Phenotype measure:   JaxCC1   pct_BASO

ID, description, units MPD:89210   pct_BASO   basophil differential (percent of total WBC)   [%]
Data set, strains JaxCC1   CC   18 strains     sex: both     age: 17-19wks
Procedure complete blood count
Ontology mappings

  STRAIN COMPARISON PLOT
Dimensions Width:   px    Height:   px
Download Plot   
Visualization Options

JaxCC1 - basophil differential (percent of total WBC)



  MEASURE SUMMARY
Measure Summary FemaleMale
Number of strains tested18 strains17 strains
Mean of the strain means0.31518   % 0.29382   %
Median of the strain means0.30834   % 0.3   %
SD of the strain means± 0.0601 ± 0.06605
Coefficient of variation (CV)0.1907 0.2248
Min–max range of strain means0.225   –   0.47143   % 0.18333   –   0.42   %
Mean sample size per strain5.7   mice 5.9   mice


  ANOVA, Q-Q NORMALITY ASSESSMENT
ANOVA summary      
FactorDFSum of squaresMean sum of squaresF valuep value (Pr>F)
sex 1 0.0182 0.0182 0.9281 0.3368
strain 16 0.3231 0.0202 1.0273 0.4307
sex:strain 16 0.4186 0.0262 1.3309 0.1839
Residuals 165 3.2439 0.0197


Q-Q normality assessment based on residuals

  


  STRAIN MEANS (UNADJUSTED)
Strain Sex Mean SD N mice SEM CV Min, Max Z score
CC002/UncJ f 0.3625 0.17678   8 0.0625 0.4877 0.1, 0.6 0.79
CC002/UncJ m 0.34 0.11402   5 0.05099 0.3353 0.2, 0.5 0.7
CC003/UncJ f 0.32 0.08367   5 0.03742 0.2615 0.2, 0.4 0.08
CC003/UncJ m 0.275 0.05   4 0.025 0.1818 0.2, 0.3 -0.28
CC004/TauUncJ f 0.26667 0.10328   6 0.04216 0.3873 0.1, 0.4 -0.81
CC004/TauUncJ m 0.4 0.1069   8 0.0378 0.2673 0.3, 0.6 1.61
CC006/TauUncJ f 0.26667 0.11547   3 0.06667 0.433 0.2, 0.4 -0.81
CC006/TauUncJ m 0.325 0.09574   4 0.04787 0.2946 0.2, 0.4 0.47
CC009/UncJ f 0.31667 0.17224   6 0.07032 0.5439 0.1, 0.5 0.02
CC009/UncJ m 0.3 0.13093   8 0.04629 0.4364 0.1, 0.5 0.09
CC010/GeniUncJ f 0.4 0.14142   4 0.07071 0.3536 0.3, 0.6 1.41
CC013/GeniUncJ f 0.25714 0.07868   7 0.02974 0.306 0.2, 0.4 -0.97
CC013/GeniUncJ m 0.3 5.268356063861754e-09   3 3.0416867916573813e-09 0.0 0.3, 0.3 0.09
CC017/UncJ f 0.3 0.12247   5 0.05477 0.4082 0.1, 0.4 -0.25
CC017/UncJ m 0.34 0.05477   5 0.02449 0.1611 0.3, 0.4 0.7
CC018/UncJ f 0.27143 0.11127   7 0.04206 0.4099 0.1, 0.4 -0.73
CC018/UncJ m 0.42 0.08367   5 0.03742 0.1992 0.3, 0.5 1.91
CC019/TauUncJ f 0.28333 0.16021   6 0.0654 0.5654 0.1, 0.5 -0.53
CC019/TauUncJ m 0.325 0.13887   8 0.0491 0.4273 0.2, 0.5 0.47
CC024/GeniUncJ f 0.26667 0.10328   6 0.04216 0.3873 0.1, 0.4 -0.81
CC024/GeniUncJ m 0.23333 0.12111   6 0.04944 0.519 0.1, 0.4 -0.92
CC025/GeniUncJ f 0.225 0.12583   4 0.06292 0.5592 0.1, 0.4 -1.5
CC025/GeniUncJ m 0.22 0.09189   10 0.02906 0.4177 0.1, 0.4 -1.12
CC026/GeniUncJ f 0.35714 0.12724   7 0.04809 0.3563 0.2, 0.6 0.7
CC026/GeniUncJ m 0.3 0.1   7 0.0378 0.3333 0.1, 0.4 0.09
CC032/GeniUncJ f 0.34 0.11402   5 0.05099 0.3353 0.2, 0.5 0.41
CC032/GeniUncJ m 0.28333 0.26394   6 0.10775 0.9316 0.1, 0.8 -0.16
CC040/TauUncJ f 0.47143 0.243   7 0.09184 0.5154 0.2, 0.9 2.6
CC040/TauUncJ m 0.225 0.15   4 0.075 0.6667 0.1, 0.4 -1.04
CC041/TauUncJ f 0.32857 0.243   7 0.09184 0.7396 0.1, 0.8 0.22
CC041/TauUncJ m 0.325 0.1488   8 0.05261 0.4579 0.1, 0.6 0.47
CC051/TauUncJ f 0.36 0.08944   5 0.04 0.2485 0.2, 0.4 0.75
CC051/TauUncJ m 0.18333 0.07528   6 0.03073 0.4106 0.1, 0.3 -1.67
CC068/TauUncJ f 0.28 0.21679   5 0.09695 0.7743 0.1, 0.6 -0.59
CC068/TauUncJ m 0.2 0.1   3 0.05774 0.5 0.1, 0.3 -1.42


  LEAST SQUARES MEANS (MODEL-ADJUSTED)
Strain Sex Mean SEM UpperCL LowerCL
CC002/UncJ f 0.3625 0.0496 0.4604 0.2646
CC002/UncJ m 0.34 0.0627 0.4638 0.2162
CC003/UncJ f 0.32 0.0627 0.4438 0.1962
CC003/UncJ m 0.275 0.0701 0.4134 0.1366
CC004/TauUncJ f 0.2667 0.0572 0.3797 0.1536
CC004/TauUncJ m 0.4 0.0496 0.4979 0.3021
CC006/TauUncJ f 0.2667 0.081 0.4265 0.1068
CC006/TauUncJ m 0.325 0.0701 0.4634 0.1866
CC009/UncJ f 0.3167 0.0572 0.4297 0.2036
CC009/UncJ m 0.3 0.0496 0.3979 0.2021
CC013/GeniUncJ f 0.2571 0.053 0.3618 0.1525
CC013/GeniUncJ m 0.3 0.081 0.4598 0.1402
CC017/UncJ f 0.3 0.0627 0.4238 0.1762
CC017/UncJ m 0.34 0.0627 0.4638 0.2162
CC018/UncJ f 0.2714 0.053 0.3761 0.1668
CC018/UncJ m 0.42 0.0627 0.5438 0.2962
CC019/TauUncJ f 0.2833 0.0572 0.3964 0.1703
CC019/TauUncJ m 0.325 0.0496 0.4229 0.2271
CC024/GeniUncJ f 0.2667 0.0572 0.3797 0.1536
CC024/GeniUncJ m 0.2333 0.0572 0.3464 0.1203
CC025/GeniUncJ f 0.225 0.0701 0.3634 0.0866
CC025/GeniUncJ m 0.22 0.0443 0.3075 0.1325
CC026/GeniUncJ f 0.3571 0.053 0.4618 0.2525
CC026/GeniUncJ m 0.3 0.053 0.4046 0.1954
CC032/GeniUncJ f 0.34 0.0627 0.4638 0.2162
CC032/GeniUncJ m 0.2833 0.0572 0.3964 0.1703
CC040/TauUncJ f 0.4714 0.053 0.5761 0.3668
CC040/TauUncJ m 0.225 0.0701 0.3634 0.0866
CC041/TauUncJ f 0.3286 0.053 0.4332 0.2239
CC041/TauUncJ m 0.325 0.0496 0.4229 0.2271
CC051/TauUncJ f 0.36 0.0627 0.4838 0.2362
CC051/TauUncJ m 0.1833 0.0572 0.2964 0.0703
CC068/TauUncJ f 0.28 0.0627 0.4038 0.1562
CC068/TauUncJ m 0.2 0.081 0.3598 0.0402


  LEAST SQUARES MEANS (MODEL-ADJUSTED), SEXES COMBINED
Strain Sex Mean SEM UpperCL LowerCL
CC002/UncJ both 0.3512 0.04 0.4302 0.2723
CC003/UncJ both 0.2975 0.047 0.3904 0.2046
CC004/TauUncJ both 0.3333 0.0379 0.4081 0.2586
CC006/TauUncJ both 0.2958 0.0535 0.4016 0.1901
CC009/UncJ both 0.3083 0.0379 0.3831 0.2336
CC013/GeniUncJ both 0.2786 0.0484 0.3741 0.1831
CC017/UncJ both 0.32 0.0443 0.4075 0.2325
CC018/UncJ both 0.3457 0.0411 0.4268 0.2647
CC019/TauUncJ both 0.3042 0.0379 0.3789 0.2294
CC024/GeniUncJ both 0.25 0.0405 0.3299 0.1701
CC025/GeniUncJ both 0.2225 0.0415 0.3044 0.1406
CC026/GeniUncJ both 0.3286 0.0375 0.4026 0.2546
CC032/GeniUncJ both 0.3117 0.0425 0.3955 0.2278
CC040/TauUncJ both 0.3482 0.0439 0.435 0.2615
CC041/TauUncJ both 0.3268 0.0363 0.3984 0.2551
CC051/TauUncJ both 0.2717 0.0425 0.3555 0.1878
CC068/TauUncJ both 0.24 0.0512 0.3411 0.1389




GWAS analysis not available: Strain panel must be either Inbred, HMDP, BXD, BXH, CXB, or AXB/BXA