Phenotype measure:   Paigen1   free_to_est

ID, description, units MPD:2929   free_to_est   hepatic cholesterol concentration (free to esterified ratio)   [ratio]
high-fat diet study
Data set, strains Paigen1   inbred   43 strains     sex: both     age: 15-19wks
Procedure lipid profile
Ontology mappings

  STRAIN COMPARISON PLOT
Dimensions Width:   px    Height:   px
Download Plot   
Visualization Options

Paigen1 - hepatic cholesterol concentration (free to esterified ratio)



  MEASURE SUMMARY
Measure Summary FemaleMale
Number of strains tested43 strains42 strains
Mean of the strain means0.204   ratio 0.278   ratio
Median of the strain means0.158   ratio 0.207   ratio
SD of the strain means± 0.186 ± 0.317
Coefficient of variation (CV)0.914 1.14
Min–max range of strain means0.0817   –   1.32   ratio 0.0660   –   2.17   ratio
Mean sample size per strain5.7   mice 5.6   mice


  ANOVA, Q-Q NORMALITY ASSESSMENT
ANOVA summary      
FactorDFSum of squaresMean sum of squaresF valuep value (Pr>F)
sex 1 0.4878 0.4878 34.4059 < 0.0001
strain 41 21.9221 0.5347 37.713 < 0.0001
sex:strain 41 2.7477 0.067 4.7268 < 0.0001
Residuals 393 5.5718 0.0142


Q-Q normality assessment based on residuals

  


  STRAIN MEANS (UNADJUSTED)
Strain Sex Mean SD N mice SEM CV Min, Max Z score
129S1/SvImJ f 0.123 0.0561   6 0.0229 0.455 0.04, 0.2 -0.43
129S1/SvImJ m 0.165 0.0758   6 0.031 0.46 0.1, 0.31 -0.36
A/J f 0.228 0.195   6 0.0798 0.856 0.09, 0.5 0.13
A/J m 0.528 0.243   5 0.108 0.459 0.23, 0.89 0.79
AKR/J f 0.177 0.0695   6 0.0284 0.393 0.12, 0.27 -0.14
AKR/J m 0.343 0.0408   6 0.0167 0.119 0.3, 0.41 0.2
BALB/cJ f 0.102 0.0211   9 0.00703 0.206 0.08, 0.13 -0.55
BALB/cJ m 0.277 0.156   6 0.0635 0.563 0.11, 0.57 0.0
BPH/2J f 0.156 0.0422   5 0.0189 0.27 0.1, 0.21 -0.26
BPH/2J m 0.178 0.0567   5 0.0254 0.319 0.1, 0.24 -0.32
BPL/1J f 0.198 0.0749   6 0.0306 0.378 0.11, 0.32 -0.03
BPL/1J m 0.266 0.131   5 0.0584 0.491 0.17, 0.49 -0.04
BPN/3J f 0.152 0.0327   5 0.0146 0.215 0.12, 0.2 -0.28
BPN/3J m 0.397 0.182   6 0.0745 0.46 0.24, 0.67 0.38
BTBR T+ Itpr3tf/J f 0.187 0.0643   3 0.0371 0.344 0.14, 0.26 -0.09
BTBR T+ Itpr3tf/J m 0.219 0.126   7 0.0477 0.578 0.14, 0.49 -0.19
C3H/HeJ f 0.16 0.0141   5 0.00632 0.0884 0.14, 0.17 -0.23
C3H/HeJ m 0.215 0.0762   8 0.0269 0.354 0.15, 0.33 -0.2
C57BL/10J f 0.24 0.0812   4 0.0406 0.339 0.14, 0.32 0.2
C57BL/10J m 0.136 0.0399   7 0.0151 0.294 0.09, 0.2 -0.45
C57BL/6J f 0.136 0.0387   7 0.0146 0.285 0.09, 0.2 -0.36
C57BL/6J m 0.153 0.0197   6 0.00803 0.128 0.13, 0.17 -0.39
C57BLKS/J f 0.112 0.0268   5 0.012 0.24 0.07, 0.14 -0.49
C57BLKS/J m 0.187 0.0638   6 0.026 0.342 0.1, 0.29 -0.29
C57BR/cdJ f 0.23 0.157   7 0.0594 0.683 0.11, 0.52 0.14
C57BR/cdJ m 0.216 0.0483   5 0.0216 0.223 0.18, 0.29 -0.2
C57L/J f 0.16 0.0306   7 0.0115 0.191 0.12, 0.2 -0.23
C57L/J m 0.3 0.06   6 0.0245 0.2 0.23, 0.39 0.07
C58/J f 0.12 0.0308   5 0.0138 0.257 0.1, 0.17 -0.45
C58/J m 0.173 0.0547   6 0.0223 0.315 0.11, 0.24 -0.33
CAST/EiJ f 0.158 0.0343   6 0.014 0.217 0.11, 0.21 -0.25
CAST/EiJ m 0.29 0.119   5 0.0534 0.412 0.1, 0.41 0.04
CBA/J f 0.295 0.0914   6 0.0373 0.31 0.14, 0.38 0.49
CBA/J m 0.342 0.117   6 0.0478 0.343 0.15, 0.51 0.2
CE/J f 0.105 0.00577   4 0.00289 0.055 0.1, 0.11 -0.53
CE/J m 0.587 0.318   6 0.13 0.541 0.23, 1.1 0.97
CZECHII/EiJ f 0.273 0.0929   4 0.0464 0.341 0.18, 0.4 0.37
CZECHII/EiJ m 0.188 0.0164   5 0.00735 0.0874 0.17, 0.21 -0.28
DBA/1J f 0.263 0.0824   7 0.0311 0.313 0.18, 0.39 0.32
DBA/1J m 0.344 0.115   5 0.0514 0.334 0.26, 0.54 0.21
DBA/2J f 0.343 0.0455   6 0.0186 0.132 0.26, 0.37 0.75
DBA/2J m 0.27 0.0434   6 0.0177 0.161 0.2, 0.33 -0.03
FVB/NJ f 0.102 0.0502   5 0.0224 0.492 0.07, 0.19 -0.55
FVB/NJ m 0.183 0.114   3 0.0657 0.62 0.09, 0.31 -0.3
I/LnJ f 0.245 0.094   6 0.0384 0.384 0.13, 0.35 0.22
I/LnJ m 0.267 0.0894   6 0.0365 0.335 0.12, 0.36 -0.04
KK/HlJ f 0.12 0.019   6 0.00775 0.158 0.09, 0.14 -0.45
KK/HlJ m 0.198 0.0454   6 0.0185 0.229 0.15, 0.28 -0.25
LP/J f 0.156 0.0195   5 0.00872 0.125 0.13, 0.17 -0.26
LP/J m 0.183 0.0408   6 0.0167 0.223 0.13, 0.25 -0.3
MOLF/EiJ f 0.232 0.119   6 0.0485 0.513 0.09, 0.41 0.15
MOLF/EiJ m 0.163 0.0287   7 0.0108 0.176 0.14, 0.22 -0.36
NOD/ShiLtJ f 0.228 0.138   5 0.0618 0.606 0.08, 0.45 0.13
NOD/ShiLtJ m 0.298 0.0665   5 0.0297 0.223 0.2, 0.38 0.06
NON/ShiLtJ f 0.306 0.082   5 0.0367 0.268 0.22, 0.41 0.55
NON/ShiLtJ m 0.16 0.0394   5 0.0176 0.246 0.1, 0.2 -0.37
NZB/BlNJ f 0.143 0.0463   6 0.0189 0.323 0.07, 0.2 -0.33
NZB/BlNJ m 0.304 0.0754   5 0.0337 0.248 0.21, 0.41 0.08
NZW/LacJ f 0.095 0.0568   6 0.0232 0.598 0.06, 0.21 -0.58
NZW/LacJ m 0.0783 0.0117   6 0.00477 0.149 0.06, 0.09 -0.63
PERA/EiJ f 0.284 0.123   5 0.0548 0.432 0.14, 0.38 0.43
PERA/EiJ m 0.18 0.0753   4 0.0376 0.418 0.11, 0.25 -0.31
P/J f 0.0817 0.0214   6 0.00872 0.262 0.05, 0.11 -0.66
P/J m 0.066 0.0114   5 0.0051 0.173 0.05, 0.08 -0.67
PL/J f 0.118 0.011   5 0.0049 0.0928 0.1, 0.13 -0.46
PL/J m 0.153 0.0839   3 0.0484 0.547 0.1, 0.25 -0.39
RBF/DnJ f 0.107 0.018   7 0.0068 0.168 0.09, 0.13 -0.52
RBF/DnJ m 0.126 0.0251   5 0.0112 0.199 0.09, 0.16 -0.48
RF/J f 0.135 0.0197   6 0.00806 0.146 0.12, 0.17 -0.37
RF/J m 0.167 0.0472   6 0.0193 0.283 0.12, 0.24 -0.35
RIIIS/J f 0.224 0.17   8 0.0601 0.76 0.1, 0.52 0.11
RIIIS/J m 0.169 0.0654   7 0.0247 0.388 0.11, 0.27 -0.34
SEA/GnJ f 0.143 0.092   6 0.0376 0.642 0.05, 0.31 -0.33
SEA/GnJ m 0.142 0.0649   6 0.0265 0.458 0.1, 0.27 -0.43
SJL/J f 0.22 0.0405   6 0.0165 0.184 0.18, 0.29 0.09
SJL/J m 0.297 0.115   6 0.0468 0.386 0.16, 0.5 0.06
SM/J f 0.15 0.049   6 0.02 0.327 0.1, 0.24 -0.29
SM/J m 0.217 0.0463   6 0.0189 0.214 0.14, 0.26 -0.19
SPRET/EiJ f 1.32 0.338   5 0.151 0.257 0.95, 1.86 6.0
SPRET/EiJ m 2.17 0.814   4 0.407 0.375 1.05, 2.89 5.97
SWR/J f 0.175 0.0909   6 0.0371 0.52 0.11, 0.35 -0.15
SWR/J m 0.253 0.0942   6 0.0384 0.372 0.15, 0.42 -0.08
WSB/EiJ f 0.13 0.0245   6 0.01 0.188 0.11, 0.16 -0.4
WSB/EiJ m 0.133 0.0175   6 0.00715 0.131 0.11, 0.16 -0.46
YBR/EiJ f 0.126 0.0297   5 0.0133 0.235 0.09, 0.16 -0.42


  LEAST SQUARES MEANS (MODEL-ADJUSTED)
Strain Sex Mean SEM UpperCL LowerCL
129S1/SvImJ f 0.1233 0.0486 0.2189 0.0278
129S1/SvImJ m 0.165 0.0486 0.2606 0.0694
A/J f 0.2283 0.0486 0.3239 0.1328
A/J m 0.528 0.0532 0.6327 0.4233
AKR/J f 0.1767 0.0486 0.2722 0.0811
AKR/J m 0.3433 0.0486 0.4389 0.2478
BALB/cJ f 0.1022 0.0397 0.1803 0.0242
BALB/cJ m 0.2767 0.0486 0.3722 0.1811
BPH/2J f 0.156 0.0532 0.2607 0.0513
BPH/2J m 0.178 0.0532 0.2827 0.0733
BPL/1J f 0.1983 0.0486 0.2939 0.1028
BPL/1J m 0.266 0.0532 0.3707 0.1613
BPN/3J f 0.152 0.0532 0.2567 0.0473
BPN/3J m 0.3967 0.0486 0.4922 0.3011
BTBR T+ Itpr3tf/J f 0.1867 0.0687 0.3218 0.0515
BTBR T+ Itpr3tf/J m 0.2186 0.045 0.3071 0.1301
C3H/HeJ f 0.16 0.0532 0.2647 0.0553
C3H/HeJ m 0.215 0.0421 0.2978 0.1322
C57BL/10J f 0.24 0.0595 0.357 0.123
C57BL/10J m 0.1357 0.045 0.2242 0.0472
C57BL/6J f 0.1357 0.045 0.2242 0.0472
C57BL/6J m 0.1533 0.0486 0.2489 0.0578
C57BLKS/J f 0.112 0.0532 0.2167 0.0073
C57BLKS/J m 0.1867 0.0486 0.2822 0.0911
C57BR/cdJ f 0.23 0.045 0.3185 0.1415
C57BR/cdJ m 0.216 0.0532 0.3207 0.1113
C57L/J f 0.16 0.045 0.2485 0.0715
C57L/J m 0.3 0.0486 0.3956 0.2044
C58/J f 0.12 0.0532 0.2247 0.0153
C58/J m 0.1733 0.0486 0.2689 0.0778
CAST/EiJ f 0.1583 0.0486 0.2539 0.0628
CAST/EiJ m 0.29 0.0532 0.3947 0.1853
CBA/J f 0.295 0.0486 0.3906 0.1994
CBA/J m 0.3417 0.0486 0.4372 0.2461
CE/J f 0.105 0.0595 0.222 0.0
CE/J m 0.5867 0.0486 0.6822 0.4911
CZECHII/EiJ f 0.2725 0.0595 0.3895 0.1555
CZECHII/EiJ m 0.188 0.0532 0.2927 0.0833
DBA/1J f 0.2629 0.045 0.3513 0.1744
DBA/1J m 0.344 0.0532 0.4487 0.2393
DBA/2J f 0.3433 0.0486 0.4389 0.2478
DBA/2J m 0.27 0.0486 0.3656 0.1744
FVB/NJ f 0.102 0.0532 0.2067 0.0
FVB/NJ m 0.1833 0.0687 0.3185 0.0482
I/LnJ f 0.245 0.0486 0.3406 0.1494
I/LnJ m 0.2667 0.0486 0.3622 0.1711
KK/HlJ f 0.12 0.0486 0.2156 0.0244
KK/HlJ m 0.1983 0.0486 0.2939 0.1028
LP/J f 0.156 0.0532 0.2607 0.0513
LP/J m 0.1833 0.0486 0.2789 0.0878
MOLF/EiJ f 0.2317 0.0486 0.3272 0.1361
MOLF/EiJ m 0.1629 0.045 0.2513 0.0744
NOD/ShiLtJ f 0.228 0.0532 0.3327 0.1233
NOD/ShiLtJ m 0.298 0.0532 0.4027 0.1933
NON/ShiLtJ f 0.306 0.0532 0.4107 0.2013
NON/ShiLtJ m 0.16 0.0532 0.2647 0.0553
NZB/BlNJ f 0.1433 0.0486 0.2389 0.0478
NZB/BlNJ m 0.304 0.0532 0.4087 0.1993
NZW/LacJ f 0.095 0.0486 0.1906 0.0
NZW/LacJ m 0.0783 0.0486 0.1739 0.0
PERA/EiJ f 0.284 0.0532 0.3887 0.1793
PERA/EiJ m 0.18 0.0595 0.297 0.063
P/J f 0.0817 0.0486 0.1772 0.0
P/J m 0.066 0.0532 0.1707 0.0
PL/J f 0.118 0.0532 0.2227 0.0133
PL/J m 0.1533 0.0687 0.2885 0.0182
RBF/DnJ f 0.1071 0.045 0.1956 0.0187
RBF/DnJ m 0.126 0.0532 0.2307 0.0213
RF/J f 0.135 0.0486 0.2306 0.0394
RF/J m 0.1667 0.0486 0.2622 0.0711
RIIIS/J f 0.2238 0.0421 0.3065 0.141
RIIIS/J m 0.1686 0.045 0.2571 0.0801
SEA/GnJ f 0.1433 0.0486 0.2389 0.0478
SEA/GnJ m 0.1417 0.0486 0.2372 0.0461
SJL/J f 0.22 0.0486 0.3156 0.1244
SJL/J m 0.2967 0.0486 0.3922 0.2011
SM/J f 0.15 0.0486 0.2456 0.0544
SM/J m 0.2167 0.0486 0.3122 0.1211
SPRET/EiJ f 1.318 0.0532 1.4227 1.2133
SPRET/EiJ m 2.17 0.0595 2.287 2.053
SWR/J f 0.175 0.0486 0.2706 0.0794
SWR/J m 0.2533 0.0486 0.3489 0.1578
WSB/EiJ f 0.13 0.0486 0.2256 0.0344
WSB/EiJ m 0.1333 0.0486 0.2289 0.0378


  LEAST SQUARES MEANS (MODEL-ADJUSTED), SEXES COMBINED
Strain Sex Mean SEM UpperCL LowerCL
129S1/SvImJ both 0.1442 0.0344 0.2117 0.0766
A/J both 0.3782 0.0361 0.449 0.3073
AKR/J both 0.26 0.0344 0.3276 0.1924
BALB/cJ both 0.1894 0.0314 0.2511 0.1278
BPH/2J both 0.167 0.0377 0.241 0.093
BPL/1J both 0.2322 0.0361 0.303 0.1613
BPN/3J both 0.2743 0.0361 0.3452 0.2035
BTBR T+ Itpr3tf/J both 0.2026 0.0411 0.2834 0.1218
C3H/HeJ both 0.1875 0.0339 0.2542 0.1208
C57BL/10J both 0.1879 0.0373 0.2612 0.1145
C57BL/6J both 0.1445 0.0331 0.2096 0.0794
C57BLKS/J both 0.1493 0.0361 0.2202 0.0785
C57BR/cdJ both 0.223 0.0349 0.2915 0.1545
C57L/J both 0.23 0.0331 0.2951 0.1649
C58/J both 0.1467 0.0361 0.2175 0.0758
CAST/EiJ both 0.2242 0.0361 0.295 0.1533
CBA/J both 0.3183 0.0344 0.3859 0.2508
CE/J both 0.3458 0.0384 0.4214 0.2703
CZECHII/EiJ both 0.2302 0.0399 0.3088 0.1517
DBA/1J both 0.3034 0.0349 0.372 0.2349
DBA/2J both 0.3067 0.0344 0.3742 0.2391
FVB/NJ both 0.1427 0.0435 0.2281 0.0572
I/LnJ both 0.2558 0.0344 0.3234 0.1883
KK/HlJ both 0.1592 0.0344 0.2267 0.0916
LP/J both 0.1697 0.0361 0.2405 0.0988
MOLF/EiJ both 0.1973 0.0331 0.2624 0.1321
NOD/ShiLtJ both 0.263 0.0377 0.337 0.189
NON/ShiLtJ both 0.233 0.0377 0.307 0.159
NZB/BlNJ both 0.2237 0.0361 0.2945 0.1528
NZW/LacJ both 0.0867 0.0344 0.1542 0.0191
PERA/EiJ both 0.232 0.0399 0.3105 0.1535
P/J both 0.0738 0.0361 0.1447 0.003
PL/J both 0.1357 0.0435 0.2211 0.0502
RBF/DnJ both 0.1166 0.0349 0.1851 0.048
RF/J both 0.1508 0.0344 0.2184 0.0833
RIIIS/J both 0.1962 0.0308 0.2567 0.1356
SEA/GnJ both 0.1425 0.0344 0.2101 0.0749
SJL/J both 0.2583 0.0344 0.3259 0.1908
SM/J both 0.1833 0.0344 0.2509 0.1158
SPRET/EiJ both 1.744 0.0399 1.8225 1.6655
SWR/J both 0.2142 0.0344 0.2817 0.1466
WSB/EiJ both 0.1317 0.0344 0.1992 0.0641




  GWAS USING LINEAR MIXED MODELS