Phenotype measure:   HMDPpheno1   BMD_body

ID, description, units MPD:44601   BMD_body   whole body bone mineral density (BMD; skull, lumbar spine, left femur excluded)   [g/cm2]
Data set, strains HMDPpheno1   HMDP w/par   96 strains     sex: m     age: 16wks
Procedure DXA
Ontology mappings

  STRAIN COMPARISON PLOT
Dimensions Width:   px    Height:   px
Download Plot   
Visualization Options

HMDPpheno1 - whole body bone mineral density (BMD; skull, lumbar spine, left femur excluded)



  MEASURE SUMMARY
Measure Summary Male
Number of strains tested96 strains
Mean of the strain means0.0487   g/cm2
Median of the strain means0.0484   g/cm2
SD of the strain means± 0.00410
Coefficient of variation (CV)0.0842
Min–max range of strain means0.0417   –   0.0588   g/cm2
Mean sample size per strain9.1   mice


  ANOVA, Q-Q NORMALITY ASSESSMENT
ANOVA summary      
FactorDFSum of squaresMean sum of squaresF valuep value (Pr>F)
strain 95 0.0154 0.0002 21.6604 < 0.0001
Residuals 781 0.0059 0.0


Q-Q normality assessment based on residuals

  


  STRAIN MEANS (UNADJUSTED)
Strain Sex Mean SD N mice SEM CV Min, Max Z score
129X1/SvJ m 0.0545 0.00192   12 0.000555 0.0352 0.051, 0.0579 1.41
A/J m 0.0457 0.00249   13 0.000691 0.0545 0.0414, 0.0503 -0.73
AKR/J m 0.0579 0.00251   12 0.000723 0.0433 0.0538, 0.0622 2.24
AXB10/PgnJ m 0.047 0.002   7 0.000755 0.0425 0.0434, 0.0496 -0.42
AXB12/PgnJ m 0.0447 0.00236   7 0.000891 0.0527 0.0415, 0.0471 -0.98
AXB13/PgnJ m 0.0424 0.00224   8 0.000792 0.0528 0.0388, 0.0446 -1.54
AXB15/PgnJ m 0.0466 0.0039   6 0.00159 0.0837 0.042, 0.0517 -0.51
AXB19a/PgnJ m 0.044 0.00183   7 0.000692 0.0416 0.0412, 0.046 -1.15
AXB19b/PgnJ m 0.0427 0.00094   4 0.00047 0.022 0.0415, 0.0438 -1.46
AXB19/PgnJ m 0.0434 0.00359   8 0.00127 0.0828 0.0388, 0.0473 -1.29
AXB1/PgnJ m 0.0436 0.00197   8 0.000696 0.0452 0.0406, 0.046 -1.24
AXB23/PgnJ m 0.0446 0.00255   8 0.000902 0.0572 0.0406, 0.0487 -1.0
AXB24/PgnJ m 0.0454 0.00111   5 0.000495 0.0244 0.0442, 0.047 -0.81
AXB2/PgnJ m 0.0481 0.00206   8 0.000729 0.0429 0.045, 0.0509 -0.15
AXB4/PgnJ m 0.0417 0.00375   8 0.00133 0.0899 0.0382, 0.0504 -1.71
AXB5/PgnJ m 0.0425 0.00217   6 0.000884 0.0509 0.0396, 0.0461 -1.51
AXB6/PgnJ m 0.0491 0.00312   8 0.0011 0.0635 0.0438, 0.0535 0.1
AXB8/PgnJ m 0.043 0.0022   7 0.000831 0.0512 0.0397, 0.0461 -1.39
B6cC3-1/KccJ m 0.0541 0.00259   12 0.000747 0.0478 0.0509, 0.0586 1.32
BALB/cJ m 0.0501 0.00291   12 0.00084 0.0581 0.0443, 0.0554 0.34
BTBR T+ Itpr3tf/J m 0.0588 0.00372   11 0.00112 0.0632 0.0526, 0.0639 2.46
BUB/BnJ m 0.0481 0.00387   10 0.00122 0.0805 0.0439, 0.0558 -0.15
BXA11/PgnJ m 0.0459 0.00108   4 0.000541 0.0236 0.0446, 0.047 -0.68
BXA12/PgnJ m 0.043 0.00243   11 0.000733 0.0566 0.0404, 0.0476 -1.39
BXA13/PgnJ m 0.0474 0.00212   8 0.000749 0.0447 0.0442, 0.0506 -0.32
BXA14/PgnJ m 0.0531 0.00208   8 0.000734 0.039 0.0495, 0.0559 1.07
BXA16/PgnJ m 0.0481 0.00177   7 0.000671 0.0369 0.0451, 0.0511 -0.15
BXA1/PgnJ m 0.0441 0.00125   3 0.000723 0.0284 0.0428, 0.0453 -1.12
BXA24/PgnJ m 0.0487 0.00234   8 0.000827 0.048 0.0435, 0.0507 0.0
BXA25/PgnJ m 0.0489 0.00248   8 0.000877 0.0507 0.0446, 0.0521 0.05
BXA26/PgnJ m 0.0448 0.0029   8 0.00103 0.0648 0.0387, 0.0485 -0.95
BXA2/PgnJ m 0.0457 0.0012   8 0.000424 0.0263 0.0435, 0.0471 -0.73
BXA4/PgnJ m 0.0467 0.00237   8 0.000837 0.0507 0.043, 0.0513 -0.49
BXA7/PgnJ m 0.0459 0.00131   8 0.000462 0.0285 0.0432, 0.0477 -0.68
BXA8/PgnJ m 0.0434 0.00331   7 0.00125 0.0762 0.0389, 0.0474 -1.29
BXD11/TyJ m 0.051 0.00237   5 0.00106 0.0465 0.0476, 0.0534 0.56
BXD12/TyJ m 0.0513 0.00258   8 0.000913 0.0503 0.0463, 0.0543 0.63
BXD13/TyJ m 0.0497 0.00159   4 0.000796 0.0321 0.0483, 0.0512 0.24
BXD14/TyJ m 0.0494 0.00281   8 0.000995 0.0569 0.0453, 0.0541 0.17
BXD15/TyJ m 0.0491 0.00299   6 0.00122 0.061 0.0445, 0.0532 0.1
BXD16/TyJ m 0.0473 0.00176   4 0.000882 0.0373 0.0455, 0.0497 -0.34
BXD18/TyJ m 0.0498 0.0026   5 0.00116 0.0522 0.0459, 0.0527 0.27
BXD19/TyJ m 0.0458 0.00265   7 0.001 0.0578 0.0414, 0.0487 -0.71
BXD1/TyJ m 0.0505 0.00302   7 0.00114 0.0598 0.046, 0.0549 0.44
BXD20/TyJ m 0.0484 0.00134   8 0.000475 0.0277 0.0463, 0.0508 -0.07
BXD21/TyJ m 0.0429 0.00272   6 0.00111 0.0633 0.0396, 0.0472 -1.42
BXD24/TyJ-Cep290rd16/J m 0.0464 0.00263   16 0.000657 0.0566 0.0417, 0.05 -0.56
BXD27/TyJ m 0.0465 0.00305   7 0.00115 0.0656 0.0436, 0.0507 -0.54
BXD28/TyJ m 0.05 0.00101   4 0.000507 0.0203 0.0491, 0.051 0.32
BXD29-Tlr4lps-2J/J m 0.0424 0.00311   6 0.00127 0.0732 0.0377, 0.0469 -1.54
BXD2/TyJ m 0.0466 0.00269   7 0.00102 0.0579 0.0431, 0.0495 -0.51
BXD31/TyJ m 0.0483 0.000862   4 0.000431 0.0178 0.0472, 0.0493 -0.1
BXD32/TyJ m 0.0483 0.00181   8 0.000639 0.0374 0.0457, 0.0507 -0.1
BXD33/TyJ m 0.0452 0.00352   8 0.00125 0.078 0.0401, 0.0503 -0.85
BXD34/TyJ m 0.049 0.00358   8 0.00127 0.0731 0.0433, 0.0548 0.07
BXD36/TyJ m 0.0517 0.00215   4 0.00107 0.0415 0.0486, 0.0535 0.73
BXD38/TyJ m 0.0475 0.000933   8 0.00033 0.0196 0.0456, 0.0488 -0.29
BXD39/TyJ m 0.0465 0.00259   8 0.000915 0.0557 0.0421, 0.049 -0.54
BXD40/TyJ m 0.0471 0.00195   6 0.000797 0.0415 0.0448, 0.0501 -0.39
BXD42/TyJ m 0.0494 0.00243   7 0.000919 0.0492 0.046, 0.0528 0.17
BXD5/TyJ m 0.0461 0.0026   7 0.000983 0.0564 0.0418, 0.0491 -0.64
BXD6/TyJ m 0.0472 0.00398   8 0.00141 0.0842 0.0416, 0.0525 -0.37
BXD8/TyJ m 0.0498 0.00187   8 0.000662 0.0376 0.0465, 0.0525 0.27
BXD9/TyJ m 0.0448 0.00169   8 0.000598 0.0377 0.0409, 0.0464 -0.95
BXH10/TyJ m 0.045 0.00335   11 0.00101 0.0745 0.0401, 0.0498 -0.9
BXH14/TyJ m 0.0528 0.00382   15 0.000986 0.0722 0.0477, 0.0598 1.0
BXH19/TyJ m 0.0498 0.00276   20 0.000617 0.0554 0.0445, 0.0554 0.27
BXH20/KccJ m 0.0524 0.00259   11 0.000781 0.0494 0.0494, 0.0562 0.9
BXH22/KccJ m 0.0486 0.00256   11 0.00077 0.0526 0.0442, 0.0532 -0.03
BXH2/TyJ m 0.0446 0.00317   13 0.000878 0.0711 0.0411, 0.0528 -1.0
BXH4/TyJ m 0.0546 0.00346   11 0.00104 0.0633 0.0503, 0.0619 1.44
BXH6/TyJ m 0.0503 0.00425   12 0.00123 0.0846 0.0444, 0.0582 0.39
BXH7/TyJ m 0.0519 0.0027   11 0.000813 0.0519 0.0487, 0.0558 0.78
BXH8/TyJ m 0.0499 0.00345   10 0.00109 0.0692 0.0455, 0.0569 0.29
BXH9/TyJ m 0.0507 0.00238   10 0.000753 0.047 0.047, 0.0553 0.49
C3H/HeJ m 0.0568 0.00208   12 0.000601 0.0366 0.053, 0.0607 1.97
C57BL/6J m 0.0481 0.00203   16 0.000508 0.0422 0.0438, 0.053 -0.15
C57L/J m 0.055 0.00246   11 0.000741 0.0447 0.0506, 0.0584 1.54
C58/J m 0.0519 0.00153   12 0.000443 0.0295 0.0493, 0.0547 0.78
CBA/J m 0.057 0.00259   11 0.000782 0.0455 0.0538, 0.0613 2.02
CE/J m 0.0546 0.00306   11 0.000924 0.0561 0.0493, 0.0582 1.44
DBA/2J m 0.0486 0.00287   12 0.000828 0.059 0.0436, 0.0539 -0.03
FVB/NJ m 0.0499 0.00209   9 0.000695 0.0418 0.0476, 0.0525 0.29
I/LnJ m 0.0436 0.00143   11 0.00043 0.0327 0.0419, 0.0463 -1.24
KK/HlJ m 0.0541 0.00411   14 0.0011 0.076 0.0462, 0.0606 1.32
LP/J m 0.0529 0.00336   16 0.00084 0.0635 0.0456, 0.0578 1.02
MA/MyJ m 0.0533 0.00247   8 0.000874 0.0464 0.0502, 0.0563 1.12
NOD/ShiLtJ m 0.0525 0.00195   16 0.000488 0.0372 0.0491, 0.0561 0.93
NON/ShiLtJ m 0.057 0.00284   17 0.000688 0.0497 0.0533, 0.0646 2.02
NZB/BlNJ m 0.058 0.00452   7 0.00171 0.078 0.0505, 0.0624 2.27
NZW/LacJ m 0.056 0.00256   12 0.000739 0.0457 0.0514, 0.0605 1.78
PL/J m 0.0482 0.00264   12 0.000762 0.0547 0.0442, 0.0536 -0.12
RIIIS/J m 0.0445 0.00432   13 0.0012 0.0972 0.039, 0.0534 -1.03
SEA/GnJ m 0.0532 0.00257   11 0.000776 0.0484 0.0483, 0.0576 1.1
SM/J m 0.0488 0.00246   16 0.000616 0.0505 0.0448, 0.0531 0.02
SWR/J m 0.0493 0.00203   12 0.000587 0.0412 0.0466, 0.0524 0.15


  LEAST SQUARES MEANS (MODEL-ADJUSTED)
Strain Sex Mean SEM UpperCL LowerCL
129X1/SvJ m 0.0545 0.0008 0.0561 0.053
A/J m 0.0457 0.0008 0.0472 0.0442
AKR/J m 0.0579 0.0008 0.0594 0.0563
AXB10/PgnJ m 0.047 0.001 0.0491 0.045
AXB12/PgnJ m 0.0447 0.001 0.0467 0.0427
AXB13/PgnJ m 0.0424 0.001 0.0443 0.0405
AXB15/PgnJ m 0.0466 0.0011 0.0487 0.0444
AXB19a/PgnJ m 0.044 0.001 0.0461 0.042
AXB19b/PgnJ m 0.0427 0.0014 0.0453 0.04
AXB19/PgnJ m 0.0434 0.001 0.0453 0.0415
AXB1/PgnJ m 0.0436 0.001 0.0455 0.0417
AXB23/PgnJ m 0.0446 0.001 0.0465 0.0427
AXB24/PgnJ m 0.0454 0.0012 0.0478 0.043
AXB2/PgnJ m 0.0481 0.001 0.05 0.0462
AXB4/PgnJ m 0.0417 0.001 0.0436 0.0398
AXB5/PgnJ m 0.0425 0.0011 0.0447 0.0403
AXB6/PgnJ m 0.0491 0.001 0.051 0.0472
AXB8/PgnJ m 0.043 0.001 0.045 0.0409
B6cC3-1/KccJ m 0.0541 0.0008 0.0557 0.0526
BALB/cJ m 0.0501 0.0008 0.0517 0.0485
BTBR T+ Itpr3tf/J m 0.0588 0.0008 0.0604 0.0572
BUB/BnJ m 0.0481 0.0009 0.0498 0.0464
BXA11/PgnJ m 0.0459 0.0014 0.0486 0.0432
BXA12/PgnJ m 0.043 0.0008 0.0446 0.0414
BXA13/PgnJ m 0.0474 0.001 0.0493 0.0455
BXA14/PgnJ m 0.0531 0.001 0.0551 0.0512
BXA16/PgnJ m 0.0481 0.001 0.0501 0.0461
BXA1/PgnJ m 0.0441 0.0016 0.0472 0.041
BXA24/PgnJ m 0.0487 0.001 0.0506 0.0468
BXA25/PgnJ m 0.0489 0.001 0.0508 0.047
BXA26/PgnJ m 0.0448 0.001 0.0467 0.0429
BXA2/PgnJ m 0.0457 0.001 0.0476 0.0438
BXA4/PgnJ m 0.0467 0.001 0.0486 0.0448
BXA7/PgnJ m 0.0459 0.001 0.0478 0.044
BXA8/PgnJ m 0.0434 0.001 0.0454 0.0414
BXD11/TyJ m 0.051 0.0012 0.0534 0.0486
BXD12/TyJ m 0.0513 0.001 0.0532 0.0494
BXD13/TyJ m 0.0497 0.0014 0.0524 0.047
BXD14/TyJ m 0.0494 0.001 0.0513 0.0475
BXD15/TyJ m 0.0491 0.0011 0.0513 0.0469
BXD16/TyJ m 0.0473 0.0014 0.0499 0.0446
BXD18/TyJ m 0.0498 0.0012 0.0522 0.0474
BXD19/TyJ m 0.0458 0.001 0.0478 0.0438
BXD1/TyJ m 0.0505 0.001 0.0526 0.0485
BXD20/TyJ m 0.0484 0.001 0.0503 0.0465
BXD21/TyJ m 0.0429 0.0011 0.0451 0.0407
BXD24/TyJ-Cep290rd16/J m 0.0464 0.0007 0.0478 0.0451
BXD27/TyJ m 0.0465 0.001 0.0486 0.0445
BXD28/TyJ m 0.05 0.0014 0.0527 0.0473
BXD29-Tlr4lps-2J/J m 0.0424 0.0011 0.0446 0.0403
BXD2/TyJ m 0.0466 0.001 0.0486 0.0445
BXD31/TyJ m 0.0483 0.0014 0.051 0.0456
BXD32/TyJ m 0.0484 0.001 0.0503 0.0464
BXD33/TyJ m 0.0452 0.001 0.0471 0.0433
BXD34/TyJ m 0.049 0.001 0.0509 0.0471
BXD36/TyJ m 0.0517 0.0014 0.0544 0.049
BXD38/TyJ m 0.0475 0.001 0.0494 0.0456
BXD39/TyJ m 0.0465 0.001 0.0484 0.0446
BXD40/TyJ m 0.0471 0.0011 0.0493 0.0449
BXD42/TyJ m 0.0494 0.001 0.0515 0.0474
BXD5/TyJ m 0.0461 0.001 0.0482 0.0441
BXD6/TyJ m 0.0472 0.001 0.0491 0.0453
BXD8/TyJ m 0.0498 0.001 0.0517 0.0479
BXD9/TyJ m 0.0448 0.001 0.0467 0.0429
BXH10/TyJ m 0.045 0.0008 0.0466 0.0434
BXH14/TyJ m 0.0528 0.0007 0.0542 0.0515
BXH19/TyJ m 0.0498 0.0006 0.051 0.0486
BXH20/KccJ m 0.0524 0.0008 0.054 0.0507
BXH22/KccJ m 0.0486 0.0008 0.0502 0.047
BXH2/TyJ m 0.0446 0.0008 0.046 0.0431
BXH4/TyJ m 0.0546 0.0008 0.0562 0.0529
BXH6/TyJ m 0.0503 0.0008 0.0518 0.0487
BXH7/TyJ m 0.0519 0.0008 0.0536 0.0503
BXH8/TyJ m 0.0499 0.0009 0.0516 0.0482
BXH9/TyJ m 0.0507 0.0009 0.0524 0.049
C3H/HeJ m 0.0568 0.0008 0.0584 0.0553
C57BL/6J m 0.0481 0.0007 0.0495 0.0468
C57L/J m 0.055 0.0008 0.0566 0.0533
C58/J m 0.0519 0.0008 0.0535 0.0504
CBA/J m 0.057 0.0008 0.0586 0.0554
CE/J m 0.0546 0.0008 0.0562 0.053
DBA/2J m 0.0486 0.0008 0.0502 0.0471
FVB/NJ m 0.0499 0.0009 0.0517 0.0481
I/LnJ m 0.0436 0.0008 0.0452 0.042
KK/HlJ m 0.0541 0.0007 0.0555 0.0526
LP/J m 0.0529 0.0007 0.0543 0.0516
MA/MyJ m 0.0533 0.001 0.0552 0.0514
NOD/ShiLtJ m 0.0525 0.0007 0.0539 0.0512
NON/ShiLtJ m 0.057 0.0007 0.0583 0.0557
NZB/BlNJ m 0.058 0.001 0.06 0.056
NZW/LacJ m 0.056 0.0008 0.0576 0.0545
PL/J m 0.0482 0.0008 0.0498 0.0467
RIIIS/J m 0.0445 0.0008 0.046 0.043
SEA/GnJ m 0.0532 0.0008 0.0548 0.0516
SM/J m 0.0488 0.0007 0.0502 0.0475
SWR/J m 0.0493 0.0008 0.0509 0.0478




  GWAS USING LINEAR MIXED MODELS