Project measure / variable:   Ackert1   BMD_M12

ID, description, units MPD:25012   BMD_M12   bone mineral density (BMD)   [g/cm2]  at age 12mo  
Data set, strains Ackert1   inbred   30 strains     sex: both     age: 52wks
Procedure DXA
Ontology mappings

  •   Or, add this measure to your collection.
       
  •     no folder
  •     put it in new folder  

  STRAIN COMPARISON PLOT
Dimensions Width:   px    Height:   px
Download Plot   
Visualization Options

Ackert1 - bone mineral density (BMD) at age 12mo



  MEASURE SUMMARY
Measure Summary FemaleMale
Number of strains tested29 strains28 strains
Mean of the strain means0.0595   g/cm2 0.0577   g/cm2
Median of the strain means0.0612   g/cm2 0.0578   g/cm2
SD of the strain means± 0.00679 ± 0.00516
Coefficient of variation (CV)0.114 0.0895
Min–max range of strain means0.0468   –   0.0750   g/cm2 0.0472   –   0.0691   g/cm2
Mean sample size per strain7.6   mice 7.1   mice


  ANOVA, Q-Q NORMALITY ASSESSMENT
ANOVA summary      
FactorDFSum of squaresMean sum of squaresF valuep value (Pr>F)
sex 1 0.0001 0.0001 12.3041 0.0005
strain 26 0.0118 0.0005 55.4088 < 0.0001
sex:strain 26 0.0014 0.0001 6.566 < 0.0001
Residuals 345 0.0028 0.0


Q-Q normality assessment based on residuals

  


  STRAIN MEANS (UNADJUSTED)
  
Select table page:
Strain Sex Mean SD N mice SEM CV Min, Max Z score
129S1/SvImJ f 0.0612 0.0031   8 0.0011 0.0506 0.0567, 0.0654 0.25
129S1/SvImJ m 0.0617 0.00339   8 0.0012 0.0549 0.056, 0.066 0.78
A/J f 0.0487 0.00251   8 0.000887 0.0515 0.0452, 0.053 -1.59
A/J m 0.0497 0.0019   3 0.0011 0.0382 0.0478, 0.0516 -1.55
AKR/J f 0.0644 0.00159   3 0.000921 0.0248 0.0626, 0.0657 0.72
BALB/cByJ f 0.0591 0.00196   8 0.000694 0.0332 0.0564, 0.062 -0.06
BALB/cByJ m 0.0574 0.00167   7 0.000631 0.0291 0.0551, 0.06 -0.06
BTBR T+ Itpr3tf/J f 0.0678 0.00385   7 0.00145 0.0568 0.0623, 0.0728 1.23
BTBR T+ Itpr3tf/J m 0.0634 0.00313   8 0.00111 0.0493 0.0586, 0.0689 1.11
BUB/BnJ f 0.0528 0.00563   7 0.00213 0.107 0.0452, 0.0589 -0.98
BUB/BnJ m 0.0587 0.00146   8 0.000517 0.0249 0.056, 0.0603 0.2
C3H/HeJ f 0.0632 0.00416   7 0.00157 0.0659 0.0585, 0.0694 0.55
C3H/HeJ m 0.0691 0.00202   7 0.000764 0.0292 0.066, 0.0721 2.21
C57BL/10J f 0.0482 0.00246   8 0.000869 0.0511 0.045, 0.0512 -1.66
C57BL/10J m 0.0504 0.00118   6 0.000483 0.0235 0.0487, 0.0517 -1.41
C57BL/6J f 0.0526 0.00223   8 0.000788 0.0424 0.0479, 0.0553 -1.01
C57BL/6J m 0.0547 0.002   8 0.000708 0.0366 0.0518, 0.0577 -0.58
C57BLKS/J f 0.0468 0.00158   8 0.000559 0.0338 0.0445, 0.0494 -1.87
C57BLKS/J m 0.0512 0.00144   8 0.00051 0.0282 0.049, 0.0527 -1.26
C57BR/cdJ f 0.0645 0.00228   7 0.000861 0.0353 0.0606, 0.0671 0.74
C57BR/cdJ m 0.0586 0.00314   3 0.00181 0.0536 0.0561, 0.0621 0.18
C57L/J f 0.0634 0.00509   8 0.0018 0.0802 0.0562, 0.0707 0.58
C57L/J m 0.057 0.00244   8 0.000863 0.0428 0.0547, 0.0608 -0.13
CBA/J f 0.0628 0.00279   8 0.000988 0.0445 0.0596, 0.0685 0.49
CBA/J m 0.0616 0.00216   8 0.000764 0.0351 0.0574, 0.0639 0.76
DBA/2J f 0.0528 0.00138   8 0.000489 0.0262 0.0511, 0.0547 -0.98
DBA/2J m 0.0544 0.00326   9 0.00109 0.06 0.0484, 0.0588 -0.64
FVB/NJ f 0.0543 0.00184   7 0.000694 0.0338 0.0523, 0.0574 -0.76
FVB/NJ m 0.0554 0.00205   9 0.000684 0.037 0.0532, 0.0598 -0.44
KK/HlJ f 0.0687 0.00549   8 0.00194 0.08 0.0606, 0.076 1.36
KK/HlJ m 0.0628 0.00186   9 0.000622 0.0297 0.0599, 0.0655 0.99
LP/J f 0.0635 0.00463   8 0.00164 0.0729 0.0564, 0.0709 0.59
LP/J m 0.0623 0.00323   10 0.00102 0.0518 0.0559, 0.065 0.89
MRL/MpJ f 0.075 0.00437   5 0.00196 0.0583 0.0681, 0.0795 2.29
MRL/MpJ m 0.0636 0.00497   3 0.00287 0.0783 0.0589, 0.0688 1.14
NOD.B10Sn-H2b/J f 0.0628 0.00212   8 0.00075 0.0338 0.0598, 0.0663 0.49
NOD.B10Sn-H2b/J m 0.0614 0.00162   8 0.000573 0.0264 0.0582, 0.0638 0.72
NON/ShiLtJ f 0.0634 0.00417   9 0.00139 0.0657 0.0581, 0.069 0.58
NON/ShiLtJ m 0.0618 0.00272   8 0.000961 0.044 0.0562, 0.064 0.8
NZO/HlLtJ f 0.068 0.00147   7 0.000557 0.0217 0.0656, 0.0703 1.25
NZO/HlLtJ m 0.0625 0.00511   4 0.00255 0.0817 0.0569, 0.0693 0.93
NZW/LacJ f 0.0623 0.00228   9 0.000758 0.0366 0.0595, 0.0667 0.41
NZW/LacJ m 0.0619 0.00137   8 0.000484 0.0221 0.0596, 0.0636 0.81
P/J m 0.0472 0.00229   3 0.00132 0.0485 0.0454, 0.0498 -2.03
PL/J f 0.0549 0.00245   4 0.00122 0.0446 0.0523, 0.0582 -0.67
PL/J m 0.054 0.00339   8 0.0012 0.0627 0.049, 0.0583 -0.72
PWD/PhJ f 0.0579 0.00171   9 0.00057 0.0295 0.0562, 0.0618 -0.23
PWD/PhJ m 0.0515 0.00156   9 0.000519 0.0303 0.0493, 0.0541 -1.2
RIIIS/J f 0.0629 0.00233   8 0.000825 0.0371 0.0592, 0.0672 0.5
RIIIS/J m 0.0583 0.0013   8 0.000461 0.0223 0.0567, 0.0607 0.12
SJL/J f 0.0592 0.00245   8 0.000867 0.0414 0.0556, 0.063 -0.04
SM/J f 0.053 0.00161   8 0.00057 0.0304 0.0506, 0.0553 -0.95
SM/J m 0.0546 0.00192   8 0.00068 0.0352 0.0526, 0.0589 -0.6
SWR/J f 0.0563 0.00258   8 0.000913 0.0458 0.0519, 0.0595 -0.47
SWR/J m 0.0551 0.0012   7 0.000454 0.0218 0.0531, 0.0565 -0.5
WSB/EiJ f 0.0545 0.00467   7 0.00176 0.0857 0.0462, 0.0616 -0.73
WSB/EiJ m 0.0551 0.00216   4 0.00108 0.0392 0.0529, 0.0571 -0.5


  LEAST SQUARES MEANS (MODEL-ADJUSTED)
Strain Sex Mean SEM UpperCL LowerCL
129S1/SvImJ f 0.0613 0.001 0.0632 0.0593
129S1/SvImJ m 0.0618 0.001 0.0637 0.0598
A/J f 0.0487 0.001 0.0507 0.0467
A/J m 0.0497 0.0017 0.053 0.0465
BALB/cByJ f 0.0591 0.001 0.0611 0.0571
BALB/cByJ m 0.0574 0.0011 0.0595 0.0552
BTBR T+ Itpr3tf/J f 0.0678 0.0011 0.0699 0.0657
BTBR T+ Itpr3tf/J m 0.0634 0.001 0.0654 0.0614
BUB/BnJ f 0.0528 0.0011 0.0549 0.0507
BUB/BnJ m 0.0587 0.001 0.0606 0.0567
C3H/HeJ f 0.0632 0.0011 0.0653 0.061
C3H/HeJ m 0.0691 0.0011 0.0713 0.067
C57BL/10J f 0.0482 0.001 0.0502 0.0462
C57BL/10J m 0.0504 0.0012 0.0527 0.0481
C57BL/6J f 0.0526 0.001 0.0546 0.0506
C57BL/6J m 0.0547 0.001 0.0567 0.0527
C57BLKS/J f 0.0467 0.001 0.0487 0.0448
C57BLKS/J m 0.0512 0.001 0.0532 0.0492
C57BR/cdJ f 0.0645 0.0011 0.0667 0.0624
C57BR/cdJ m 0.0586 0.0017 0.0618 0.0553
C57L/J f 0.0634 0.001 0.0654 0.0614
C57L/J m 0.057 0.001 0.059 0.055
CBA/J f 0.0629 0.001 0.0648 0.0609
CBA/J m 0.0616 0.001 0.0635 0.0596
DBA/2J f 0.0528 0.001 0.0548 0.0508
DBA/2J m 0.0544 0.001 0.0562 0.0525
FVB/NJ f 0.0543 0.0011 0.0565 0.0522
FVB/NJ m 0.0554 0.001 0.0573 0.0535
KK/HlJ f 0.0687 0.001 0.0707 0.0667
KK/HlJ m 0.0628 0.001 0.0647 0.0609
LP/J f 0.0635 0.001 0.0655 0.0615
LP/J m 0.0623 0.0009 0.0641 0.0605
MRL/MpJ f 0.075 0.0013 0.0775 0.0725
MRL/MpJ m 0.0636 0.0017 0.0668 0.0603
NOD.B10Sn-H2b/J f 0.0628 0.001 0.0648 0.0608
NOD.B10Sn-H2b/J m 0.0614 0.001 0.0634 0.0594
NON/ShiLtJ f 0.0634 0.001 0.0653 0.0616
NON/ShiLtJ m 0.0617 0.001 0.0637 0.0598
NZO/HlLtJ f 0.068 0.0011 0.0702 0.0659
NZO/HlLtJ m 0.0625 0.0014 0.0653 0.0597
NZW/LacJ f 0.0623 0.001 0.0641 0.0604
NZW/LacJ m 0.0619 0.001 0.0639 0.0599
PL/J f 0.0549 0.0014 0.0577 0.0521
PL/J m 0.054 0.001 0.056 0.052
PWD/PhJ f 0.0579 0.001 0.0598 0.0561
PWD/PhJ m 0.0515 0.001 0.0533 0.0496
RIIIS/J f 0.0629 0.001 0.0649 0.0609
RIIIS/J m 0.0584 0.001 0.0603 0.0564
SM/J f 0.053 0.001 0.055 0.051
SM/J m 0.0546 0.001 0.0566 0.0526
SWR/J f 0.0563 0.001 0.0583 0.0543
SWR/J m 0.0551 0.0011 0.0573 0.053
WSB/EiJ f 0.0545 0.0011 0.0566 0.0524
WSB/EiJ m 0.0551 0.0014 0.0579 0.0523


  LEAST SQUARES MEANS (MODEL-ADJUSTED), SEXES COMBINED
Strain Sex Mean SEM UpperCL LowerCL
129S1/SvImJ both 0.0615 0.0007 0.0629 0.0601
A/J both 0.0492 0.001 0.0511 0.0473
BALB/cByJ both 0.0582 0.0007 0.0597 0.0568
BTBR T+ Itpr3tf/J both 0.0656 0.0007 0.067 0.0641
BUB/BnJ both 0.0557 0.0007 0.0572 0.0543
C3H/HeJ both 0.0662 0.0008 0.0677 0.0647
C57BL/10J both 0.0493 0.0008 0.0508 0.0478
C57BL/6J both 0.0536 0.0007 0.055 0.0522
C57BLKS/J both 0.049 0.0007 0.0504 0.0476
C57BR/cdJ both 0.0615 0.001 0.0635 0.0596
C57L/J both 0.0602 0.0007 0.0616 0.0588
CBA/J both 0.0622 0.0007 0.0636 0.0608
DBA/2J both 0.0536 0.0007 0.055 0.0522
FVB/NJ both 0.0549 0.0007 0.0563 0.0535
KK/HlJ both 0.0657 0.0007 0.0671 0.0644
LP/J both 0.0629 0.0007 0.0643 0.0616
MRL/MpJ both 0.0693 0.001 0.0713 0.0672
NOD.B10Sn-H2b/J both 0.0621 0.0007 0.0635 0.0607
NON/ShiLtJ both 0.0626 0.0007 0.064 0.0612
NZO/HlLtJ both 0.0653 0.0009 0.067 0.0635
NZW/LacJ both 0.0621 0.0007 0.0635 0.0607
PL/J both 0.0544 0.0009 0.0562 0.0527
PWD/PhJ both 0.0547 0.0007 0.056 0.0534
RIIIS/J both 0.0606 0.0007 0.062 0.0592
SM/J both 0.0538 0.0007 0.0552 0.0524
SWR/J both 0.0557 0.0007 0.0572 0.0543
WSB/EiJ both 0.0548 0.0009 0.0566 0.053




  GWAS USING LINEAR MIXED MODELS