Phenotype measure:   JaxCC1   BMD

ID, description, units MPD:89171   BMD   bone mineral density of whole body scan, head excluded   [g/cm2]
Data set, strains JaxCC1   CC   18 strains     sex: both     age: 13-15wks
Procedure DXA
Ontology mappings

  STRAIN COMPARISON PLOT
Dimensions Width:   px    Height:   px
Download Plot   
Visualization Options

JaxCC1 - bone mineral density of whole body scan, head excluded



  MEASURE SUMMARY
Measure Summary FemaleMale
Number of strains tested18 strains17 strains
Mean of the strain means0.04781   g/cm2 0.04895   g/cm2
Median of the strain means0.04607   g/cm2 0.0482   g/cm2
SD of the strain means± 0.00505326 ± 0.00500783
Coefficient of variation (CV)0.1057 0.1023
Min–max range of strain means0.04058   –   0.05739   g/cm2 0.04215   –   0.0589   g/cm2
Mean sample size per strain6.8   mice 7.3   mice


  ANOVA, Q-Q NORMALITY ASSESSMENT
ANOVA summary      
FactorDFSum of squaresMean sum of squaresF valuep value (Pr>F)
sex 1 0.0 0.0 0.0 0.995
strain 16 0.0055 0.0003 69.0934 < 0.0001
sex:strain 16 0.0003 0.0 4.0545 < 0.0001
Residuals 208 0.001 0.0


Q-Q normality assessment based on residuals

  


  STRAIN MEANS (UNADJUSTED)
  
Select table page:
Strain Sex Mean SD N mice SEM CV Min, Max Z score
CC002/UncJ f 0.05393 0.00123143   8 0.00043538 0.0228 0.0522, 0.0558 1.21
CC002/UncJ m 0.05234 0.00318531   7 0.00120393 0.0609 0.0486, 0.0568 0.68
CC003/UncJ f 0.0527 0.00180555   5 0.00080747 0.0343 0.0511, 0.0557 0.97
CC003/UncJ m 0.0512 0.00061644   4 0.00030822 0.012 0.0504, 0.0519 0.45
CC004/TauUncJ f 0.05371 0.00272629   8 0.00096389 0.0508 0.0503, 0.0585 1.17
CC004/TauUncJ m 0.04829 0.00171251   8 0.00060546 0.0355 0.046, 0.0509 -0.13
CC006/TauUncJ f 0.04462 0.0025786   4 0.0012893 0.0578 0.0411, 0.0466 -0.63
CC006/TauUncJ m 0.04471 0.00253007   8 0.00089451 0.0566 0.0401, 0.0472 -0.85
CC009/UncJ f 0.05303 0.00204712   8 0.00072377 0.0386 0.05, 0.0559 1.03
CC009/UncJ m 0.05725 0.00068243   8 0.00024128 0.0119 0.0566, 0.0587 1.66
CC010/GeniUncJ f 0.04058 0.00041473   5 0.00018547 0.0102 0.04, 0.041 -1.43
CC013/GeniUncJ f 0.05126 0.00261257   8 0.00092368 0.051 0.0478, 0.0548 0.68
CC013/GeniUncJ m 0.05415 0.00178979   4 0.00089489 0.0331 0.0521, 0.0557 1.04
CC017/UncJ f 0.04443 0.00142922   6 0.00058348 0.0322 0.0419, 0.0461 -0.67
CC017/UncJ m 0.0482 0.00108858   5 0.00048683 0.0226 0.0468, 0.0497 -0.15
CC018/UncJ f 0.05033 0.00255781   7 0.00096676 0.0508 0.0466, 0.0535 0.5
CC018/UncJ m 0.05227 0.00259982   7 0.00098264 0.0497 0.0488, 0.0557 0.66
CC019/TauUncJ f 0.04234 0.00308591   7 0.00116637 0.0729 0.0381, 0.0467 -1.08
CC019/TauUncJ m 0.04215 0.00172378   8 0.00060945 0.0409 0.0382, 0.0437 -1.36
CC024/GeniUncJ f 0.04547 0.00231496   7 0.00087497 0.0509 0.0417, 0.048 -0.46
CC024/GeniUncJ m 0.04691 0.00197299   8 0.00069756 0.0421 0.0431, 0.0496 -0.41
CC025/GeniUncJ f 0.04208 0.00100598   5 0.00044989 0.0239 0.0406, 0.0431 -1.13
CC025/GeniUncJ m 0.04382 0.00135876   10 0.00042968 0.031 0.0415, 0.0454 -1.02
CC026/GeniUncJ f 0.04455 0.00156296   8 0.00055259 0.0351 0.0412, 0.046 -0.65
CC026/GeniUncJ m 0.04661 0.00205109   8 0.00072517 0.044 0.0434, 0.05 -0.47
CC032/GeniUncJ f 0.0436 0.00233972   8 0.00082722 0.0537 0.0403, 0.0472 -0.83
CC032/GeniUncJ m 0.0446 0.00274799   8 0.00097156 0.0616 0.0408, 0.0482 -0.87
CC040/TauUncJ f 0.05066 0.00278462   8 0.00098451 0.055 0.0478, 0.0562 0.56
CC040/TauUncJ m 0.05244 0.00314211   7 0.00118761 0.0599 0.0478, 0.0572 0.7
CC041/TauUncJ f 0.05739 0.00387019   8 0.00136832 0.0674 0.0492, 0.0615 1.9
CC041/TauUncJ m 0.0589 0.00130931   8 0.00046291 0.0222 0.0565, 0.0603 1.99
CC051/TauUncJ f 0.04325 0.00243721   8 0.00086168 0.0564 0.0405, 0.0464 -0.9
CC051/TauUncJ m 0.04362 0.00091613   8 0.0003239 0.021 0.0423, 0.0447 -1.06
CC068/TauUncJ f 0.04668 0.003045   5 0.00136176 0.0652 0.0428, 0.0504 -0.22
CC068/TauUncJ m 0.0447 0.00119164   8 0.00042131 0.0267 0.043, 0.0469 -0.85


  LEAST SQUARES MEANS (MODEL-ADJUSTED)
Strain Sex Mean SEM UpperCL LowerCL
CC002/UncJ f 0.0539 0.0008 0.0555 0.0524
CC002/UncJ m 0.0523 0.0008 0.054 0.0507
CC003/UncJ f 0.0527 0.001 0.0547 0.0507
CC003/UncJ m 0.0512 0.0011 0.0534 0.049
CC004/TauUncJ f 0.0537 0.0008 0.0553 0.0522
CC004/TauUncJ m 0.0483 0.0008 0.0498 0.0467
CC006/TauUncJ f 0.0446 0.0011 0.0468 0.0424
CC006/TauUncJ m 0.0447 0.0008 0.0463 0.0432
CC009/UncJ f 0.053 0.0008 0.0546 0.0515
CC009/UncJ m 0.0572 0.0008 0.0588 0.0557
CC013/GeniUncJ f 0.0513 0.0008 0.0528 0.0497
CC013/GeniUncJ m 0.0542 0.0011 0.0563 0.052
CC017/UncJ f 0.0444 0.0009 0.0462 0.0426
CC017/UncJ m 0.0482 0.001 0.0502 0.0462
CC018/UncJ f 0.0503 0.0008 0.052 0.0487
CC018/UncJ m 0.0523 0.0008 0.0539 0.0506
CC019/TauUncJ f 0.0423 0.0008 0.044 0.0407
CC019/TauUncJ m 0.0422 0.0008 0.0437 0.0406
CC024/GeniUncJ f 0.0455 0.0008 0.0471 0.0438
CC024/GeniUncJ m 0.0469 0.0008 0.0485 0.0454
CC025/GeniUncJ f 0.0421 0.001 0.044 0.0401
CC025/GeniUncJ m 0.0438 0.0007 0.0452 0.0424
CC026/GeniUncJ f 0.0446 0.0008 0.0461 0.043
CC026/GeniUncJ m 0.0466 0.0008 0.0482 0.0451
CC032/GeniUncJ f 0.0436 0.0008 0.0451 0.0421
CC032/GeniUncJ m 0.0446 0.0008 0.0461 0.0431
CC040/TauUncJ f 0.0507 0.0008 0.0522 0.0491
CC040/TauUncJ m 0.0524 0.0008 0.0541 0.0508
CC041/TauUncJ f 0.0574 0.0008 0.0589 0.0558
CC041/TauUncJ m 0.0589 0.0008 0.0604 0.0574
CC051/TauUncJ f 0.0432 0.0008 0.0448 0.0417
CC051/TauUncJ m 0.0436 0.0008 0.0452 0.0421
CC068/TauUncJ f 0.0467 0.001 0.0486 0.0447
CC068/TauUncJ m 0.0447 0.0008 0.0462 0.0432


  LEAST SQUARES MEANS (MODEL-ADJUSTED), SEXES COMBINED
Strain Sex Mean SEM UpperCL LowerCL
CC002/UncJ both 0.0531 0.0006 0.0543 0.052
CC003/UncJ both 0.052 0.0007 0.0534 0.0505
CC004/TauUncJ both 0.051 0.0006 0.0521 0.0499
CC006/TauUncJ both 0.0447 0.0007 0.046 0.0433
CC009/UncJ both 0.0551 0.0006 0.0562 0.054
CC013/GeniUncJ both 0.0527 0.0007 0.054 0.0514
CC017/UncJ both 0.0463 0.0007 0.0476 0.045
CC018/UncJ both 0.0513 0.0006 0.0525 0.0501
CC019/TauUncJ both 0.0422 0.0006 0.0434 0.0411
CC024/GeniUncJ both 0.0462 0.0006 0.0473 0.0451
CC025/GeniUncJ both 0.043 0.0006 0.0442 0.0417
CC026/GeniUncJ both 0.0456 0.0006 0.0467 0.0445
CC032/GeniUncJ both 0.0441 0.0006 0.0452 0.043
CC040/TauUncJ both 0.0516 0.0006 0.0527 0.0504
CC041/TauUncJ both 0.0581 0.0006 0.0592 0.057
CC051/TauUncJ both 0.0434 0.0006 0.0445 0.0423
CC068/TauUncJ both 0.0457 0.0006 0.0469 0.0444




GWAS analysis not available: Strain panel must be either Inbred, HMDP, BXD, BXH, CXB, or AXB/BXA