Phenotype measure:   Donahue1   spine_BMD

ID, description, units MPD:11516   spine_BMD   spine (L2-L5) bone mineral density (BMD)   [g/cm2]
Data set, strains Donahue1   inbred w/CC7   30 strains     sex: both     age: 15-16wks
Procedure DXA
Ontology mappings

  STRAIN COMPARISON PLOT
Dimensions Width:   px    Height:   px
Download Plot   
Visualization Options

Donahue1 - spine (L2-L5) bone mineral density (BMD)



  MEASURE SUMMARY
Measure Summary FemaleMale
Number of strains tested30 strains30 strains
Mean of the strain means0.0753   g/cm2 0.0689   g/cm2
Median of the strain means0.0751   g/cm2 0.0690   g/cm2
SD of the strain means± 0.0121 ± 0.00894
Coefficient of variation (CV)0.161 0.130
Min–max range of strain means0.0531   –   0.0951   g/cm2 0.0534   –   0.0843   g/cm2
Mean sample size per strain10.2   mice 9.9   mice


  ANOVA, Q-Q NORMALITY ASSESSMENT
ANOVA summary      
FactorDFSum of squaresMean sum of squaresF valuep value (Pr>F)
sex 1 0.0057 0.0057 102.9651 < 0.0001
strain 29 0.0559 0.0019 34.7723 < 0.0001
sex:strain 29 0.0099 0.0003 6.1869 < 0.0001
Residuals 547 0.0303 0.0001


Q-Q normality assessment based on residuals

  


  STRAIN MEANS (UNADJUSTED)
Strain Sex Mean SD N mice SEM CV Min, Max Z score
129S1/SvImJ f 0.0942 0.00816   10 0.00258 0.0866 0.0774, 0.11 1.57
129S1/SvImJ m 0.0843 0.00708   10 0.00224 0.0839 0.0702, 0.0941 1.72
129X1/SvJ f 0.0931 0.00775   10 0.00245 0.0832 0.0801, 0.105 1.47
129X1/SvJ m 0.0802 0.00738   10 0.00233 0.092 0.0713, 0.094 1.26
A/J f 0.0648 0.00849   10 0.00269 0.131 0.052, 0.0783 -0.86
A/J m 0.0608 0.00703   10 0.00222 0.116 0.0514, 0.0709 -0.91
AKR/J f 0.0905 0.0153   10 0.00484 0.169 0.0635, 0.114 1.26
AKR/J m 0.0833 0.0113   10 0.00359 0.136 0.0628, 0.103 1.61
BALB/cJ f 0.0742 0.00514   10 0.00162 0.0692 0.0654, 0.0813 -0.09
BALB/cJ m 0.0732 0.00809   10 0.00256 0.111 0.058, 0.0821 0.48
BTBR T+ Itpr3tf/J f 0.0951 0.0089   9 0.00297 0.0936 0.0807, 0.106 1.64
BTBR T+ Itpr3tf/J m 0.0789 0.00594   10 0.00188 0.0753 0.0699, 0.0855 1.11
BUB/BnJ f 0.075 0.00751   10 0.00238 0.1 0.0656, 0.0931 -0.02
BUB/BnJ m 0.0683 0.00581   10 0.00184 0.0851 0.0615, 0.0801 -0.07
C3H/HeJ f 0.0809 0.00515   10 0.00163 0.0637 0.0736, 0.0895 0.47
C3H/HeJ m 0.0827 0.00822   10 0.0026 0.0994 0.0698, 0.0957 1.54
C57BL/6J f 0.0713 0.00404   10 0.00128 0.0567 0.0641, 0.0784 -0.33
C57BL/6J m 0.0697 0.00794   10 0.00251 0.114 0.0617, 0.0847 0.09
C57L/J f 0.0847 0.00965   10 0.00305 0.114 0.0656, 0.0963 0.78
C57L/J m 0.0642 0.00834   10 0.00264 0.13 0.0544, 0.0795 -0.53
C58/J f 0.0688 0.00652   10 0.00206 0.0948 0.058, 0.0804 -0.53
C58/J m 0.0629 0.00826   9 0.00275 0.131 0.0551, 0.0776 -0.67
CAST/EiJ f 0.0636 0.00421   10 0.00133 0.0663 0.0563, 0.0713 -0.96
CAST/EiJ m 0.0565 0.0037   10 0.00117 0.0654 0.0507, 0.063 -1.39
CZECHII/EiJ f 0.0591 0.00823   12 0.00237 0.139 0.0459, 0.0722 -1.33
CZECHII/EiJ m 0.0557 0.00559   12 0.00161 0.1 0.0486, 0.0638 -1.48
DBA/2J f 0.0662 0.00499   10 0.00158 0.0754 0.0592, 0.0753 -0.75
DBA/2J m 0.0625 0.00796   10 0.00252 0.127 0.0464, 0.0725 -0.72
FVB/NJ f 0.0763 0.00736   10 0.00233 0.0966 0.0676, 0.0892 0.09
FVB/NJ m 0.0711 0.00971   10 0.00307 0.137 0.0576, 0.0924 0.24
JF1/MsJ f 0.0752 0.00876   11 0.00264 0.117 0.064, 0.09 0.0
JF1/MsJ m 0.0598 0.00597   10 0.00189 0.0998 0.0515, 0.0704 -1.02
MOLF/EiJ f 0.06 0.00727   10 0.0023 0.121 0.0491, 0.0704 -1.26
MOLF/EiJ m 0.0534 0.00686   8 0.00242 0.128 0.0439, 0.0628 -1.74
MSM/MsJ f 0.0704 0.0042   11 0.00127 0.0596 0.0664, 0.0791 -0.4
MSM/MsJ m 0.0656 0.00682   9 0.00227 0.104 0.0549, 0.0765 -0.37
NOD/ShiLtJ f 0.0797 0.00809   10 0.00256 0.101 0.0661, 0.09 0.37
NOD/ShiLtJ m 0.0732 0.00696   10 0.0022 0.0951 0.0596, 0.0843 0.48
NZB/BlNJ f 0.0906 0.00973   10 0.00308 0.107 0.078, 0.109 1.27
NZB/BlNJ m 0.0683 0.00618   10 0.00195 0.0905 0.0597, 0.0775 -0.07
NZW/LacJ f 0.0892 0.00829   10 0.00262 0.0929 0.0757, 0.0999 1.15
NZW/LacJ m 0.0812 0.00418   10 0.00132 0.0515 0.0751, 0.0882 1.37
PERA/EiJ f 0.0575 0.00665   10 0.0021 0.116 0.0435, 0.064 -1.47
PERA/EiJ m 0.0724 0.00411   10 0.0013 0.0568 0.0659, 0.0772 0.39
PL/J f 0.0691 0.00408   10 0.00129 0.0591 0.063, 0.0751 -0.51
PL/J m 0.0724 0.0104   11 0.00313 0.143 0.0544, 0.0873 0.39
PWK/PhJ f 0.0759 0.00956   13 0.00265 0.126 0.0652, 0.0903 0.05
PWK/PhJ m 0.0606 0.00467   9 0.00156 0.0771 0.0521, 0.067 -0.93
SEA/GnJ f 0.0852 0.00804   14 0.00215 0.0943 0.0763, 0.102 0.82
SEA/GnJ m 0.068 0.0117   10 0.0037 0.172 0.0432, 0.0823 -0.1
SJL/J f 0.0795 0.00644   10 0.00204 0.081 0.0664, 0.0883 0.35
SJL/J m 0.0763 0.00604   10 0.00191 0.0791 0.0682, 0.0869 0.82
SM/J f 0.0531 0.00727   10 0.0023 0.137 0.0393, 0.0644 -1.83
SM/J m 0.0585 0.00882   10 0.00279 0.151 0.0508, 0.0816 -1.17
SPRET/EiJ f 0.0871 0.00607   9 0.00202 0.0697 0.0776, 0.0977 0.98
SPRET/EiJ m 0.072 0.00345   10 0.00109 0.0479 0.0639, 0.0756 0.34
SWR/J f 0.0707 0.00349   10 0.0011 0.0494 0.0656, 0.077 -0.38
SWR/J m 0.0748 0.0053   10 0.00168 0.0709 0.0684, 0.0831 0.66
WSB/EiJ f 0.0566 0.00516   10 0.00163 0.0912 0.0444, 0.0631 -1.54
WSB/EiJ m 0.0573 0.00671   10 0.00212 0.117 0.0491, 0.073 -1.3


  LEAST SQUARES MEANS (MODEL-ADJUSTED)
Strain Sex Mean SEM UpperCL LowerCL
129S1/SvImJ f 0.0942 0.0024 0.0988 0.0896
129S1/SvImJ m 0.0843 0.0024 0.0889 0.0797
129X1/SvJ f 0.0931 0.0024 0.0977 0.0884
129X1/SvJ m 0.0802 0.0024 0.0848 0.0756
A/J f 0.0648 0.0024 0.0694 0.0601
A/J m 0.0608 0.0024 0.0654 0.0562
AKR/J f 0.0905 0.0024 0.0951 0.0859
AKR/J m 0.0833 0.0024 0.0879 0.0787
BALB/cJ f 0.0742 0.0024 0.0788 0.0696
BALB/cJ m 0.0732 0.0024 0.0778 0.0685
BTBR T+ Itpr3tf/J f 0.0951 0.0025 0.1 0.0902
BTBR T+ Itpr3tf/J m 0.0789 0.0024 0.0835 0.0742
BUB/BnJ f 0.075 0.0024 0.0796 0.0704
BUB/BnJ m 0.0683 0.0024 0.0729 0.0637
C3H/HeJ f 0.0809 0.0024 0.0856 0.0763
C3H/HeJ m 0.0827 0.0024 0.0873 0.0781
C57BL/6J f 0.0713 0.0024 0.0759 0.0667
C57BL/6J m 0.0697 0.0024 0.0743 0.065
C57L/J f 0.0847 0.0024 0.0894 0.0801
C57L/J m 0.0642 0.0024 0.0689 0.0596
C58/J f 0.0688 0.0024 0.0734 0.0641
C58/J m 0.0629 0.0025 0.0678 0.058
CAST/EiJ f 0.0636 0.0024 0.0682 0.0589
CAST/EiJ m 0.0565 0.0024 0.0612 0.0519
CZECHII/EiJ f 0.0591 0.0021 0.0634 0.0549
CZECHII/EiJ m 0.0557 0.0021 0.06 0.0515
DBA/2J f 0.0662 0.0024 0.0708 0.0615
DBA/2J m 0.0625 0.0024 0.0671 0.0579
FVB/NJ f 0.0763 0.0024 0.0809 0.0716
FVB/NJ m 0.0711 0.0024 0.0757 0.0665
JF1/MsJ f 0.0752 0.0022 0.0796 0.0707
JF1/MsJ m 0.0598 0.0024 0.0644 0.0552
MOLF/EiJ f 0.06 0.0024 0.0646 0.0554
MOLF/EiJ m 0.0534 0.0026 0.0585 0.0482
MSM/MsJ f 0.0704 0.0022 0.0748 0.066
MSM/MsJ m 0.0656 0.0025 0.0704 0.0607
NOD/ShiLtJ f 0.0797 0.0024 0.0843 0.0751
NOD/ShiLtJ m 0.0732 0.0024 0.0778 0.0685
NZB/BlNJ f 0.0906 0.0024 0.0952 0.086
NZB/BlNJ m 0.0683 0.0024 0.073 0.0637
NZW/LacJ f 0.0892 0.0024 0.0939 0.0846
NZW/LacJ m 0.0812 0.0024 0.0858 0.0766
PERA/EiJ f 0.0575 0.0024 0.0621 0.0529
PERA/EiJ m 0.0724 0.0024 0.0771 0.0678
PL/J f 0.0691 0.0024 0.0737 0.0644
PL/J m 0.0724 0.0022 0.0768 0.068
PWK/PhJ f 0.0759 0.0021 0.08 0.0719
PWK/PhJ m 0.0606 0.0025 0.0655 0.0558
SEA/GnJ f 0.0852 0.002 0.0891 0.0813
SEA/GnJ m 0.068 0.0024 0.0726 0.0634
SJL/J f 0.0795 0.0024 0.0841 0.0749
SJL/J m 0.0763 0.0024 0.0809 0.0717
SM/J f 0.0531 0.0024 0.0577 0.0484
SM/J m 0.0585 0.0024 0.0631 0.0539
SPRET/EiJ f 0.0871 0.0025 0.092 0.0822
SPRET/EiJ m 0.072 0.0024 0.0766 0.0674
SWR/J f 0.0707 0.0024 0.0753 0.0661
SWR/J m 0.0748 0.0024 0.0794 0.0702
WSB/EiJ f 0.0566 0.0024 0.0612 0.052
WSB/EiJ m 0.0573 0.0024 0.0619 0.0527


  LEAST SQUARES MEANS (MODEL-ADJUSTED), SEXES COMBINED
Strain Sex Mean SEM UpperCL LowerCL
129S1/SvImJ both 0.0892 0.0017 0.0925 0.086
129X1/SvJ both 0.0866 0.0017 0.0899 0.0834
A/J both 0.0628 0.0017 0.0661 0.0595
AKR/J both 0.0869 0.0017 0.0902 0.0836
BALB/cJ both 0.0737 0.0017 0.077 0.0704
BTBR T+ Itpr3tf/J both 0.087 0.0017 0.0903 0.0836
BUB/BnJ both 0.0716 0.0017 0.0749 0.0684
C3H/HeJ both 0.0818 0.0017 0.0851 0.0785
C57BL/6J both 0.0705 0.0017 0.0737 0.0672
C57L/J both 0.0745 0.0017 0.0778 0.0712
C58/J both 0.0658 0.0017 0.0692 0.0625
CAST/EiJ both 0.06 0.0017 0.0633 0.0568
CZECHII/EiJ both 0.0574 0.0015 0.0604 0.0545
DBA/2J both 0.0643 0.0017 0.0676 0.0611
FVB/NJ both 0.0737 0.0017 0.077 0.0704
JF1/MsJ both 0.0675 0.0016 0.0707 0.0643
MOLF/EiJ both 0.0567 0.0018 0.0602 0.0532
MSM/MsJ both 0.068 0.0017 0.0713 0.0647
NOD/ShiLtJ both 0.0764 0.0017 0.0797 0.0732
NZB/BlNJ both 0.0795 0.0017 0.0827 0.0762
NZW/LacJ both 0.0852 0.0017 0.0885 0.082
PERA/EiJ both 0.065 0.0017 0.0682 0.0617
PL/J both 0.0707 0.0016 0.0739 0.0675
PWK/PhJ both 0.0683 0.0016 0.0714 0.0651
SEA/GnJ both 0.0766 0.0015 0.0796 0.0736
SJL/J both 0.0779 0.0017 0.0812 0.0746
SM/J both 0.0558 0.0017 0.0591 0.0525
SPRET/EiJ both 0.0796 0.0017 0.0829 0.0762
SWR/J both 0.0728 0.0017 0.076 0.0695
WSB/EiJ both 0.0569 0.0017 0.0602 0.0537




  GWAS USING LINEAR MIXED MODELS