Phenotype measure:   HMDPpheno1   BMD_femur

ID, description, units MPD:44602   BMD_femur   bone mineral density (BMD) of left femur   [g/cm2]
Data set, strains HMDPpheno1   HMDP w/par   96 strains     sex: m     age: 16wks
Procedure DXA
Ontology mappings

  STRAIN COMPARISON PLOT
Dimensions Width:   px    Height:   px
Download Plot   
Visualization Options

HMDPpheno1 - bone mineral density (BMD) of left femur



  MEASURE SUMMARY
Measure Summary Male
Number of strains tested96 strains
Mean of the strain means0.0771   g/cm2
Median of the strain means0.0774   g/cm2
SD of the strain means± 0.00809
Coefficient of variation (CV)0.105
Min–max range of strain means0.0602   –   0.0966   g/cm2
Mean sample size per strain8.9   mice


  ANOVA, Q-Q NORMALITY ASSESSMENT
ANOVA summary      
FactorDFSum of squaresMean sum of squaresF valuep value (Pr>F)
strain 95 0.0529 0.0006 13.7353 < 0.0001
Residuals 768 0.0312 0.0


Q-Q normality assessment based on residuals

  


  STRAIN MEANS (UNADJUSTED)
Strain Sex Mean SD N mice SEM CV Min, Max Z score
129X1/SvJ m 0.0876 0.00371   12 0.00107 0.0424 0.0817, 0.0925 1.3
A/J m 0.0658 0.00528   13 0.00147 0.0803 0.0595, 0.074 -1.4
AKR/J m 0.0908 0.00886   11 0.00267 0.0975 0.0777, 0.11 1.69
AXB10/PgnJ m 0.0782 0.00499   7 0.00189 0.0638 0.0721, 0.0859 0.13
AXB12/PgnJ m 0.0692 0.00435   7 0.00164 0.0629 0.0635, 0.0751 -0.98
AXB13/PgnJ m 0.0604 0.00348   8 0.00123 0.0576 0.0555, 0.0649 -2.07
AXB15/PgnJ m 0.0719 0.0051   6 0.00208 0.071 0.0672, 0.0816 -0.64
AXB19a/PgnJ m 0.0708 0.00476   7 0.0018 0.0673 0.064, 0.0766 -0.78
AXB19b/PgnJ m 0.0736 0.00284   4 0.00142 0.0386 0.0701, 0.0766 -0.43
AXB19/PgnJ m 0.0709 0.00702   8 0.00248 0.099 0.0627, 0.0843 -0.77
AXB1/PgnJ m 0.0693 0.00336   8 0.00119 0.0484 0.0658, 0.0741 -0.97
AXB23/PgnJ m 0.0675 0.00166   5 0.000744 0.0246 0.0654, 0.0694 -1.19
AXB24/PgnJ m 0.0706 0.00239   5 0.00107 0.0338 0.0673, 0.0736 -0.8
AXB2/PgnJ m 0.0774 0.00778   8 0.00275 0.101 0.0672, 0.0907 0.04
AXB4/PgnJ m 0.0617 0.00502   8 0.00177 0.0814 0.0551, 0.0697 -1.9
AXB5/PgnJ m 0.0658 0.00443   6 0.00181 0.0673 0.0602, 0.0716 -1.4
AXB6/PgnJ m 0.0755 0.00953   8 0.00337 0.126 0.0578, 0.0864 -0.2
AXB8/PgnJ m 0.0634 0.0036   7 0.00136 0.0568 0.0587, 0.0695 -1.69
B6cC3-1/KccJ m 0.0837 0.00444   12 0.00128 0.053 0.0762, 0.0914 0.81
BALB/cJ m 0.077 0.00579   12 0.00167 0.0751 0.0683, 0.0879 -0.01
BTBR T+ Itpr3tf/J m 0.0908 0.0095   11 0.00286 0.105 0.0797, 0.112 1.69
BUB/BnJ m 0.0821 0.00498   10 0.00157 0.0607 0.0745, 0.0893 0.62
BXA11/PgnJ m 0.0643 0.00426   4 0.00213 0.0662 0.06, 0.0702 -1.58
BXA12/PgnJ m 0.0696 0.00719   11 0.00217 0.103 0.0549, 0.0776 -0.93
BXA13/PgnJ m 0.0704 0.00445   6 0.00182 0.0632 0.0647, 0.0767 -0.83
BXA14/PgnJ m 0.0937 0.00562   8 0.00199 0.06 0.0847, 0.102 2.05
BXA16/PgnJ m 0.078 0.00501   7 0.00189 0.0642 0.0692, 0.0825 0.11
BXA1/PgnJ m 0.0715 0.00577   3 0.00333 0.0807 0.0667, 0.0779 -0.69
BXA24/PgnJ m 0.078 0.00565   8 0.002 0.0725 0.0678, 0.0847 0.11
BXA25/PgnJ m 0.0837 0.00537   8 0.0019 0.0642 0.0778, 0.0931 0.81
BXA26/PgnJ m 0.0698 0.00611   8 0.00216 0.0875 0.0577, 0.0766 -0.9
BXA2/PgnJ m 0.0735 0.00641   8 0.00227 0.0872 0.0603, 0.081 -0.45
BXA4/PgnJ m 0.0801 0.00769   8 0.00272 0.0961 0.0684, 0.0907 0.37
BXA7/PgnJ m 0.076 0.00769   8 0.00272 0.101 0.0629, 0.088 -0.14
BXA8/PgnJ m 0.067 0.00571   7 0.00216 0.0852 0.0622, 0.0789 -1.25
BXD11/TyJ m 0.0836 0.00662   4 0.00331 0.0791 0.075, 0.0903 0.8
BXD12/TyJ m 0.0892 0.00649   8 0.00229 0.0728 0.0818, 0.0988 1.49
BXD13/TyJ m 0.0936 0.00781   4 0.00391 0.0834 0.0861, 0.102 2.04
BXD14/TyJ m 0.0858 0.0046   8 0.00163 0.0536 0.0808, 0.0925 1.07
BXD15/TyJ m 0.0835 0.00349   6 0.00143 0.0418 0.0784, 0.0882 0.79
BXD16/TyJ m 0.0843 0.00385   4 0.00192 0.0456 0.0804, 0.0896 0.89
BXD18/TyJ m 0.0804 0.00464   5 0.00207 0.0577 0.0731, 0.0851 0.41
BXD19/TyJ m 0.0759 0.0036   7 0.00136 0.0474 0.0702, 0.0808 -0.15
BXD1/TyJ m 0.082 0.00611   5 0.00273 0.0745 0.0767, 0.0924 0.6
BXD20/TyJ m 0.0811 0.00298   8 0.00105 0.0367 0.0761, 0.0855 0.49
BXD21/TyJ m 0.0693 0.00801   6 0.00327 0.116 0.0608, 0.0831 -0.97
BXD24/TyJ-Cep290rd16/J m 0.0759 0.00699   16 0.00175 0.092 0.0661, 0.0904 -0.15
BXD27/TyJ m 0.0775 0.00854   7 0.00323 0.11 0.0675, 0.0908 0.05
BXD28/TyJ m 0.0854 0.00742   4 0.00371 0.087 0.0773, 0.0949 1.02
BXD29-Tlr4lps-2J/J m 0.0697 0.00386   6 0.00158 0.0554 0.0668, 0.0767 -0.92
BXD2/TyJ m 0.0809 0.00775   6 0.00316 0.0958 0.0707, 0.0876 0.47
BXD31/TyJ m 0.0861 0.00208   4 0.00104 0.0241 0.083, 0.0874 1.11
BXD32/TyJ m 0.0812 0.00724   8 0.00256 0.0891 0.0726, 0.096 0.5
BXD33/TyJ m 0.0779 0.00889   8 0.00314 0.114 0.0655, 0.0895 0.1
BXD34/TyJ m 0.0795 0.00307   8 0.00109 0.0386 0.0748, 0.0829 0.29
BXD36/TyJ m 0.0966 0.00748   3 0.00432 0.0774 0.0922, 0.105 2.41
BXD38/TyJ m 0.0742 0.00451   8 0.0016 0.0608 0.0685, 0.0808 -0.36
BXD39/TyJ m 0.0761 0.00878   8 0.0031 0.115 0.0613, 0.086 -0.13
BXD40/TyJ m 0.0766 0.00435   6 0.00178 0.0568 0.0719, 0.0848 -0.06
BXD42/TyJ m 0.0765 0.00523   7 0.00198 0.0683 0.0704, 0.0863 -0.08
BXD5/TyJ m 0.0703 0.007   7 0.00265 0.0996 0.0563, 0.0762 -0.84
BXD6/TyJ m 0.075 0.00686   8 0.00243 0.0915 0.0614, 0.0814 -0.26
BXD8/TyJ m 0.078 0.00569   7 0.00215 0.0729 0.0661, 0.0829 0.11
BXD9/TyJ m 0.0724 0.00795   8 0.00281 0.11 0.063, 0.0878 -0.58
BXH10/TyJ m 0.0681 0.0101   11 0.00306 0.149 0.0515, 0.085 -1.11
BXH14/TyJ m 0.0781 0.00509   15 0.00132 0.0652 0.0672, 0.0867 0.12
BXH19/TyJ m 0.0776 0.00842   20 0.00188 0.109 0.0659, 0.1 0.06
BXH20/KccJ m 0.0837 0.00656   11 0.00198 0.0784 0.0722, 0.0938 0.81
BXH22/KccJ m 0.0788 0.00757   11 0.00228 0.096 0.0614, 0.0877 0.21
BXH2/TyJ m 0.0602 0.00885   13 0.00245 0.147 0.0498, 0.0792 -2.09
BXH4/TyJ m 0.0806 0.00586   11 0.00177 0.0726 0.0702, 0.0884 0.43
BXH6/TyJ m 0.0725 0.00479   12 0.00138 0.066 0.0668, 0.0818 -0.57
BXH7/TyJ m 0.0835 0.00932   11 0.00281 0.112 0.0683, 0.0952 0.79
BXH8/TyJ m 0.0778 0.00928   9 0.00309 0.119 0.0621, 0.0906 0.08
BXH9/TyJ m 0.0797 0.00633   10 0.002 0.0794 0.069, 0.0887 0.32
C3H/HeJ m 0.0921 0.00449   12 0.0013 0.0488 0.0862, 0.0998 1.85
C57BL/6J m 0.0752 0.00633   16 0.00158 0.0842 0.0654, 0.0884 -0.24
C57L/J m 0.0823 0.00571   11 0.00172 0.0694 0.0736, 0.0919 0.64
C58/J m 0.0698 0.0031   12 0.000894 0.0444 0.0654, 0.0746 -0.9
CBA/J m 0.0874 0.0051   11 0.00154 0.0584 0.0791, 0.0941 1.27
CE/J m 0.0871 0.00328   11 0.00099 0.0377 0.0821, 0.0914 1.23
DBA/2J m 0.0741 0.00529   12 0.00153 0.0713 0.0665, 0.0854 -0.37
FVB/NJ m 0.0735 0.00503   9 0.00168 0.0685 0.0664, 0.0796 -0.45
I/LnJ m 0.0652 0.0039   11 0.00118 0.0598 0.0597, 0.072 -1.47
KK/HlJ m 0.0809 0.00769   14 0.00206 0.095 0.0699, 0.0972 0.47
LP/J m 0.0779 0.00971   16 0.00243 0.125 0.0674, 0.0979 0.1
MA/MyJ m 0.0796 0.0072   8 0.00255 0.0904 0.0693, 0.0925 0.31
NOD/ShiLtJ m 0.0745 0.00546   16 0.00137 0.0733 0.0665, 0.0862 -0.32
NON/ShiLtJ m 0.0877 0.00643   17 0.00156 0.0733 0.0757, 0.0978 1.31
NZB/BlNJ m 0.0963 0.00843   7 0.00319 0.0875 0.0815, 0.104 2.37
NZW/LacJ m 0.0869 0.00843   12 0.00243 0.0969 0.0753, 0.105 1.21
PL/J m 0.0731 0.00672   12 0.00194 0.092 0.0631, 0.0874 -0.5
RIIIS/J m 0.0654 0.00401   13 0.00111 0.0614 0.0589, 0.074 -1.45
SEA/GnJ m 0.0783 0.00356   11 0.00107 0.0455 0.0711, 0.084 0.15
SM/J m 0.0696 0.0067   16 0.00167 0.0962 0.0626, 0.0836 -0.93
SWR/J m 0.0674 0.00373   12 0.00108 0.0554 0.0597, 0.0722 -1.2


  LEAST SQUARES MEANS (MODEL-ADJUSTED)
Strain Sex Mean SEM UpperCL LowerCL
129X1/SvJ m 0.0876 0.0018 0.0912 0.084
A/J m 0.0658 0.0018 0.0693 0.0624
AKR/J m 0.0908 0.0019 0.0946 0.087
AXB10/PgnJ m 0.0782 0.0024 0.083 0.0735
AXB12/PgnJ m 0.0692 0.0024 0.074 0.0645
AXB13/PgnJ m 0.0604 0.0023 0.0649 0.056
AXB15/PgnJ m 0.0719 0.0026 0.077 0.0668
AXB19a/PgnJ m 0.0708 0.0024 0.0755 0.066
AXB19b/PgnJ m 0.0736 0.0032 0.0798 0.0673
AXB19/PgnJ m 0.0709 0.0023 0.0753 0.0665
AXB1/PgnJ m 0.0693 0.0023 0.0737 0.0649
AXB23/PgnJ m 0.0675 0.0028 0.0731 0.0619
AXB24/PgnJ m 0.0706 0.0028 0.0762 0.065
AXB2/PgnJ m 0.0774 0.0023 0.0818 0.073
AXB4/PgnJ m 0.0617 0.0023 0.0661 0.0573
AXB5/PgnJ m 0.0658 0.0026 0.0709 0.0607
AXB6/PgnJ m 0.0755 0.0023 0.0799 0.071
AXB8/PgnJ m 0.0634 0.0024 0.0681 0.0587
B6cC3-1/KccJ m 0.0836 0.0018 0.0873 0.08
BALB/cJ m 0.077 0.0018 0.0806 0.0734
BTBR T+ Itpr3tf/J m 0.0908 0.0019 0.0946 0.0871
BUB/BnJ m 0.0821 0.002 0.086 0.0781
BXA11/PgnJ m 0.0643 0.0032 0.0706 0.0581
BXA12/PgnJ m 0.0696 0.0019 0.0733 0.0658
BXA13/PgnJ m 0.0704 0.0026 0.0755 0.0653
BXA14/PgnJ m 0.0937 0.0023 0.0981 0.0893
BXA16/PgnJ m 0.078 0.0024 0.0827 0.0733
BXA1/PgnJ m 0.0715 0.0037 0.0787 0.0643
BXA24/PgnJ m 0.078 0.0023 0.0824 0.0736
BXA25/PgnJ m 0.0837 0.0023 0.0881 0.0793
BXA26/PgnJ m 0.0698 0.0023 0.0742 0.0654
BXA2/PgnJ m 0.0735 0.0023 0.0779 0.0691
BXA4/PgnJ m 0.0801 0.0023 0.0845 0.0757
BXA7/PgnJ m 0.076 0.0023 0.0804 0.0716
BXA8/PgnJ m 0.067 0.0024 0.0718 0.0623
BXD11/TyJ m 0.0836 0.0032 0.0899 0.0774
BXD12/TyJ m 0.0891 0.0023 0.0936 0.0847
BXD13/TyJ m 0.0936 0.0032 0.0999 0.0874
BXD14/TyJ m 0.0858 0.0023 0.0903 0.0814
BXD15/TyJ m 0.0835 0.0026 0.0886 0.0784
BXD16/TyJ m 0.0843 0.0032 0.0906 0.0781
BXD18/TyJ m 0.0804 0.0028 0.086 0.0748
BXD19/TyJ m 0.0759 0.0024 0.0807 0.0712
BXD1/TyJ m 0.082 0.0028 0.0876 0.0764
BXD20/TyJ m 0.0811 0.0023 0.0855 0.0767
BXD21/TyJ m 0.0693 0.0026 0.0744 0.0642
BXD24/TyJ-Cep290rd16/J m 0.0759 0.0016 0.079 0.0728
BXD27/TyJ m 0.0775 0.0024 0.0823 0.0728
BXD28/TyJ m 0.0854 0.0032 0.0916 0.0791
BXD29-Tlr4lps-2J/J m 0.0697 0.0026 0.0748 0.0646
BXD2/TyJ m 0.0809 0.0026 0.086 0.0758
BXD31/TyJ m 0.0861 0.0032 0.0924 0.0798
BXD32/TyJ m 0.0812 0.0023 0.0857 0.0768
BXD33/TyJ m 0.0779 0.0023 0.0823 0.0735
BXD34/TyJ m 0.0795 0.0023 0.0839 0.075
BXD36/TyJ m 0.0966 0.0037 0.1038 0.0893
BXD38/TyJ m 0.0742 0.0023 0.0787 0.0698
BXD39/TyJ m 0.0761 0.0023 0.0805 0.0717
BXD40/TyJ m 0.0766 0.0026 0.0817 0.0715
BXD42/TyJ m 0.0765 0.0024 0.0813 0.0718
BXD5/TyJ m 0.0703 0.0024 0.075 0.0656
BXD6/TyJ m 0.075 0.0023 0.0795 0.0706
BXD8/TyJ m 0.078 0.0024 0.0828 0.0733
BXD9/TyJ m 0.0724 0.0023 0.0768 0.068
BXH10/TyJ m 0.0681 0.0019 0.0719 0.0643
BXH14/TyJ m 0.0781 0.0016 0.0813 0.0749
BXH19/TyJ m 0.0776 0.0014 0.0804 0.0748
BXH20/KccJ m 0.0837 0.0019 0.0874 0.0799
BXH22/KccJ m 0.0788 0.0019 0.0826 0.0751
BXH2/TyJ m 0.0602 0.0018 0.0637 0.0567
BXH4/TyJ m 0.0806 0.0019 0.0844 0.0769
BXH6/TyJ m 0.0725 0.0018 0.0761 0.0689
BXH7/TyJ m 0.0835 0.0019 0.0873 0.0797
BXH8/TyJ m 0.0778 0.0021 0.082 0.0737
BXH9/TyJ m 0.0797 0.002 0.0837 0.0757
C3H/HeJ m 0.0921 0.0018 0.0957 0.0885
C57BL/6J m 0.0752 0.0016 0.0783 0.0721
C57L/J m 0.0823 0.0019 0.0861 0.0785
C58/J m 0.0698 0.0018 0.0734 0.0662
CBA/J m 0.0874 0.0019 0.0911 0.0836
CE/J m 0.0871 0.0019 0.0909 0.0833
DBA/2J m 0.0741 0.0018 0.0778 0.0705
FVB/NJ m 0.0735 0.0021 0.0777 0.0693
I/LnJ m 0.0652 0.0019 0.069 0.0614
KK/HlJ m 0.0809 0.0017 0.0843 0.0776
LP/J m 0.0779 0.0016 0.081 0.0748
MA/MyJ m 0.0796 0.0023 0.0841 0.0752
NOD/ShiLtJ m 0.0745 0.0016 0.0776 0.0714
NON/ShiLtJ m 0.0877 0.0015 0.0907 0.0846
NZB/BlNJ m 0.0963 0.0024 0.101 0.0916
NZW/LacJ m 0.0869 0.0018 0.0905 0.0833
PL/J m 0.0731 0.0018 0.0767 0.0695
RIIIS/J m 0.0654 0.0018 0.0689 0.0619
SEA/GnJ m 0.0783 0.0019 0.0821 0.0745
SM/J m 0.0696 0.0016 0.0727 0.0665
SWR/J m 0.0674 0.0018 0.071 0.0638




  GWAS USING LINEAR MIXED MODELS