Project measure / variable:   Ackert1   BMD_M06

ID, description, units MPD:25011   BMD_M06   bone mineral density (BMD)   [g/cm2]  at age 6mo  
Data set, strains Ackert1   inbred   32 strains     sex: both     age: 26wks
Procedure DXA
Ontology mappings

  •   Or, add this measure to your collection.
       
  •     no folder
  •     put it in new folder  

  STRAIN COMPARISON PLOT
Dimensions Width:   px    Height:   px
Download Plot   
Visualization Options

Ackert1 - bone mineral density (BMD) at age 6mo



  MEASURE SUMMARY
Measure Summary FemaleMale
Number of strains tested31 strains30 strains
Mean of the strain means0.0556   g/cm2 0.0535   g/cm2
Median of the strain means0.0539   g/cm2 0.0525   g/cm2
SD of the strain means± 0.00595 ± 0.00446
Coefficient of variation (CV)0.107 0.0834
Min–max range of strain means0.0463   –   0.0733   g/cm2 0.0455   –   0.0653   g/cm2
Mean sample size per strain7.0   mice 6.4   mice


  ANOVA, Q-Q NORMALITY ASSESSMENT
ANOVA summary      
FactorDFSum of squaresMean sum of squaresF valuep value (Pr>F)
sex 1 0.0002 0.0002 51.6051 < 0.0001
strain 30 0.0086 0.0003 59.6992 < 0.0001
sex:strain 30 0.0011 0.0 7.4244 < 0.0001
Residuals 344 0.0017 0.0


Q-Q normality assessment based on residuals

  


  STRAIN MEANS (UNADJUSTED)
  
Select table page:
Strain Sex Mean SD N mice SEM CV Min, Max Z score
129S1/SvImJ f 0.0594 0.00231   8 0.000816 0.0389 0.0564, 0.0641 0.63
129S1/SvImJ m 0.0586 0.0024   7 0.000907 0.0409 0.0544, 0.0615 1.14
A/J f 0.0481 0.00223   8 0.00079 0.0464 0.0454, 0.0527 -1.26
A/J m 0.0491 0.00182   8 0.000644 0.0371 0.0466, 0.0514 -0.99
AKR/J f 0.0645 0.00167   6 0.000682 0.0259 0.0623, 0.0665 1.49
AKR/J m 0.0619 0.00139   5 0.000621 0.0224 0.0599, 0.0635 1.88
BALB/cByJ f 0.0539 0.000813   6 0.000332 0.0151 0.0531, 0.0554 -0.29
BALB/cByJ m 0.0522 0.00192   6 0.000785 0.0369 0.0491, 0.0546 -0.29
BTBR T+ Itpr3tf/J f 0.0665 0.00404   5 0.00181 0.0608 0.0634, 0.0734 1.83
BTBR T+ Itpr3tf/J m 0.0597 0.0024   7 0.000909 0.0403 0.0551, 0.0622 1.39
BUB/BnJ f 0.0525 0.00228   8 0.000807 0.0435 0.0494, 0.0558 -0.53
BUB/BnJ m 0.0512 0.00127   4 0.000634 0.0248 0.0496, 0.0527 -0.52
C3H/HeJ f 0.0593 0.00132   8 0.000468 0.0223 0.0568, 0.0609 0.62
C3H/HeJ m 0.06 0.00224   6 0.000914 0.0373 0.0558, 0.0623 1.45
C57BL/10J f 0.0474 0.00187   8 0.000662 0.0395 0.0436, 0.0493 -1.38
C57BL/10J m 0.0489 0.00166   6 0.000676 0.0338 0.0466, 0.0516 -1.03
C57BL/6J f 0.0512 0.0012   8 0.000425 0.0235 0.0493, 0.0531 -0.74
C57BL/6J m 0.0524 0.00131   8 0.000463 0.025 0.0504, 0.054 -0.25
C57BLKS/J f 0.0463 0.00171   8 0.000606 0.037 0.0448, 0.0496 -1.57
C57BLKS/J m 0.0487 0.00197   8 0.000696 0.0404 0.0463, 0.0522 -1.08
C57BR/cdJ f 0.0589 0.00183   7 0.000691 0.031 0.057, 0.0614 0.55
C57BR/cdJ m 0.052 0.00314   6 0.00128 0.0603 0.0463, 0.0544 -0.34
C57L/J f 0.0576 0.00177   7 0.00067 0.0308 0.0543, 0.0595 0.33
C57L/J m 0.0527 0.0018   5 0.000803 0.0341 0.0506, 0.0548 -0.18
CAST/EiJ f 0.051 0.00246   6 0.001 0.0481 0.0468, 0.0532 -0.78
CAST/EiJ m 0.0502 0.00177   7 0.000668 0.0352 0.0485, 0.0528 -0.74
CBA/J f 0.0574 0.00283   8 0.001 0.0493 0.0518, 0.0604 0.3
CBA/J m 0.057 0.00102   4 0.000512 0.0179 0.0555, 0.0578 0.78
DBA/2J f 0.0512 0.00112   5 0.000501 0.0219 0.0495, 0.0523 -0.74
DBA/2J m 0.0536 0.00218   7 0.000824 0.0407 0.0508, 0.0574 0.02
FVB/NJ f 0.0517 0.00154   8 0.000545 0.0298 0.0496, 0.0538 -0.66
FVB/NJ m 0.0542 0.00262   6 0.00107 0.0483 0.0507, 0.0586 0.15
KK/HlJ f 0.0622 0.00406   4 0.00203 0.0653 0.0565, 0.0659 1.1
KK/HlJ m 0.0556 0.00253   7 0.000955 0.0454 0.0516, 0.06 0.47
LP/J f 0.0589 0.00215   6 0.00088 0.0366 0.0564, 0.0623 0.55
LP/J m 0.0565 0.00192   8 0.00068 0.034 0.0541, 0.0603 0.67
MOLF/EiJ f 0.0525 0.00291   7 0.0011 0.0553 0.0502, 0.057 -0.53
MOLF/EiJ m 0.049 0.00212   7 0.000802 0.0433 0.0452, 0.0514 -1.01
MRL/MpJ f 0.0733 0.00413   3 0.00239 0.0564 0.0695, 0.0777 2.97
MRL/MpJ m 0.0653 0.00161   7 0.000607 0.0246 0.0634, 0.0683 2.64
NOD.B10Sn-H2b/J f 0.0578 0.00252   8 0.000892 0.0437 0.0546, 0.0616 0.37
NON/ShiLtJ f 0.0606 0.00194   8 0.000686 0.032 0.0574, 0.0636 0.84
NON/ShiLtJ m 0.0551 0.00307   7 0.00116 0.0556 0.0489, 0.0586 0.36
NZW/LacJ f 0.0574 0.00368   8 0.0013 0.0641 0.0493, 0.0615 0.3
NZW/LacJ m 0.0554 0.00221   5 0.000988 0.0399 0.0521, 0.0578 0.42
P/J f 0.052 0.00162   6 0.000662 0.0311 0.0498, 0.0544 -0.61
P/J m 0.0455 0.00201   6 0.00082 0.0442 0.0422, 0.0476 -1.79
PL/J f 0.0532 0.00154   8 0.000543 0.0289 0.0515, 0.0555 -0.41
PL/J m 0.05 0.00198   8 0.000699 0.0395 0.0474, 0.0528 -0.79
PWD/PhJ f 0.0536 0.00181   5 0.00081 0.0338 0.051, 0.0557 -0.34
PWD/PhJ m 0.0489 0.00193   4 0.000966 0.0395 0.0472, 0.0511 -1.03
RIIIS/J f 0.0571 0.00306   8 0.00108 0.0537 0.0526, 0.0632 0.25
RIIIS/J m 0.052 0.00131   6 0.000535 0.0252 0.05, 0.0536 -0.34
SJL/J f 0.0556 0.00214   8 0.000758 0.0386 0.0529, 0.0585 0.0
SJL/J m 0.0552 0.00116   6 0.000472 0.0209 0.0538, 0.0565 0.38
SM/J f 0.0471 0.00324   8 0.00115 0.0688 0.0425, 0.0506 -1.43
SM/J m 0.0523 0.00179   8 0.000633 0.0342 0.0506, 0.0561 -0.27
SWR/J f 0.0538 0.0013   6 0.000531 0.0242 0.0524, 0.0561 -0.31
SWR/J m 0.0531 0.00198   6 0.000809 0.0373 0.051, 0.0558 -0.09
WSB/EiJ f 0.0524 0.0028   6 0.00114 0.0534 0.048, 0.0548 -0.54
WSB/EiJ m 0.0491 0.00158   6 0.000646 0.0322 0.0474, 0.0511 -0.99


  LEAST SQUARES MEANS (MODEL-ADJUSTED)
Strain Sex Mean SEM UpperCL LowerCL
129S1/SvImJ f 0.0594 0.0008 0.0609 0.0579
129S1/SvImJ m 0.0586 0.0008 0.0603 0.057
A/J f 0.0482 0.0008 0.0497 0.0466
A/J m 0.0492 0.0008 0.0507 0.0476
AKR/J f 0.0645 0.0009 0.0662 0.0627
AKR/J m 0.0619 0.001 0.0639 0.06
BALB/cByJ f 0.0539 0.0009 0.0556 0.0521
BALB/cByJ m 0.0522 0.0009 0.0539 0.0504
BTBR T+ Itpr3tf/J f 0.0665 0.001 0.0684 0.0646
BTBR T+ Itpr3tf/J m 0.0597 0.0008 0.0614 0.0581
BUB/BnJ f 0.0525 0.0008 0.054 0.0509
BUB/BnJ m 0.0512 0.0011 0.0533 0.049
C3H/HeJ f 0.0593 0.0008 0.0608 0.0578
C3H/HeJ m 0.06 0.0009 0.0618 0.0583
C57BL/10J f 0.0474 0.0008 0.0489 0.0459
C57BL/10J m 0.049 0.0009 0.0507 0.0472
C57BL/6J f 0.0512 0.0008 0.0527 0.0496
C57BL/6J m 0.0524 0.0008 0.054 0.0509
C57BLKS/J f 0.0463 0.0008 0.0478 0.0448
C57BLKS/J m 0.0487 0.0008 0.0502 0.0471
C57BR/cdJ f 0.0589 0.0008 0.0605 0.0572
C57BR/cdJ m 0.052 0.0009 0.0538 0.0502
C57L/J f 0.0576 0.0008 0.0593 0.056
C57L/J m 0.0527 0.001 0.0546 0.0507
CAST/EiJ f 0.051 0.0009 0.0528 0.0493
CAST/EiJ m 0.0502 0.0008 0.0518 0.0486
CBA/J f 0.0574 0.0008 0.0589 0.0559
CBA/J m 0.057 0.0011 0.0592 0.0548
DBA/2J f 0.0512 0.001 0.0531 0.0493
DBA/2J m 0.0536 0.0008 0.0552 0.052
FVB/NJ f 0.0518 0.0008 0.0533 0.0502
FVB/NJ m 0.0542 0.0009 0.056 0.0525
KK/HlJ f 0.0622 0.0011 0.0644 0.0601
KK/HlJ m 0.0556 0.0008 0.0573 0.054
LP/J f 0.0589 0.0009 0.0607 0.0572
LP/J m 0.0565 0.0008 0.0581 0.055
MOLF/EiJ f 0.0525 0.0008 0.0541 0.0509
MOLF/EiJ m 0.049 0.0008 0.0506 0.0473
MRL/MpJ f 0.0733 0.0013 0.0758 0.0708
MRL/MpJ m 0.0653 0.0008 0.067 0.0637
NOD.B10Sn-H2b/J f 0.0578 0.0008 0.0593 0.0563
NOD.B10Sn-H2b/J m 0.053 0.0015 0.056 0.05
NON/ShiLtJ f 0.0606 0.0008 0.0621 0.059
NON/ShiLtJ m 0.0551 0.0008 0.0568 0.0535
NZW/LacJ f 0.0574 0.0008 0.059 0.0559
NZW/LacJ m 0.0554 0.001 0.0573 0.0535
P/J f 0.052 0.0009 0.0538 0.0503
P/J m 0.0455 0.0009 0.0472 0.0437
PL/J f 0.0532 0.0008 0.0547 0.0517
PL/J m 0.05 0.0008 0.0516 0.0485
PWD/PhJ f 0.0536 0.001 0.0555 0.0517
PWD/PhJ m 0.0489 0.0011 0.0511 0.0468
RIIIS/J f 0.0571 0.0008 0.0586 0.0556
RIIIS/J m 0.052 0.0009 0.0537 0.0502
SJL/J f 0.0556 0.0008 0.0571 0.0541
SJL/J m 0.0552 0.0009 0.057 0.0535
SM/J f 0.0471 0.0008 0.0486 0.0456
SM/J m 0.0523 0.0008 0.0538 0.0508
SWR/J f 0.0538 0.0009 0.0556 0.052
SWR/J m 0.0531 0.0009 0.0548 0.0513
WSB/EiJ f 0.0524 0.0009 0.0542 0.0506
WSB/EiJ m 0.0492 0.0009 0.0509 0.0474


  LEAST SQUARES MEANS (MODEL-ADJUSTED), SEXES COMBINED
Strain Sex Mean SEM UpperCL LowerCL
129S1/SvImJ both 0.059 0.0006 0.0601 0.0579
A/J both 0.0487 0.0005 0.0497 0.0476
AKR/J both 0.0632 0.0007 0.0645 0.0619
BALB/cByJ both 0.053 0.0006 0.0543 0.0518
BTBR T+ Itpr3tf/J both 0.0631 0.0006 0.0644 0.0619
BUB/BnJ both 0.0518 0.0007 0.0531 0.0505
C3H/HeJ both 0.0597 0.0006 0.0608 0.0585
C57BL/10J both 0.0482 0.0006 0.0493 0.047
C57BL/6J both 0.0518 0.0005 0.0529 0.0507
C57BLKS/J both 0.0475 0.0005 0.0486 0.0464
C57BR/cdJ both 0.0554 0.0006 0.0566 0.0542
C57L/J both 0.0551 0.0006 0.0564 0.0539
CAST/EiJ both 0.0506 0.0006 0.0518 0.0494
CBA/J both 0.0572 0.0007 0.0585 0.0559
DBA/2J both 0.0524 0.0006 0.0536 0.0511
FVB/NJ both 0.053 0.0006 0.0542 0.0518
KK/HlJ both 0.0589 0.0007 0.0603 0.0576
LP/J both 0.0577 0.0006 0.0589 0.0566
MOLF/EiJ both 0.0507 0.0006 0.0519 0.0496
MRL/MpJ both 0.0693 0.0008 0.0708 0.0678
NOD.B10Sn-H2b/J both 0.0554 0.0009 0.0571 0.0537
NON/ShiLtJ both 0.0579 0.0006 0.059 0.0567
NZW/LacJ both 0.0564 0.0006 0.0576 0.0552
P/J both 0.0488 0.0006 0.05 0.0475
PL/J both 0.0516 0.0005 0.0527 0.0505
PWD/PhJ both 0.0513 0.0007 0.0527 0.0498
RIIIS/J both 0.0545 0.0006 0.0557 0.0534
SJL/J both 0.0554 0.0006 0.0566 0.0543
SM/J both 0.0497 0.0005 0.0508 0.0486
SWR/J both 0.0534 0.0006 0.0547 0.0522
WSB/EiJ both 0.0508 0.0006 0.052 0.0495




  GWAS USING LINEAR MIXED MODELS