Phenotype measure:   Tordoff3   BMD

ID, description, units MPD:10326   BMD   bone mineral density (BMD)   [g/cm2]
Data set, strains Tordoff3   inbred w/CC7   40 strains     sex: both     age: 14-18wks
Procedure DXA
Ontology mappings

  STRAIN COMPARISON PLOT
Dimensions Width:   px    Height:   px
Download Plot   
Visualization Options

Tordoff3 - bone mineral density (BMD)



  MEASURE SUMMARY
Measure Summary FemaleMale
Number of strains tested40 strains40 strains
Mean of the strain means0.0541   g/cm2 0.0524   g/cm2
Median of the strain means0.0543   g/cm2 0.0530   g/cm2
SD of the strain means± 0.00578 ± 0.00483
Coefficient of variation (CV)0.107 0.0922
Min–max range of strain means0.0456   –   0.0662   g/cm2 0.0428   –   0.0609   g/cm2
Mean sample size per strain9.7   mice 9.8   mice


  ANOVA, Q-Q NORMALITY ASSESSMENT
ANOVA summary      
FactorDFSum of squaresMean sum of squaresF valuep value (Pr>F)
sex 1 0.0007 0.0007 60.5522 < 0.0001
strain 39 0.0208 0.0005 46.1505 < 0.0001
sex:strain 39 0.0014 0.0 3.1882 < 0.0001
Residuals 707 0.0082 0.0


Q-Q normality assessment based on residuals

  


  STRAIN MEANS (UNADJUSTED)
  
Select table page:
Strain Sex Mean SD N mice SEM CV Min, Max Z score
129S1/SvImJ f 0.0579 0.00476   10 0.00151 0.0822 0.0501, 0.0632 0.65
129S1/SvImJ m 0.055 0.00411   9 0.00137 0.0748 0.0493, 0.0609 0.54
A/J f 0.0493 0.00403   10 0.00128 0.0818 0.0426, 0.056 -0.84
A/J m 0.0484 0.00307   10 0.000972 0.0635 0.0441, 0.0554 -0.82
AKR/J f 0.0608 0.00614   9 0.00205 0.101 0.0471, 0.0689 1.15
AKR/J m 0.0607 0.00283   10 0.000896 0.0467 0.0563, 0.0661 1.72
BALB/cByJ f 0.0574 0.00416   9 0.00139 0.0725 0.053, 0.0654 0.56
BALB/cByJ m 0.0553 0.00306   10 0.000967 0.0553 0.0515, 0.0622 0.61
BTBR T+ Itpr3tf/J f 0.0593 0.00284   10 0.0009 0.048 0.0541, 0.0647 0.89
BTBR T+ Itpr3tf/J m 0.0583 0.00163   10 0.000514 0.0279 0.0562, 0.0615 1.23
BUB/BnJ f 0.0559 0.00276   10 0.000872 0.0493 0.0499, 0.0597 0.31
BUB/BnJ m 0.0569 0.00217   9 0.000722 0.0381 0.0528, 0.0593 0.94
C3H/HeJ f 0.0584 0.00305   10 0.000966 0.0523 0.0538, 0.0639 0.74
C3H/HeJ m 0.0573 0.00226   10 0.000714 0.0394 0.0532, 0.0597 1.02
C57BL/10J f 0.0498 0.00264   10 0.000836 0.0531 0.0448, 0.0552 -0.75
C57BL/10J m 0.0489 0.00244   10 0.000772 0.0499 0.0454, 0.053 -0.72
C57BL/6J f 0.0544 0.00651   9 0.00217 0.12 0.0499, 0.0714 0.05
C57BL/6J m 0.0533 0.00198   9 0.000661 0.0372 0.0502, 0.0556 0.19
C57BLKS/J f 0.0478 0.00152   10 0.00048 0.0318 0.0457, 0.0503 -1.1
C57BLKS/J m 0.0462 0.00236   8 0.000835 0.0511 0.0428, 0.0503 -1.28
C57BR/cdJ f 0.0618 0.00357   15 0.000921 0.0577 0.0564, 0.0694 1.33
C57BR/cdJ m 0.0555 0.00274   13 0.00076 0.0494 0.0518, 0.0612 0.65
C57L/J f 0.0618 0.00387   10 0.00122 0.0627 0.0561, 0.0698 1.33
C57L/J m 0.0538 0.00287   10 0.000906 0.0532 0.0504, 0.0595 0.3
C58/J f 0.0537 0.00288   9 0.000959 0.0535 0.0496, 0.0584 -0.08
C58/J m 0.0549 0.00314   9 0.00105 0.0571 0.0492, 0.0581 0.52
CAST/EiJ f 0.0477 0.00266   10 0.000842 0.0558 0.045, 0.0522 -1.11
CAST/EiJ m 0.0474 0.00203   10 0.000642 0.0428 0.0447, 0.0509 -1.03
CBA/J f 0.0568 0.00222   10 0.000703 0.0391 0.0537, 0.0608 0.46
CBA/J m 0.0562 0.00209   10 0.00066 0.0371 0.0518, 0.0593 0.79
CE/J f 0.0525 0.00495   9 0.00165 0.0943 0.0443, 0.0591 -0.28
CE/J m 0.0509 0.00128   8 0.000452 0.0251 0.0489, 0.0528 -0.31
CZECHII/EiJ f 0.046 0.0034   9 0.00113 0.0739 0.0419, 0.053 -1.41
CZECHII/EiJ m 0.0464 0.00246   10 0.000779 0.053 0.0442, 0.0508 -1.24
DBA/2J f 0.0509 0.00275   10 0.000869 0.054 0.0474, 0.0553 -0.56
DBA/2J m 0.0507 0.00389   10 0.00123 0.0767 0.0477, 0.0606 -0.35
FVB/NJ f 0.0564 0.00474   10 0.0015 0.084 0.0509, 0.0668 0.39
FVB/NJ m 0.0544 0.00434   10 0.00137 0.0798 0.05, 0.0658 0.42
I/LnJ f 0.0492 0.00217   10 0.000687 0.0442 0.045, 0.0517 -0.85
I/LnJ m 0.048 0.00186   10 0.00059 0.0388 0.0452, 0.0512 -0.91
JF1/MsJ f 0.05 0.00244   10 0.000772 0.0489 0.0455, 0.0548 -0.72
JF1/MsJ m 0.045 0.00285   10 0.000901 0.0634 0.0416, 0.0496 -1.53
KK/HlJ f 0.0662 0.00329   10 0.00104 0.0497 0.0617, 0.0706 2.09
KK/HlJ m 0.056 0.00356   10 0.00113 0.0636 0.0465, 0.0592 0.75
LP/J f 0.0633 0.00466   10 0.00147 0.0737 0.0561, 0.069 1.59
LP/J m 0.0609 0.00419   10 0.00133 0.0688 0.0549, 0.0675 1.77
MA/MyJ f 0.0494 0.00381   8 0.00135 0.0771 0.045, 0.0546 -0.82
MA/MyJ m 0.0473 0.00105   15 0.000272 0.0223 0.0453, 0.0487 -1.05
MOLF/EiJ f 0.0468 0.00351   9 0.00117 0.0749 0.042, 0.0525 -1.27
MOLF/EiJ m 0.046 0.00329   10 0.00104 0.0716 0.0414, 0.0514 -1.32
MSM/MsJ f 0.0456 0.00118   10 0.000372 0.0258 0.0435, 0.0476 -1.48
MSM/MsJ m 0.0428 0.00146   10 0.000461 0.0341 0.041, 0.045 -1.98
NOD/ShiLtJ f 0.0573 0.00536   8 0.00189 0.0935 0.0498, 0.0669 0.55
NOD/ShiLtJ m 0.0557 0.00203   10 0.000641 0.0364 0.0509, 0.0584 0.69
NON/ShiLtJ f 0.0631 0.00423   10 0.00134 0.067 0.0567, 0.0696 1.55
NON/ShiLtJ m 0.0588 0.00343   10 0.00109 0.0583 0.0544, 0.0665 1.33
NZB/BlNJ f 0.0623 0.00397   10 0.00125 0.0637 0.056, 0.0681 1.41
NZB/BlNJ m 0.0582 0.00388   10 0.00123 0.0668 0.0515, 0.064 1.21
NZW/LacJ f 0.059 0.003   10 0.00095 0.0509 0.0551, 0.0641 0.84
NZW/LacJ m 0.0559 0.00261   10 0.000826 0.0468 0.0512, 0.0593 0.73
PERA/EiJ f 0.0465 0.00356   10 0.00113 0.0766 0.0407, 0.0536 -1.32
PERA/EiJ m 0.052 0.00385   10 0.00122 0.074 0.048, 0.0608 -0.08
PL/J f 0.0512 0.00388   10 0.00123 0.0757 0.0452, 0.0578 -0.51
PL/J m 0.0508 0.0042   10 0.00133 0.0826 0.0464, 0.061 -0.33
PWK/PhJ f 0.0465 0.00373   10 0.00118 0.0803 0.0398, 0.051 -1.32
PWK/PhJ m 0.0452 0.00226   10 0.000716 0.05 0.0424, 0.0492 -1.49
RIIIS/J f 0.0556 0.0055   10 0.00174 0.099 0.0464, 0.0644 0.25
RIIIS/J m 0.0541 0.00427   10 0.00135 0.079 0.047, 0.0589 0.36
SEA/GnJ f 0.0543 0.00179   10 0.000565 0.0329 0.0513, 0.0581 0.03
SEA/GnJ m 0.0499 0.00187   10 0.00059 0.0374 0.0464, 0.0529 -0.51
SJL/J f 0.0586 0.00333   10 0.00105 0.0569 0.0548, 0.0644 0.77
SJL/J m 0.0588 0.0043   10 0.00136 0.0732 0.0544, 0.0675 1.33
SM/J f 0.0471 0.00271   10 0.000857 0.0575 0.0422, 0.0509 -1.22
SM/J m 0.0497 0.0024   10 0.000759 0.0483 0.0462, 0.0545 -0.55
SPRET/EiJ f 0.0545 0.00571   9 0.0019 0.105 0.0457, 0.0636 0.06
SPRET/EiJ m 0.051 0.00277   5 0.00124 0.0543 0.0474, 0.0549 -0.28
SWR/J f 0.0536 0.00445   10 0.00141 0.083 0.0483, 0.0632 -0.09
SWR/J m 0.0528 0.00243   9 0.000809 0.046 0.0499, 0.0576 0.09
WSB/EiJ f 0.0467 0.00403   10 0.00127 0.0864 0.0416, 0.0549 -1.29
WSB/EiJ m 0.0456 0.00296   10 0.000937 0.065 0.0402, 0.051 -1.4


  LEAST SQUARES MEANS (MODEL-ADJUSTED)
Strain Sex Mean SEM UpperCL LowerCL
129S1/SvImJ f 0.0579 0.0011 0.06 0.0558
129S1/SvImJ m 0.055 0.0011 0.0572 0.0528
A/J f 0.0493 0.0011 0.0514 0.0472
A/J m 0.0484 0.0011 0.0505 0.0463
AKR/J f 0.0608 0.0011 0.063 0.0585
AKR/J m 0.0607 0.0011 0.0628 0.0586
BALB/cByJ f 0.0574 0.0011 0.0596 0.0552
BALB/cByJ m 0.0552 0.0011 0.0574 0.0531
BTBR T+ Itpr3tf/J f 0.0593 0.0011 0.0614 0.0572
BTBR T+ Itpr3tf/J m 0.0583 0.0011 0.0604 0.0562
BUB/BnJ f 0.0559 0.0011 0.058 0.0538
BUB/BnJ m 0.0569 0.0011 0.0591 0.0547
C3H/HeJ f 0.0584 0.0011 0.0605 0.0563
C3H/HeJ m 0.0573 0.0011 0.0594 0.0552
C57BL/10J f 0.0498 0.0011 0.0519 0.0477
C57BL/10J m 0.0489 0.0011 0.051 0.0468
C57BL/6J f 0.0544 0.0011 0.0567 0.0522
C57BL/6J m 0.0533 0.0011 0.0556 0.0511
C57BLKS/J f 0.0478 0.0011 0.0499 0.0457
C57BLKS/J m 0.0462 0.0012 0.0485 0.0438
C57BR/cdJ f 0.0618 0.0009 0.0636 0.0601
C57BR/cdJ m 0.0555 0.0009 0.0573 0.0536
C57L/J f 0.0617 0.0011 0.0639 0.0596
C57L/J m 0.0538 0.0011 0.056 0.0517
C58/J f 0.0537 0.0011 0.0559 0.0515
C58/J m 0.0549 0.0011 0.0571 0.0527
CAST/EiJ f 0.0477 0.0011 0.0498 0.0456
CAST/EiJ m 0.0474 0.0011 0.0495 0.0453
CBA/J f 0.0568 0.0011 0.0589 0.0547
CBA/J m 0.0562 0.0011 0.0583 0.0541
CE/J f 0.0525 0.0011 0.0547 0.0503
CE/J m 0.0509 0.0012 0.0533 0.0485
CZECHII/EiJ f 0.046 0.0011 0.0483 0.0438
CZECHII/EiJ m 0.0464 0.0011 0.0485 0.0443
DBA/2J f 0.0509 0.0011 0.053 0.0488
DBA/2J m 0.0507 0.0011 0.0529 0.0486
FVB/NJ f 0.0564 0.0011 0.0585 0.0543
FVB/NJ m 0.0544 0.0011 0.0565 0.0523
I/LnJ f 0.0492 0.0011 0.0513 0.0471
I/LnJ m 0.048 0.0011 0.0501 0.0459
JF1/MsJ f 0.05 0.0011 0.0521 0.0479
JF1/MsJ m 0.045 0.0011 0.0471 0.0429
KK/HlJ f 0.0662 0.0011 0.0683 0.0641
KK/HlJ m 0.056 0.0011 0.0581 0.0539
LP/J f 0.0632 0.0011 0.0654 0.0611
LP/J m 0.0609 0.0011 0.063 0.0588
MA/MyJ f 0.0494 0.0012 0.0518 0.0471
MA/MyJ m 0.0473 0.0009 0.049 0.0455
MOLF/EiJ f 0.0468 0.0011 0.0491 0.0446
MOLF/EiJ m 0.046 0.0011 0.0481 0.0439
MSM/MsJ f 0.0455 0.0011 0.0477 0.0434
MSM/MsJ m 0.0428 0.0011 0.0449 0.0407
NOD/ShiLtJ f 0.0573 0.0012 0.0597 0.0549
NOD/ShiLtJ m 0.0557 0.0011 0.0578 0.0536
NON/ShiLtJ f 0.0631 0.0011 0.0652 0.061
NON/ShiLtJ m 0.0588 0.0011 0.0609 0.0567
NZB/BlNJ f 0.0623 0.0011 0.0644 0.0602
NZB/BlNJ m 0.0582 0.0011 0.0603 0.0561
NZW/LacJ f 0.059 0.0011 0.0611 0.0569
NZW/LacJ m 0.0559 0.0011 0.058 0.0538
PERA/EiJ f 0.0465 0.0011 0.0486 0.0444
PERA/EiJ m 0.052 0.0011 0.0541 0.0499
PL/J f 0.0512 0.0011 0.0533 0.0491
PL/J m 0.0508 0.0011 0.0529 0.0487
PWK/PhJ f 0.0465 0.0011 0.0486 0.0444
PWK/PhJ m 0.0452 0.0011 0.0473 0.0431
RIIIS/J f 0.0556 0.0011 0.0577 0.0535
RIIIS/J m 0.0541 0.0011 0.0562 0.052
SEA/GnJ f 0.0543 0.0011 0.0564 0.0522
SEA/GnJ m 0.0499 0.0011 0.052 0.0478
SJL/J f 0.0586 0.0011 0.0607 0.0565
SJL/J m 0.0588 0.0011 0.0609 0.0567
SM/J f 0.0471 0.0011 0.0492 0.045
SM/J m 0.0497 0.0011 0.0518 0.0476
SPRET/EiJ f 0.0545 0.0011 0.0568 0.0523
SPRET/EiJ m 0.051 0.0015 0.054 0.048
SWR/J f 0.0536 0.0011 0.0557 0.0515
SWR/J m 0.0528 0.0011 0.055 0.0506
WSB/EiJ f 0.0466 0.0011 0.0488 0.0445
WSB/EiJ m 0.0456 0.0011 0.0477 0.0435


  LEAST SQUARES MEANS (MODEL-ADJUSTED), SEXES COMBINED
Strain Sex Mean SEM UpperCL LowerCL
129S1/SvImJ both 0.0565 0.0008 0.058 0.0549
A/J both 0.0488 0.0008 0.0503 0.0474
AKR/J both 0.0607 0.0008 0.0622 0.0592
BALB/cByJ both 0.0563 0.0008 0.0579 0.0548
BTBR T+ Itpr3tf/J both 0.0588 0.0008 0.0603 0.0573
BUB/BnJ both 0.0564 0.0008 0.0579 0.0549
C3H/HeJ both 0.0578 0.0008 0.0593 0.0564
C57BL/10J both 0.0494 0.0008 0.0508 0.0479
C57BL/6J both 0.0539 0.0008 0.0555 0.0523
C57BLKS/J both 0.047 0.0008 0.0486 0.0454
C57BR/cdJ both 0.0587 0.0006 0.0599 0.0574
C57L/J both 0.0578 0.0008 0.0593 0.0563
C58/J both 0.0543 0.0008 0.0559 0.0527
CAST/EiJ both 0.0476 0.0008 0.0491 0.0461
CBA/J both 0.0565 0.0008 0.058 0.055
CE/J both 0.0517 0.0008 0.0533 0.0501
CZECHII/EiJ both 0.0462 0.0008 0.0478 0.0447
DBA/2J both 0.0508 0.0008 0.0523 0.0493
FVB/NJ both 0.0554 0.0008 0.0569 0.0539
I/LnJ both 0.0486 0.0008 0.0501 0.0471
JF1/MsJ both 0.0475 0.0008 0.049 0.046
KK/HlJ both 0.0611 0.0008 0.0626 0.0596
LP/J both 0.0621 0.0008 0.0636 0.0606
MA/MyJ both 0.0483 0.0007 0.0498 0.0469
MOLF/EiJ both 0.0464 0.0008 0.048 0.0449
MSM/MsJ both 0.0442 0.0008 0.0457 0.0427
NOD/ShiLtJ both 0.0565 0.0008 0.0581 0.0549
NON/ShiLtJ both 0.0609 0.0008 0.0624 0.0595
NZB/BlNJ both 0.0602 0.0008 0.0617 0.0587
NZW/LacJ both 0.0574 0.0008 0.0589 0.0559
PERA/EiJ both 0.0493 0.0008 0.0508 0.0478
PL/J both 0.051 0.0008 0.0525 0.0495
PWK/PhJ both 0.0459 0.0008 0.0474 0.0444
RIIIS/J both 0.0548 0.0008 0.0563 0.0533
SEA/GnJ both 0.0521 0.0008 0.0536 0.0506
SJL/J both 0.0587 0.0008 0.0602 0.0572
SM/J both 0.0484 0.0008 0.0499 0.0469
SPRET/EiJ both 0.0528 0.0009 0.0546 0.0509
SWR/J both 0.0532 0.0008 0.0547 0.0517
WSB/EiJ both 0.0461 0.0008 0.0476 0.0446




  GWAS USING LINEAR MIXED MODELS