MODELS