Project measure / variable:   Berndt2   inspiratory_saline

ID, description, units MPD:35114   inspiratory_saline   inspiratory phase   [s]  saline  
methacholine study
Data set, strains Berndt2   inbred   29 strains     sex: both     age: 9-12wks
Procedure plethysmography
Ontology mappings

  •   Or, add this measure to your collection.
       
  •     no folder
  •     put it in new folder  

  STRAIN COMPARISON PLOT
Dimensions Width:   px    Height:   px
Download Plot   
Visualization Options

Berndt2 - inspiratory phase saline



  MEASURE SUMMARY
Measure Summary FemaleMale
Number of strains tested29 strains29 strains
Mean of the strain means0.0855   s 0.0856   s
Median of the strain means0.0822   s 0.0820   s
SD of the strain means± 0.0117 ± 0.0139
Coefficient of variation (CV)0.136 0.162
Min–max range of strain means0.0702   –   0.112   s 0.0687   –   0.129   s
Mean sample size per strain8.0   mice 8.1   mice


  ANOVA, Q-Q NORMALITY ASSESSMENT
ANOVA summary      
FactorDFSum of squaresMean sum of squaresF valuep value (Pr>F)
sex 1 0.0 0.0 0.0018 0.966
strain 28 0.0678 0.0024 11.3363 < 0.0001
sex:strain 28 0.008 0.0003 1.3318 0.1231
Residuals 412 0.088 0.0002


Q-Q normality assessment based on residuals

  


  STRAIN MEANS (UNADJUSTED)
  
Select table page:
Strain Sex Mean SD N mice SEM CV Min, Max Z score
129S1/SvImJ f 0.0788 0.00806   8 0.00285 0.102 0.0699, 0.0919 -0.57
129S1/SvImJ m 0.082 0.0135   8 0.00476 0.164 0.0711, 0.112 -0.26
A/J f 0.0761 0.00591   8 0.00209 0.0777 0.0651, 0.0837 -0.81
A/J m 0.0736 0.00333   8 0.00118 0.0452 0.0687, 0.0789 -0.87
AKR/J f 0.0954 0.0293   8 0.0104 0.307 0.0706, 0.154 0.85
AKR/J m 0.104 0.0214   8 0.00756 0.205 0.0748, 0.137 1.32
BALB/cByJ f 0.0795 0.00911   8 0.00322 0.115 0.0673, 0.0934 -0.51
BALB/cByJ m 0.074 0.00452   8 0.0016 0.061 0.0659, 0.0799 -0.84
BALB/cJ f 0.0703 0.00778   10 0.00246 0.111 0.0617, 0.089 -1.3
BALB/cJ m 0.0705 0.00575   10 0.00182 0.0817 0.0637, 0.083 -1.09
BTBR T+ Itpr3tf/J f 0.0756 0.0146   8 0.00518 0.194 0.0674, 0.111 -0.85
BTBR T+ Itpr3tf/J m 0.0722 0.00384   8 0.00136 0.0533 0.0685, 0.079 -0.97
BUB/BnJ f 0.0955 0.0245   7 0.00926 0.256 0.0655, 0.135 0.86
BUB/BnJ m 0.102 0.0222   8 0.00785 0.219 0.0721, 0.127 1.18
C3H/HeJ f 0.0906 0.0125   8 0.00441 0.138 0.0773, 0.114 0.44
C3H/HeJ m 0.102 0.02   8 0.00706 0.196 0.0781, 0.127 1.18
C57BL/10J f 0.0702 0.00634   8 0.00224 0.0903 0.0629, 0.0833 -1.31
C57BL/10J m 0.0687 0.00452   7 0.00171 0.0658 0.0626, 0.0749 -1.22
C57BL/6J f 0.0774 0.00437   7 0.00165 0.0565 0.0697, 0.0821 -0.69
C57BL/6J m 0.0713 0.00582   13 0.00161 0.0817 0.0635, 0.0836 -1.03
C57BLKS/J f 0.0779 0.00781   11 0.00235 0.1 0.0686, 0.0969 -0.65
C57BLKS/J m 0.0722 0.00317   8 0.00112 0.0438 0.0665, 0.0767 -0.97
C57BR/cdJ f 0.0766 0.0082   6 0.00335 0.107 0.0679, 0.0878 -0.76
C57BR/cdJ m 0.0793 0.0106   8 0.00375 0.134 0.0679, 0.0958 -0.46
C57L/J f 0.0775 0.00469   8 0.00166 0.0606 0.0701, 0.0832 -0.69
C57L/J m 0.079 0.00911   8 0.00322 0.115 0.0705, 0.0973 -0.48
CBA/J f 0.0899 0.0163   8 0.00576 0.181 0.0705, 0.114 0.38
CBA/J m 0.0875 0.0172   8 0.00608 0.197 0.0687, 0.121 0.13
CE/J f 0.0766 0.0132   8 0.00466 0.172 0.0685, 0.108 -0.76
CE/J m 0.0809 0.0121   9 0.00403 0.15 0.0677, 0.106 -0.34
DBA/1J f 0.101 0.0192   10 0.00607 0.191 0.0787, 0.131 1.33
DBA/1J m 0.0963 0.021   8 0.00742 0.218 0.0737, 0.127 0.77
DBA/2J f 0.0826 0.0117   8 0.00413 0.142 0.0725, 0.101 -0.25
DBA/2J m 0.0869 0.0126   10 0.00398 0.145 0.0753, 0.107 0.09
FVB/NJ f 0.104 0.0247   8 0.00874 0.237 0.0667, 0.132 1.59
FVB/NJ m 0.0921 0.0166   7 0.00629 0.181 0.075, 0.115 0.46
I/LnJ f 0.0874 0.0129   7 0.00486 0.147 0.0728, 0.114 0.16
I/LnJ m 0.0814 0.00395   5 0.00176 0.0485 0.076, 0.0858 -0.31
KK/HlJ f 0.0822 0.00962   8 0.0034 0.117 0.0713, 0.104 -0.28
KK/HlJ m 0.0827 0.00937   6 0.00383 0.113 0.0726, 0.0945 -0.21
LP/J f 0.0962 0.0221   8 0.00782 0.23 0.0752, 0.141 0.92
LP/J m 0.0878 0.00896   8 0.00317 0.102 0.0746, 0.0987 0.15
NOD/ShiLtJ f 0.0857 0.014   8 0.00496 0.164 0.0642, 0.11 0.02
NOD/ShiLtJ m 0.0835 0.00927   8 0.00328 0.111 0.0715, 0.0968 -0.15
NON/ShiLtJ f 0.0996 0.0275   8 0.00971 0.276 0.0662, 0.151 1.21
NON/ShiLtJ m 0.0743 0.00416   8 0.00147 0.0559 0.0663, 0.0804 -0.82
NZW/LacJ f 0.112 0.0293   8 0.0104 0.263 0.0736, 0.153 2.27
NZW/LacJ m 0.129 0.0114   8 0.00402 0.0881 0.113, 0.148 3.12
PL/J f 0.078 0.0106   8 0.00373 0.135 0.0691, 0.0993 -0.64
PL/J m 0.0871 0.0121   8 0.00427 0.139 0.0659, 0.101 0.1
RIIIS/J f 0.0768 0.007   8 0.00248 0.0912 0.0659, 0.0857 -0.75
RIIIS/J m 0.082 0.0119   8 0.00421 0.145 0.0717, 0.109 -0.26
SJL/J f 0.0849 0.0121   8 0.00427 0.142 0.0719, 0.112 -0.05
SJL/J m 0.101 0.0229   8 0.0081 0.228 0.0753, 0.125 1.1
SM/J f 0.0721 0.00358   8 0.00126 0.0496 0.0676, 0.0786 -1.15
SM/J m 0.0734 0.00555   8 0.00196 0.0757 0.067, 0.0827 -0.88
SWR/J f 0.109 0.0302   8 0.0107 0.277 0.0757, 0.17 2.02
SWR/J m 0.107 0.02   9 0.00665 0.187 0.0805, 0.142 1.54


  LEAST SQUARES MEANS (MODEL-ADJUSTED)
Strain Sex Mean SEM UpperCL LowerCL
129S1/SvImJ f 0.0788 0.0052 0.089 0.0686
129S1/SvImJ m 0.082 0.0052 0.0922 0.0719
A/J f 0.0761 0.0052 0.0862 0.0659
A/J m 0.0736 0.0052 0.0837 0.0634
AKR/J f 0.0954 0.0052 0.1056 0.0853
AKR/J m 0.1041 0.0052 0.1143 0.094
BALB/cByJ f 0.0795 0.0052 0.0896 0.0693
BALB/cByJ m 0.074 0.0052 0.0842 0.0639
BALB/cJ f 0.0703 0.0046 0.0794 0.0612
BALB/cJ m 0.0705 0.0046 0.0796 0.0614
BTBR T+ Itpr3tf/J f 0.0756 0.0052 0.0857 0.0654
BTBR T+ Itpr3tf/J m 0.0722 0.0052 0.0823 0.062
BUB/BnJ f 0.0955 0.0055 0.1064 0.0847
BUB/BnJ m 0.1016 0.0052 0.1117 0.0914
C3H/HeJ f 0.0906 0.0052 0.1008 0.0805
C3H/HeJ m 0.1019 0.0052 0.1121 0.0917
C57BL/10J f 0.0702 0.0052 0.0804 0.0601
C57BL/10J m 0.0687 0.0055 0.0796 0.0578
C57BL/6J f 0.0774 0.0055 0.0883 0.0666
C57BL/6J m 0.0713 0.0041 0.0792 0.0633
C57BLKS/J f 0.0779 0.0044 0.0866 0.0692
C57BLKS/J m 0.0722 0.0052 0.0824 0.0621
C57BR/cdJ f 0.0766 0.006 0.0883 0.0648
C57BR/cdJ m 0.0793 0.0052 0.0895 0.0692
C57L/J f 0.0775 0.0052 0.0876 0.0673
C57L/J m 0.079 0.0052 0.0891 0.0688
CBA/J f 0.0899 0.0052 0.1001 0.0797
CBA/J m 0.0875 0.0052 0.0977 0.0774
CE/J f 0.0766 0.0052 0.0867 0.0664
CE/J m 0.0809 0.0049 0.0904 0.0713
DBA/1J f 0.1005 0.0046 0.1096 0.0914
DBA/1J m 0.0963 0.0052 0.1064 0.0861
DBA/2J f 0.0826 0.0052 0.0928 0.0725
DBA/2J m 0.0869 0.0046 0.0959 0.0778
FVB/NJ f 0.1043 0.0052 0.1145 0.0942
FVB/NJ m 0.0921 0.0055 0.1029 0.0812
I/LnJ f 0.0874 0.0055 0.0983 0.0766
I/LnJ m 0.0814 0.0065 0.0942 0.0685
KK/HlJ f 0.0822 0.0052 0.0923 0.072
KK/HlJ m 0.0827 0.006 0.0945 0.071
LP/J f 0.0962 0.0052 0.1063 0.086
LP/J m 0.0878 0.0052 0.098 0.0777
NOD/ShiLtJ f 0.0857 0.0052 0.0959 0.0756
NOD/ShiLtJ m 0.0835 0.0052 0.0937 0.0734
NON/ShiLtJ f 0.0996 0.0052 0.1098 0.0895
NON/ShiLtJ m 0.0743 0.0052 0.0845 0.0642
NZW/LacJ f 0.1118 0.0052 0.122 0.1016
NZW/LacJ m 0.129 0.0052 0.1392 0.1188
PL/J f 0.078 0.0052 0.0882 0.0679
PL/J m 0.0871 0.0052 0.0973 0.077
RIIIS/J f 0.0768 0.0052 0.087 0.0667
RIIIS/J m 0.082 0.0052 0.0922 0.0719
SJL/J f 0.0849 0.0052 0.0951 0.0747
SJL/J m 0.1006 0.0052 0.1108 0.0904
SM/J f 0.0721 0.0052 0.0822 0.0619
SM/J m 0.0734 0.0052 0.0835 0.0632
SWR/J f 0.1089 0.0052 0.119 0.0987
SWR/J m 0.1068 0.0049 0.1164 0.0973


  LEAST SQUARES MEANS (MODEL-ADJUSTED), SEXES COMBINED
Strain Sex Mean SEM UpperCL LowerCL
129S1/SvImJ both 0.0804 0.0037 0.0876 0.0732
A/J both 0.0748 0.0037 0.082 0.0676
AKR/J both 0.0998 0.0037 0.107 0.0926
BALB/cByJ both 0.0767 0.0037 0.0839 0.0696
BALB/cJ both 0.0704 0.0033 0.0768 0.064
BTBR T+ Itpr3tf/J both 0.0739 0.0037 0.081 0.0667
BUB/BnJ both 0.0985 0.0038 0.106 0.0911
C3H/HeJ both 0.0963 0.0037 0.1035 0.0891
C57BL/10J both 0.0695 0.0038 0.0769 0.062
C57BL/6J both 0.0743 0.0034 0.0811 0.0676
C57BLKS/J both 0.0751 0.0034 0.0818 0.0684
C57BR/cdJ both 0.0779 0.0039 0.0857 0.0702
C57L/J both 0.0782 0.0037 0.0854 0.071
CBA/J both 0.0887 0.0037 0.0959 0.0815
CE/J both 0.0787 0.0036 0.0857 0.0717
DBA/1J both 0.0984 0.0035 0.1052 0.0916
DBA/2J both 0.0847 0.0035 0.0915 0.0779
FVB/NJ both 0.0982 0.0038 0.1056 0.0908
I/LnJ both 0.0844 0.0043 0.0928 0.076
KK/HlJ both 0.0825 0.0039 0.0902 0.0747
LP/J both 0.092 0.0037 0.0992 0.0848
NOD/ShiLtJ both 0.0846 0.0037 0.0918 0.0774
NON/ShiLtJ both 0.087 0.0037 0.0941 0.0798
NZW/LacJ both 0.1204 0.0037 0.1276 0.1132
PL/J both 0.0826 0.0037 0.0898 0.0754
RIIIS/J both 0.0794 0.0037 0.0866 0.0722
SJL/J both 0.0928 0.0037 0.0999 0.0856
SM/J both 0.0727 0.0037 0.0799 0.0655
SWR/J both 0.1079 0.0036 0.1148 0.1009




  GWAS USING LINEAR MIXED MODELS