Phenotype measure:   HMDPpheno1   BMD_spine

ID, description, units MPD:44603   BMD_spine   bone mineral density (BMD) of lumbar spine   [g/cm2]
Data set, strains HMDPpheno1   HMDP w/par   96 strains     sex: m     age: 16wks
Procedure DXA
Ontology mappings

  STRAIN COMPARISON PLOT
Dimensions Width:   px    Height:   px
Download Plot   
Visualization Options

HMDPpheno1 - bone mineral density (BMD) of lumbar spine



  MEASURE SUMMARY
Measure Summary Male
Number of strains tested96 strains
Mean of the strain means0.0570   g/cm2
Median of the strain means0.0570   g/cm2
SD of the strain means± 0.00536
Coefficient of variation (CV)0.0941
Min–max range of strain means0.0444   –   0.0726   g/cm2
Mean sample size per strain9.1   mice


  ANOVA, Q-Q NORMALITY ASSESSMENT
ANOVA summary      
FactorDFSum of squaresMean sum of squaresF valuep value (Pr>F)
strain 95 0.026 0.0003 17.1396 < 0.0001
Residuals 778 0.0124 0.0


Q-Q normality assessment based on residuals

  


  STRAIN MEANS (UNADJUSTED)
Strain Sex Mean SD N mice SEM CV Min, Max Z score
129X1/SvJ m 0.0678 0.00376   12 0.00108 0.0554 0.0634, 0.0758 2.02
A/J m 0.0521 0.00348   13 0.000964 0.0667 0.0456, 0.0562 -0.91
AKR/J m 0.0705 0.00322   12 0.000929 0.0457 0.0656, 0.0753 2.52
AXB10/PgnJ m 0.0563 0.00553   7 0.00209 0.0983 0.0512, 0.0668 -0.13
AXB12/PgnJ m 0.0536 0.0028   7 0.00106 0.0522 0.05, 0.0573 -0.63
AXB13/PgnJ m 0.0493 0.00405   8 0.00143 0.0821 0.0424, 0.0525 -1.43
AXB15/PgnJ m 0.055 0.00261   6 0.00106 0.0474 0.0519, 0.0581 -0.37
AXB19a/PgnJ m 0.0532 0.00253   7 0.000958 0.0477 0.0504, 0.0576 -0.71
AXB19b/PgnJ m 0.0493 0.00251   4 0.00125 0.0509 0.0471, 0.0524 -1.43
AXB19/PgnJ m 0.0503 0.0039   8 0.00138 0.0775 0.0462, 0.0556 -1.25
AXB1/PgnJ m 0.0492 0.00244   8 0.000864 0.0497 0.0465, 0.0527 -1.45
AXB23/PgnJ m 0.054 0.00399   8 0.00141 0.0738 0.0491, 0.0608 -0.56
AXB24/PgnJ m 0.051 0.00135   5 0.000605 0.0265 0.0491, 0.0523 -1.12
AXB2/PgnJ m 0.0568 0.00369   8 0.0013 0.065 0.0512, 0.0621 -0.03
AXB4/PgnJ m 0.0482 0.00417   8 0.00147 0.0864 0.0444, 0.0555 -1.64
AXB5/PgnJ m 0.0476 0.00177   6 0.000725 0.0373 0.0454, 0.0496 -1.75
AXB6/PgnJ m 0.06 0.00557   8 0.00197 0.0928 0.0478, 0.0666 0.56
AXB8/PgnJ m 0.0474 0.00474   7 0.00179 0.1 0.0433, 0.0554 -1.79
B6cC3-1/KccJ m 0.0598 0.00344   12 0.000994 0.0576 0.0532, 0.0657 0.53
BALB/cJ m 0.0582 0.00388   12 0.00112 0.0668 0.0535, 0.0647 0.23
BTBR T+ Itpr3tf/J m 0.0713 0.00409   11 0.00123 0.0573 0.0633, 0.0766 2.67
BUB/BnJ m 0.058 0.00761   10 0.00241 0.131 0.0513, 0.071 0.19
BXA11/PgnJ m 0.0528 0.00341   4 0.0017 0.0645 0.048, 0.056 -0.78
BXA12/PgnJ m 0.0444 0.00347   11 0.00104 0.078 0.0393, 0.0514 -2.35
BXA13/PgnJ m 0.0539 0.0048   8 0.0017 0.0891 0.0488, 0.061 -0.57
BXA14/PgnJ m 0.0628 0.00448   8 0.00158 0.0713 0.0573, 0.071 1.08
BXA16/PgnJ m 0.0571 0.00305   7 0.00115 0.0534 0.0526, 0.0605 0.02
BXA1/PgnJ m 0.0531 0.00326   3 0.00188 0.0614 0.0508, 0.0568 -0.72
BXA24/PgnJ m 0.0645 0.00352   8 0.00124 0.0545 0.0585, 0.0684 1.4
BXA25/PgnJ m 0.0617 0.00371   8 0.00131 0.0601 0.0546, 0.0659 0.88
BXA26/PgnJ m 0.0517 0.00385   8 0.00136 0.0745 0.0442, 0.0561 -0.98
BXA2/PgnJ m 0.0573 0.00588   8 0.00208 0.103 0.0469, 0.0651 0.06
BXA4/PgnJ m 0.0578 0.0043   8 0.00152 0.0743 0.0504, 0.0643 0.15
BXA7/PgnJ m 0.055 0.00232   8 0.00082 0.0422 0.0517, 0.0582 -0.37
BXA8/PgnJ m 0.0507 0.00427   7 0.00161 0.0842 0.0432, 0.0553 -1.17
BXD11/TyJ m 0.0601 0.00525   5 0.00235 0.0873 0.0554, 0.0682 0.58
BXD12/TyJ m 0.0671 0.0047   8 0.00166 0.0701 0.0615, 0.0764 1.89
BXD13/TyJ m 0.0615 0.00268   4 0.00134 0.0435 0.0585, 0.0648 0.84
BXD14/TyJ m 0.0596 0.00434   7 0.00164 0.0728 0.0548, 0.0676 0.49
BXD15/TyJ m 0.0581 0.00347   6 0.00142 0.0597 0.055, 0.0648 0.21
BXD16/TyJ m 0.0597 0.0028   4 0.0014 0.0469 0.0569, 0.0628 0.51
BXD18/TyJ m 0.0557 0.00285   5 0.00127 0.0511 0.0519, 0.059 -0.24
BXD19/TyJ m 0.0546 0.00379   7 0.00143 0.0695 0.0507, 0.0604 -0.44
BXD1/TyJ m 0.0574 0.00469   7 0.00177 0.0816 0.0499, 0.0627 0.08
BXD20/TyJ m 0.0568 0.00402   8 0.00142 0.0707 0.049, 0.0615 -0.03
BXD21/TyJ m 0.0496 0.00234   6 0.000955 0.0471 0.0471, 0.0524 -1.38
BXD24/TyJ-Cep290rd16/J m 0.0573 0.00556   16 0.00139 0.097 0.0494, 0.0712 0.06
BXD27/TyJ m 0.0578 0.00364   7 0.00137 0.0629 0.052, 0.0627 0.15
BXD28/TyJ m 0.0596 0.00198   4 0.000992 0.0333 0.0581, 0.0625 0.49
BXD29-Tlr4lps-2J/J m 0.0483 0.00256   6 0.00105 0.0531 0.0442, 0.0516 -1.62
BXD2/TyJ m 0.0573 0.00565   7 0.00213 0.0985 0.0469, 0.0633 0.06
BXD31/TyJ m 0.0622 0.00273   4 0.00137 0.044 0.0589, 0.0654 0.97
BXD32/TyJ m 0.0604 0.00318   8 0.00113 0.0527 0.0564, 0.0649 0.64
BXD33/TyJ m 0.0544 0.00586   8 0.00207 0.108 0.0474, 0.0664 -0.48
BXD34/TyJ m 0.0558 0.00386   8 0.00136 0.0692 0.0519, 0.0638 -0.22
BXD36/TyJ m 0.059 0.00123   4 0.000615 0.0209 0.0574, 0.0603 0.38
BXD38/TyJ m 0.0556 0.00239   8 0.000846 0.043 0.052, 0.0582 -0.26
BXD39/TyJ m 0.0536 0.004   8 0.00141 0.0746 0.0489, 0.0603 -0.63
BXD40/TyJ m 0.058 0.00413   6 0.00168 0.0711 0.0543, 0.0648 0.19
BXD42/TyJ m 0.0529 0.0024   7 0.000909 0.0455 0.0495, 0.0562 -0.76
BXD5/TyJ m 0.0531 0.00416   7 0.00157 0.0783 0.0489, 0.0617 -0.72
BXD6/TyJ m 0.0554 0.00293   8 0.00104 0.0529 0.0517, 0.0593 -0.3
BXD8/TyJ m 0.0564 0.00236   8 0.000833 0.0418 0.0525, 0.0592 -0.11
BXD9/TyJ m 0.0505 0.00265   8 0.000936 0.0524 0.048, 0.0554 -1.21
BXH10/TyJ m 0.0493 0.00425   11 0.00128 0.0861 0.0435, 0.0584 -1.43
BXH14/TyJ m 0.0569 0.00476   15 0.00123 0.0837 0.0499, 0.0688 -0.02
BXH19/TyJ m 0.0608 0.00292   20 0.000653 0.048 0.0554, 0.0671 0.71
BXH20/KccJ m 0.0598 0.00275   11 0.000828 0.0459 0.0554, 0.0652 0.53
BXH22/KccJ m 0.054 0.00279   11 0.000841 0.0517 0.0501, 0.0576 -0.56
BXH2/TyJ m 0.0509 0.00462   13 0.00128 0.0908 0.0455, 0.0608 -1.13
BXH4/TyJ m 0.0611 0.00439   11 0.00132 0.0719 0.0546, 0.0682 0.77
BXH6/TyJ m 0.0586 0.00471   12 0.00136 0.0804 0.0533, 0.0674 0.3
BXH7/TyJ m 0.0556 0.00317   11 0.000955 0.0569 0.0515, 0.0613 -0.26
BXH8/TyJ m 0.058 0.00497   10 0.00157 0.0856 0.0531, 0.0686 0.19
BXH9/TyJ m 0.0596 0.00309   10 0.000976 0.0518 0.0531, 0.0635 0.49
C3H/HeJ m 0.0653 0.00313   12 0.000905 0.048 0.0597, 0.0703 1.55
C57BL/6J m 0.0547 0.00325   16 0.000813 0.0595 0.0464, 0.0593 -0.43
C57L/J m 0.0626 0.00661   10 0.00209 0.106 0.0548, 0.0782 1.05
C58/J m 0.0586 0.00343   12 0.000989 0.0585 0.0537, 0.064 0.3
CBA/J m 0.0596 0.00301   11 0.000907 0.0505 0.0541, 0.0631 0.49
CE/J m 0.0601 0.00415   11 0.00125 0.0691 0.0553, 0.0692 0.58
DBA/2J m 0.055 0.00531   12 0.00153 0.0965 0.0492, 0.0685 -0.37
FVB/NJ m 0.0582 0.00271   8 0.000959 0.0466 0.0547, 0.0617 0.23
I/LnJ m 0.0537 0.0024   11 0.000725 0.0448 0.0505, 0.059 -0.61
KK/HlJ m 0.0627 0.0049   14 0.00131 0.0781 0.052, 0.0705 1.07
LP/J m 0.0603 0.00499   16 0.00125 0.0826 0.052, 0.069 0.62
MA/MyJ m 0.0564 0.00297   8 0.00105 0.0526 0.053, 0.0611 -0.11
NOD/ShiLtJ m 0.0602 0.00442   16 0.00111 0.0734 0.055, 0.0719 0.6
NON/ShiLtJ m 0.0662 0.00465   17 0.00113 0.0703 0.0595, 0.0745 1.72
NZB/BlNJ m 0.0664 0.0042   7 0.00159 0.0632 0.0599, 0.0712 1.76
NZW/LacJ m 0.0726 0.004   12 0.00115 0.0551 0.0652, 0.079 2.91
PL/J m 0.0547 0.00363   12 0.00105 0.0664 0.0498, 0.0598 -0.43
RIIIS/J m 0.0565 0.00331   13 0.000919 0.0587 0.0525, 0.0642 -0.09
SEA/GnJ m 0.0617 0.00475   11 0.00143 0.0769 0.0522, 0.0684 0.88
SM/J m 0.0535 0.00313   16 0.000783 0.0585 0.0479, 0.0614 -0.65
SWR/J m 0.0573 0.00286   12 0.000827 0.05 0.0539, 0.0638 0.06


  LEAST SQUARES MEANS (MODEL-ADJUSTED)
Strain Sex Mean SEM UpperCL LowerCL
129X1/SvJ m 0.0678 0.0012 0.07 0.0655
A/J m 0.0521 0.0011 0.0542 0.0499
AKR/J m 0.0705 0.0012 0.0728 0.0682
AXB10/PgnJ m 0.0563 0.0015 0.0592 0.0533
AXB12/PgnJ m 0.0536 0.0015 0.0566 0.0506
AXB13/PgnJ m 0.0493 0.0014 0.0521 0.0465
AXB15/PgnJ m 0.055 0.0016 0.0582 0.0518
AXB19a/PgnJ m 0.0532 0.0015 0.0562 0.0502
AXB19b/PgnJ m 0.0493 0.002 0.0532 0.0454
AXB19/PgnJ m 0.0503 0.0014 0.053 0.0475
AXB1/PgnJ m 0.0492 0.0014 0.052 0.0464
AXB23/PgnJ m 0.054 0.0014 0.0568 0.0513
AXB24/PgnJ m 0.051 0.0018 0.0545 0.0475
AXB2/PgnJ m 0.0568 0.0014 0.0596 0.054
AXB4/PgnJ m 0.0482 0.0014 0.051 0.0454
AXB5/PgnJ m 0.0476 0.0016 0.0508 0.0444
AXB6/PgnJ m 0.06 0.0014 0.0628 0.0573
AXB8/PgnJ m 0.0474 0.0015 0.0504 0.0445
B6cC3-1/KccJ m 0.0598 0.0012 0.0621 0.0576
BALB/cJ m 0.0582 0.0012 0.0604 0.0559
BTBR T+ Itpr3tf/J m 0.0713 0.0012 0.0737 0.0689
BUB/BnJ m 0.058 0.0013 0.0605 0.0555
BXA11/PgnJ m 0.0528 0.002 0.0567 0.0489
BXA12/PgnJ m 0.0444 0.0012 0.0468 0.0421
BXA13/PgnJ m 0.0539 0.0014 0.0567 0.0511
BXA14/PgnJ m 0.0628 0.0014 0.0656 0.06
BXA16/PgnJ m 0.0571 0.0015 0.06 0.0541
BXA1/PgnJ m 0.0531 0.0023 0.0576 0.0485
BXA24/PgnJ m 0.0645 0.0014 0.0672 0.0617
BXA25/PgnJ m 0.0617 0.0014 0.0645 0.059
BXA26/PgnJ m 0.0517 0.0014 0.0544 0.0489
BXA2/PgnJ m 0.0573 0.0014 0.06 0.0545
BXA4/PgnJ m 0.0579 0.0014 0.0606 0.0551
BXA7/PgnJ m 0.055 0.0014 0.0577 0.0522
BXA8/PgnJ m 0.0507 0.0015 0.0537 0.0477
BXD11/TyJ m 0.0601 0.0018 0.0636 0.0566
BXD12/TyJ m 0.0671 0.0014 0.0699 0.0643
BXD13/TyJ m 0.0615 0.002 0.0654 0.0576
BXD14/TyJ m 0.0596 0.0015 0.0626 0.0566
BXD15/TyJ m 0.0581 0.0016 0.0613 0.0549
BXD16/TyJ m 0.0598 0.002 0.0637 0.0558
BXD18/TyJ m 0.0557 0.0018 0.0592 0.0522
BXD19/TyJ m 0.0546 0.0015 0.0575 0.0516
BXD1/TyJ m 0.0574 0.0015 0.0604 0.0545
BXD20/TyJ m 0.0568 0.0014 0.0596 0.054
BXD21/TyJ m 0.0496 0.0016 0.0528 0.0464
BXD24/TyJ-Cep290rd16/J m 0.0573 0.001 0.0592 0.0553
BXD27/TyJ m 0.0578 0.0015 0.0608 0.0548
BXD28/TyJ m 0.0596 0.002 0.0635 0.0557
BXD29-Tlr4lps-2J/J m 0.0483 0.0016 0.0515 0.0451
BXD2/TyJ m 0.0573 0.0015 0.0603 0.0544
BXD31/TyJ m 0.0622 0.002 0.0661 0.0583
BXD32/TyJ m 0.0604 0.0014 0.0631 0.0576
BXD33/TyJ m 0.0544 0.0014 0.0572 0.0517
BXD34/TyJ m 0.0558 0.0014 0.0586 0.053
BXD36/TyJ m 0.059 0.002 0.0629 0.0551
BXD38/TyJ m 0.0556 0.0014 0.0584 0.0528
BXD39/TyJ m 0.0536 0.0014 0.0563 0.0508
BXD40/TyJ m 0.058 0.0016 0.0612 0.0548
BXD42/TyJ m 0.0529 0.0015 0.0558 0.0499
BXD5/TyJ m 0.0531 0.0015 0.0561 0.0501
BXD6/TyJ m 0.0554 0.0014 0.0582 0.0527
BXD8/TyJ m 0.0564 0.0014 0.0591 0.0536
BXD9/TyJ m 0.0505 0.0014 0.0533 0.0478
BXH10/TyJ m 0.0493 0.0012 0.0517 0.047
BXH14/TyJ m 0.0569 0.001 0.0589 0.0548
BXH19/TyJ m 0.0608 0.0009 0.0626 0.0591
BXH20/KccJ m 0.0598 0.0012 0.0622 0.0575
BXH22/KccJ m 0.054 0.0012 0.0563 0.0516
BXH2/TyJ m 0.0509 0.0011 0.053 0.0487
BXH4/TyJ m 0.0611 0.0012 0.0634 0.0587
BXH6/TyJ m 0.0586 0.0012 0.0608 0.0563
BXH7/TyJ m 0.0556 0.0012 0.058 0.0533
BXH8/TyJ m 0.058 0.0013 0.0605 0.0555
BXH9/TyJ m 0.0596 0.0013 0.0621 0.0571
C3H/HeJ m 0.0653 0.0012 0.0676 0.0631
C57BL/6J m 0.0547 0.001 0.0567 0.0527
C57L/J m 0.0626 0.0013 0.0651 0.0601
C58/J m 0.0586 0.0012 0.0608 0.0563
CBA/J m 0.0596 0.0012 0.0619 0.0572
CE/J m 0.0601 0.0012 0.0625 0.0578
DBA/2J m 0.055 0.0012 0.0573 0.0528
FVB/NJ m 0.0582 0.0014 0.061 0.0554
I/LnJ m 0.0537 0.0012 0.056 0.0513
KK/HlJ m 0.0627 0.0011 0.0648 0.0606
LP/J m 0.0603 0.001 0.0623 0.0584
MA/MyJ m 0.0564 0.0014 0.0592 0.0537
NOD/ShiLtJ m 0.0602 0.001 0.0622 0.0583
NON/ShiLtJ m 0.0662 0.001 0.0681 0.0643
NZB/BlNJ m 0.0664 0.0015 0.0693 0.0634
NZW/LacJ m 0.0726 0.0012 0.0749 0.0703
PL/J m 0.0547 0.0012 0.0569 0.0524
RIIIS/J m 0.0565 0.0011 0.0587 0.0543
SEA/GnJ m 0.0617 0.0012 0.0641 0.0593
SM/J m 0.0535 0.001 0.0555 0.0516
SWR/J m 0.0573 0.0012 0.0596 0.0551




  GWAS USING LINEAR MIXED MODELS