Phenotype measure:   Berndt2   tidal_vol_mch5


  STRAIN COMPARISON PLOT
Dimensions Width:   px    Height:   px
Download Plot   
Visualization Options

Berndt2 - tidal volume 5 MCh



  MEASURE SUMMARY
Measure Summary FemaleMale
Number of strains tested29 strains29 strains
Mean of the strain means0.224   mL 0.242   mL
Median of the strain means0.220   mL 0.235   mL
SD of the strain means± 0.0346 ± 0.0411
Coefficient of variation (CV)0.155 0.169
Min–max range of strain means0.175   –   0.308   mL 0.168   –   0.389   mL
Mean sample size per strain8.0   mice 8.1   mice


  ANOVA, Q-Q NORMALITY ASSESSMENT
ANOVA summary      
FactorDFSum of squaresMean sum of squaresF valuep value (Pr>F)
sex 1 0.0391 0.0391 23.9576 < 0.0001
strain 28 0.5851 0.0209 12.7877 < 0.0001
sex:strain 28 0.0759 0.0027 1.6586 0.0202
Residuals 412 0.6733 0.0016


Q-Q normality assessment based on residuals

  


  STRAIN MEANS (UNADJUSTED)
Strain Sex Mean SD N mice SEM CV Min, Max Z score
129S1/SvImJ f 0.197 0.0187   8 0.00661 0.0947 0.181, 0.233 -0.77
129S1/SvImJ m 0.21 0.0263   8 0.0093 0.125 0.17, 0.255 -0.79
A/J f 0.229 0.0212   8 0.00751 0.0928 0.196, 0.261 0.16
A/J m 0.235 0.0236   8 0.00834 0.1 0.198, 0.265 -0.18
AKR/J f 0.252 0.026   8 0.00921 0.103 0.215, 0.283 0.82
AKR/J m 0.254 0.0268   8 0.00947 0.105 0.222, 0.306 0.29
BALB/cByJ f 0.264 0.0329   8 0.0116 0.125 0.219, 0.309 1.17
BALB/cByJ m 0.289 0.0344   8 0.0122 0.119 0.224, 0.321 1.14
BALB/cJ f 0.308 0.0414   10 0.0131 0.135 0.255, 0.377 2.44
BALB/cJ m 0.305 0.0509   10 0.0161 0.167 0.242, 0.402 1.53
BTBR T+ Itpr3tf/J f 0.272 0.0502   8 0.0178 0.185 0.213, 0.375 1.4
BTBR T+ Itpr3tf/J m 0.389 0.0524   8 0.0185 0.135 0.349, 0.477 3.57
BUB/BnJ f 0.271 0.0378   7 0.0143 0.139 0.219, 0.33 1.37
BUB/BnJ m 0.272 0.0266   8 0.00939 0.0976 0.244, 0.311 0.72
C3H/HeJ f 0.248 0.0294   8 0.0104 0.118 0.199, 0.302 0.71
C3H/HeJ m 0.259 0.0431   8 0.0152 0.167 0.229, 0.356 0.41
C57BL/10J f 0.235 0.0348   8 0.0123 0.148 0.193, 0.281 0.33
C57BL/10J m 0.242 0.0361   7 0.0136 0.149 0.202, 0.306 -0.01
C57BL/6J f 0.223 0.0209   7 0.00791 0.0938 0.201, 0.263 -0.02
C57BL/6J m 0.226 0.0569   13 0.0158 0.252 0.155, 0.345 -0.4
C57BLKS/J f 0.22 0.0384   11 0.0116 0.175 0.159, 0.28 -0.1
C57BLKS/J m 0.222 0.0423   8 0.015 0.19 0.143, 0.265 -0.49
C57BR/cdJ f 0.275 0.15   6 0.0614 0.548 0.193, 0.578 1.49
C57BR/cdJ m 0.243 0.0727   8 0.0257 0.3 0.15, 0.392 0.02
C57L/J f 0.206 0.0226   8 0.008 0.11 0.179, 0.241 -0.51
C57L/J m 0.261 0.0204   8 0.00721 0.0781 0.233, 0.295 0.46
CBA/J f 0.208 0.0139   8 0.0049 0.0667 0.194, 0.239 -0.45
CBA/J m 0.231 0.0271   8 0.00958 0.117 0.179, 0.27 -0.27
CE/J f 0.201 0.0261   8 0.00921 0.13 0.166, 0.235 -0.65
CE/J m 0.235 0.0322   9 0.0107 0.137 0.197, 0.288 -0.18
DBA/1J f 0.214 0.0409   10 0.0129 0.191 0.125, 0.274 -0.28
DBA/1J m 0.224 0.0309   8 0.0109 0.138 0.187, 0.28 -0.45
DBA/2J f 0.192 0.0182   8 0.00644 0.0949 0.169, 0.222 -0.91
DBA/2J m 0.216 0.0282   10 0.00893 0.131 0.192, 0.29 -0.64
FVB/NJ f 0.226 0.0607   8 0.0215 0.269 0.165, 0.316 0.07
FVB/NJ m 0.288 0.0912   7 0.0345 0.317 0.198, 0.451 1.11
I/LnJ f 0.214 0.0199   7 0.00752 0.0928 0.178, 0.233 -0.28
I/LnJ m 0.236 0.0163   5 0.00728 0.0689 0.21, 0.253 -0.15
KK/HlJ f 0.264 0.0262   8 0.00928 0.0995 0.221, 0.297 1.17
KK/HlJ m 0.26 0.0236   6 0.00964 0.0906 0.237, 0.295 0.43
LP/J f 0.175 0.0254   8 0.00897 0.145 0.142, 0.216 -1.4
LP/J m 0.205 0.0374   8 0.0132 0.182 0.148, 0.268 -0.91
NOD/ShiLtJ f 0.213 0.0229   8 0.00809 0.107 0.185, 0.247 -0.3
NOD/ShiLtJ m 0.231 0.0455   8 0.0161 0.197 0.189, 0.334 -0.27
NON/ShiLtJ f 0.234 0.0346   8 0.0122 0.148 0.182, 0.282 0.3
NON/ShiLtJ m 0.253 0.0232   8 0.00821 0.0919 0.218, 0.282 0.26
NZW/LacJ f 0.231 0.0225   8 0.00794 0.0975 0.188, 0.254 0.22
NZW/LacJ m 0.247 0.0314   8 0.0111 0.127 0.181, 0.277 0.12
PL/J f 0.176 0.0238   8 0.00843 0.135 0.152, 0.216 -1.37
PL/J m 0.207 0.0283   8 0.00999 0.136 0.17, 0.258 -0.86
RIIIS/J f 0.181 0.0379   8 0.0134 0.209 0.136, 0.259 -1.23
RIIIS/J m 0.2 0.0417   8 0.0148 0.209 0.158, 0.288 -1.03
SJL/J f 0.176 0.0416   8 0.0147 0.237 0.127, 0.234 -1.37
SJL/J m 0.168 0.0367   8 0.013 0.219 0.133, 0.226 -1.81
SM/J f 0.194 0.034   8 0.012 0.176 0.147, 0.246 -0.85
SM/J m 0.215 0.0575   8 0.0203 0.267 0.143, 0.333 -0.66
SWR/J f 0.184 0.0209   8 0.0074 0.114 0.148, 0.214 -1.14
SWR/J m 0.203 0.0195   9 0.00652 0.0962 0.182, 0.252 -0.96


  LEAST SQUARES MEANS (MODEL-ADJUSTED)
Strain Sex Mean SEM UpperCL LowerCL
129S1/SvImJ f 0.1974 0.0143 0.2255 0.1693
129S1/SvImJ m 0.21 0.0143 0.2381 0.1819
A/J f 0.229 0.0143 0.2571 0.2009
A/J m 0.2348 0.0143 0.2628 0.2067
AKR/J f 0.2523 0.0143 0.2803 0.2242
AKR/J m 0.2544 0.0143 0.2825 0.2263
BALB/cByJ f 0.2639 0.0143 0.292 0.2358
BALB/cByJ m 0.2891 0.0143 0.3172 0.261
BALB/cJ f 0.3077 0.0128 0.3328 0.2826
BALB/cJ m 0.3051 0.0128 0.3302 0.28
BTBR T+ Itpr3tf/J f 0.2716 0.0143 0.2997 0.2435
BTBR T+ Itpr3tf/J m 0.3891 0.0143 0.4172 0.361
BUB/BnJ f 0.2714 0.0153 0.3015 0.2414
BUB/BnJ m 0.2721 0.0143 0.3002 0.244
C3H/HeJ f 0.2485 0.0143 0.2766 0.2204
C3H/HeJ m 0.2586 0.0143 0.2867 0.2305
C57BL/10J f 0.2349 0.0143 0.263 0.2068
C57BL/10J m 0.2423 0.0153 0.2723 0.2123
C57BL/6J f 0.2231 0.0153 0.2532 0.1931
C57BL/6J m 0.2262 0.0112 0.2483 0.2042
C57BLKS/J f 0.2201 0.0122 0.2441 0.1961
C57BLKS/J m 0.2223 0.0143 0.2503 0.1942
C57BR/cdJ f 0.2747 0.0165 0.3071 0.2422
C57BR/cdJ m 0.2426 0.0143 0.2707 0.2145
C57L/J f 0.2064 0.0143 0.2345 0.1783
C57L/J m 0.2609 0.0143 0.289 0.2328
CBA/J f 0.2079 0.0143 0.236 0.1798
CBA/J m 0.2314 0.0143 0.2595 0.2033
CE/J f 0.2011 0.0143 0.2292 0.173
CE/J m 0.2346 0.0135 0.261 0.2081
DBA/1J f 0.214 0.0128 0.2391 0.1889
DBA/1J m 0.2241 0.0143 0.2522 0.196
DBA/2J f 0.192 0.0143 0.2201 0.1639
DBA/2J m 0.2157 0.0128 0.2408 0.1906
FVB/NJ f 0.2257 0.0143 0.2538 0.1977
FVB/NJ m 0.2879 0.0153 0.3179 0.2578
I/LnJ f 0.2144 0.0153 0.2445 0.1844
I/LnJ m 0.2362 0.0181 0.2717 0.2007
KK/HlJ f 0.2639 0.0143 0.292 0.2358
KK/HlJ m 0.2605 0.0165 0.2929 0.2281
LP/J f 0.1746 0.0143 0.2027 0.1465
LP/J m 0.2051 0.0143 0.2332 0.177
NOD/ShiLtJ f 0.213 0.0143 0.2411 0.1849
NOD/ShiLtJ m 0.2306 0.0143 0.2587 0.2025
NON/ShiLtJ f 0.234 0.0143 0.2621 0.2059
NON/ShiLtJ m 0.2529 0.0143 0.281 0.2248
NZW/LacJ f 0.2305 0.0143 0.2586 0.2024
NZW/LacJ m 0.247 0.0143 0.2751 0.2189
PL/J f 0.1765 0.0143 0.2046 0.1484
PL/J m 0.2075 0.0143 0.2356 0.1794
RIIIS/J f 0.1814 0.0143 0.2095 0.1533
RIIIS/J m 0.1999 0.0143 0.228 0.1718
SJL/J f 0.1757 0.0143 0.2038 0.1477
SJL/J m 0.1681 0.0143 0.1962 0.14
SM/J f 0.1939 0.0143 0.222 0.1658
SM/J m 0.2155 0.0143 0.2436 0.1874
SWR/J f 0.1842 0.0143 0.2123 0.1562
SWR/J m 0.2031 0.0135 0.2296 0.1766


  LEAST SQUARES MEANS (MODEL-ADJUSTED), SEXES COMBINED
Strain Sex Mean SEM UpperCL LowerCL
129S1/SvImJ both 0.2037 0.0101 0.2236 0.1838
A/J both 0.2319 0.0101 0.2517 0.212
AKR/J both 0.2533 0.0101 0.2732 0.2334
BALB/cByJ both 0.2765 0.0101 0.2964 0.2566
BALB/cJ both 0.3064 0.009 0.3242 0.2886
BTBR T+ Itpr3tf/J both 0.3304 0.0101 0.3502 0.3105
BUB/BnJ both 0.2718 0.0105 0.2923 0.2512
C3H/HeJ both 0.2536 0.0101 0.2734 0.2337
C57BL/10J both 0.2386 0.0105 0.2591 0.218
C57BL/6J both 0.2247 0.0095 0.2433 0.2061
C57BLKS/J both 0.2212 0.0094 0.2396 0.2027
C57BR/cdJ both 0.2586 0.0109 0.2801 0.2372
C57L/J both 0.2336 0.0101 0.2535 0.2138
CBA/J both 0.2196 0.0101 0.2395 0.1998
CE/J both 0.2178 0.0098 0.2371 0.1985
DBA/1J both 0.2191 0.0096 0.2379 0.2002
DBA/2J both 0.2038 0.0096 0.2227 0.185
FVB/NJ both 0.2568 0.0105 0.2774 0.2362
I/LnJ both 0.2253 0.0118 0.2486 0.202
KK/HlJ both 0.2622 0.0109 0.2836 0.2407
LP/J both 0.1899 0.0101 0.2097 0.17
NOD/ShiLtJ both 0.2218 0.0101 0.2417 0.2019
NON/ShiLtJ both 0.2434 0.0101 0.2633 0.2236
NZW/LacJ both 0.2387 0.0101 0.2586 0.2189
PL/J both 0.192 0.0101 0.2119 0.1721
RIIIS/J both 0.1906 0.0101 0.2105 0.1708
SJL/J both 0.1719 0.0101 0.1918 0.1521
SM/J both 0.2047 0.0101 0.2246 0.1848
SWR/J both 0.1937 0.0098 0.213 0.1744




  GWAS USING LINEAR MIXED MODELS