Project measure / variable:   Berndt2   inspiratory_mch20

ID, description, units MPD:35117   inspiratory_mch20   inspiratory phase   [s]  20 MCh  
methacholine study
Data set, strains Berndt2   inbred   29 strains     sex: both     age: 9-12wks
Procedure plethysmography
Ontology mappings

  •   Or, add this measure to your collection.
       
  •     no folder
  •     put it in new folder  

  STRAIN COMPARISON PLOT
Dimensions Width:   px    Height:   px
Download Plot   
Visualization Options

Berndt2 - inspiratory phase 20 MCh



  MEASURE SUMMARY
Measure Summary FemaleMale
Number of strains tested29 strains29 strains
Mean of the strain means0.0997   s 0.104   s
Median of the strain means0.0947   s 0.101   s
SD of the strain means± 0.0189 ± 0.0203
Coefficient of variation (CV)0.190 0.195
Min–max range of strain means0.0723   –   0.151   s 0.0771   –   0.161   s
Mean sample size per strain8.0   mice 8.1   mice


  ANOVA, Q-Q NORMALITY ASSESSMENT
ANOVA summary      
FactorDFSum of squaresMean sum of squaresF valuep value (Pr>F)
sex 1 0.0018 0.0018 5.2207 0.0228
strain 28 0.1616 0.0058 17.0908 < 0.0001
sex:strain 28 0.0118 0.0004 1.2466 0.1834
Residuals 412 0.1392 0.0003


Q-Q normality assessment based on residuals

  


  STRAIN MEANS (UNADJUSTED)
  
Select table page:
Strain Sex Mean SD N mice SEM CV Min, Max Z score
129S1/SvImJ f 0.105 0.0143   8 0.00504 0.136 0.0849, 0.124 0.28
129S1/SvImJ m 0.101 0.0177   8 0.00625 0.174 0.0807, 0.141 -0.17
A/J f 0.151 0.0285   8 0.0101 0.189 0.11, 0.186 2.71
A/J m 0.161 0.0227   8 0.00802 0.141 0.132, 0.201 2.79
AKR/J f 0.103 0.0184   8 0.00651 0.179 0.0766, 0.142 0.18
AKR/J m 0.0942 0.00828   8 0.00293 0.0879 0.0847, 0.11 -0.5
BALB/cByJ f 0.0894 0.0128   8 0.00454 0.144 0.0721, 0.109 -0.54
BALB/cByJ m 0.0786 0.0121   8 0.00427 0.154 0.0713, 0.107 -1.27
BALB/cJ f 0.0782 0.00763   10 0.00241 0.0976 0.0695, 0.094 -1.13
BALB/cJ m 0.0773 0.00632   10 0.002 0.0817 0.0699, 0.0884 -1.33
BTBR T+ Itpr3tf/J f 0.126 0.0201   8 0.00709 0.159 0.0792, 0.141 1.39
BTBR T+ Itpr3tf/J m 0.117 0.0212   8 0.00749 0.182 0.0927, 0.16 0.62
BUB/BnJ f 0.112 0.0366   7 0.0138 0.327 0.0715, 0.188 0.65
BUB/BnJ m 0.133 0.0218   8 0.00769 0.163 0.102, 0.167 1.41
C3H/HeJ f 0.113 0.0196   8 0.00691 0.172 0.0925, 0.143 0.71
C3H/HeJ m 0.116 0.0188   8 0.00664 0.162 0.085, 0.146 0.57
C57BL/10J f 0.0723 0.00678   8 0.0024 0.0938 0.0682, 0.0887 -1.45
C57BL/10J m 0.0866 0.0149   7 0.00563 0.172 0.0703, 0.11 -0.87
C57BL/6J f 0.0817 0.00734   7 0.00277 0.0897 0.0723, 0.095 -0.95
C57BL/6J m 0.0808 0.00516   13 0.00143 0.0639 0.0734, 0.0898 -1.16
C57BLKS/J f 0.0883 0.0143   11 0.00431 0.162 0.0685, 0.109 -0.6
C57BLKS/J m 0.104 0.0179   8 0.00634 0.172 0.0803, 0.127 -0.02
C57BR/cdJ f 0.0753 0.00859   6 0.00351 0.114 0.0663, 0.0914 -1.29
C57BR/cdJ m 0.0833 0.00952   8 0.00337 0.114 0.0688, 0.0972 -1.04
C57L/J f 0.0809 0.0104   8 0.00369 0.129 0.0722, 0.105 -0.99
C57L/J m 0.0941 0.00881   8 0.00312 0.0937 0.081, 0.113 -0.51
CBA/J f 0.0928 0.00879   8 0.00311 0.0947 0.0836, 0.109 -0.36
CBA/J m 0.0896 0.00685   8 0.00242 0.0764 0.0821, 0.101 -0.73
CE/J f 0.0958 0.0162   8 0.00574 0.169 0.0731, 0.121 -0.2
CE/J m 0.107 0.0178   9 0.00593 0.167 0.0736, 0.133 0.13
DBA/1J f 0.101 0.0154   10 0.00487 0.153 0.0768, 0.127 0.07
DBA/1J m 0.13 0.0105   8 0.00372 0.0809 0.115, 0.144 1.26
DBA/2J f 0.0903 0.0163   8 0.00575 0.18 0.0714, 0.11 -0.49
DBA/2J m 0.0999 0.0119   10 0.00375 0.119 0.0843, 0.115 -0.22
FVB/NJ f 0.0947 0.0166   8 0.00587 0.175 0.0737, 0.125 -0.26
FVB/NJ m 0.0908 0.00737   7 0.00278 0.0811 0.0836, 0.105 -0.67
I/LnJ f 0.12 0.0526   7 0.0199 0.439 0.0772, 0.212 1.07
I/LnJ m 0.136 0.0526   5 0.0235 0.386 0.0944, 0.208 1.56
KK/HlJ f 0.102 0.0183   8 0.00646 0.179 0.0783, 0.129 0.12
KK/HlJ m 0.113 0.0169   6 0.0069 0.15 0.0951, 0.138 0.42
LP/J f 0.0999 0.0137   8 0.00485 0.137 0.074, 0.116 0.01
LP/J m 0.0907 0.0113   8 0.00399 0.124 0.0744, 0.109 -0.67
NOD/ShiLtJ f 0.0764 0.00622   8 0.0022 0.0815 0.0682, 0.0864 -1.23
NOD/ShiLtJ m 0.0771 0.00912   8 0.00322 0.118 0.0693, 0.0968 -1.34
NON/ShiLtJ f 0.137 0.0327   8 0.0116 0.238 0.0969, 0.186 1.97
NON/ShiLtJ m 0.129 0.0177   8 0.00625 0.137 0.098, 0.151 1.21
NZW/LacJ f 0.094 0.00716   8 0.00253 0.0761 0.0857, 0.106 -0.3
NZW/LacJ m 0.103 0.0235   8 0.00833 0.228 0.0819, 0.14 -0.07
PL/J f 0.104 0.0139   8 0.00491 0.134 0.0812, 0.12 0.23
PL/J m 0.109 0.0174   8 0.00616 0.16 0.0739, 0.127 0.23
RIIIS/J f 0.0891 0.00959   8 0.00339 0.108 0.0701, 0.0998 -0.56
RIIIS/J m 0.0952 0.0147   8 0.00519 0.154 0.0741, 0.119 -0.45
SJL/J f 0.0939 0.0128   8 0.00453 0.136 0.0749, 0.111 -0.3
SJL/J m 0.0964 0.0176   8 0.00621 0.182 0.0777, 0.137 -0.39
SM/J f 0.094 0.00648   8 0.00229 0.0689 0.0792, 0.0986 -0.3
SM/J m 0.108 0.0233   8 0.00824 0.216 0.0882, 0.145 0.18
SWR/J f 0.129 0.0363   8 0.0128 0.281 0.0818, 0.17 1.55
SWR/J m 0.125 0.0244   9 0.00814 0.196 0.0923, 0.174 1.02


  LEAST SQUARES MEANS (MODEL-ADJUSTED)
Strain Sex Mean SEM UpperCL LowerCL
129S1/SvImJ f 0.1051 0.0065 0.1179 0.0923
129S1/SvImJ m 0.1015 0.0065 0.1142 0.0887
A/J f 0.1507 0.0065 0.1635 0.138
A/J m 0.1614 0.0065 0.1741 0.1486
AKR/J f 0.1026 0.0065 0.1154 0.0898
AKR/J m 0.0942 0.0065 0.1069 0.0814
BALB/cByJ f 0.0894 0.0065 0.1021 0.0766
BALB/cByJ m 0.0786 0.0065 0.0914 0.0658
BALB/cJ f 0.0782 0.0058 0.0896 0.0668
BALB/cJ m 0.0773 0.0058 0.0888 0.0659
BTBR T+ Itpr3tf/J f 0.1261 0.0065 0.1389 0.1134
BTBR T+ Itpr3tf/J m 0.1165 0.0065 0.1293 0.1037
BUB/BnJ f 0.1118 0.0069 0.1254 0.0981
BUB/BnJ m 0.1334 0.0065 0.1461 0.1206
C3H/HeJ f 0.1135 0.0065 0.1262 0.1007
C3H/HeJ m 0.116 0.0065 0.1288 0.1032
C57BL/10J f 0.0723 0.0065 0.085 0.0595
C57BL/10J m 0.0866 0.0069 0.1003 0.073
C57BL/6J f 0.0817 0.0069 0.0954 0.0681
C57BL/6J m 0.0808 0.0051 0.0908 0.0707
C57BLKS/J f 0.0883 0.0055 0.0992 0.0774
C57BLKS/J m 0.1042 0.0065 0.1169 0.0914
C57BR/cdJ f 0.0753 0.0075 0.09 0.0606
C57BR/cdJ m 0.0833 0.0065 0.0961 0.0705
C57L/J f 0.0809 0.0065 0.0937 0.0681
C57L/J m 0.0941 0.0065 0.1069 0.0813
CBA/J f 0.0928 0.0065 0.1056 0.0801
CBA/J m 0.0896 0.0065 0.1023 0.0768
CE/J f 0.0959 0.0065 0.1086 0.0831
CE/J m 0.1067 0.0061 0.1188 0.0947
DBA/1J f 0.101 0.0058 0.1125 0.0896
DBA/1J m 0.1299 0.0065 0.1426 0.1171
DBA/2J f 0.0903 0.0065 0.103 0.0775
DBA/2J m 0.0999 0.0058 0.1113 0.0884
FVB/NJ f 0.0947 0.0065 0.1074 0.0819
FVB/NJ m 0.0908 0.0069 0.1045 0.0771
I/LnJ f 0.1198 0.0069 0.1334 0.1061
I/LnJ m 0.1364 0.0082 0.1526 0.1202
KK/HlJ f 0.1019 0.0065 0.1146 0.0891
KK/HlJ m 0.1128 0.0075 0.1276 0.0981
LP/J f 0.0999 0.0065 0.1127 0.0872
LP/J m 0.0907 0.0065 0.1035 0.078
NOD/ShiLtJ f 0.0764 0.0065 0.0891 0.0636
NOD/ShiLtJ m 0.0771 0.0065 0.0899 0.0643
NON/ShiLtJ f 0.1374 0.0065 0.1501 0.1246
NON/ShiLtJ m 0.1289 0.0065 0.1416 0.1161
NZW/LacJ f 0.094 0.0065 0.1068 0.0813
NZW/LacJ m 0.1033 0.0065 0.1161 0.0905
PL/J f 0.1037 0.0065 0.1165 0.0909
PL/J m 0.1089 0.0065 0.1216 0.0961
RIIIS/J f 0.0891 0.0065 0.1019 0.0763
RIIIS/J m 0.0952 0.0065 0.108 0.0824
SJL/J f 0.094 0.0065 0.1067 0.0812
SJL/J m 0.0964 0.0065 0.1092 0.0837
SM/J f 0.094 0.0065 0.1068 0.0812
SM/J m 0.1077 0.0065 0.1205 0.0949
SWR/J f 0.1295 0.0065 0.1423 0.1167
SWR/J m 0.1249 0.0061 0.1369 0.1128


  LEAST SQUARES MEANS (MODEL-ADJUSTED), SEXES COMBINED
Strain Sex Mean SEM UpperCL LowerCL
129S1/SvImJ both 0.1033 0.0046 0.1123 0.0943
A/J both 0.1561 0.0046 0.1651 0.147
AKR/J both 0.0984 0.0046 0.1074 0.0893
BALB/cByJ both 0.084 0.0046 0.093 0.0749
BALB/cJ both 0.0778 0.0041 0.0858 0.0697
BTBR T+ Itpr3tf/J both 0.1213 0.0046 0.1304 0.1123
BUB/BnJ both 0.1226 0.0048 0.1319 0.1132
C3H/HeJ both 0.1147 0.0046 0.1238 0.1057
C57BL/10J both 0.0795 0.0048 0.0888 0.0701
C57BL/6J both 0.0812 0.0043 0.0897 0.0728
C57BLKS/J both 0.0962 0.0043 0.1046 0.0878
C57BR/cdJ both 0.0793 0.005 0.0891 0.0695
C57L/J both 0.0875 0.0046 0.0965 0.0785
CBA/J both 0.0912 0.0046 0.1002 0.0822
CE/J both 0.1013 0.0045 0.1101 0.0925
DBA/1J both 0.1155 0.0044 0.124 0.1069
DBA/2J both 0.0951 0.0044 0.1036 0.0865
FVB/NJ both 0.0927 0.0048 0.1021 0.0834
I/LnJ both 0.1281 0.0054 0.1387 0.1175
KK/HlJ both 0.1073 0.005 0.1171 0.0976
LP/J both 0.0953 0.0046 0.1044 0.0863
NOD/ShiLtJ both 0.0767 0.0046 0.0858 0.0677
NON/ShiLtJ both 0.1331 0.0046 0.1422 0.1241
NZW/LacJ both 0.0987 0.0046 0.1077 0.0896
PL/J both 0.1063 0.0046 0.1153 0.0972
RIIIS/J both 0.0922 0.0046 0.1012 0.0831
SJL/J both 0.0952 0.0046 0.1042 0.0862
SM/J both 0.1009 0.0046 0.1099 0.0918
SWR/J both 0.1272 0.0045 0.136 0.1184




  GWAS USING LINEAR MIXED MODELS