Project measure / variable:   Berndt2   tidal_vol_saline

ID, description, units MPD:35168   tidal_vol_saline   tidal volume   [mL]  saline  
methacholine study
Data set, strains Berndt2   inbred   29 strains     sex: both     age: 9-12wks
Procedure plethysmography
Ontology mappings

  •   Or, add this measure to your collection.
       
  •     no folder
  •     put it in new folder  

  STRAIN COMPARISON PLOT
Dimensions Width:   px    Height:   px
Download Plot   
Visualization Options

Berndt2 - tidal volume saline



  MEASURE SUMMARY
Measure Summary FemaleMale
Number of strains tested29 strains29 strains
Mean of the strain means0.250   mL 0.264   mL
Median of the strain means0.254   mL 0.262   mL
SD of the strain means± 0.0412 ± 0.0395
Coefficient of variation (CV)0.165 0.150
Min–max range of strain means0.184   –   0.337   mL 0.175   –   0.343   mL
Mean sample size per strain8.0   mice 8.1   mice


  ANOVA, Q-Q NORMALITY ASSESSMENT
ANOVA summary      
FactorDFSum of squaresMean sum of squaresF valuep value (Pr>F)
sex 1 0.0231 0.0231 11.7459 0.0007
strain 28 0.6592 0.0235 11.9739 < 0.0001
sex:strain 28 0.0943 0.0034 1.7133 0.0144
Residuals 412 0.8101 0.002


Q-Q normality assessment based on residuals

  


  STRAIN MEANS (UNADJUSTED)
  
Select table page:
Strain Sex Mean SD N mice SEM CV Min, Max Z score
129S1/SvImJ f 0.217 0.018   8 0.00637 0.083 0.187, 0.239 -0.8
129S1/SvImJ m 0.211 0.0177   8 0.00625 0.0836 0.186, 0.238 -1.33
A/J f 0.254 0.0368   8 0.013 0.145 0.205, 0.302 0.1
A/J m 0.253 0.0366   8 0.0129 0.145 0.192, 0.297 -0.27
AKR/J f 0.263 0.0306   8 0.0108 0.116 0.21, 0.307 0.32
AKR/J m 0.285 0.0429   8 0.0152 0.151 0.235, 0.38 0.54
BALB/cByJ f 0.319 0.0608   8 0.0215 0.19 0.227, 0.39 1.67
BALB/cByJ m 0.324 0.0623   8 0.022 0.192 0.268, 0.442 1.53
BALB/cJ f 0.337 0.0752   10 0.0238 0.223 0.193, 0.483 2.11
BALB/cJ m 0.315 0.0421   10 0.0133 0.134 0.253, 0.376 1.3
BTBR T+ Itpr3tf/J f 0.293 0.0256   8 0.00906 0.0873 0.261, 0.333 1.04
BTBR T+ Itpr3tf/J m 0.343 0.0595   8 0.021 0.174 0.275, 0.468 2.01
BUB/BnJ f 0.309 0.0471   7 0.0178 0.153 0.257, 0.375 1.43
BUB/BnJ m 0.321 0.0194   8 0.00686 0.0606 0.285, 0.348 1.45
C3H/HeJ f 0.265 0.033   8 0.0117 0.124 0.231, 0.316 0.36
C3H/HeJ m 0.262 0.018   8 0.00637 0.0688 0.233, 0.285 -0.04
C57BL/10J f 0.282 0.0596   8 0.0211 0.211 0.244, 0.395 0.78
C57BL/10J m 0.263 0.0436   7 0.0165 0.166 0.198, 0.329 -0.01
C57BL/6J f 0.26 0.0481   7 0.0182 0.185 0.202, 0.318 0.24
C57BL/6J m 0.299 0.0886   13 0.0246 0.297 0.179, 0.49 0.9
C57BLKS/J f 0.25 0.0335   11 0.0101 0.134 0.205, 0.299 0.0
C57BLKS/J m 0.263 0.0481   8 0.017 0.183 0.201, 0.324 -0.01
C57BR/cdJ f 0.26 0.0655   6 0.0267 0.252 0.206, 0.389 0.24
C57BR/cdJ m 0.246 0.0295   8 0.0104 0.12 0.211, 0.289 -0.44
C57L/J f 0.272 0.029   8 0.0102 0.106 0.231, 0.324 0.53
C57L/J m 0.273 0.0488   8 0.0173 0.179 0.214, 0.37 0.24
CBA/J f 0.239 0.0178   8 0.00629 0.0745 0.213, 0.264 -0.27
CBA/J m 0.28 0.0287   8 0.0102 0.103 0.235, 0.318 0.42
CE/J f 0.275 0.0785   8 0.0278 0.286 0.214, 0.458 0.61
CE/J m 0.282 0.0215   9 0.00715 0.076 0.254, 0.318 0.47
DBA/1J f 0.219 0.0435   10 0.0138 0.199 0.128, 0.292 -0.75
DBA/1J m 0.222 0.0254   8 0.00898 0.114 0.171, 0.251 -1.05
DBA/2J f 0.218 0.0283   8 0.01 0.13 0.194, 0.267 -0.78
DBA/2J m 0.255 0.0311   10 0.00983 0.122 0.222, 0.325 -0.22
FVB/NJ f 0.228 0.0294   8 0.0104 0.129 0.194, 0.281 -0.53
FVB/NJ m 0.317 0.111   7 0.0421 0.352 0.21, 0.502 1.35
I/LnJ f 0.24 0.0288   7 0.0109 0.12 0.201, 0.277 -0.24
I/LnJ m 0.256 0.0153   5 0.00686 0.06 0.24, 0.272 -0.19
KK/HlJ f 0.321 0.0884   8 0.0313 0.275 0.254, 0.502 1.72
KK/HlJ m 0.272 0.0322   6 0.0131 0.118 0.23, 0.316 0.21
LP/J f 0.184 0.0138   8 0.00488 0.075 0.166, 0.199 -1.6
LP/J m 0.238 0.0331   8 0.0117 0.139 0.208, 0.303 -0.65
NOD/ShiLtJ f 0.227 0.0225   8 0.00796 0.0993 0.194, 0.247 -0.56
NOD/ShiLtJ m 0.203 0.0157   8 0.00554 0.0774 0.177, 0.227 -1.53
NON/ShiLtJ f 0.266 0.0186   8 0.00658 0.0699 0.243, 0.304 0.39
NON/ShiLtJ m 0.291 0.0478   8 0.0169 0.164 0.231, 0.389 0.7
NZW/LacJ f 0.255 0.0157   8 0.00555 0.0615 0.241, 0.286 0.12
NZW/LacJ m 0.261 0.0318   8 0.0112 0.122 0.202, 0.297 -0.06
PL/J f 0.212 0.0174   8 0.00617 0.0824 0.189, 0.237 -0.92
PL/J m 0.239 0.02   8 0.00709 0.084 0.211, 0.275 -0.62
RIIIS/J f 0.206 0.0544   8 0.0192 0.265 0.151, 0.314 -1.07
RIIIS/J m 0.221 0.0269   8 0.00951 0.122 0.188, 0.26 -1.08
SJL/J f 0.195 0.0129   8 0.00458 0.0663 0.171, 0.213 -1.33
SJL/J m 0.175 0.0265   8 0.00935 0.151 0.141, 0.22 -2.24
SM/J f 0.189 0.0353   8 0.0125 0.187 0.144, 0.262 -1.48
SM/J m 0.253 0.0716   8 0.0253 0.283 0.181, 0.346 -0.27
SWR/J f 0.195 0.0253   8 0.00896 0.13 0.15, 0.222 -1.33
SWR/J m 0.219 0.0275   9 0.00918 0.126 0.177, 0.253 -1.13


  LEAST SQUARES MEANS (MODEL-ADJUSTED)
Strain Sex Mean SEM UpperCL LowerCL
129S1/SvImJ f 0.217 0.0157 0.2478 0.1862
129S1/SvImJ m 0.2114 0.0157 0.2422 0.1806
A/J f 0.2537 0.0157 0.2846 0.2229
A/J m 0.2528 0.0157 0.2836 0.2219
AKR/J f 0.2631 0.0157 0.2939 0.2323
AKR/J m 0.2846 0.0157 0.3154 0.2538
BALB/cByJ f 0.3194 0.0157 0.3502 0.2886
BALB/cByJ m 0.3239 0.0157 0.3547 0.2931
BALB/cJ f 0.3367 0.014 0.3643 0.3091
BALB/cJ m 0.3147 0.014 0.3423 0.2871
BTBR T+ Itpr3tf/J f 0.2935 0.0157 0.3243 0.2627
BTBR T+ Itpr3tf/J m 0.3426 0.0157 0.3734 0.3118
BUB/BnJ f 0.3087 0.0168 0.3417 0.2758
BUB/BnJ m 0.3205 0.0157 0.3513 0.2897
C3H/HeJ f 0.2654 0.0157 0.2962 0.2346
C3H/HeJ m 0.2618 0.0157 0.2926 0.2309
C57BL/10J f 0.2817 0.0157 0.3126 0.2509
C57BL/10J m 0.2634 0.0168 0.2964 0.2305
C57BL/6J f 0.2597 0.0168 0.2927 0.2268
C57BL/6J m 0.2987 0.0123 0.3229 0.2745
C57BLKS/J f 0.2505 0.0134 0.2767 0.2242
C57BLKS/J m 0.2625 0.0157 0.2933 0.2317
C57BR/cdJ f 0.2598 0.0181 0.2954 0.2242
C57BR/cdJ m 0.2464 0.0157 0.2772 0.2156
C57L/J f 0.2721 0.0157 0.3029 0.2413
C57L/J m 0.273 0.0157 0.3038 0.2422
CBA/J f 0.2389 0.0157 0.2697 0.2081
CBA/J m 0.2798 0.0157 0.3106 0.2489
CE/J f 0.2746 0.0157 0.3054 0.2438
CE/J m 0.2823 0.0148 0.3114 0.2533
DBA/1J f 0.2186 0.014 0.2462 0.191
DBA/1J m 0.222 0.0157 0.2528 0.1912
DBA/2J f 0.2184 0.0157 0.2492 0.1876
DBA/2J m 0.2546 0.014 0.2822 0.227
FVB/NJ f 0.2282 0.0157 0.2591 0.1974
FVB/NJ m 0.3166 0.0168 0.3495 0.2836
I/LnJ f 0.24 0.0168 0.2729 0.2071
I/LnJ m 0.2556 0.0198 0.2946 0.2166
KK/HlJ f 0.3211 0.0157 0.3519 0.2903
KK/HlJ m 0.272 0.0181 0.3076 0.2364
LP/J f 0.1842 0.0157 0.2151 0.1534
LP/J m 0.2376 0.0157 0.2684 0.2068
NOD/ShiLtJ f 0.2266 0.0157 0.2574 0.1958
NOD/ShiLtJ m 0.2026 0.0157 0.2334 0.1718
NON/ShiLtJ f 0.2664 0.0157 0.2972 0.2356
NON/ShiLtJ m 0.291 0.0157 0.3218 0.2602
NZW/LacJ f 0.2554 0.0157 0.2862 0.2246
NZW/LacJ m 0.2613 0.0157 0.2921 0.2304
PL/J f 0.2118 0.0157 0.2426 0.1809
PL/J m 0.2386 0.0157 0.2694 0.2078
RIIIS/J f 0.2056 0.0157 0.2364 0.1748
RIIIS/J m 0.2208 0.0157 0.2516 0.1899
SJL/J f 0.1954 0.0157 0.2262 0.1646
SJL/J m 0.175 0.0157 0.2058 0.1442
SM/J f 0.1885 0.0157 0.2193 0.1577
SM/J m 0.2526 0.0157 0.2834 0.2218
SWR/J f 0.1948 0.0157 0.2256 0.1639
SWR/J m 0.2189 0.0148 0.2479 0.1898


  LEAST SQUARES MEANS (MODEL-ADJUSTED), SEXES COMBINED
Strain Sex Mean SEM UpperCL LowerCL
129S1/SvImJ both 0.2142 0.0111 0.236 0.1924
A/J both 0.2532 0.0111 0.275 0.2315
AKR/J both 0.2739 0.0111 0.2957 0.2521
BALB/cByJ both 0.3216 0.0111 0.3434 0.2998
BALB/cJ both 0.3257 0.0099 0.3452 0.3062
BTBR T+ Itpr3tf/J both 0.3181 0.0111 0.3399 0.2963
BUB/BnJ both 0.3146 0.0115 0.3372 0.2921
C3H/HeJ both 0.2636 0.0111 0.2854 0.2418
C57BL/10J both 0.2726 0.0115 0.2951 0.25
C57BL/6J both 0.2792 0.0104 0.2996 0.2588
C57BLKS/J both 0.2565 0.0103 0.2767 0.2362
C57BR/cdJ both 0.2531 0.012 0.2766 0.2296
C57L/J both 0.2726 0.0111 0.2944 0.2508
CBA/J both 0.2593 0.0111 0.2811 0.2375
CE/J both 0.2785 0.0108 0.2997 0.2573
DBA/1J both 0.2203 0.0105 0.241 0.1996
DBA/2J both 0.2365 0.0105 0.2572 0.2158
FVB/NJ both 0.2724 0.0115 0.295 0.2499
I/LnJ both 0.2478 0.013 0.2733 0.2223
KK/HlJ both 0.2966 0.012 0.3201 0.273
LP/J both 0.2109 0.0111 0.2327 0.1891
NOD/ShiLtJ both 0.2146 0.0111 0.2364 0.1928
NON/ShiLtJ both 0.2787 0.0111 0.3005 0.2569
NZW/LacJ both 0.2583 0.0111 0.2801 0.2365
PL/J both 0.2252 0.0111 0.247 0.2034
RIIIS/J both 0.2132 0.0111 0.235 0.1914
SJL/J both 0.1852 0.0111 0.207 0.1634
SM/J both 0.2206 0.0111 0.2424 0.1988
SWR/J both 0.2068 0.0108 0.228 0.1856




  GWAS USING LINEAR MIXED MODELS