Phenotype measure:   Wahlsten1   ac_area

ID, description, units MPD:10811   ac_area   cross-sectional area of anterior commissure at midplane   [mm2]
Data set, strains Wahlsten1   inbred   21 strains     sex: both     age: 12wks
Procedure histopathology
Ontology mappings

  STRAIN COMPARISON PLOT
Dimensions Width:   px    Height:   px
Download Plot   
Visualization Options

Wahlsten1 - cross-sectional area of anterior commissure at midplane



  MEASURE SUMMARY
Measure Summary FemaleMale
Number of strains tested21 strains20 strains
Mean of the strain means0.123   mm2 0.123   mm2
Median of the strain means0.123   mm2 0.122   mm2
SD of the strain means± 0.0241 ± 0.0242
Coefficient of variation (CV)0.196 0.196
Min–max range of strain means0.0833   –   0.181   mm2 0.0789   –   0.175   mm2
Mean sample size per strain9.5   mice 9.6   mice


  ANOVA, Q-Q NORMALITY ASSESSMENT
ANOVA summary      
FactorDFSum of squaresMean sum of squaresF valuep value (Pr>F)
sex 1 0.0008 0.0008 3.6592 0.0566
strain 19 0.2179 0.0115 54.0353 < 0.0001
sex:strain 19 0.0042 0.0002 1.04 0.4138
Residuals 345 0.0732 0.0002


Q-Q normality assessment based on residuals

  


  STRAIN MEANS (UNADJUSTED)
  
Select table page:
Strain Sex Mean SD N mice SEM CV Min, Max Z score
129S1/SvImJ f 0.118 0.0138   10 0.00436 0.116 0.097, 0.139 -0.2
129S1/SvImJ m 0.107 0.035   10 0.0111 0.328 0.01, 0.132 -0.68
A/J f 0.122 0.0105   8 0.00372 0.0859 0.11, 0.138 -0.04
A/J m 0.129 0.0126   10 0.00397 0.0975 0.112, 0.154 0.23
AKR/J f 0.122 0.0121   9 0.00404 0.099 0.11, 0.151 -0.04
AKR/J m 0.12 0.00974   8 0.00344 0.0809 0.108, 0.135 -0.14
BALB/cByJ f 0.134 0.0176   10 0.00555 0.131 0.103, 0.16 0.46
BALB/cByJ m 0.125 0.0236   10 0.00747 0.19 0.095, 0.179 0.07
BTBR T+ Itpr3tf/J f 0.15 0.0227   12 0.00655 0.152 0.123, 0.209 1.12
BTBR T+ Itpr3tf/J m 0.145 0.0164   6 0.00668 0.113 0.128, 0.169 0.9
C3H/HeJ f 0.122 0.00745   10 0.00236 0.0612 0.112, 0.131 -0.04
C3H/HeJ m 0.115 0.0113   8 0.004 0.0981 0.098, 0.131 -0.35
C57BL/6J f 0.143 0.0127   8 0.00448 0.0886 0.118, 0.16 0.83
C57BL/6J m 0.154 0.0104   10 0.0033 0.0676 0.145, 0.175 1.27
C57L/J f 0.134 0.0103   10 0.00324 0.0765 0.124, 0.15 0.46
C57L/J m 0.139 0.0134   8 0.00475 0.0968 0.119, 0.154 0.65
C58/J f 0.138 0.00742   9 0.00247 0.0538 0.127, 0.149 0.63
C58/J m 0.14 0.0131   10 0.00414 0.0934 0.115, 0.157 0.69
CAST/EiJ f 0.0833 0.0211   9 0.00703 0.253 0.061, 0.136 -1.65
CAST/EiJ m 0.0789 0.00732   9 0.00244 0.0928 0.066, 0.089 -1.84
DBA/2J f 0.105 0.0102   10 0.00322 0.0971 0.086, 0.125 -0.74
DBA/2J m 0.101 0.0141   8 0.00497 0.139 0.081, 0.118 -0.92
FVB/NJ f 0.123 0.0114   10 0.00361 0.0925 0.108, 0.146 0.0
FVB/NJ m 0.134 0.00988   11 0.00298 0.0735 0.122, 0.154 0.44
MOLF/EiJ f 0.0838 0.0122   8 0.00432 0.146 0.069, 0.101 -1.62
MOLF/EiJ m 0.088 0.00477   6 0.00195 0.0543 0.08, 0.093 -1.46
NOD/ShiLtJ f 0.148 0.0141   12 0.00407 0.0953 0.125, 0.174 1.04
NOD/ShiLtJ m 0.149 0.0157   12 0.00455 0.105 0.13, 0.193 1.06
NZB/BlNJ f 0.123 0.00606   6 0.00247 0.0491 0.12, 0.135 0.0
NZB/BlNJ m 0.117 0.0169   12 0.00488 0.144 0.083, 0.139 -0.26
PERA/EiJ f 0.0851 0.0088   10 0.00278 0.103 0.074, 0.099 -1.57
PERA/EiJ m 0.087 0.0127   12 0.00366 0.146 0.072, 0.118 -1.5
PL/J f 0.136 0.0106   12 0.00307 0.0783 0.118, 0.151 0.54
PL/J m 0.134 0.00571   8 0.00202 0.0428 0.121, 0.139 0.44
SJL/J f 0.107 0.0104   8 0.00367 0.097 0.092, 0.12 -0.66
SJL/J m 0.113 0.0138   12 0.00399 0.122 0.084, 0.132 -0.43
SM/J f 0.181 0.0186   14 0.00498 0.103 0.137, 0.211 2.41
SM/J m 0.175 0.0183   10 0.0058 0.105 0.151, 0.208 2.14
SPRET/EiJ f 0.097 0.00771   5 0.00345 0.0795 0.086, 0.105 -1.08
SWR/J f 0.126 0.00806   10 0.00255 0.0638 0.111, 0.137 0.13
SWR/J m 0.116 0.0113   10 0.00356 0.097 0.099, 0.132 -0.3


  LEAST SQUARES MEANS (MODEL-ADJUSTED)
Strain Sex Mean SEM UpperCL LowerCL
129S1/SvImJ f 0.1184 0.0046 0.1275 0.1093
129S1/SvImJ m 0.1067 0.0046 0.1158 0.0976
A/J f 0.1224 0.0052 0.1325 0.1122
A/J m 0.1287 0.0046 0.1378 0.1196
AKR/J f 0.1223 0.0049 0.1319 0.1128
AKR/J m 0.1204 0.0052 0.1305 0.1102
BALB/cByJ f 0.1344 0.0046 0.1435 0.1253
BALB/cByJ m 0.1246 0.0046 0.1337 0.1155
BTBR T+ Itpr3tf/J f 0.1496 0.0042 0.1579 0.1413
BTBR T+ Itpr3tf/J m 0.1452 0.0059 0.1569 0.1335
C3H/HeJ f 0.1218 0.0046 0.1309 0.1127
C3H/HeJ m 0.1154 0.0052 0.1255 0.1052
C57BL/6J f 0.1429 0.0052 0.153 0.1327
C57BL/6J m 0.1545 0.0046 0.1636 0.1454
C57L/J f 0.1342 0.0046 0.1433 0.1251
C57L/J m 0.1388 0.0052 0.1489 0.1286
C58/J f 0.1381 0.0049 0.1477 0.1286
C58/J m 0.1402 0.0046 0.1493 0.1311
CAST/EiJ f 0.0833 0.0049 0.0929 0.0738
CAST/EiJ m 0.0789 0.0049 0.0884 0.0693
DBA/2J f 0.1049 0.0046 0.114 0.0958
DBA/2J m 0.101 0.0052 0.1111 0.0909
FVB/NJ f 0.1233 0.0046 0.1324 0.1142
FVB/NJ m 0.1345 0.0044 0.1431 0.1258
MOLF/EiJ f 0.0838 0.0052 0.0939 0.0736
MOLF/EiJ m 0.088 0.0059 0.0997 0.0763
NOD/ShiLtJ f 0.148 0.0042 0.1563 0.1397
NOD/ShiLtJ m 0.1495 0.0042 0.1578 0.1412
NZB/BlNJ f 0.1233 0.0059 0.135 0.1116
NZB/BlNJ m 0.1171 0.0042 0.1254 0.1088
PERA/EiJ f 0.0851 0.0046 0.0942 0.076
PERA/EiJ m 0.087 0.0042 0.0953 0.0787
PL/J f 0.136 0.0042 0.1443 0.1277
PL/J m 0.1335 0.0052 0.1436 0.1234
SJL/J f 0.107 0.0052 0.1171 0.0969
SJL/J m 0.1132 0.0042 0.1214 0.1049
SM/J f 0.1806 0.0039 0.1883 0.173
SM/J m 0.1755 0.0046 0.1846 0.1664
SWR/J f 0.1263 0.0046 0.1354 0.1172
SWR/J m 0.1162 0.0046 0.1253 0.1071


  LEAST SQUARES MEANS (MODEL-ADJUSTED), SEXES COMBINED
Strain Sex Mean SEM UpperCL LowerCL
129S1/SvImJ both 0.1126 0.0033 0.119 0.1061
A/J both 0.1255 0.0035 0.1323 0.1187
AKR/J both 0.1214 0.0035 0.1283 0.1144
BALB/cByJ both 0.1295 0.0033 0.1359 0.1231
BTBR T+ Itpr3tf/J both 0.1474 0.0036 0.1545 0.1402
C3H/HeJ both 0.1186 0.0035 0.1254 0.1118
C57BL/6J both 0.1487 0.0035 0.1555 0.1419
C57L/J both 0.1365 0.0035 0.1433 0.1297
C58/J both 0.1392 0.0033 0.1457 0.1326
CAST/EiJ both 0.0811 0.0034 0.0879 0.0744
DBA/2J both 0.103 0.0035 0.1097 0.0962
FVB/NJ both 0.1289 0.0032 0.1351 0.1226
MOLF/EiJ both 0.0859 0.0039 0.0936 0.0781
NOD/ShiLtJ both 0.1488 0.003 0.1546 0.1429
NZB/BlNJ both 0.1202 0.0036 0.1274 0.113
PERA/EiJ both 0.0861 0.0031 0.0922 0.0799
PL/J both 0.1348 0.0033 0.1413 0.1282
SJL/J both 0.1101 0.0033 0.1166 0.1035
SM/J both 0.1781 0.003 0.184 0.1721
SWR/J both 0.1212 0.0033 0.1277 0.1148




  GWAS USING LINEAR MIXED MODELS