Phenotype measure:   Donahue1   skull_BMD

ID, description, units MPD:11517   skull_BMD   skull bone mineral density (BMD)   [g/cm2]
Data set, strains Donahue1   inbred w/CC7   30 strains     sex: both     age: 15-16wks
Procedure DXA
Ontology mappings

  STRAIN COMPARISON PLOT
Dimensions Width:   px    Height:   px
Download Plot   
Visualization Options

Donahue1 - skull bone mineral density (BMD)



  MEASURE SUMMARY
Measure Summary FemaleMale
Number of strains tested30 strains30 strains
Mean of the strain means0.109   g/cm2 0.106   g/cm2
Median of the strain means0.107   g/cm2 0.105   g/cm2
SD of the strain means± 0.0115 ± 0.00944
Coefficient of variation (CV)0.105 0.0892
Min–max range of strain means0.0897   –   0.129   g/cm2 0.0872   –   0.124   g/cm2
Mean sample size per strain10.2   mice 9.9   mice


  ANOVA, Q-Q NORMALITY ASSESSMENT
ANOVA summary      
FactorDFSum of squaresMean sum of squaresF valuep value (Pr>F)
sex 1 0.0013 0.0013 102.8603 < 0.0001
strain 29 0.0618 0.0021 173.0935 < 0.0001
sex:strain 29 0.0018 0.0001 5.0237 < 0.0001
Residuals 547 0.0067 0.0


Q-Q normality assessment based on residuals

  


  STRAIN MEANS (UNADJUSTED)
Strain Sex Mean SD N mice SEM CV Min, Max Z score
129S1/SvImJ f 0.119 0.00296   10 0.000936 0.0249 0.113, 0.122 0.87
129S1/SvImJ m 0.119 0.00292   10 0.000922 0.0246 0.113, 0.122 1.4
129X1/SvJ f 0.118 0.00294   10 0.000929 0.0248 0.112, 0.122 0.78
129X1/SvJ m 0.115 0.00339   10 0.00107 0.0296 0.11, 0.121 0.98
A/J f 0.0999 0.00205   10 0.000649 0.0205 0.0977, 0.103 -0.79
A/J m 0.1 0.00393   10 0.00124 0.0392 0.0933, 0.105 -0.61
AKR/J f 0.129 0.00327   10 0.00103 0.0253 0.122, 0.134 1.74
AKR/J m 0.124 0.00452   10 0.00143 0.0364 0.117, 0.13 1.93
BALB/cJ f 0.107 0.0025   10 0.000792 0.0235 0.102, 0.11 -0.18
BALB/cJ m 0.105 0.00151   10 0.000476 0.0143 0.103, 0.108 -0.08
BTBR T+ Itpr3tf/J f 0.129 0.00326   9 0.00109 0.0252 0.125, 0.134 1.74
BTBR T+ Itpr3tf/J m 0.118 0.0031   10 0.00098 0.0263 0.113, 0.122 1.3
BUB/BnJ f 0.11 0.00282   10 0.000892 0.0256 0.106, 0.114 0.09
BUB/BnJ m 0.108 0.00402   10 0.00127 0.0372 0.104, 0.115 0.24
C3H/HeJ f 0.126 0.00477   10 0.00151 0.0379 0.117, 0.135 1.48
C3H/HeJ m 0.12 0.0032   10 0.00101 0.0266 0.116, 0.124 1.51
C57BL/6J f 0.107 0.0029   10 0.000917 0.0271 0.104, 0.113 -0.18
C57BL/6J m 0.104 0.002   10 0.000633 0.0192 0.101, 0.108 -0.19
C57L/J f 0.125 0.00269   10 0.000849 0.0215 0.121, 0.131 1.39
C57L/J m 0.12 0.00347   10 0.0011 0.029 0.113, 0.127 1.51
C58/J f 0.112 0.0016   10 0.000504 0.0142 0.109, 0.114 0.26
C58/J m 0.11 0.00354   9 0.00118 0.0322 0.103, 0.115 0.45
CAST/EiJ f 0.0897 0.00301   10 0.000953 0.0336 0.0851, 0.0934 -1.68
CAST/EiJ m 0.0872 0.00211   10 0.000666 0.0242 0.0846, 0.0908 -1.97
CZECHII/EiJ f 0.0935 0.00378   12 0.00109 0.0404 0.0882, 0.0989 -1.35
CZECHII/EiJ m 0.0932 0.00423   12 0.00122 0.0454 0.0884, 0.102 -1.33
DBA/2J f 0.105 0.00185   10 0.000586 0.0176 0.101, 0.107 -0.35
DBA/2J m 0.102 0.00329   10 0.00104 0.0322 0.0959, 0.107 -0.4
FVB/NJ f 0.107 0.0022   10 0.000696 0.0205 0.104, 0.11 -0.18
FVB/NJ m 0.103 0.00246   10 0.000779 0.024 0.098, 0.106 -0.29
JF1/MsJ f 0.106 0.00405   11 0.00122 0.0383 0.0991, 0.113 -0.26
JF1/MsJ m 0.102 0.00258   10 0.000816 0.0252 0.0987, 0.106 -0.4
MOLF/EiJ f 0.0956 0.00315   10 0.000997 0.033 0.0918, 0.101 -1.17
MOLF/EiJ m 0.0934 0.00416   8 0.00147 0.0445 0.0883, 0.102 -1.31
MSM/MsJ f 0.0903 0.00333   11 0.001 0.0369 0.0859, 0.0954 -1.63
MSM/MsJ m 0.0887 0.00254   9 0.000848 0.0287 0.0849, 0.0918 -1.81
NOD/ShiLtJ f 0.105 0.00202   10 0.00064 0.0193 0.102, 0.107 -0.35
NOD/ShiLtJ m 0.102 0.0033   10 0.00104 0.0322 0.0975, 0.108 -0.4
NZB/BlNJ f 0.123 0.00503   10 0.00159 0.0408 0.117, 0.135 1.22
NZB/BlNJ m 0.111 0.00235   10 0.000742 0.0211 0.107, 0.115 0.56
NZW/LacJ f 0.122 0.00448   10 0.00142 0.0368 0.112, 0.127 1.13
NZW/LacJ m 0.113 0.00277   10 0.000875 0.0245 0.109, 0.117 0.77
PERA/EiJ f 0.111 0.00769   10 0.00243 0.0695 0.101, 0.13 0.17
PERA/EiJ m 0.109 0.00281   10 0.000888 0.0257 0.105, 0.113 0.34
PL/J f 0.105 0.00265   10 0.000837 0.0253 0.0994, 0.108 -0.35
PL/J m 0.106 0.00243   11 0.000732 0.0229 0.102, 0.111 0.03
PWK/PhJ f 0.106 0.00371   13 0.00103 0.0349 0.1, 0.113 -0.26
PWK/PhJ m 0.103 0.00298   9 0.000993 0.0288 0.0983, 0.108 -0.29
SEA/GnJ f 0.111 0.00371   14 0.000992 0.0334 0.103, 0.116 0.17
SEA/GnJ m 0.111 0.00288   10 0.000912 0.026 0.106, 0.116 0.56
SJL/J f 0.114 0.00343   10 0.00109 0.0302 0.108, 0.12 0.43
SJL/J m 0.107 0.00346   10 0.00109 0.0323 0.104, 0.114 0.13
SM/J f 0.0923 0.00385   10 0.00122 0.0417 0.0872, 0.0992 -1.46
SM/J m 0.0958 0.00295   10 0.000933 0.0308 0.0917, 0.0999 -1.06
SPRET/EiJ f 0.116 0.0092   9 0.00307 0.0795 0.108, 0.136 0.61
SPRET/EiJ m 0.108 0.00241   10 0.000761 0.0223 0.104, 0.113 0.24
SWR/J f 0.1 0.00117   10 0.00037 0.0117 0.0978, 0.102 -0.79
SWR/J m 0.0975 0.00246   10 0.000778 0.0252 0.0919, 0.101 -0.87
WSB/EiJ f 0.0961 0.00347   10 0.0011 0.0361 0.091, 0.102 -1.13
WSB/EiJ m 0.0969 0.0054   10 0.00171 0.0557 0.0915, 0.107 -0.94


  LEAST SQUARES MEANS (MODEL-ADJUSTED)
Strain Sex Mean SEM UpperCL LowerCL
129S1/SvImJ f 0.1191 0.0011 0.1213 0.1169
129S1/SvImJ m 0.1185 0.0011 0.1207 0.1163
129X1/SvJ f 0.1182 0.0011 0.1204 0.116
129X1/SvJ m 0.1148 0.0011 0.117 0.1126
A/J f 0.0999 0.0011 0.1021 0.0977
A/J m 0.1002 0.0011 0.1024 0.0981
AKR/J f 0.129 0.0011 0.1312 0.1268
AKR/J m 0.1243 0.0011 0.1265 0.1221
BALB/cJ f 0.1066 0.0011 0.1088 0.1044
BALB/cJ m 0.1054 0.0011 0.1076 0.1032
BTBR T+ Itpr3tf/J f 0.1291 0.0012 0.1314 0.1268
BTBR T+ Itpr3tf/J m 0.1176 0.0011 0.1198 0.1154
BUB/BnJ f 0.1102 0.0011 0.1124 0.108
BUB/BnJ m 0.1082 0.0011 0.1104 0.106
C3H/HeJ f 0.1259 0.0011 0.1281 0.1237
C3H/HeJ m 0.12 0.0011 0.1222 0.1178
C57BL/6J f 0.1068 0.0011 0.109 0.1046
C57BL/6J m 0.1043 0.0011 0.1065 0.1021
C57L/J f 0.1249 0.0011 0.1271 0.1227
C57L/J m 0.1197 0.0011 0.1219 0.1175
C58/J f 0.1121 0.0011 0.1143 0.1099
C58/J m 0.1097 0.0012 0.112 0.1074
CAST/EiJ f 0.0898 0.0011 0.0919 0.0876
CAST/EiJ m 0.0872 0.0011 0.0894 0.085
CZECHII/EiJ f 0.0935 0.001 0.0955 0.0915
CZECHII/EiJ m 0.0932 0.001 0.0952 0.0912
DBA/2J f 0.1051 0.0011 0.1073 0.1029
DBA/2J m 0.1023 0.0011 0.1045 0.1001
FVB/NJ f 0.1072 0.0011 0.1094 0.105
FVB/NJ m 0.1026 0.0011 0.1047 0.1004
JF1/MsJ f 0.1058 0.0011 0.1079 0.1037
JF1/MsJ m 0.1023 0.0011 0.1045 0.1002
MOLF/EiJ f 0.0956 0.0011 0.0978 0.0934
MOLF/EiJ m 0.0934 0.0012 0.0958 0.0909
MSM/MsJ f 0.0903 0.0011 0.0924 0.0882
MSM/MsJ m 0.0887 0.0012 0.091 0.0864
NOD/ShiLtJ f 0.1051 0.0011 0.1073 0.1029
NOD/ShiLtJ m 0.1023 0.0011 0.1045 0.1001
NZB/BlNJ f 0.1232 0.0011 0.1254 0.121
NZB/BlNJ m 0.1112 0.0011 0.1134 0.109
NZW/LacJ f 0.1216 0.0011 0.1238 0.1194
NZW/LacJ m 0.1129 0.0011 0.1151 0.1107
PERA/EiJ f 0.1106 0.0011 0.1128 0.1084
PERA/EiJ m 0.1091 0.0011 0.1113 0.1069
PL/J f 0.1048 0.0011 0.107 0.1027
PL/J m 0.1061 0.0011 0.1082 0.104
PWK/PhJ f 0.1061 0.001 0.108 0.1042
PWK/PhJ m 0.1035 0.0012 0.1058 0.1012
SEA/GnJ f 0.1109 0.0009 0.1128 0.1091
SEA/GnJ m 0.1109 0.0011 0.1131 0.1087
SJL/J f 0.1137 0.0011 0.1159 0.1115
SJL/J m 0.1072 0.0011 0.1094 0.105
SM/J f 0.0923 0.0011 0.0945 0.0902
SM/J m 0.0958 0.0011 0.098 0.0936
SPRET/EiJ f 0.1158 0.0012 0.1181 0.1135
SPRET/EiJ m 0.1077 0.0011 0.1099 0.1055
SWR/J f 0.1001 0.0011 0.1023 0.098
SWR/J m 0.0975 0.0011 0.0997 0.0954
WSB/EiJ f 0.0961 0.0011 0.0983 0.0939
WSB/EiJ m 0.0969 0.0011 0.0991 0.0947


  LEAST SQUARES MEANS (MODEL-ADJUSTED), SEXES COMBINED
Strain Sex Mean SEM UpperCL LowerCL
129S1/SvImJ both 0.1188 0.0008 0.1203 0.1173
129X1/SvJ both 0.1165 0.0008 0.118 0.115
A/J both 0.1001 0.0008 0.1016 0.0985
AKR/J both 0.1266 0.0008 0.1282 0.1251
BALB/cJ both 0.106 0.0008 0.1075 0.1045
BTBR T+ Itpr3tf/J both 0.1234 0.0008 0.1249 0.1218
BUB/BnJ both 0.1092 0.0008 0.1107 0.1077
C3H/HeJ both 0.1229 0.0008 0.1245 0.1214
C57BL/6J both 0.1055 0.0008 0.1071 0.104
C57L/J both 0.1223 0.0008 0.1238 0.1208
C58/J both 0.1109 0.0008 0.1125 0.1093
CAST/EiJ both 0.0885 0.0008 0.09 0.0869
CZECHII/EiJ both 0.0933 0.0007 0.0947 0.0919
DBA/2J both 0.1037 0.0008 0.1052 0.1022
FVB/NJ both 0.1049 0.0008 0.1064 0.1033
JF1/MsJ both 0.1041 0.0008 0.1056 0.1026
MOLF/EiJ both 0.0945 0.0008 0.0961 0.0928
MSM/MsJ both 0.0895 0.0008 0.0911 0.088
NOD/ShiLtJ both 0.1037 0.0008 0.1052 0.1022
NZB/BlNJ both 0.1172 0.0008 0.1187 0.1157
NZW/LacJ both 0.1172 0.0008 0.1188 0.1157
PERA/EiJ both 0.1098 0.0008 0.1114 0.1083
PL/J both 0.1055 0.0008 0.107 0.104
PWK/PhJ both 0.1048 0.0008 0.1063 0.1033
SEA/GnJ both 0.1109 0.0007 0.1123 0.1095
SJL/J both 0.1104 0.0008 0.112 0.1089
SM/J both 0.0941 0.0008 0.0956 0.0925
SPRET/EiJ both 0.1117 0.0008 0.1133 0.1102
SWR/J both 0.0988 0.0008 0.1004 0.0973
WSB/EiJ both 0.0965 0.0008 0.098 0.095




  GWAS USING LINEAR MIXED MODELS