Phenotype measure:   JaxCC1   iron

ID, description, units MPD:89182   iron   iron (plasma Fe)   [mg/dL]
Data set, strains JaxCC1   CC   18 strains     sex: both     age: 17-19wks
Procedure metabolic panel
Ontology mappings

  STRAIN COMPARISON PLOT
Dimensions Width:   px    Height:   px
Download Plot   
Visualization Options

JaxCC1 - iron (plasma Fe)



  MEASURE SUMMARY
Measure Summary FemaleMale
Number of strains tested18 strains17 strains
Mean of the strain means0.21063   mg/dL 0.19208   mg/dL
Median of the strain means0.22094   mg/dL 0.1955   mg/dL
SD of the strain means± 0.03339 ± 0.02643
Coefficient of variation (CV)0.1585 0.1376
Min–max range of strain means0.1175   –   0.25333   mg/dL 0.14   –   0.2405   mg/dL
Mean sample size per strain6.0   mice 5.8   mice


  ANOVA, Q-Q NORMALITY ASSESSMENT
ANOVA summary      
FactorDFSum of squaresMean sum of squaresF valuep value (Pr>F)
sex 1 0.0205 0.0205 24.7369 < 0.0001
strain 16 0.1113 0.007 8.4112 < 0.0001
sex:strain 16 0.0177 0.0011 1.3376 0.1797
Residuals 168 0.1389 0.0008


Q-Q normality assessment based on residuals

  


  STRAIN MEANS (UNADJUSTED)
  
Select table page:
Strain Sex Mean SD N mice SEM CV Min, Max Z score
CC002/UncJ f 0.195 0.01604   8 0.00566947 0.0822 0.18, 0.23 -0.47
CC002/UncJ m 0.158 0.02588   5 0.01158 0.1638 0.13, 0.19 -1.29
CC003/UncJ f 0.213 0.0313   5 0.014 0.1469 0.183, 0.259 0.07
CC003/UncJ m 0.1975 0.04183   4 0.02091 0.2118 0.158, 0.255 0.2
CC004/TauUncJ f 0.17713 0.03321   8 0.01174 0.1875 0.122, 0.218 -1.0
CC004/TauUncJ m 0.16333 0.03061   6 0.0125 0.1874 0.124, 0.19 -1.09
CC006/TauUncJ f 0.225 0.0495   2   0.035 0.22 0.19, 0.26 0.43
CC006/TauUncJ m 0.209 0.01983   7 0.00749603 0.0949 0.181, 0.236 0.64
CC009/UncJ f 0.191 0.02613   6 0.01067 0.1368 0.15, 0.216 -0.59
CC009/UncJ m 0.19425 0.01026   8 0.003629 0.0528 0.183, 0.213 0.08
CC010/GeniUncJ f 0.1175 0.03862   4 0.01931 0.3287 0.08, 0.17 -2.79
CC013/GeniUncJ f 0.22486 0.03261   7 0.01233 0.145 0.159, 0.26 0.43
CC013/GeniUncJ m 0.18167 0.02335   3 0.01348 0.1285 0.161, 0.207 -0.39
CC017/UncJ f 0.2458 0.02363   5 0.01057 0.0961 0.218, 0.277 1.05
CC017/UncJ m 0.1994 0.0277   5 0.01239 0.1389 0.161, 0.227 0.28
CC018/UncJ f 0.17157 0.03633   7 0.01373 0.2117 0.1, 0.219 -1.17
CC018/UncJ m 0.14 0.02086   4 0.01043 0.149 0.126, 0.171 -1.97
CC019/TauUncJ f 0.25333 0.0383   6 0.01563 0.1512 0.2, 0.31 1.28
CC019/TauUncJ m 0.23375 0.03378   8 0.01194 0.1445 0.19, 0.3 1.58
CC024/GeniUncJ f 0.22383 0.03195   6 0.01304 0.1427 0.191, 0.27 0.4
CC024/GeniUncJ m 0.17 0.02811   7 0.01063 0.1654 0.133, 0.207 -0.84
CC025/GeniUncJ f 0.186 0.04521   4 0.02261 0.2431 0.127, 0.237 -0.74
CC025/GeniUncJ m 0.20471 0.03909   7 0.01478 0.191 0.15, 0.266 0.48
CC026/GeniUncJ f 0.21314 0.03711   7 0.01403 0.1741 0.153, 0.26 0.08
CC026/GeniUncJ m 0.17714 0.02138   7 0.00808122 0.1207 0.15, 0.21 -0.57
CC032/GeniUncJ f 0.22 0.04075   6 0.01664 0.1852 0.18, 0.291 0.28
CC032/GeniUncJ m 0.1955 0.02499   6 0.0102 0.1278 0.166, 0.22 0.13
CC040/TauUncJ f 0.22286 0.02239   7 0.0084612 0.1005 0.189, 0.25 0.37
CC040/TauUncJ m 0.2225 0.005   4 0.0025 0.0225 0.22, 0.23 1.15
CC041/TauUncJ f 0.25 0.02582   7 0.009759 0.1033 0.22, 0.29 1.18
CC041/TauUncJ m 0.2405 0.02425   8 0.0085753 0.1009 0.2, 0.28 1.83
CC051/TauUncJ f 0.22188 0.02717   8 0.0096055 0.1224 0.19, 0.277 0.34
CC051/TauUncJ m 0.1825 0.00595819   6 0.00243242 0.0326 0.176, 0.191 -0.36
CC068/TauUncJ f 0.2394 0.02038   5 0.00911373 0.0851 0.215, 0.263 0.86
CC068/TauUncJ m 0.19567 0.01963   3 0.01133 0.1003 0.173, 0.207 0.14


  LEAST SQUARES MEANS (MODEL-ADJUSTED)
Strain Sex Mean SEM UpperCL LowerCL
CC002/UncJ f 0.195 0.0102 0.2151 0.1749
CC002/UncJ m 0.158 0.0129 0.1834 0.1326
CC003/UncJ f 0.213 0.0129 0.2384 0.1876
CC003/UncJ m 0.1975 0.0144 0.2259 0.1691
CC004/TauUncJ f 0.1771 0.0102 0.1972 0.1571
CC004/TauUncJ m 0.1633 0.0117 0.1865 0.1402
CC006/TauUncJ f 0.225 0.0203 0.2651 0.1849
CC006/TauUncJ m 0.209 0.0109 0.2305 0.1875
CC009/UncJ f 0.191 0.0117 0.2142 0.1678
CC009/UncJ m 0.1942 0.0102 0.2143 0.1742
CC013/GeniUncJ f 0.2249 0.0109 0.2463 0.2034
CC013/GeniUncJ m 0.1817 0.0166 0.2144 0.1489
CC017/UncJ f 0.2458 0.0129 0.2712 0.2204
CC017/UncJ m 0.1994 0.0129 0.2248 0.174
CC018/UncJ f 0.1716 0.0109 0.193 0.1501
CC018/UncJ m 0.14 0.0144 0.1684 0.1116
CC019/TauUncJ f 0.2533 0.0117 0.2765 0.2302
CC019/TauUncJ m 0.2337 0.0102 0.2538 0.2137
CC024/GeniUncJ f 0.2238 0.0117 0.247 0.2007
CC024/GeniUncJ m 0.17 0.0109 0.1915 0.1485
CC025/GeniUncJ f 0.186 0.0144 0.2144 0.1576
CC025/GeniUncJ m 0.2047 0.0109 0.2262 0.1833
CC026/GeniUncJ f 0.2131 0.0109 0.2346 0.1917
CC026/GeniUncJ m 0.1771 0.0109 0.1986 0.1557
CC032/GeniUncJ f 0.22 0.0117 0.2432 0.1968
CC032/GeniUncJ m 0.1955 0.0117 0.2187 0.1723
CC040/TauUncJ f 0.2229 0.0109 0.2443 0.2014
CC040/TauUncJ m 0.2225 0.0144 0.2509 0.1941
CC041/TauUncJ f 0.25 0.0109 0.2715 0.2285
CC041/TauUncJ m 0.2405 0.0102 0.2606 0.2204
CC051/TauUncJ f 0.2219 0.0102 0.2419 0.2018
CC051/TauUncJ m 0.1825 0.0117 0.2057 0.1593
CC068/TauUncJ f 0.2394 0.0129 0.2648 0.214
CC068/TauUncJ m 0.1957 0.0166 0.2284 0.1629


  LEAST SQUARES MEANS (MODEL-ADJUSTED), SEXES COMBINED
Strain Sex Mean SEM UpperCL LowerCL
CC002/UncJ both 0.1765 0.0082 0.1927 0.1603
CC003/UncJ both 0.2052 0.0096 0.2243 0.1862
CC004/TauUncJ both 0.1702 0.0078 0.1856 0.1549
CC006/TauUncJ both 0.217 0.0115 0.2398 0.1942
CC009/UncJ both 0.1926 0.0078 0.208 0.1773
CC013/GeniUncJ both 0.2033 0.0099 0.2228 0.1837
CC017/UncJ both 0.2226 0.0091 0.2406 0.2046
CC018/UncJ both 0.1558 0.009 0.1736 0.138
CC019/TauUncJ both 0.2435 0.0078 0.2589 0.2282
CC024/GeniUncJ both 0.1969 0.008 0.2127 0.1811
CC025/GeniUncJ both 0.1954 0.009 0.2131 0.1776
CC026/GeniUncJ both 0.1951 0.0077 0.2103 0.18
CC032/GeniUncJ both 0.2077 0.0083 0.2241 0.1914
CC040/TauUncJ both 0.2227 0.009 0.2405 0.2049
CC041/TauUncJ both 0.2452 0.0074 0.2599 0.2306
CC051/TauUncJ both 0.2022 0.0078 0.2175 0.1869
CC068/TauUncJ both 0.2175 0.0105 0.2383 0.1968




GWAS analysis not available: Strain panel must be either Inbred, HMDP, BXD, BXH, CXB, or AXB/BXA