Phenotype measure:   Donahue16   skull_BMD

ID, description, units MPD:42805   skull_BMD   skull bone mineral density (BMD)   [g/cm2]
Data set, strains Donahue16   B6.A consomic w/par   23 strains     sex: both     age: 24-29wks
Procedure DXA
Ontology mappings

  STRAIN COMPARISON PLOT
Dimensions Width:   px    Height:   px
Download Plot   
Visualization Options

Donahue16 - skull bone mineral density (BMD)



  MEASURE SUMMARY
Measure Summary FemaleMale
Number of strains tested22 strains23 strains
Mean of the strain means0.121   g/cm2 0.116   g/cm2
Median of the strain means0.121   g/cm2 0.116   g/cm2
SD of the strain means± 0.00402 ± 0.00306
Coefficient of variation (CV)0.0333 0.0264
Min–max range of strain means0.110   –   0.129   g/cm2 0.110   –   0.124   g/cm2
Mean sample size per strain8.9   mice 8.7   mice


  ANOVA, Q-Q NORMALITY ASSESSMENT
ANOVA summary      
FactorDFSum of squaresMean sum of squaresF valuep value (Pr>F)
sex 1 0.0023 0.0023 58.5764 < 0.0001
strain 21 0.0032 0.0002 3.8563 < 0.0001
sex:strain 21 0.0007 0.0 0.8429 0.6658
Residuals 344 0.0135 0.0


Q-Q normality assessment based on residuals

  


  STRAIN MEANS (UNADJUSTED)
  
Select table page:
Strain Sex Mean SD N mice SEM CV Min, Max Z score
A/J f 0.11 0.00616   7 0.00233 0.0558 0.105, 0.123 -2.65
A/J m 0.11 0.00413   5 0.00185 0.0377 0.105, 0.116 -1.96
B6.A-Chr1 f 0.123 0.00641   8 0.00227 0.052 0.113, 0.129 0.59
B6.A-Chr1 m 0.118 0.00409   9 0.00136 0.0346 0.114, 0.124 0.65
B6.A-Chr10 f 0.12 0.0052   8 0.00184 0.0433 0.113, 0.131 -0.16
B6.A-Chr10 m 0.116 0.006   10 0.0019 0.0518 0.109, 0.127 0.0
B6.A-Chr11 f 0.121 0.00501   6 0.00205 0.0414 0.117, 0.13 0.09
B6.A-Chr11 m 0.114 0.00644   11 0.00194 0.0566 0.105, 0.128 -0.65
B6.A-Chr12 f 0.114 0.0231   10 0.0073 0.203 0.07, 0.136 -1.65
B6.A-Chr12 m 0.114 0.00626   8 0.00221 0.055 0.107, 0.124 -0.65
B6.A-Chr13 f 0.123 0.00546   9 0.00182 0.0446 0.114, 0.13 0.59
B6.A-Chr13 m 0.114 0.00311   10 0.000984 0.0272 0.11, 0.12 -0.65
B6.A-Chr14 f 0.129 0.0032   10 0.00101 0.0249 0.123, 0.135 2.08
B6.A-Chr14 m 0.118 0.00456   8 0.00161 0.0387 0.112, 0.126 0.65
B6.A-Chr15 f 0.122 0.00497   10 0.00157 0.0406 0.116, 0.13 0.34
B6.A-Chr15 m 0.116 0.00726   10 0.00229 0.0624 0.106, 0.127 0.0
B6.A-Chr16 f 0.126 0.0034   5 0.00152 0.027 0.121, 0.129 1.33
B6.A-Chr16 m 0.124 0.00601   2   0.00425 0.0486 0.119, 0.128 2.61
B6.A-Chr17 f 0.12 0.00333   10 0.00105 0.0278 0.115, 0.124 -0.16
B6.A-Chr17 m 0.114 0.00532   16 0.00133 0.0468 0.106, 0.122 -0.65
B6.A-Chr18 f 0.119 0.00662   11 0.002 0.0556 0.111, 0.129 -0.41
B6.A-Chr18 m 0.113 0.00216   8 0.000764 0.0191 0.108, 0.115 -0.98
B6.A-Chr19 f 0.122 0.00315   8 0.00111 0.0258 0.118, 0.127 0.34
B6.A-Chr19 m 0.12 0.00935   7 0.00353 0.0776 0.114, 0.141 1.31
B6.A-Chr2 f 0.121 0.00676   9 0.00225 0.0559 0.112, 0.132 0.09
B6.A-Chr2 m 0.117 0.00538   8 0.0019 0.0461 0.11, 0.123 0.33
B6.A-Chr3 f 0.119 0.00428   12 0.00123 0.0359 0.112, 0.128 -0.41
B6.A-Chr3 m 0.114 0.00613   10 0.00194 0.0536 0.104, 0.124 -0.65
B6.A-Chr4 f 0.118 0.00374   8 0.00132 0.0317 0.112, 0.122 -0.66
B6.A-Chr4 m 0.115 0.00481   8 0.0017 0.0417 0.107, 0.122 -0.33
B6.A-Chr5 f 0.122 0.00514   8 0.00182 0.0421 0.115, 0.13 0.34
B6.A-Chr5 m 0.119 0.00571   6 0.00233 0.048 0.113, 0.129 0.98
B6.A-Chr6 f 0.126 0.00817   8 0.00289 0.065 0.116, 0.136 1.33
B6.A-Chr6 m 0.117 0.00338   9 0.00113 0.029 0.113, 0.122 0.33
B6.A-Chr7 f 0.121 0.0025   8 0.000882 0.0206 0.118, 0.125 0.09
B6.A-Chr7 m 0.119 0.00246   9 0.00082 0.0206 0.116, 0.123 0.98
B6.A-Chr8 f 0.119 0.00437   12 0.00126 0.0367 0.108, 0.124 -0.41
B6.A-Chr8 m 0.114 0.00474   11 0.00143 0.0417 0.107, 0.121 -0.65
B6.A-Chr9 f 0.117 0.00442   8 0.00156 0.0377 0.111, 0.122 -0.9
B6.A-Chr9 m 0.113 0.00379   9 0.00126 0.0335 0.109, 0.122 -0.98
B6.A-ChrX f 0.119 0.00445   8 0.00157 0.0374 0.111, 0.123 -0.41
B6.A-ChrX m 0.119 0.00326   9 0.00109 0.0274 0.112, 0.122 0.98
B6.A-ChrY m 0.113 0.00402   8 0.00142 0.0356 0.105, 0.118 -0.98
C57BL/6J f 0.123 0.00567   12 0.00164 0.046 0.11, 0.132 0.59
C57BL/6J m 0.117 0.00347   10 0.0011 0.0296 0.113, 0.123 0.33


  LEAST SQUARES MEANS (MODEL-ADJUSTED)
Strain Sex Mean SEM UpperCL LowerCL
A/J f 0.1104 0.0024 0.1151 0.1057
A/J m 0.1096 0.0028 0.1151 0.104
B6.A-Chr1 f 0.1234 0.0022 0.1277 0.119
B6.A-Chr1 m 0.1181 0.0021 0.1222 0.114
B6.A-Chr10 f 0.1202 0.0022 0.1245 0.1158
B6.A-Chr10 m 0.1158 0.002 0.1197 0.1119
B6.A-Chr11 f 0.121 0.0026 0.126 0.116
B6.A-Chr11 m 0.1139 0.0019 0.1176 0.1101
B6.A-Chr12 f 0.1139 0.002 0.1178 0.11
B6.A-Chr12 m 0.1138 0.0022 0.1182 0.1095
B6.A-Chr13 f 0.1226 0.0021 0.1267 0.1185
B6.A-Chr13 m 0.1144 0.002 0.1183 0.1105
B6.A-Chr14 f 0.1287 0.002 0.1326 0.1248
B6.A-Chr14 m 0.1179 0.0022 0.1223 0.1136
B6.A-Chr15 f 0.1224 0.002 0.1263 0.1185
B6.A-Chr15 m 0.1163 0.002 0.1202 0.1124
B6.A-Chr16 f 0.1257 0.0028 0.1312 0.1202
B6.A-Chr16 m 0.1238 0.0044 0.1325 0.115
B6.A-Chr17 f 0.1198 0.002 0.1237 0.1159
B6.A-Chr17 m 0.1137 0.0016 0.1168 0.1106
B6.A-Chr18 f 0.1192 0.0019 0.1229 0.1155
B6.A-Chr18 m 0.1132 0.0022 0.1176 0.1088
B6.A-Chr19 f 0.1217 0.0022 0.126 0.1173
B6.A-Chr19 m 0.1205 0.0024 0.1251 0.1158
B6.A-Chr2 f 0.121 0.0021 0.1251 0.1169
B6.A-Chr2 m 0.1168 0.0022 0.1211 0.1124
B6.A-Chr3 f 0.1191 0.0018 0.1227 0.1156
B6.A-Chr3 m 0.1142 0.002 0.1181 0.1103
B6.A-Chr4 f 0.1181 0.0022 0.1225 0.1138
B6.A-Chr4 m 0.1151 0.0022 0.1195 0.1108
B6.A-Chr5 f 0.1221 0.0022 0.1264 0.1177
B6.A-Chr5 m 0.1189 0.0026 0.1239 0.1138
B6.A-Chr6 f 0.1257 0.0022 0.13 0.1213
B6.A-Chr6 m 0.1169 0.0021 0.121 0.1127
B6.A-Chr7 f 0.121 0.0022 0.1253 0.1166
B6.A-Chr7 m 0.1193 0.0021 0.1234 0.1152
B6.A-Chr8 f 0.119 0.0018 0.1226 0.1155
B6.A-Chr8 m 0.1137 0.0019 0.1174 0.1099
B6.A-Chr9 f 0.1172 0.0022 0.1216 0.1129
B6.A-Chr9 m 0.1129 0.0021 0.117 0.1087
B6.A-ChrX f 0.119 0.0022 0.1234 0.1147
B6.A-ChrX m 0.1188 0.0021 0.1229 0.1147
C57BL/6J f 0.1233 0.0018 0.1269 0.1197
C57BL/6J m 0.1173 0.002 0.1212 0.1134


  LEAST SQUARES MEANS (MODEL-ADJUSTED), SEXES COMBINED
Strain Sex Mean SEM UpperCL LowerCL
A/J both 0.11 0.0018 0.1136 0.1064
B6.A-Chr1 both 0.1207 0.0015 0.1237 0.1177
B6.A-Chr10 both 0.118 0.0015 0.1209 0.1151
B6.A-Chr11 both 0.1174 0.0016 0.1206 0.1143
B6.A-Chr12 both 0.1139 0.0015 0.1168 0.1109
B6.A-Chr13 both 0.1185 0.0014 0.1213 0.1156
B6.A-Chr14 both 0.1233 0.0015 0.1262 0.1204
B6.A-Chr15 both 0.1193 0.0014 0.1221 0.1166
B6.A-Chr16 both 0.1247 0.0026 0.1299 0.1196
B6.A-Chr17 both 0.1167 0.0013 0.1192 0.1143
B6.A-Chr18 both 0.1162 0.0015 0.1191 0.1133
B6.A-Chr19 both 0.1211 0.0016 0.1243 0.1179
B6.A-Chr2 both 0.1189 0.0015 0.1219 0.1159
B6.A-Chr3 both 0.1167 0.0013 0.1193 0.114
B6.A-Chr4 both 0.1166 0.0016 0.1197 0.1136
B6.A-Chr5 both 0.1205 0.0017 0.1238 0.1171
B6.A-Chr6 both 0.1213 0.0015 0.1243 0.1183
B6.A-Chr7 both 0.1201 0.0015 0.1231 0.1171
B6.A-Chr8 both 0.1163 0.0013 0.1189 0.1138
B6.A-Chr9 both 0.115 0.0015 0.118 0.112
B6.A-ChrX both 0.1189 0.0015 0.1219 0.1159
C57BL/6J both 0.1203 0.0013 0.123 0.1177




GWAS analysis not available: Strain panel must be either Inbred, HMDP, BXD, BXH, CXB, or AXB/BXA