Project measure / variable:   HMDPpheno4   cue_vel

ID, description, units MPD:46862   cue_vel   cued fear, velocity, day 3   [cm/s]  cue  
Data set, strains HMDPpheno4   HMDP w/par   94 strains     sex: m     age: 10wks
Procedure fear conditioning test
Ontology mappings

  •   Or, add this measure to your collection.
       
  •     no folder
  •     put it in new folder  

  STRAIN COMPARISON PLOT
Dimensions Width:   px    Height:   px
Download Plot   
Visualization Options

HMDPpheno4 - cued fear, velocity, day 3 cue



  MEASURE SUMMARY
Measure Summary Male
Number of strains tested94 strains
Mean of the strain means0.745   cm/s
Median of the strain means0.693   cm/s
SD of the strain means± 0.280
Coefficient of variation (CV)0.376
Min–max range of strain means0.260   –   2.05   cm/s
Mean sample size per strain7.3   mice


  ANOVA, Q-Q NORMALITY ASSESSMENT
ANOVA summary      
FactorDFSum of squaresMean sum of squaresF valuep value (Pr>F)
strain 93 49.9285 0.5369 2.139 < 0.0001
Residuals 593 148.8362 0.251


Q-Q normality assessment based on residuals

  


  STRAIN MEANS (UNADJUSTED)
  
Select table page:
Strain Sex Mean SD N mice SEM CV Min, Max Z score
129X1/SvJ m 0.58 0.13   4 0.0648 0.223 0.46, 0.72 -0.59
A/J m 0.776 0.216   5 0.0967 0.279 0.55, 1.05 0.11
AKR/J m 1.07 0.0853   8 0.0301 0.0798 0.93, 1.2 1.16
AXB10/PgnJ m 0.547 0.157   3 0.0906 0.287 0.37, 0.67 -0.71
AXB12/PgnJ m 0.863 0.262   8 0.0928 0.304 0.58, 1.43 0.42
AXB13/PgnJ m 0.879 0.0995   8 0.0352 0.113 0.77, 1.04 0.48
AXB15/PgnJ m 0.48 0.27   7 0.102 0.563 0.1, 0.78 -0.94
AXB19a/PgnJ m 0.28 0.161   4 0.0803 0.574 0.09, 0.48 -1.66
AXB19/PgnJ m 0.455 0.304   15 0.0786 0.669 0.01, 1.23 -1.03
AXB1/PgnJ m 0.605 0.22   8 0.0778 0.364 0.35, 0.97 -0.5
AXB23/PgnJ m 0.493 0.112   4 0.0559 0.227 0.38, 0.62 -0.9
AXB24/PgnJ m 0.638 0.233   6 0.095 0.364 0.36, 0.96 -0.38
AXB2/PgnJ m 0.723 0.213   8 0.0753 0.295 0.46, 1.13 -0.08
AXB4/PgnJ m 0.325 0.138   4 0.0691 0.425 0.15, 0.45 -1.5
AXB5/PgnJ m 0.526 0.315   8 0.111 0.599 0.15, 1.16 -0.78
AXB6/PgnJ m 0.783 0.288   9 0.096 0.368 0.33, 1.21 0.14
AXB8/PgnJ m 0.479 0.148   7 0.0561 0.31 0.3, 0.72 -0.95
B6cC3-1/KccJ m 0.699 0.387   7 0.146 0.554 0.15, 1.29 -0.16
BALB/cJ m 0.985 0.43   12 0.124 0.436 0.33, 1.7 0.86
BTBR T+ Itpr3tf/J m 0.811 0.257   8 0.091 0.317 0.49, 1.14 0.24
BUB/BnJ m 0.93 0.518   3 0.299 0.557 0.34, 1.31 0.66
BXA12/PgnJ m 0.687 0.164   7 0.062 0.239 0.38, 0.85 -0.21
BXA13/PgnJ m 0.874 0.256   10 0.0811 0.293 0.25, 1.15 0.46
BXA14/PgnJ m 0.859 0.424   10 0.134 0.493 0.25, 1.38 0.41
BXA16/PgnJ m 0.756 0.205   7 0.0775 0.271 0.36, 0.91 0.04
BXA1/PgnJ m 0.677 0.284   3 0.164 0.419 0.47, 1.0 -0.24
BXA24/PgnJ m 2.05 2.8   6 1.14 1.37 0.2, 6.1 4.65
BXA25/PgnJ m 0.444 0.294   8 0.104 0.662 0.14, 0.84 -1.07
BXA26/PgnJ m 0.871 0.173   8 0.0612 0.199 0.69, 1.19 0.45
BXA2/PgnJ m 0.469 0.134   8 0.0473 0.285 0.32, 0.69 -0.98
BXA4/PgnJ m 0.527 0.117   8 0.0412 0.221 0.42, 0.68 -0.78
BXA7/PgnJ m 0.739 0.277   8 0.0978 0.375 0.24, 1.03 -0.02
BXA8/PgnJ m 0.566 0.196   8 0.0694 0.347 0.27, 0.89 -0.64
BXD11/TyJ m 0.48 0.252   5 0.113 0.525 0.14, 0.74 -0.94
BXD12/TyJ m 0.566 0.396   8 0.14 0.698 0.14, 1.21 -0.64
BXD13/TyJ m 0.703 0.291   4 0.146 0.414 0.33, 1.0 -0.15
BXD14/TyJ m 0.514 0.258   8 0.0911 0.502 0.31, 1.03 -0.82
BXD15/TyJ m 0.678 0.296   6 0.121 0.436 0.34, 1.22 -0.24
BXD16/TyJ m 0.613 0.293   6 0.119 0.477 0.22, 1.02 -0.47
BXD18/TyJ m 0.776 0.233   7 0.0882 0.301 0.45, 1.22 0.11
BXD19/TyJ m 0.589 0.152   7 0.0574 0.258 0.29, 0.76 -0.56
BXD1/TyJ m 0.487 0.25   7 0.0944 0.512 0.3, 1.02 -0.92
BXD20/TyJ m 0.75 0.237   8 0.0837 0.316 0.51, 1.24 0.02
BXD21/TyJ m 0.557 0.0999   6 0.0408 0.18 0.37, 0.67 -0.67
BXD24/TyJ m 0.518 0.157   4 0.0786 0.304 0.29, 0.64 -0.81
BXD27/TyJ m 0.614 0.218   8 0.0771 0.355 0.3, 0.92 -0.47
BXD28/TyJ m 0.26 0.106   4 0.0528 0.406 0.15, 0.4 -1.73
BXD29-Tlr4lps-2J/J m 0.577 0.163   7 0.0616 0.282 0.3, 0.81 -0.6
BXD2/TyJ m 0.617 0.109   4 0.0547 0.177 0.51, 0.77 -0.46
BXD31/TyJ m 0.767 0.121   4 0.0605 0.158 0.64, 0.92 0.08
BXD32/TyJ m 0.78 0.106   5 0.0473 0.136 0.64, 0.91 0.13
BXD33/TyJ m 0.45 0.135   3 0.0781 0.301 0.31, 0.58 -1.05
BXD34/TyJ m 0.632 0.286   8 0.101 0.452 0.14, 0.91 -0.4
BXD36/TyJ m 1.51 2.43   8 0.857 1.6 0.5, 7.51 2.73
BXD38/TyJ m 0.495 0.116   8 0.0411 0.235 0.31, 0.7 -0.89
BXD39/TyJ m 1.27 1.12   9 0.372 0.876 0.1, 2.8 1.87
BXD40/TyJ m 1.67 1.8   8 0.635 1.08 0.28, 4.56 3.3
BXD42/TyJ m 0.952 0.348   9 0.116 0.365 0.59, 1.66 0.74
BXD5/TyJ m 0.634 0.159   7 0.0599 0.25 0.47, 0.91 -0.4
BXD6/TyJ m 0.759 0.257   7 0.0971 0.339 0.22, 1.01 0.05
BXD8/TyJ m 0.6 0.259   8 0.0915 0.431 0.31, 1.13 -0.52
BXD9/TyJ m 0.519 0.248   8 0.0877 0.478 0.22, 0.88 -0.81
BXH10/TyJ m 0.718 0.196   10 0.0621 0.273 0.35, 0.9 -0.1
BXH14/TyJ m 0.617 0.177   9 0.059 0.287 0.39, 0.83 -0.46
BXH19/TyJ m 0.573 0.277   14 0.074 0.483 0.2, 1.38 -0.61
BXH20/KccJ m 1.06 0.366   6 0.15 0.345 0.82, 1.8 1.12
BXH22/KccJ m 0.817 0.182   9 0.0608 0.223 0.54, 1.14 0.26
BXH2/TyJ m 0.603 0.231   15 0.0597 0.384 0.29, 1.04 -0.51
BXH4/TyJ m 0.824 0.199   7 0.0751 0.241 0.51, 1.07 0.28
BXH6/TyJ m 0.91 0.269   8 0.095 0.295 0.44, 1.12 0.59
BXH7/TyJ m 0.53 0.0781   3 0.0451 0.147 0.48, 0.62 -0.77
BXH8/TyJ m 0.558 0.112   6 0.0456 0.2 0.37, 0.67 -0.67
BXH9/TyJ m 0.98 0.408   5 0.183 0.417 0.35, 1.32 0.84
C3H/HeJ m 0.591 0.0936   8 0.0331 0.158 0.42, 0.76 -0.55
C57BL/6J m 0.578 0.0999   12 0.0288 0.173 0.44, 0.79 -0.59
C57L/J m 1.04 0.324   8 0.114 0.311 0.58, 1.49 1.05
C58/J m 1.38 0.44   8 0.156 0.32 0.77, 2.03 2.27
CAST/EiJ m 1.07 0.184   3 0.107 0.172 0.87, 1.23 1.16
CBA/J m 0.623 0.15   11 0.0454 0.242 0.34, 0.83 -0.43
CE/J m 0.802 0.382   4 0.191 0.477 0.49, 1.36 0.2
DBA/2J m 0.838 0.18   12 0.0521 0.215 0.49, 1.03 0.33
FVB/NJ m 0.964 0.23   12 0.0665 0.239 0.57, 1.39 0.78
KK/HlJ m 0.807 0.453   7 0.171 0.562 0.22, 1.52 0.22
LG/J m 1.08 0.181   3 0.104 0.167 0.89, 1.25 1.2
LP/J m 0.657 0.339   11 0.102 0.516 0.28, 1.3 -0.31
MA/MyJ m 0.86 0.196   4 0.0981 0.228 0.69, 1.1 0.41
NOD/ShiLtJ m 1.09 0.416   8 0.147 0.382 0.39, 1.69 1.23
NON/ShiLtJ m 0.84 0.106   7 0.0399 0.126 0.71, 1.01 0.34
NZB/BlNJ m 0.64 0.106   7 0.0402 0.166 0.53, 0.8 -0.37
NZW/LacJ m 0.748 0.157   4 0.0787 0.21 0.6, 0.97 0.01
PL/J m 1.18 0.128   4 0.0638 0.109 0.99, 1.26 1.55
SEA/GnJ m 0.606 0.113   7 0.0428 0.187 0.42, 0.78 -0.49
SM/J m 0.719 0.238   16 0.0596 0.332 0.32, 1.15 -0.09
SWR/J m 0.924 0.167   11 0.0505 0.181 0.64, 1.32 0.64


  LEAST SQUARES MEANS (MODEL-ADJUSTED)
Strain Sex Mean SEM UpperCL LowerCL
129X1/SvJ m 0.58 0.2505 1.072 0.088
A/J m 0.776 0.224 1.216 0.336
AKR/J m 1.0688 0.1771 1.4166 0.7209
AXB10/PgnJ m 0.5467 0.2892 1.1147 0.0
AXB12/PgnJ m 0.8625 0.1771 1.2104 0.5146
AXB13/PgnJ m 0.8787 0.1771 1.2266 0.5309
AXB15/PgnJ m 0.48 0.1894 0.8519 0.1081
AXB19a/PgnJ m 0.28 0.2505 0.772 0.0
AXB19/PgnJ m 0.4547 0.1294 0.7087 0.2006
AXB1/PgnJ m 0.605 0.1771 0.9529 0.2571
AXB23/PgnJ m 0.4925 0.2505 0.9845 0.0005
AXB24/PgnJ m 0.6383 0.2045 1.04 0.2366
AXB2/PgnJ m 0.7225 0.1771 1.0704 0.3746
AXB4/PgnJ m 0.325 0.2505 0.817 0.0
AXB5/PgnJ m 0.5263 0.1771 0.8741 0.1784
AXB6/PgnJ m 0.7833 0.167 1.1113 0.4554
AXB8/PgnJ m 0.4786 0.1894 0.8505 0.1067
B6cC3-1/KccJ m 0.6986 0.1894 1.0705 0.3267
BALB/cJ m 0.985 0.1446 1.269 0.701
BTBR T+ Itpr3tf/J m 0.8113 0.1771 1.1591 0.4634
BUB/BnJ m 0.93 0.2892 1.4981 0.3619
BXA12/PgnJ m 0.6871 0.1894 1.059 0.3153
BXA13/PgnJ m 0.874 0.1584 1.1851 0.5629
BXA14/PgnJ m 0.859 0.1584 1.1701 0.5479
BXA16/PgnJ m 0.7557 0.1894 1.1276 0.3838
BXA1/PgnJ m 0.6767 0.2892 1.2447 0.1086
BXA24/PgnJ m 2.0533 0.2045 2.455 1.6516
BXA25/PgnJ m 0.4437 0.1771 0.7916 0.0959
BXA26/PgnJ m 0.8713 0.1771 1.2191 0.5234
BXA2/PgnJ m 0.4687 0.1771 0.8166 0.1209
BXA4/PgnJ m 0.5275 0.1771 0.8754 0.1796
BXA7/PgnJ m 0.7387 0.1771 1.0866 0.3909
BXA8/PgnJ m 0.5663 0.1771 0.9141 0.2184
BXD11/TyJ m 0.48 0.224 0.92 0.04
BXD12/TyJ m 0.5663 0.1771 0.9141 0.2184
BXD13/TyJ m 0.7025 0.2505 1.1945 0.2105
BXD14/TyJ m 0.5138 0.1771 0.8616 0.1659
BXD15/TyJ m 0.6783 0.2045 1.08 0.2766
BXD16/TyJ m 0.6133 0.2045 1.015 0.2116
BXD18/TyJ m 0.7757 0.1894 1.1476 0.4038
BXD19/TyJ m 0.5886 0.1894 0.9605 0.2167
BXD1/TyJ m 0.4871 0.1894 0.859 0.1153
BXD20/TyJ m 0.75 0.1771 1.0979 0.4021
BXD21/TyJ m 0.5567 0.2045 0.9584 0.155
BXD24/TyJ m 0.5175 0.2505 1.0095 0.0255
BXD27/TyJ m 0.6138 0.1771 0.9616 0.2659
BXD28/TyJ m 0.26 0.2505 0.752 0.0
BXD29-Tlr4lps-2J/J m 0.5771 0.1894 0.949 0.2053
BXD2/TyJ m 0.6175 0.2505 1.1095 0.1255
BXD31/TyJ m 0.7675 0.2505 1.2595 0.2755
BXD32/TyJ m 0.78 0.224 1.22 0.34
BXD33/TyJ m 0.45 0.2892 1.0181 0.0
BXD34/TyJ m 0.6325 0.1771 0.9804 0.2846
BXD36/TyJ m 1.515 0.1771 1.8629 1.1671
BXD38/TyJ m 0.495 0.1771 0.8429 0.1471
BXD39/TyJ m 1.2744 0.167 1.6024 0.9465
BXD40/TyJ m 1.6663 0.1771 2.0141 1.3184
BXD42/TyJ m 0.9522 0.167 1.2802 0.6242
BXD5/TyJ m 0.6343 0.1894 1.0062 0.2624
BXD6/TyJ m 0.7586 0.1894 1.1305 0.3867
BXD8/TyJ m 0.6 0.1771 0.9479 0.2521
BXD9/TyJ m 0.5188 0.1771 0.8666 0.1709
BXH10/TyJ m 0.718 0.1584 1.0291 0.4069
BXH14/TyJ m 0.6167 0.167 0.9446 0.2887
BXH19/TyJ m 0.5729 0.1339 0.8358 0.3099
BXH20/KccJ m 1.06 0.2045 1.4617 0.6583
BXH22/KccJ m 0.8167 0.167 1.1446 0.4887
BXH2/TyJ m 0.6027 0.1294 0.8567 0.3486
BXH4/TyJ m 0.8243 0.1894 1.1962 0.4524
BXH6/TyJ m 0.91 0.1771 1.2579 0.5621
BXH7/TyJ m 0.53 0.2892 1.0981 0.0
BXH8/TyJ m 0.5583 0.2045 0.96 0.1566
BXH9/TyJ m 0.98 0.224 1.42 0.54
C3H/HeJ m 0.5913 0.1771 0.9391 0.2434
C57BL/6J m 0.5775 0.1446 0.8615 0.2935
C57L/J m 1.04 0.1771 1.3879 0.6921
C58/J m 1.3762 0.1771 1.7241 1.0284
CAST/EiJ m 1.0733 0.2892 1.6414 0.5053
CBA/J m 0.6227 0.1511 0.9194 0.3261
CE/J m 0.8025 0.2505 1.2945 0.3105
DBA/2J m 0.8375 0.1446 1.1215 0.5535
FVB/NJ m 0.9642 0.1446 1.2482 0.6801
KK/HlJ m 0.8071 0.1894 1.179 0.4353
LG/J m 1.08 0.2892 1.6481 0.5119
LP/J m 0.6573 0.1511 0.9539 0.3606
MA/MyJ m 0.86 0.2505 1.352 0.368
NOD/ShiLtJ m 1.0888 0.1771 1.4366 0.7409
NON/ShiLtJ m 0.84 0.1894 1.2119 0.4681
NZB/BlNJ m 0.64 0.1894 1.0119 0.2681
NZW/LacJ m 0.7475 0.2505 1.2395 0.2555
PL/J m 1.175 0.2505 1.667 0.683
SEA/GnJ m 0.6057 0.1894 0.9776 0.2338
SM/J m 0.7194 0.1252 0.9654 0.4734
SWR/J m 0.9236 0.1511 1.2203 0.627




  GWAS USING LINEAR MIXED MODELS