Project measure / variable:   Berndt2   expiratory_mch20

ID, description, units MPD:35124   expiratory_mch20   expiratory phase   [s]  20 MCh  
methacholine study
Data set, strains Berndt2   inbred   29 strains     sex: both     age: 9-12wks
Procedure plethysmography
Ontology mappings

  •   Or, add this measure to your collection.
       
  •     no folder
  •     put it in new folder  

  STRAIN COMPARISON PLOT
Dimensions Width:   px    Height:   px
Download Plot   
Visualization Options

Berndt2 - expiratory phase 20 MCh



  MEASURE SUMMARY
Measure Summary FemaleMale
Number of strains tested29 strains29 strains
Mean of the strain means0.197   s 0.190   s
Median of the strain means0.188   s 0.175   s
SD of the strain means± 0.0563 ± 0.0525
Coefficient of variation (CV)0.285 0.276
Min–max range of strain means0.128   –   0.320   s 0.120   –   0.322   s
Mean sample size per strain8.0   mice 8.1   mice


  ANOVA, Q-Q NORMALITY ASSESSMENT
ANOVA summary      
FactorDFSum of squaresMean sum of squaresF valuep value (Pr>F)
sex 1 0.0077 0.0077 2.5968 0.1078
strain 28 1.1942 0.0426 14.3187 < 0.0001
sex:strain 28 0.1602 0.0057 1.9206 0.0037
Residuals 412 1.2272 0.003


Q-Q normality assessment based on residuals

  


  STRAIN MEANS (UNADJUSTED)
  
Select table page:
Strain Sex Mean SD N mice SEM CV Min, Max Z score
129S1/SvImJ f 0.188 0.0352   8 0.0125 0.188 0.13, 0.228 -0.17
129S1/SvImJ m 0.184 0.0527   8 0.0186 0.286 0.132, 0.299 -0.11
A/J f 0.282 0.108   8 0.0381 0.382 0.151, 0.445 1.5
A/J m 0.322 0.0714   8 0.0253 0.222 0.224, 0.428 2.52
AKR/J f 0.179 0.0434   8 0.0154 0.242 0.0959, 0.244 -0.33
AKR/J m 0.158 0.0212   8 0.00751 0.135 0.135, 0.183 -0.61
BALB/cByJ f 0.155 0.0323   8 0.0114 0.208 0.104, 0.219 -0.75
BALB/cByJ m 0.133 0.0252   8 0.00891 0.19 0.102, 0.181 -1.08
BALB/cJ f 0.128 0.0198   10 0.00627 0.155 0.106, 0.169 -1.23
BALB/cJ m 0.12 0.017   10 0.00537 0.142 0.095, 0.157 -1.33
BTBR T+ Itpr3tf/J f 0.247 0.0633   8 0.0224 0.256 0.122, 0.325 0.88
BTBR T+ Itpr3tf/J m 0.206 0.0737   8 0.0261 0.357 0.151, 0.375 0.31
BUB/BnJ f 0.228 0.126   7 0.0475 0.552 0.124, 0.502 0.54
BUB/BnJ m 0.285 0.0963   8 0.034 0.338 0.154, 0.47 1.81
C3H/HeJ f 0.246 0.0523   8 0.0185 0.213 0.173, 0.319 0.86
C3H/HeJ m 0.267 0.109   8 0.0385 0.408 0.139, 0.5 1.47
C57BL/10J f 0.145 0.0234   8 0.00827 0.162 0.117, 0.179 -0.93
C57BL/10J m 0.164 0.0306   7 0.0116 0.187 0.126, 0.208 -0.49
C57BL/6J f 0.148 0.0252   7 0.00952 0.171 0.114, 0.177 -0.88
C57BL/6J m 0.137 0.0221   13 0.00613 0.161 0.101, 0.194 -1.01
C57BLKS/J f 0.143 0.028   11 0.00845 0.195 0.112, 0.213 -0.96
C57BLKS/J m 0.149 0.0299   8 0.0106 0.201 0.111, 0.2 -0.78
C57BR/cdJ f 0.129 0.0221   6 0.00903 0.171 0.103, 0.159 -1.21
C57BR/cdJ m 0.15 0.022   8 0.00776 0.147 0.121, 0.184 -0.76
C57L/J f 0.142 0.0117   8 0.00414 0.0827 0.129, 0.159 -0.98
C57L/J m 0.146 0.0153   8 0.00541 0.105 0.127, 0.176 -0.84
CBA/J f 0.149 0.0202   8 0.00715 0.136 0.123, 0.187 -0.86
CBA/J m 0.143 0.016   8 0.00564 0.112 0.127, 0.176 -0.89
CE/J f 0.171 0.0328   8 0.0116 0.191 0.131, 0.221 -0.47
CE/J m 0.194 0.0412   9 0.0137 0.212 0.139, 0.26 0.08
DBA/1J f 0.194 0.0369   10 0.0117 0.19 0.118, 0.231 -0.06
DBA/1J m 0.259 0.0518   8 0.0183 0.2 0.188, 0.348 1.32
DBA/2J f 0.174 0.0362   8 0.0128 0.208 0.113, 0.221 -0.41
DBA/2J m 0.172 0.0234   10 0.00739 0.136 0.124, 0.213 -0.34
FVB/NJ f 0.193 0.0417   8 0.0148 0.216 0.153, 0.27 -0.08
FVB/NJ m 0.13 0.0191   7 0.00721 0.147 0.101, 0.155 -1.14
I/LnJ f 0.23 0.111   7 0.0419 0.483 0.144, 0.443 0.58
I/LnJ m 0.212 0.109   5 0.0488 0.516 0.143, 0.398 0.42
KK/HlJ f 0.189 0.0663   8 0.0234 0.35 0.141, 0.339 -0.15
KK/HlJ m 0.189 0.0408   6 0.0167 0.216 0.138, 0.238 -0.02
LP/J f 0.287 0.142   8 0.0501 0.493 0.164, 0.576 1.59
LP/J m 0.173 0.0413   8 0.0146 0.239 0.113, 0.228 -0.32
NOD/ShiLtJ f 0.151 0.0254   8 0.00899 0.169 0.109, 0.193 -0.82
NOD/ShiLtJ m 0.14 0.0288   8 0.0102 0.206 0.104, 0.188 -0.95
NON/ShiLtJ f 0.32 0.0819   8 0.0289 0.256 0.211, 0.457 2.18
NON/ShiLtJ m 0.243 0.0561   8 0.0198 0.23 0.184, 0.344 1.01
NZW/LacJ f 0.234 0.066   8 0.0233 0.283 0.171, 0.377 0.65
NZW/LacJ m 0.204 0.0611   8 0.0216 0.299 0.14, 0.336 0.27
PL/J f 0.307 0.078   8 0.0276 0.254 0.213, 0.426 1.95
PL/J m 0.273 0.0452   8 0.016 0.166 0.173, 0.317 1.58
RIIIS/J f 0.158 0.026   8 0.00919 0.165 0.111, 0.183 -0.7
RIIIS/J m 0.175 0.0215   8 0.00761 0.123 0.146, 0.206 -0.28
SJL/J f 0.226 0.0508   8 0.018 0.225 0.145, 0.293 0.51
SJL/J m 0.198 0.0293   8 0.0104 0.148 0.154, 0.229 0.15
SM/J f 0.13 0.0145   8 0.00511 0.112 0.112, 0.148 -1.2
SM/J m 0.158 0.0553   8 0.0195 0.351 0.112, 0.261 -0.61
SWR/J f 0.25 0.0581   8 0.0205 0.233 0.171, 0.323 0.93
SWR/J m 0.224 0.0328   9 0.0109 0.146 0.177, 0.286 0.65


  LEAST SQUARES MEANS (MODEL-ADJUSTED)
Strain Sex Mean SEM UpperCL LowerCL
129S1/SvImJ f 0.1879 0.0193 0.2258 0.1499
129S1/SvImJ m 0.1841 0.0193 0.2221 0.1462
A/J f 0.282 0.0193 0.3199 0.2441
A/J m 0.3216 0.0193 0.3596 0.2837
AKR/J f 0.1791 0.0193 0.217 0.1412
AKR/J m 0.1578 0.0193 0.1957 0.1198
BALB/cByJ f 0.1549 0.0193 0.1928 0.1169
BALB/cByJ m 0.1327 0.0193 0.1707 0.0948
BALB/cJ f 0.1275 0.0173 0.1614 0.0936
BALB/cJ m 0.1196 0.0173 0.1535 0.0857
BTBR T+ Itpr3tf/J f 0.2472 0.0193 0.2852 0.2093
BTBR T+ Itpr3tf/J m 0.2064 0.0193 0.2443 0.1684
BUB/BnJ f 0.2279 0.0206 0.2684 0.1873
BUB/BnJ m 0.2853 0.0193 0.3232 0.2473
C3H/HeJ f 0.2458 0.0193 0.2837 0.2078
C3H/HeJ m 0.2674 0.0193 0.3053 0.2294
C57BL/10J f 0.1445 0.0193 0.1824 0.1066
C57BL/10J m 0.164 0.0206 0.2045 0.1235
C57BL/6J f 0.1476 0.0206 0.1881 0.107
C57BL/6J m 0.1372 0.0151 0.167 0.1075
C57BLKS/J f 0.1435 0.0165 0.1758 0.1111
C57BLKS/J m 0.1489 0.0193 0.1868 0.1109
C57BR/cdJ f 0.129 0.0223 0.1728 0.0852
C57BR/cdJ m 0.1499 0.0193 0.1878 0.1119
C57L/J f 0.1418 0.0193 0.1797 0.1038
C57L/J m 0.146 0.0193 0.1839 0.1081
CBA/J f 0.1486 0.0193 0.1866 0.1107
CBA/J m 0.1426 0.0193 0.1806 0.1047
CE/J f 0.1715 0.0193 0.2094 0.1336
CE/J m 0.194 0.0182 0.2298 0.1582
DBA/1J f 0.1938 0.0173 0.2277 0.1599
DBA/1J m 0.2594 0.0193 0.2973 0.2214
DBA/2J f 0.1743 0.0193 0.2122 0.1363
DBA/2J m 0.1718 0.0173 0.2057 0.1379
FVB/NJ f 0.1928 0.0193 0.2307 0.1548
FVB/NJ m 0.1299 0.0206 0.1704 0.0893
I/LnJ f 0.2297 0.0206 0.2703 0.1892
I/LnJ m 0.2116 0.0244 0.2596 0.1636
KK/HlJ f 0.1893 0.0193 0.2272 0.1513
KK/HlJ m 0.189 0.0223 0.2328 0.1452
LP/J f 0.2873 0.0193 0.3252 0.2493
LP/J m 0.1731 0.0193 0.2111 0.1352
NOD/ShiLtJ f 0.1509 0.0193 0.1888 0.1129
NOD/ShiLtJ m 0.1399 0.0193 0.1778 0.1019
NON/ShiLtJ f 0.3195 0.0193 0.3574 0.2816
NON/ShiLtJ m 0.2433 0.0193 0.2812 0.2053
NZW/LacJ f 0.2335 0.0193 0.2714 0.1956
NZW/LacJ m 0.2045 0.0193 0.2424 0.1666
PL/J f 0.3069 0.0193 0.3448 0.2689
PL/J m 0.2729 0.0193 0.3108 0.2349
RIIIS/J f 0.1578 0.0193 0.1957 0.1198
RIIIS/J m 0.175 0.0193 0.2129 0.1371
SJL/J f 0.2263 0.0193 0.2642 0.1883
SJL/J m 0.1984 0.0193 0.2363 0.1604
SM/J f 0.1295 0.0193 0.1674 0.0916
SM/J m 0.1575 0.0193 0.1954 0.1196
SWR/J f 0.2498 0.0193 0.2877 0.2118
SWR/J m 0.2244 0.0182 0.2602 0.1887


  LEAST SQUARES MEANS (MODEL-ADJUSTED), SEXES COMBINED
Strain Sex Mean SEM UpperCL LowerCL
129S1/SvImJ both 0.186 0.0136 0.2128 0.1592
A/J both 0.3018 0.0136 0.3286 0.275
AKR/J both 0.1684 0.0136 0.1953 0.1416
BALB/cByJ both 0.1438 0.0136 0.1706 0.117
BALB/cJ both 0.1236 0.0122 0.1475 0.0996
BTBR T+ Itpr3tf/J both 0.2268 0.0136 0.2536 0.2
BUB/BnJ both 0.2566 0.0141 0.2843 0.2288
C3H/HeJ both 0.2566 0.0136 0.2834 0.2297
C57BL/10J both 0.1543 0.0141 0.182 0.1265
C57BL/6J both 0.1424 0.0128 0.1675 0.1173
C57BLKS/J both 0.1462 0.0127 0.1711 0.1212
C57BR/cdJ both 0.1394 0.0147 0.1684 0.1105
C57L/J both 0.1439 0.0136 0.1707 0.1171
CBA/J both 0.1456 0.0136 0.1724 0.1188
CE/J both 0.1828 0.0133 0.2088 0.1567
DBA/1J both 0.2266 0.0129 0.252 0.2011
DBA/2J both 0.173 0.0129 0.1985 0.1476
FVB/NJ both 0.1613 0.0141 0.1891 0.1335
I/LnJ both 0.2207 0.016 0.2521 0.1892
KK/HlJ both 0.1891 0.0147 0.2181 0.1602
LP/J both 0.2302 0.0136 0.257 0.2034
NOD/ShiLtJ both 0.1454 0.0136 0.1722 0.1186
NON/ShiLtJ both 0.2814 0.0136 0.3082 0.2546
NZW/LacJ both 0.219 0.0136 0.2458 0.1922
PL/J both 0.2899 0.0136 0.3167 0.2631
RIIIS/J both 0.1664 0.0136 0.1932 0.1396
SJL/J both 0.2123 0.0136 0.2391 0.1855
SM/J both 0.1435 0.0136 0.1703 0.1167
SWR/J both 0.2371 0.0133 0.2632 0.211




  GWAS USING LINEAR MIXED MODELS