Project measure / variable:   Ackert1   BMD_M20

ID, description, units MPD:25013   BMD_M20   bone mineral density (BMD)   [g/cm2]  at age 20mo  
Data set, strains Ackert1   inbred   28 strains     sex: both     age: 87wks
Procedure DXA
Ontology mappings

  •   Or, add this measure to your collection.
       
  •     no folder
  •     put it in new folder  

  STRAIN COMPARISON PLOT
Dimensions Width:   px    Height:   px
Download Plot   
Visualization Options

Ackert1 - bone mineral density (BMD) at age 20mo



  MEASURE SUMMARY
Measure Summary FemaleMale
Number of strains tested28 strains26 strains
Mean of the strain means0.0574   g/cm2 0.0563   g/cm2
Median of the strain means0.0566   g/cm2 0.0560   g/cm2
SD of the strain means± 0.00675 ± 0.00573
Coefficient of variation (CV)0.118 0.102
Min–max range of strain means0.0467   –   0.0702   g/cm2 0.0470   –   0.0678   g/cm2
Mean sample size per strain7.0   mice 6.6   mice


  ANOVA, Q-Q NORMALITY ASSESSMENT
ANOVA summary      
FactorDFSum of squaresMean sum of squaresF valuep value (Pr>F)
sex 1 0.0001 0.0001 11.5821 0.0008
strain 27 0.0116 0.0004 33.6285 < 0.0001
sex:strain 27 0.0018 0.0001 5.3167 < 0.0001
Residuals 310 0.004 0.0


Q-Q normality assessment based on residuals

  


  STRAIN MEANS (UNADJUSTED)
  
Select table page:
Strain Sex Mean SD N mice SEM CV Min, Max Z score
129S1/SvImJ f 0.0649 0.00341   8 0.0012 0.0525 0.0603, 0.0707 1.11
129S1/SvImJ m 0.0601 0.00152   7 0.000574 0.0253 0.0579, 0.0621 0.67
A/J f 0.0469 0.0017   3 0.000984 0.0364 0.0449, 0.0479 -1.56
A/J m 0.047 0.00181   4 0.000905 0.0385 0.0454, 0.0496 -1.62
BALB/cByJ f 0.0562 0.00272   5 0.00122 0.0485 0.0521, 0.0583 -0.18
BALB/cByJ m 0.0521 0.00319   7 0.0012 0.0612 0.0475, 0.0561 -0.73
BTBR T+ Itpr3tf/J f 0.0559 0.00565   6 0.00231 0.101 0.0467, 0.0629 -0.22
BTBR T+ Itpr3tf/J m 0.0597 0.00104   3 0.000603 0.0175 0.059, 0.0609 0.6
BUB/BnJ f 0.0494 0.0042   8 0.00148 0.085 0.0417, 0.0551 -1.18
C3H/HeJ f 0.0616 0.00356   6 0.00145 0.0578 0.0577, 0.0676 0.62
C3H/HeJ m 0.0668 0.00363   8 0.00128 0.0544 0.0608, 0.0725 1.84
C57BL/10J f 0.0467 0.00277   8 0.000978 0.0593 0.0432, 0.0519 -1.59
C57BL/10J m 0.0505 0.00281   7 0.00106 0.0556 0.0451, 0.0532 -1.0
C57BL/6J f 0.051 0.00193   8 0.000682 0.0378 0.0478, 0.0543 -0.95
C57BL/6J m 0.0556 0.00392   7 0.00148 0.0705 0.0516, 0.0613 -0.11
C57BLKS/J f 0.0485 0.00142   7 0.000538 0.0294 0.0467, 0.0505 -1.32
C57BLKS/J m 0.0506 0.00248   7 0.000937 0.0489 0.0471, 0.0546 -0.99
C57BR/cdJ f 0.0625 0.00297   8 0.00105 0.0475 0.0578, 0.067 0.76
C57BR/cdJ m 0.0564 0.00415   8 0.00147 0.0735 0.0507, 0.0612 0.02
C57L/J f 0.0611 0.00413   8 0.00146 0.0676 0.0563, 0.0688 0.55
C57L/J m 0.0541 0.00196   7 0.00074 0.0362 0.0505, 0.057 -0.38
CBA/J f 0.0634 0.0024   8 0.000847 0.0378 0.0602, 0.0665 0.89
CBA/J m 0.0573 0.00248   8 0.000877 0.0433 0.0533, 0.0607 0.18
DBA/2J f 0.0505 0.00182   7 0.00069 0.0361 0.0476, 0.0531 -1.02
DBA/2J m 0.0532 0.00194   6 0.000791 0.0364 0.0498, 0.0554 -0.53
FVB/NJ f 0.0529 0.00636   6 0.0026 0.12 0.0456, 0.0631 -0.67
FVB/NJ m 0.0529 0.00308   5 0.00138 0.0582 0.0502, 0.0574 -0.59
KK/HlJ f 0.0642 0.00586   6 0.00239 0.0912 0.056, 0.0699 1.01
KK/HlJ m 0.0598 0.00538   7 0.00203 0.09 0.0547, 0.0704 0.62
LP/J f 0.0654 0.00315   8 0.00111 0.0481 0.0614, 0.0705 1.19
LP/J m 0.0678 0.00573   8 0.00202 0.0845 0.0608, 0.0764 2.01
MRL/MpJ f 0.0702 0.00735   4 0.00367 0.105 0.0609, 0.0772 1.9
MRL/MpJ m 0.0629 0.00526   4 0.00263 0.0838 0.0563, 0.0686 1.16
NOD.B10Sn-H2b/J f 0.059 0.00142   8 0.000501 0.024 0.0565, 0.0608 0.24
NOD.B10Sn-H2b/J m 0.0629 0.00237   5 0.00106 0.0377 0.0614, 0.0671 1.16
NON/ShiLtJ f 0.0593 0.00337   9 0.00112 0.0568 0.0551, 0.0628 0.28
NON/ShiLtJ m 0.0585 0.00523   8 0.00185 0.0895 0.052, 0.0659 0.39
NZO/HlLtJ f 0.0625 0.00479   5 0.00214 0.0767 0.0561, 0.0687 0.76
NZO/HlLtJ m 0.0607 0.00469   4 0.00235 0.0773 0.0549, 0.0659 0.77
NZW/LacJ f 0.0636 0.00406   8 0.00143 0.0638 0.0568, 0.0686 0.92
NZW/LacJ m 0.0637 0.00234   7 0.000883 0.0366 0.0603, 0.0674 1.3
P/J f 0.0507 0.00292   8 0.00103 0.0576 0.0457, 0.0538 -0.99
P/J m 0.0481 0.00222   6 0.000906 0.0462 0.0453, 0.052 -1.42
PL/J f 0.0538 0.0033   5 0.00147 0.0613 0.0505, 0.0577 -0.53
PWD/PhJ f 0.0571 0.00271   8 0.000957 0.0474 0.0527, 0.0603 -0.04
PWD/PhJ m 0.0496 0.00269   7 0.00102 0.0542 0.0454, 0.0531 -1.16
RIIIS/J f 0.0692 0.00603   8 0.00213 0.0871 0.0594, 0.0803 1.75
RIIIS/J m 0.0569 0.00232   8 0.000819 0.0407 0.0535, 0.06 0.11
SM/J f 0.0516 0.00252   8 0.000892 0.0489 0.0476, 0.0553 -0.86
SM/J m 0.0501 0.00258   8 0.000912 0.0515 0.046, 0.0536 -1.07
SWR/J f 0.0528 0.00173   4 0.000865 0.0328 0.0511, 0.0552 -0.68
SWR/J m 0.0529 0.000756   7 0.000286 0.0143 0.052, 0.0538 -0.59
WSB/EiJ f 0.0561 0.00475   8 0.00168 0.0847 0.0487, 0.0624 -0.19
WSB/EiJ m 0.0525 0.0029   6 0.00119 0.0553 0.0487, 0.0567 -0.66


  LEAST SQUARES MEANS (MODEL-ADJUSTED)
Strain Sex Mean SEM UpperCL LowerCL
129S1/SvImJ f 0.0649 0.0013 0.0673 0.0624
129S1/SvImJ m 0.0601 0.0014 0.0628 0.0575
A/J f 0.0469 0.0021 0.0509 0.0428
A/J m 0.047 0.0018 0.0505 0.0435
BALB/cByJ f 0.0562 0.0016 0.0593 0.053
BALB/cByJ m 0.0521 0.0014 0.0548 0.0494
BTBR T+ Itpr3tf/J f 0.0559 0.0015 0.0588 0.053
BTBR T+ Itpr3tf/J m 0.0597 0.0021 0.0638 0.0556
BUB/BnJ f 0.0494 0.0013 0.0519 0.0469
BUB/BnJ m 0.0537 0.0025 0.0586 0.0487
C3H/HeJ f 0.0616 0.0015 0.0644 0.0587
C3H/HeJ m 0.0668 0.0013 0.0693 0.0643
C57BL/10J f 0.0467 0.0013 0.0492 0.0442
C57BL/10J m 0.0505 0.0014 0.0532 0.0479
C57BL/6J f 0.051 0.0013 0.0535 0.0485
C57BL/6J m 0.0556 0.0014 0.0582 0.0529
C57BLKS/J f 0.0485 0.0014 0.0511 0.0458
C57BLKS/J m 0.0506 0.0014 0.0533 0.048
C57BR/cdJ f 0.0625 0.0013 0.065 0.06
C57BR/cdJ m 0.0564 0.0013 0.0589 0.0539
C57L/J f 0.0611 0.0013 0.0636 0.0586
C57L/J m 0.0541 0.0014 0.0567 0.0514
CBA/J f 0.0634 0.0013 0.0659 0.0609
CBA/J m 0.0573 0.0013 0.0598 0.0548
DBA/2J f 0.0505 0.0014 0.0532 0.0479
DBA/2J m 0.0532 0.0015 0.0561 0.0504
FVB/NJ f 0.053 0.0015 0.0558 0.0501
FVB/NJ m 0.0529 0.0016 0.056 0.0497
KK/HlJ f 0.0642 0.0015 0.0671 0.0613
KK/HlJ m 0.0598 0.0014 0.0625 0.0572
LP/J f 0.0654 0.0013 0.0679 0.0629
LP/J m 0.0678 0.0013 0.0703 0.0653
MRL/MpJ f 0.0702 0.0018 0.0737 0.0667
MRL/MpJ m 0.0628 0.0018 0.0664 0.0593
NOD.B10Sn-H2b/J f 0.059 0.0013 0.0615 0.0565
NOD.B10Sn-H2b/J m 0.0629 0.0016 0.0661 0.0598
NON/ShiLtJ f 0.0593 0.0012 0.0616 0.057
NON/ShiLtJ m 0.0585 0.0013 0.061 0.056
NZO/HlLtJ f 0.0625 0.0016 0.0656 0.0593
NZO/HlLtJ m 0.0608 0.0018 0.0643 0.0572
NZW/LacJ f 0.0636 0.0013 0.0661 0.0611
NZW/LacJ m 0.0637 0.0014 0.0664 0.0611
P/J f 0.0507 0.0013 0.0531 0.0482
P/J m 0.0481 0.0015 0.051 0.0452
PL/J f 0.0538 0.0016 0.057 0.0507
PL/J m 0.0524 0.0025 0.0574 0.0474
PWD/PhJ f 0.0571 0.0013 0.0596 0.0546
PWD/PhJ m 0.0496 0.0014 0.0522 0.0469
RIIIS/J f 0.0692 0.0013 0.0717 0.0667
RIIIS/J m 0.0569 0.0013 0.0594 0.0544
SM/J f 0.0516 0.0013 0.0541 0.0491
SM/J m 0.0501 0.0013 0.0526 0.0476
SWR/J f 0.0528 0.0018 0.0563 0.0493
SWR/J m 0.0529 0.0014 0.0556 0.0503
WSB/EiJ f 0.0561 0.0013 0.0585 0.0536
WSB/EiJ m 0.0525 0.0015 0.0554 0.0496


  LEAST SQUARES MEANS (MODEL-ADJUSTED), SEXES COMBINED
Strain Sex Mean SEM UpperCL LowerCL
129S1/SvImJ both 0.0625 0.0009 0.0643 0.0607
A/J both 0.0469 0.0014 0.0496 0.0442
BALB/cByJ both 0.0541 0.001 0.0562 0.0521
BTBR T+ Itpr3tf/J both 0.0578 0.0013 0.0603 0.0553
BUB/BnJ both 0.0515 0.0014 0.0543 0.0487
C3H/HeJ both 0.0642 0.001 0.0661 0.0623
C57BL/10J both 0.0486 0.0009 0.0504 0.0468
C57BL/6J both 0.0533 0.0009 0.0551 0.0515
C57BLKS/J both 0.0496 0.001 0.0514 0.0477
C57BR/cdJ both 0.0595 0.0009 0.0612 0.0577
C57L/J both 0.0576 0.0009 0.0594 0.0558
CBA/J both 0.0603 0.0009 0.0621 0.0586
DBA/2J both 0.0519 0.001 0.0538 0.0499
FVB/NJ both 0.0529 0.0011 0.055 0.0508
KK/HlJ both 0.062 0.001 0.064 0.06
LP/J both 0.0666 0.0009 0.0684 0.0648
MRL/MpJ both 0.0665 0.0013 0.069 0.064
NOD.B10Sn-H2b/J both 0.0609 0.001 0.063 0.0589
NON/ShiLtJ both 0.0589 0.0009 0.0606 0.0572
NZO/HlLtJ both 0.0616 0.0012 0.064 0.0592
NZW/LacJ both 0.0637 0.0009 0.0655 0.0618
P/J both 0.0494 0.001 0.0513 0.0475
PL/J both 0.0531 0.0015 0.0561 0.0502
PWD/PhJ both 0.0533 0.0009 0.0551 0.0515
RIIIS/J both 0.063 0.0009 0.0648 0.0613
SM/J both 0.0509 0.0009 0.0526 0.0491
SWR/J both 0.0528 0.0011 0.0551 0.0506
WSB/EiJ both 0.0543 0.001 0.0562 0.0524




  GWAS USING LINEAR MIXED MODELS