Phenotype measure:   Naggert1   BMD_fat8

ID, description, units MPD:14312   BMD_fat8   bone mineral density (BMD)   [g/cm2]
high-fat diet study
Data set, strains Naggert1   inbred w/CC7   39 strains     sex: both     age: 15-17wks
Procedure DXA
Ontology mappings

  STRAIN COMPARISON PLOT
Dimensions Width:   px    Height:   px
Download Plot   
Visualization Options

Naggert1 - bone mineral density (BMD)



  MEASURE SUMMARY
Measure Summary FemaleMale
Number of strains tested39 strains38 strains
Mean of the strain means0.0495   g/cm2 0.0497   g/cm2
Median of the strain means0.0501   g/cm2 0.0498   g/cm2
SD of the strain means± 0.00487 ± 0.00529
Coefficient of variation (CV)0.0983 0.106
Min–max range of strain means0.0399   –   0.0572   g/cm2 0.0398   –   0.0591   g/cm2
Mean sample size per strain9.8   mice 9.7   mice


  ANOVA, Q-Q NORMALITY ASSESSMENT
ANOVA summary      
FactorDFSum of squaresMean sum of squaresF valuep value (Pr>F)
sex 1 0.0 0.0 0.0006 0.981
strain 35 0.0175 0.0005 138.922 < 0.0001
sex:strain 35 0.0011 0.0 8.9562 < 0.0001
Residuals 639 0.0023 0.0


Q-Q normality assessment based on residuals

  


  STRAIN MEANS (UNADJUSTED)
Strain Sex Mean SD N mice SEM CV Min, Max Z score
129S1/SvImJ f 0.0518 0.00174   8 0.000615 0.0336 0.0498, 0.0546 0.47
129S1/SvImJ m 0.0521 0.00219   10 0.000693 0.042 0.0492, 0.0561 0.45
A/J f 0.0455 0.00112   10 0.000356 0.0247 0.0437, 0.0466 -0.83
A/J m 0.0437 0.00165   10 0.000523 0.0378 0.0415, 0.0464 -1.14
AKR/J f 0.0572 0.00273   18 0.000643 0.0477 0.0521, 0.0613 1.58
AKR/J m 0.0591 0.00259   17 0.000629 0.0439 0.0552, 0.0631 1.77
BALB/cByJ m 0.0504 0.00199   9 0.000664 0.0395 0.0454, 0.0519 0.13
BALB/cJ f 0.0525 0.00145   9 0.000482 0.0276 0.0505, 0.0549 0.61
BALB/cJ m 0.0513 0.00128   10 0.000406 0.025 0.0486, 0.0526 0.3
BTBR T+ Itpr3tf/J f 0.0542 0.00212   10 0.000669 0.039 0.0502, 0.0574 0.96
BTBR T+ Itpr3tf/J m 0.0546 0.00147   10 0.000464 0.0269 0.0524, 0.0568 0.92
BUB/BnJ f 0.0522 0.00214   12 0.000616 0.0409 0.0498, 0.0573 0.55
BUB/BnJ m 0.0542 0.00234   8 0.000826 0.043 0.0511, 0.057 0.85
C3H/HeJ f 0.0535 0.00177   10 0.000561 0.0331 0.0501, 0.0565 0.82
C3H/HeJ m 0.0557 0.0016   10 0.000507 0.0288 0.0531, 0.0578 1.13
C57BL/10J f 0.047 0.00135   9 0.000448 0.0286 0.0451, 0.0488 -0.52
C57BL/10J m 0.048 0.00161   12 0.000464 0.0334 0.0456, 0.0511 -0.33
C57BL/6J f 0.0451 0.000709   10 0.000224 0.0157 0.044, 0.0466 -0.91
C57BL/6J m 0.0468 0.0012   10 0.00038 0.0257 0.0451, 0.0492 -0.55
C57BLKS/J f 0.0453 0.00179   12 0.000516 0.0394 0.0412, 0.0485 -0.87
C57BLKS/J m 0.0448 0.00159   10 0.000502 0.0354 0.0429, 0.0469 -0.93
C57BR/cdJ f 0.055 0.00257   12 0.000743 0.0469 0.0517, 0.0592 1.13
C57BR/cdJ m 0.0532 0.00253   10 0.000801 0.0476 0.0503, 0.0586 0.66
C57L/J f 0.0525 0.00193   10 0.000611 0.0368 0.0484, 0.0549 0.61
C57L/J m 0.0502 0.00191   10 0.000603 0.038 0.0476, 0.0549 0.09
C58/J f 0.0447 0.00151   11 0.000455 0.0338 0.0423, 0.0476 -0.99
C58/J m 0.0439 0.00129   9 0.000429 0.0293 0.042, 0.0459 -1.1
CAST/EiJ f 0.0433 0.00169   9 0.000564 0.0391 0.0398, 0.0457 -1.28
CAST/EiJ m 0.0436 0.00117   8 0.000414 0.0268 0.0424, 0.0456 -1.16
CBA/J f 0.0538 0.00142   10 0.000449 0.0264 0.0517, 0.0557 0.88
CBA/J m 0.0553 0.00181   8 0.00064 0.0327 0.0528, 0.0576 1.06
CZECHII/EiJ f 0.0439 0.0028   16 0.0007 0.0638 0.0407, 0.0502 -1.15
CZECHII/EiJ m 0.0407 0.00324   11 0.000977 0.0796 0.034, 0.0458 -1.71
DBA/1J f 0.0488 0.00139   12 0.000401 0.0285 0.047, 0.0511 -0.15
DBA/1J m 0.0482 0.00145   8 0.000512 0.03 0.0463, 0.0508 -0.29
DBA/2J f 0.0488 0.00124   9 0.000415 0.0255 0.0468, 0.0513 -0.15
DBA/2J m 0.0473 0.00116   9 0.000387 0.0245 0.0452, 0.049 -0.46
FVB/NJ f 0.0507 0.00164   9 0.000546 0.0323 0.0475, 0.053 0.24
FVB/NJ m 0.0527 0.00184   10 0.000583 0.035 0.0487, 0.0547 0.56
I/LnJ f 0.0479 0.00118   9 0.000394 0.0247 0.0465, 0.0499 -0.33
I/LnJ m 0.0463 0.00149   12 0.00043 0.0322 0.0431, 0.0489 -0.65
JF1/MsJ f 0.0509 0.00134   10 0.000422 0.0262 0.0493, 0.0535 0.28
JF1/MsJ m 0.0459 0.00256   7 0.000969 0.0558 0.0433, 0.0514 -0.72
KK/HlJ f 0.0539 0.00472   8 0.00167 0.0877 0.0499, 0.0642 0.9
KK/HlJ m 0.058 0.00166   9 0.000554 0.0286 0.0554, 0.06 1.57
LP/J f 0.0569 0.00248   9 0.000825 0.0435 0.0532, 0.0601 1.52
LP/J m 0.0585 0.00196   9 0.000654 0.0335 0.0563, 0.0629 1.66
MA/MyJ f 0.0498 0.00144   9 0.00048 0.0289 0.0465, 0.0514 0.06
MA/MyJ m 0.0494 0.00121   10 0.000382 0.0245 0.0475, 0.0512 -0.06
MOLF/EiJ f 0.0422 0.00163   7 0.000615 0.0385 0.0403, 0.0447 -1.5
MOLF/EiJ m 0.0417 0.000972   7 0.000367 0.0233 0.0399, 0.0428 -1.52
MSM/MsJ f 0.0437 0.000938   8 0.000332 0.0214 0.0425, 0.045 -1.2
MSM/MsJ m 0.0398 0.00164   12 0.000473 0.0412 0.0371, 0.0424 -1.88
NOD/ShiLtJ f 0.0501 0.00237   15 0.000612 0.0473 0.0468, 0.0539 0.12
NOD/ShiLtJ m 0.048 0.000977   8 0.000345 0.0204 0.0465, 0.0496 -0.33
NON/ShiLtJ f 0.0565 0.0012   10 0.000381 0.0213 0.055, 0.0588 1.43
NON/ShiLtJ m 0.0524 0.00172   10 0.000544 0.0328 0.0493, 0.0547 0.51
NZB/BlNJ m 0.057 0.002   10 0.000631 0.035 0.0543, 0.0606 1.38
NZW/LacJ f 0.0558 0.00155   10 0.000491 0.0278 0.0539, 0.0582 1.29
NZW/LacJ m 0.0566 0.00162   10 0.000513 0.0287 0.0546, 0.0596 1.3
PERA/EiJ f 0.0445 0.00155   9 0.000518 0.035 0.0415, 0.0466 -1.03
PERA/EiJ m 0.0508 0.00138   9 0.000459 0.0271 0.0486, 0.0533 0.2
PL/J f 0.0483 0.00226   10 0.000715 0.0468 0.0433, 0.0515 -0.25
PWK/PhJ f 0.0438 0.000962   7 0.000364 0.022 0.0427, 0.045 -1.17
RIIIS/J f 0.0527 0.0011   9 0.000366 0.0208 0.0509, 0.0545 0.65
SEA/GnJ f 0.0548 0.00234   9 0.000781 0.0428 0.0519, 0.0583 1.08
SEA/GnJ m 0.0519 0.00168   10 0.000531 0.0324 0.0501, 0.055 0.41
SJL/J f 0.0541 0.00178   9 0.000594 0.033 0.0511, 0.0569 0.94
SJL/J m 0.0548 0.0015   15 0.000387 0.0274 0.0511, 0.057 0.96
SM/J f 0.0409 0.00267   9 0.000889 0.0653 0.0357, 0.045 -1.77
SM/J m 0.0469 0.00219   9 0.000731 0.0468 0.0452, 0.0523 -0.53
SPRET/EiJ f 0.0533 0.00184   4 0.00092 0.0345 0.0511, 0.0551 0.78
SPRET/EiJ m 0.0478 0.00253   6 0.00103 0.0529 0.0463, 0.0529 -0.36
SWR/J f 0.0455 0.00153   10 0.000485 0.0337 0.0426, 0.0473 -0.83
SWR/J m 0.0466 0.00125   10 0.000395 0.0268 0.0447, 0.0484 -0.59
WSB/EiJ f 0.0399 0.00177   8 0.000625 0.0443 0.0369, 0.0423 -1.98
WSB/EiJ m 0.0411 0.00146   9 0.000488 0.0356 0.0392, 0.0438 -1.63


  LEAST SQUARES MEANS (MODEL-ADJUSTED)
Strain Sex Mean SEM UpperCL LowerCL
129S1/SvImJ f 0.0518 0.0007 0.0531 0.0505
129S1/SvImJ m 0.0521 0.0006 0.0533 0.0509
A/J f 0.0455 0.0006 0.0467 0.0443
A/J m 0.0437 0.0006 0.0449 0.0426
AKR/J f 0.0572 0.0004 0.0581 0.0563
AKR/J m 0.0591 0.0005 0.06 0.0581
BALB/cJ f 0.0525 0.0006 0.0537 0.0513
BALB/cJ m 0.0513 0.0006 0.0525 0.0502
BTBR T+ Itpr3tf/J f 0.0542 0.0006 0.0554 0.0531
BTBR T+ Itpr3tf/J m 0.0546 0.0006 0.0558 0.0534
BUB/BnJ f 0.0522 0.0005 0.0533 0.0511
BUB/BnJ m 0.0542 0.0007 0.0556 0.0529
C3H/HeJ f 0.0535 0.0006 0.0547 0.0524
C3H/HeJ m 0.0557 0.0006 0.0569 0.0546
C57BL/10J f 0.047 0.0006 0.0482 0.0457
C57BL/10J m 0.048 0.0005 0.0491 0.0469
C57BL/6J f 0.0451 0.0006 0.0463 0.0439
C57BL/6J m 0.0468 0.0006 0.048 0.0456
C57BLKS/J f 0.0453 0.0005 0.0464 0.0443
C57BLKS/J m 0.0448 0.0006 0.046 0.0436
C57BR/cdJ f 0.055 0.0005 0.056 0.0539
C57BR/cdJ m 0.0532 0.0006 0.0543 0.052
C57L/J f 0.0525 0.0006 0.0537 0.0514
C57L/J m 0.0502 0.0006 0.0514 0.0491
C58/J f 0.0447 0.0006 0.0458 0.0436
C58/J m 0.0439 0.0006 0.0452 0.0427
CAST/EiJ f 0.0433 0.0006 0.0445 0.042
CAST/EiJ m 0.0436 0.0007 0.0449 0.0423
CBA/J f 0.0538 0.0006 0.055 0.0526
CBA/J m 0.0553 0.0007 0.0566 0.054
CZECHII/EiJ f 0.0439 0.0005 0.0448 0.043
CZECHII/EiJ m 0.0407 0.0006 0.0419 0.0396
DBA/1J f 0.0488 0.0005 0.0499 0.0477
DBA/1J m 0.0482 0.0007 0.0495 0.0469
DBA/2J f 0.0488 0.0006 0.05 0.0476
DBA/2J m 0.0473 0.0006 0.0486 0.0461
FVB/NJ f 0.0507 0.0006 0.052 0.0495
FVB/NJ m 0.0527 0.0006 0.0539 0.0515
I/LnJ f 0.0479 0.0006 0.0491 0.0466
I/LnJ m 0.0463 0.0005 0.0474 0.0452
JF1/MsJ f 0.0509 0.0006 0.0521 0.0497
JF1/MsJ m 0.0459 0.0007 0.0473 0.0445
KK/HlJ f 0.0539 0.0007 0.0552 0.0526
KK/HlJ m 0.058 0.0006 0.0593 0.0568
LP/J f 0.0569 0.0006 0.0582 0.0557
LP/J m 0.0585 0.0006 0.0597 0.0572
MA/MyJ f 0.0498 0.0006 0.0511 0.0486
MA/MyJ m 0.0494 0.0006 0.0506 0.0482
MOLF/EiJ f 0.0422 0.0007 0.0436 0.0408
MOLF/EiJ m 0.0417 0.0007 0.0431 0.0403
MSM/MsJ f 0.0437 0.0007 0.045 0.0424
MSM/MsJ m 0.0398 0.0005 0.0408 0.0387
NOD/ShiLtJ f 0.0501 0.0005 0.0511 0.0492
NOD/ShiLtJ m 0.048 0.0007 0.0493 0.0467
NON/ShiLtJ f 0.0565 0.0006 0.0577 0.0553
NON/ShiLtJ m 0.0524 0.0006 0.0536 0.0512
NZW/LacJ f 0.0558 0.0006 0.057 0.0546
NZW/LacJ m 0.0566 0.0006 0.0578 0.0554
PERA/EiJ f 0.0445 0.0006 0.0457 0.0432
PERA/EiJ m 0.0508 0.0006 0.052 0.0495
SEA/GnJ f 0.0548 0.0006 0.056 0.0535
SEA/GnJ m 0.0519 0.0006 0.0531 0.0507
SJL/J f 0.0541 0.0006 0.0553 0.0528
SJL/J m 0.0548 0.0005 0.0557 0.0538
SM/J f 0.0409 0.0006 0.0421 0.0396
SM/J m 0.0469 0.0006 0.0481 0.0457
SPRET/EiJ f 0.0533 0.0009 0.0552 0.0514
SPRET/EiJ m 0.0478 0.0008 0.0494 0.0463
SWR/J f 0.0455 0.0006 0.0467 0.0444
SWR/J m 0.0466 0.0006 0.0478 0.0454
WSB/EiJ f 0.0399 0.0007 0.0413 0.0386
WSB/EiJ m 0.0411 0.0006 0.0424 0.0399


  LEAST SQUARES MEANS (MODEL-ADJUSTED), SEXES COMBINED
Strain Sex Mean SEM UpperCL LowerCL
129S1/SvImJ both 0.052 0.0005 0.0528 0.0511
A/J both 0.0446 0.0004 0.0455 0.0438
AKR/J both 0.0581 0.0003 0.0588 0.0575
BALB/cJ both 0.0519 0.0004 0.0528 0.0511
BTBR T+ Itpr3tf/J both 0.0544 0.0004 0.0552 0.0536
BUB/BnJ both 0.0532 0.0004 0.0541 0.0524
C3H/HeJ both 0.0546 0.0004 0.0555 0.0538
C57BL/10J both 0.0475 0.0004 0.0483 0.0467
C57BL/6J both 0.0459 0.0004 0.0468 0.0451
C57BLKS/J both 0.0451 0.0004 0.0459 0.0443
C57BR/cdJ both 0.0541 0.0004 0.0549 0.0533
C57L/J both 0.0514 0.0004 0.0522 0.0506
C58/J both 0.0443 0.0004 0.0452 0.0435
CAST/EiJ both 0.0434 0.0005 0.0443 0.0425
CBA/J both 0.0545 0.0005 0.0554 0.0537
CZECHII/EiJ both 0.0423 0.0004 0.043 0.0416
DBA/1J both 0.0485 0.0004 0.0493 0.0476
DBA/2J both 0.0481 0.0004 0.049 0.0472
FVB/NJ both 0.0517 0.0004 0.0526 0.0508
I/LnJ both 0.0471 0.0004 0.0479 0.0463
JF1/MsJ both 0.0484 0.0005 0.0493 0.0475
KK/HlJ both 0.056 0.0005 0.0569 0.0551
LP/J both 0.0577 0.0004 0.0586 0.0568
MA/MyJ both 0.0496 0.0004 0.0505 0.0488
MOLF/EiJ both 0.0419 0.0005 0.0429 0.041
MSM/MsJ both 0.0417 0.0004 0.0426 0.0409
NOD/ShiLtJ both 0.0491 0.0004 0.0499 0.0482
NON/ShiLtJ both 0.0544 0.0004 0.0553 0.0536
NZW/LacJ both 0.0562 0.0004 0.057 0.0554
PERA/EiJ both 0.0476 0.0004 0.0485 0.0467
SEA/GnJ both 0.0534 0.0004 0.0542 0.0525
SJL/J both 0.0544 0.0004 0.0552 0.0536
SM/J both 0.0439 0.0004 0.0448 0.043
SPRET/EiJ both 0.0506 0.0006 0.0518 0.0494
SWR/J both 0.0461 0.0004 0.0469 0.0452
WSB/EiJ both 0.0405 0.0005 0.0414 0.0396




  GWAS USING LINEAR MIXED MODELS