Project measure / variable:   Auwerx1   hdl_CD

ID, description, units MPD:111358   hdl_CD   blood HDL amount   [mmol/L]  CD  
high-fat diet study
Data set, strains Auwerx1   BXD w/par   54 strains     sex: m     age: 29wks
Procedure lipid profile
Ontology mappings

  •   Or, add this measure to your collection.
       
  •     no folder
  •     put it in new folder  

  STRAIN COMPARISON PLOT
Dimensions Width:   px    Height:   px
Download Plot   
Visualization Options

Auwerx1 - blood HDL amount CD



  MEASURE SUMMARY
Measure Summary Male
Number of strains tested54 strains
Mean of the strain means2.7777   mmol/L
Median of the strain means2.8167   mmol/L
SD of the strain means± 0.72646
Coefficient of variation (CV)0.2615
Min–max range of strain means1.31   –   4.525   mmol/L
Mean sample size per strain4.2   mice


  ANOVA, Q-Q NORMALITY ASSESSMENT
ANOVA summary      
FactorDFSum of squaresMean sum of squaresF valuep value (Pr>F)
strain 53 116.9927 2.2074 10.5942 < 0.0001
Residuals 174 36.2546 0.2084


Q-Q normality assessment based on residuals

  


  STRAIN MEANS (UNADJUSTED)
  
Select table page:
Strain Sex Mean SD N mice SEM CV Min, Max Z score
BXD1 m 2.87 0.34878   5 0.15598 0.1215 2.53, 3.46 0.13
BXD100 m 2.0533 0.02309   3 0.01333 0.0112 2.04, 2.08 -1.0
BXD101 m 3.3025 0.22603   4 0.11302 0.0684 3.0, 3.49 0.72
BXD12 m 2.806 0.11908   5 0.05325 0.0424 2.68, 2.98 0.04
BXD16 m 3.4825 0.10658   4 0.05329 0.0306 3.38, 3.63 0.97
BXD27 m 3.062 0.2545   5 0.11382 0.0831 2.72, 3.37 0.39
BXD32 m 2.856 0.28139   5 0.12584 0.0985 2.44, 3.09 0.11
BXD34 m 2.6375 0.16741   4 0.0837 0.0635 2.46, 2.84 -0.19
BXD39 m 2.322 0.63172   5 0.28251 0.2721 1.47, 3.11 -0.63
BXD40 m 2.5333 0.15948   3 0.09207 0.063 2.4, 2.71 -0.34
BXD43 m 2.26 0.2   3 0.11547 0.0885 2.06, 2.46 -0.71
BXD44 m 3.0057 1.8762   7 0.70915 0.6242 1.29, 5.31 0.31
BXD45 m 1.92 0.14883   5 0.06656 0.0775 1.75, 2.16 -1.18
BXD48 m 2.914 0.31934   5 0.14281 0.1096 2.58, 3.36 0.19
BXD48a m 1.756 0.13126   5 0.0587 0.0748 1.6, 1.95 -1.41
BXD49 m 2.805 0.40386   4 0.20193 0.144 2.35, 3.3 0.04
BXD50 m 3.205 0.22293   4 0.11147 0.0696 2.97, 3.45 0.59
BXD51 m 1.4633 0.19088   3 0.1102 0.1304 1.32, 1.68 -1.81
BXD53 m 2.4625 0.6661   4 0.33305 0.2705 1.49, 3.0 -0.43
BXD55 m 1.75 0.09301   5 0.04159 0.0531 1.65, 1.89 -1.41
BXD56 m 2.7267 0.35949   3 0.20755 0.1318 2.44, 3.13 -0.07
BXD6 m 2.555 0.39703   4 0.19852 0.1554 2.02, 2.89 -0.31
BXD60 m 4.525 0.3851   4 0.19255 0.0851 4.11, 5.04 2.41
BXD61 m 2.0967 0.0611   3 0.03528 0.0291 2.03, 2.15 -0.94
BXD62 m 3.7675 0.33955   4 0.16977 0.0901 3.46, 4.25 1.36
BXD63 m 2.8033 0.17786   3 0.10269 0.0634 2.61, 2.96 0.04
BXD64 m 2.8275 0.04573   4 0.02287 0.0162 2.78, 2.88 0.07
BXD65 m 3.4975 0.3324   4 0.1662 0.095 3.26, 3.99 0.99
BXD65a m 3.902 0.26883   5 0.12022 0.0689 3.62, 4.29 1.55
BXD65b m 3.9275 0.11442   4 0.05721 0.0291 3.77, 4.04 1.58
BXD66 m 3.728 0.22287   5 0.09967 0.0598 3.38, 3.91 1.31
BXD67 m 2.43 0.31686   4 0.15843 0.1304 2.18, 2.84 -0.48
BXD68 m 3.7167 0.39526   3 0.22821 0.1063 3.33, 4.12 1.29
BXD69 m 2.802 0.21277   5 0.09515 0.0759 2.56, 3.03 0.03
BXD70 m 1.61 0.19916   4 0.09958 0.1237 1.34, 1.82 -1.61
BXD71 m 3.5625 0.23991   4 0.11996 0.0673 3.25, 3.77 1.08
BXD73 m 1.315 0.1914   4 0.0957 0.1456 1.14, 1.58 -2.01
BXD73a m 1.31 0.33377   5 0.14926 0.2548 0.94, 1.65 -2.02
BXD73b m 2.964 0.33448   5 0.14959 0.1128 2.38, 3.22 0.26
BXD75 m 2.154 0.19047   5 0.08518 0.0884 1.9, 2.31 -0.86
BXD77 m 3.294 0.31848   5 0.14243 0.0967 2.95, 3.63 0.71
BXD79 m 2.936 0.11589   5 0.05183 0.0395 2.77, 3.09 0.22
BXD81 m 2.6875 0.36664   4 0.18332 0.1364 2.15, 2.96 -0.12
BXD83 m 2.9933 0.24338   3 0.14051 0.0813 2.73, 3.21 0.3
BXD84 m 3.32 0.30512   3 0.17616 0.0919 2.98, 3.57 0.75
BXD85 m 3.09 0.29292   5 0.131 0.0948 2.66, 3.32 0.43
BXD87 m 1.954 0.13939   5 0.06234 0.0713 1.77, 2.11 -1.13
BXD89 m 2.8 0.19408   4 0.09704 0.0693 2.61, 3.07 0.03
BXD90 m 3.5275 0.34082   4 0.17041 0.0966 3.17, 3.99 1.03
BXD95 m 3.72 0.52466   4 0.26233 0.141 3.02, 4.27 1.3
BXD98 m 2.9433 0.57839   3 0.33393 0.1965 2.29, 3.39 0.23
BXD99 m 3.31 0.14195   5 0.06348 0.0429 3.06, 3.41 0.73
C57BL/6J m 1.8075 0.57192   4 0.28596 0.3164 1.02, 2.39 -1.34
DBA/2J m 1.925 0.1561   4 0.07805 0.0811 1.7, 2.04 -1.17


  LEAST SQUARES MEANS (MODEL-ADJUSTED)
Strain Sex Mean SEM UpperCL LowerCL
BXD1 m 2.87 0.2041369594 3.2729033693 2.4670966307
BXD100 m 2.0533333333 0.2635396814 2.5734793465 1.5331873202
BXD101 m 3.3025 0.228232059 3.7529596611 2.8520403389
BXD12 m 2.806 0.2041369594 3.2089033693 2.4030966307
BXD16 m 3.4825 0.228232059 3.9329596611 3.0320403389
BXD27 m 3.062 0.2041369594 3.4649033693 2.6590966307
BXD32 m 2.856 0.2041369594 3.2589033693 2.4530966307
BXD34 m 2.6375 0.228232059 3.0879596611 2.1870403389
BXD39 m 2.322 0.2041369594 2.7249033693 1.9190966307
BXD40 m 2.5333333333 0.2635396814 3.0534793465 2.0131873202
BXD43 m 2.26 0.2635396814 2.7801460132 1.7398539868
BXD44 m 3.0057142857 0.1725272198 3.3462297825 2.6651987889
BXD45 m 1.92 0.2041369594 2.3229033693 1.5170966307
BXD48 m 2.914 0.2041369594 3.3169033693 2.5110966307
BXD48a m 1.756 0.2041369594 2.1589033693 1.3530966307
BXD49 m 2.805 0.228232059 3.2554596611 2.3545403389
BXD50 m 3.205 0.228232059 3.6554596611 2.7545403389
BXD51 m 1.4633333333 0.2635396814 1.9834793465 0.9431873202
BXD53 m 2.4625 0.228232059 2.9129596611 2.0120403389
BXD55 m 1.75 0.2041369594 2.1529033693 1.3470966307
BXD56 m 2.7266666667 0.2635396814 3.2468126798 2.2065206535
BXD6 m 2.555 0.228232059 3.0054596611 2.1045403389
BXD60 m 4.525 0.228232059 4.9754596611 4.0745403389
BXD61 m 2.0966666667 0.2635396814 2.6168126798 1.5765206535
BXD62 m 3.7675 0.228232059 4.2179596611 3.3170403389
BXD63 m 2.8033333333 0.2635396814 3.3234793465 2.2831873202
BXD64 m 2.8275 0.228232059 3.2779596611 2.3770403389
BXD65 m 3.4975 0.228232059 3.9479596611 3.0470403389
BXD65a m 3.902 0.2041369594 4.3049033693 3.4990966307
BXD65b m 3.9275 0.228232059 4.3779596611 3.4770403389
BXD66 m 3.728 0.2041369594 4.1309033693 3.3250966307
BXD67 m 2.43 0.228232059 2.8804596611 1.9795403389
BXD68 m 3.7166666667 0.2635396814 4.2368126798 3.1965206535
BXD69 m 2.802 0.2041369594 3.2049033693 2.3990966307
BXD70 m 1.61 0.228232059 2.0604596611 1.1595403389
BXD71 m 3.5625 0.228232059 4.0129596611 3.1120403389
BXD73 m 1.315 0.228232059 1.7654596611 0.8645403389
BXD73a m 1.31 0.2041369594 1.7129033693 0.9070966307
BXD73b m 2.964 0.2041369594 3.3669033693 2.5610966307
BXD75 m 2.154 0.2041369594 2.5569033693 1.7510966307
BXD77 m 3.294 0.2041369594 3.6969033693 2.8910966307
BXD79 m 2.936 0.2041369594 3.3389033693 2.5330966307
BXD81 m 2.6875 0.228232059 3.1379596611 2.2370403389
BXD83 m 2.9933333333 0.2635396814 3.5134793465 2.4731873202
BXD84 m 3.32 0.2635396814 3.8401460132 2.7998539868
BXD85 m 3.09 0.2041369594 3.4929033693 2.6870966307
BXD87 m 1.954 0.2041369594 2.3569033693 1.5510966307
BXD89 m 2.8 0.228232059 3.2504596611 2.3495403389
BXD90 m 3.5275 0.228232059 3.9779596611 3.0770403389
BXD95 m 3.72 0.228232059 4.1704596611 3.2695403389
BXD98 m 2.9433333333 0.2635396814 3.4634793465 2.4231873202
BXD99 m 3.31 0.2041369594 3.7129033693 2.9070966307
C57BL/6J m 1.8075 0.228232059 2.2579596611 1.3570403389
DBA/2J m 1.925 0.228232059 2.3754596611 1.4745403389




  GWAS USING LINEAR MIXED MODELS