Phenotype measure:   Lesage1   CD4_pos_CD8_neg_NKT_of_tot

ID, description, units MPD:63512   CD4_pos_CD8_neg_NKT_of_tot   percentage of splenic lymphocytes that are CD4+ NK T cells   [%]
Data set, strains Lesage1   CC w/par   65 strains     sex: both     age: 5-8wks
Procedure immune cell quantification
Ontology mappings

  STRAIN COMPARISON PLOT
Dimensions Width:   px    Height:   px
Download Plot   
Visualization Options

Lesage1 - percentage of splenic lymphocytes that are CD4+ NK T cells



  MEASURE SUMMARY
Measure Summary FemaleMale
Number of strains tested46 strains65 strains
Mean of the strain means0.48128   % 0.39537   %
Median of the strain means0.3375   % 0.2255   %
SD of the strain means± 0.57771 ± 0.49076
Coefficient of variation (CV)1.2004 1.2413
Min–max range of strain means0.0095   –   3.5   % 0.00766667   –   3.295   %
Mean sample size per strain2.2   mice 2.4   mice


  ANOVA, Q-Q NORMALITY ASSESSMENT
ANOVA summary      
FactorDFSum of squaresMean sum of squaresF valuep value (Pr>F)
sex 1 0.0411 0.0411 5.9575 0.0197
strain 12 4.799 0.3999 57.9539 < 0.0001
sex:strain 12 0.0943 0.0079 1.1388 0.3615
Residuals 36 0.2484 0.0069


Q-Q normality assessment based on residuals

  


  STRAIN MEANS (UNADJUSTED)
Strain Sex Mean SD N mice SEM CV Min, Max Z score
129S1/SvImJ f 0.759 0.14566   2   0.103 0.1919 0.656, 0.862 0.48
129S1/SvImJ m 0.752 0.23052   2   0.163 0.3065 0.589, 0.915 0.73
A/J f 0.863 0.08061   2   0.057 0.0934 0.806, 0.92 0.66
A/J m 0.7055 0.00636396   2   0.0045 0.009 0.701, 0.71 0.63
C57BL/6J f 1.165 0.07047   4 0.03524 0.0605 1.07, 1.24 1.18
C57BL/6J m 0.719 0.0   1   0.0 0.0 0.719, 0.719 0.66
CAST/EiJ f 0.0485 0.01768   2   0.0125 0.3645 0.036, 0.061 -0.75
CAST/EiJ m 0.0405 0.02051   2   0.0145 0.5063 0.026, 0.055 -0.72
CC008/Geni m 0.152 0.16005   3 0.09241 1.053 0.045, 0.336 -0.5
CC010/Geni f 0.727 0.01414   2   0.01 0.0195 0.717, 0.737 0.43
CC010/Geni m 0.707 0.0   1   0.0 0.0 0.707, 0.707 0.63
CC012/Geni f 0.341 0.05798   2   0.041 0.17 0.3, 0.382 -0.24
CC012/Geni m 0.294 0.07202   3 0.04158 0.245 0.211, 0.34 -0.21
CC013/Geni m 0.87133 0.1052   3 0.06074 0.1207 0.75, 0.937 0.97
CC016/Geni m 0.454 0.04629   3 0.02673 0.102 0.411, 0.503 0.12
CC020/Geni f 0.349 0.0   1   0.0 0.0 0.349, 0.349 -0.23
CC020/Geni m 0.44 0.12445   2   0.088 0.2828 0.352, 0.528 0.09
CC023/Geni m 0.29567 0.111   3 0.06409 0.3754 0.185, 0.407 -0.2
CC024/Geni f 0.2465 0.02475   2   0.0175 0.1004 0.229, 0.264 -0.41
CC024/Geni m 0.077 0.0   1   0.0 0.0 0.077, 0.077 -0.65
CC025/Geni f 0.03133 0.00665833   3 0.00384419 0.2125 0.024, 0.037 -0.78
CC026/Geni m 0.317 0.03132   3 0.01808 0.0988 0.296, 0.353 -0.16
CC027/Geni f 3.5 0.0   1   0.0 0.0 3.5, 3.5 5.23
CC027/Geni m 3.295 0.55861   2   0.395 0.1695 2.9, 3.69 5.91
CC030/Geni f 0.4845 0.08273   2   0.0585 0.1708 0.426, 0.543 0.01
CC031/Geni f 0.107 0.0   1   0.0 0.0 0.107, 0.107 -0.65
CC031/Geni m 0.094 0.00565685   2   0.004 0.0602 0.09, 0.098 -0.61
CC032/Geni m 0.18667 0.01762   3 0.01017 0.0944 0.176, 0.207 -0.43
CC033/Geni f 0.089 0.01212   3 0.007 0.1362 0.076, 0.1 -0.68
CC038/Geni f 0.071 0.03111   2   0.022 0.4382 0.049, 0.093 -0.71
CC038/Geni m 0.056 0.0   1   0.0 0.0 0.056, 0.056 -0.69
CC042/Geni m 0.03967 0.00208167   3 0.00120185 0.0525 0.038, 0.042 -0.72
CC043/Geni m 0.12667 0.01914   3 0.01105 0.1511 0.111, 0.148 -0.55
CC056/Geni f 0.288 0.0   1   0.0 0.0 0.288, 0.288 -0.33
CC056/Geni m 0.3915 0.01344   2   0.0095 0.0343 0.382, 0.401 -0.01
CC061/Geni m 0.17667 0.04168   3 0.02406 0.2359 0.14, 0.222 -0.45
CIV2_FE f 0.182 0.03176   3 0.01834 0.1745 0.155, 0.217 -0.52
DET3_GA m 0.12633 0.01365   3 0.00788106 0.1081 0.117, 0.142 -0.55
DONNELL_HA f 0.131 0.00848528   2   0.006 0.0648 0.125, 0.137 -0.61
DONNELL_HA m 0.11667 0.01595   3 0.00920748 0.1367 0.099, 0.13 -0.57
FIV_AC m 0.019 0.01225   4 0.00612372 0.6446 0.01, 0.037 -0.77
FUF_HE f 0.35733 0.03089   3 0.01784 0.0865 0.339, 0.393 -0.21
GALASUPREME_CE m 0.21567 0.01026   3 0.00592546 0.0476 0.207, 0.227 -0.37
GIT_GC f 0.334 0.0   1   0.0 0.0 0.334, 0.334 -0.25
GIT_GC m 0.2255 0.00636396   2   0.0045 0.0282 0.221, 0.23 -0.35
HAX2_EF f 0.363 0.04678   3 0.02701 0.1289 0.309, 0.391 -0.2
HAZ_FE f 0.155 0.0   1   0.0 0.0 0.155, 0.155 -0.56
HAZ_FE m 0.1825 0.02899   2   0.0205 0.1589 0.162, 0.203 -0.43
HIP_GA f 0.824 0.0   1   0.0 0.0 0.824, 0.824 0.59
HIP_GA m 0.6945 0.14213   2   0.1005 0.2046 0.594, 0.795 0.61
HOE_GC f 1.27 0.0   1   0.0 0.0 1.27, 1.27 1.37
HOE_GC m 0.938 0.10182   2   0.072 0.1086 0.866, 1.01 1.11
JUD_EF m 0.89 0.15129   4 0.07564 0.17 0.748, 1.06 1.01
KAV_AF f 1.245 0.12021   2   0.085 0.0966 1.16, 1.33 1.32
KAV_AF m 1.12 0.0   1   0.0 0.0 1.12, 1.12 1.48
LAM_DC f 0.095 0.0   1   0.0 0.0 0.095, 0.095 -0.67
LAM_DC m 0.121 0.0   1   0.0 0.0 0.121, 0.121 -0.56
LAT_HD f 0.1754 0.03832   5 0.01714 0.2185 0.135, 0.218 -0.53
LAT_HD m 0.1225 0.02192   2   0.0155 0.1789 0.107, 0.138 -0.56
LAX_FC m 0.2815 0.04879   2   0.0345 0.1733 0.247, 0.316 -0.23
LEL_FH m 0.435 0.0891   2   0.063 0.2048 0.372, 0.498 0.08
LIP_BG f 0.6105 0.11042   4 0.05521 0.1809 0.484, 0.753 0.22
LIP_BG m 0.405 0.0   1   0.0 0.0 0.405, 0.405 0.02
LIV_DA f 0.263 0.0   1   0.0 0.0 0.263, 0.263 -0.38
LIV_DA m 0.1635 0.01626   2   0.0115 0.0995 0.152, 0.175 -0.47
LOD_AE f 0.55233 0.05493   3 0.03171 0.0995 0.489, 0.587 0.12
LOM_BG m 0.00766667 0.0023094   3 0.00133333 0.3012 0.005, 0.009 -0.79
LOT_FC f 0.61833 0.07705   3 0.04449 0.1246 0.543, 0.697 0.24
LOT_FC m 0.331 0.03818   2   0.027 0.1154 0.304, 0.358 -0.13
LOX_GF m 0.47533 0.03781   3 0.02183 0.0795 0.446, 0.518 0.16
LUF_AD m 0.5652 0.15867   5 0.07096 0.2807 0.342, 0.713 0.35
LUG_EH m 0.12233 0.01002   3 0.00578312 0.0819 0.111, 0.13 -0.56
LUS_AH f 0.042 0.001   3 0.00057735 0.0238 0.041, 0.043 -0.76
LUV_DG m 0.33325 0.03675   4 0.01838 0.1103 0.3, 0.385 -0.13
LUZ_FH f 1.195 0.13435   2   0.095 0.1124 1.1, 1.29 1.24
LUZ_FH m 1.41 0.0   1   0.0 0.0 1.41, 1.41 2.07
MERCURI_HF m 0.14167 0.01201   3 0.00693622 0.0848 0.13, 0.154 -0.52
NOD/ShiLtJ f 0.578 0.00141421   2   0.001 0.0024 0.577, 0.579 0.17
NOD/ShiLtJ m 0.5425 0.00777817   2   0.0055 0.0143 0.537, 0.548 0.3
NZO/HlLtJ f 0.552 0.12728   2   0.09 0.2306 0.462, 0.642 0.12
NZO/HlLtJ m 0.457 0.15274   2   0.108 0.3342 0.349, 0.565 0.13
PAT_CD m 0.26467 0.02444   3 0.01411 0.0923 0.238, 0.286 -0.27
PEF_EC f 0.24667 0.03066   3 0.0177 0.1243 0.218, 0.279 -0.41
PEF_EC m 0.20133 0.04359   3 0.02517 0.2165 0.151, 0.227 -0.4
POH_DC f 0.59767 0.13964   3 0.08062 0.2336 0.438, 0.697 0.2
PWK/PhJ f 0.0095 0.00070711   2   0.0005 0.0744 0.009, 0.01 -0.82
PWK/PhJ m 0.015 0.0   2   0.0 0.0 0.015, 0.015 -0.78
SEH_AH f 0.645 0.0   1   0.0 0.0 0.645, 0.645 0.28
SEH_AH m 0.786 0.0   1   0.0 0.0 0.786, 0.786 0.8
STUCKY_HF f 0.31833 0.0778   3 0.04492 0.2444 0.232, 0.383 -0.28
STUCKY_HF m 0.171 0.0   1   0.0 0.0 0.171, 0.171 -0.46
VIT_ED f 0.05 0.008   3 0.0046188 0.16 0.042, 0.058 -0.75
VUX2_HF m 0.20733 0.03386   3 0.01955 0.1633 0.183, 0.246 -0.38
WAD f 0.038 0.00519615   3 0.003 0.1367 0.032, 0.041 -0.77
WSB/EiJ f 0.892 0.29416   2   0.208 0.3298 0.684, 1.1 0.71
WSB/EiJ m 0.9125 0.02475   2   0.0175 0.0271 0.895, 0.93 1.05
XAD8_BG f 0.018 0.0   1   0.0 0.0 0.018, 0.018 -0.8
XAD8_BG m 0.01433 0.00057735   3 0.00033333 0.0403 0.014, 0.015 -0.78
XAH3_GH m 0.095 0.01539   3 0.00888819 0.1621 0.082, 0.112 -0.61
XAS4_AF m 1.3133 0.09866   3 0.05696 0.0751 1.2, 1.38 1.87
XAV_AH m 0.064 0.01572   3 0.00907377 0.2456 0.047, 0.078 -0.68
XAW2_CD m 0.091 0.0198   2   0.014 0.2176 0.077, 0.105 -0.62
XEB2_AG f 0.13033 0.01206   3 0.0069602 0.0925 0.119, 0.143 -0.61
XEB2_AG m 0.103 0.00655744   3 0.00378594 0.0637 0.096, 0.109 -0.6
XEB_AF f 0.0385 0.01485   2   0.0105 0.3857 0.028, 0.049 -0.77
XEB_AF m 0.04 0.0   1   0.0 0.0 0.04, 0.04 -0.72
XEQ_EH m 0.283 0.03176   3 0.01834 0.1122 0.248, 0.31 -0.23
XXEN2_DC m 0.20667 0.02579   3 0.01489 0.1248 0.178, 0.228 -0.38
XXEN3_DC f 0.542 0.0   1   0.0 0.0 0.542, 0.542 0.11
XXEN3_DC m 0.236 0.0   1   0.0 0.0 0.236, 0.236 -0.32
YOX_DE m 0.061 0.002   3 0.0011547 0.0328 0.059, 0.063 -0.68


  LEAST SQUARES MEANS (MODEL-ADJUSTED)
Strain Sex Mean SEM UpperCL LowerCL
129S1/SvImJ f 0.759 0.0587 0.8781 0.6399
129S1/SvImJ m 0.752 0.0587 0.8711 0.6329
A/J f 0.863 0.0587 0.9821 0.7439
A/J m 0.7055 0.0587 0.8246 0.5864
CAST/EiJ f 0.0485 0.0587 0.1676 -0.0706
CAST/EiJ m 0.0405 0.0587 0.1596 -0.0786
CC012/Geni f 0.341 0.0587 0.4601 0.2219
CC012/Geni m 0.294 0.048 0.3913 0.1967
DONNELL_HA f 0.131 0.0587 0.2501 0.0119
DONNELL_HA m 0.1167 0.048 0.2139 0.0194
LAT_HD f 0.1754 0.0371 0.2507 0.1001
LAT_HD m 0.1225 0.0587 0.2416 0.0034
LOT_FC f 0.6183 0.048 0.7156 0.5211
LOT_FC m 0.331 0.0587 0.4501 0.2119
NOD/ShiLtJ f 0.578 0.0587 0.6971 0.4589
NOD/ShiLtJ m 0.5425 0.0587 0.6616 0.4234
NZO/HlLtJ f 0.552 0.0587 0.6711 0.4329
NZO/HlLtJ m 0.457 0.0587 0.5761 0.3379
PEF_EC f 0.2467 0.048 0.3439 0.1494
PEF_EC m 0.2013 0.048 0.2986 0.1041
PWK/PhJ f 0.0095 0.0587 0.1286 -0.1096
PWK/PhJ m 0.015 0.0587 0.1341 -0.1041
WSB/EiJ f 0.892 0.0587 1.0111 0.7729
WSB/EiJ m 0.9125 0.0587 1.0316 0.7934
XEB2_AG f 0.1303 0.048 0.2276 0.0331
XEB2_AG m 0.103 0.048 0.2003 0.0057


  LEAST SQUARES MEANS (MODEL-ADJUSTED), SEXES COMBINED
Strain Sex Mean SEM UpperCL LowerCL
129S1/SvImJ both 0.7555 0.0415 0.8397 0.6713
A/J both 0.7842 0.0415 0.8685 0.7
CAST/EiJ both 0.0445 0.0415 0.1287 -0.0397
CC012/Geni both 0.3175 0.0379 0.3944 0.2406
DONNELL_HA both 0.1238 0.0379 0.2007 0.0469
LAT_HD both 0.1489 0.0348 0.2194 0.0785
LOT_FC both 0.4747 0.0379 0.5516 0.3978
NOD/ShiLtJ both 0.5602 0.0415 0.6445 0.476
NZO/HlLtJ both 0.5045 0.0415 0.5887 0.4203
PEF_EC both 0.224 0.0339 0.2928 0.1552
PWK/PhJ both 0.0123 0.0415 0.0965 -0.072
WSB/EiJ both 0.9022 0.0415 0.9865 0.818
XEB2_AG both 0.1167 0.0339 0.1854 0.0479




GWAS analysis not available: Strain panel must be either Inbred, HMDP, BXD, BXH, CKB, or AXBBXA