Phenotype measure:   Donahue16   spine_BMD

ID, description, units MPD:42804   spine_BMD   spine (L2-L5) bone mineral density (BMD)   [g/cm2]
Data set, strains Donahue16   B6.A consomic w/par   23 strains     sex: both     age: 24-29wks
Procedure DXA
Ontology mappings

  STRAIN COMPARISON PLOT
Dimensions Width:   px    Height:   px
Download Plot   
Visualization Options

Donahue16 - spine (L2-L5) bone mineral density (BMD)



  MEASURE SUMMARY
Measure Summary FemaleMale
Number of strains tested22 strains23 strains
Mean of the strain means0.0737   g/cm2 0.0694   g/cm2
Median of the strain means0.0748   g/cm2 0.0700   g/cm2
SD of the strain means± 0.00514 ± 0.00746
Coefficient of variation (CV)0.0698 0.108
Min–max range of strain means0.0618   –   0.0809   g/cm2 0.0536   –   0.0818   g/cm2
Mean sample size per strain9.7   mice 9.5   mice


  ANOVA, Q-Q NORMALITY ASSESSMENT
ANOVA summary      
FactorDFSum of squaresMean sum of squaresF valuep value (Pr>F)
sex 1 0.0018 0.0018 16.964 < 0.0001
strain 21 0.0138 0.0007 6.3281 < 0.0001
sex:strain 21 0.0026 0.0001 1.1809 0.2641
Residuals 384 0.0399 0.0001


Q-Q normality assessment based on residuals

  


  STRAIN MEANS (UNADJUSTED)
  
Select table page:
Strain Sex Mean SD N mice SEM CV Min, Max Z score
A/J f 0.0708 0.00847   8 0.00299 0.12 0.062, 0.0834 -0.56
A/J m 0.0623 0.00772   5 0.00345 0.124 0.0495, 0.0684 -0.95
B6.A-Chr1 f 0.0695 0.00598   9 0.00199 0.086 0.0601, 0.0805 -0.81
B6.A-Chr1 m 0.0618 0.00764   10 0.00242 0.124 0.0521, 0.0729 -1.01
B6.A-Chr10 f 0.0749 0.00753   10 0.00238 0.101 0.0618, 0.0879 0.24
B6.A-Chr10 m 0.0705 0.0139   12 0.004 0.197 0.0491, 0.0886 0.15
B6.A-Chr11 f 0.0776 0.0105   6 0.00427 0.135 0.0636, 0.0895 0.76
B6.A-Chr11 m 0.0729 0.0161   12 0.00464 0.22 0.0525, 0.1 0.47
B6.A-Chr12 f 0.0718 0.0111   11 0.00336 0.155 0.0493, 0.0861 -0.37
B6.A-Chr12 m 0.0758 0.0122   9 0.00407 0.161 0.0516, 0.0909 0.86
B6.A-Chr13 f 0.0618 0.0114   9 0.00379 0.184 0.0458, 0.08 -2.31
B6.A-Chr13 m 0.0616 0.00958   10 0.00303 0.156 0.0491, 0.0744 -1.04
B6.A-Chr14 f 0.0809 0.00883   10 0.00279 0.109 0.0707, 0.0983 1.4
B6.A-Chr14 m 0.0816 0.0136   9 0.00454 0.167 0.0588, 0.102 1.64
B6.A-Chr15 f 0.0772 0.00634   10 0.002 0.0821 0.0653, 0.0846 0.68
B6.A-Chr15 m 0.0757 0.0145   10 0.00458 0.191 0.0437, 0.097 0.85
B6.A-Chr16 f 0.0725 0.00545   7 0.00206 0.0752 0.0645, 0.0782 -0.23
B6.A-Chr16 m 0.0623 0.0073   5 0.00327 0.117 0.0496, 0.0671 -0.95
B6.A-Chr17 f 0.0774 0.00891   14 0.00238 0.115 0.0578, 0.0873 0.72
B6.A-Chr17 m 0.0722 0.012   18 0.00283 0.166 0.0501, 0.0953 0.38
B6.A-Chr18 f 0.0733 0.0137   11 0.00414 0.187 0.0511, 0.0978 -0.07
B6.A-Chr18 m 0.0607 0.0079   8 0.00279 0.13 0.0509, 0.0715 -1.16
B6.A-Chr19 f 0.0713 0.00903   10 0.00285 0.127 0.0594, 0.0895 -0.46
B6.A-Chr19 m 0.0674 0.00831   9 0.00277 0.123 0.0572, 0.0831 -0.26
B6.A-Chr2 f 0.075 0.0113   9 0.00376 0.15 0.0514, 0.0934 0.26
B6.A-Chr2 m 0.0687 0.00875   8 0.00309 0.127 0.0574, 0.084 -0.09
B6.A-Chr3 f 0.079 0.00791   13 0.00219 0.1 0.0694, 0.0988 1.03
B6.A-Chr3 m 0.0742 0.0139   11 0.0042 0.188 0.0517, 0.0913 0.65
B6.A-Chr4 f 0.0771 0.00684   8 0.00242 0.0887 0.0681, 0.0858 0.66
B6.A-Chr4 m 0.0799 0.00755   8 0.00267 0.0946 0.07, 0.0932 1.41
B6.A-Chr5 f 0.0776 0.0116   8 0.00411 0.15 0.0645, 0.0982 0.76
B6.A-Chr5 m 0.066 0.01   8 0.00354 0.152 0.0532, 0.0823 -0.45
B6.A-Chr6 f 0.0625 0.0111   8 0.00393 0.178 0.0478, 0.08 -2.17
B6.A-Chr6 m 0.061 0.00459   9 0.00153 0.0752 0.0522, 0.0655 -1.12
B6.A-Chr7 f 0.0746 0.00644   8 0.00228 0.0863 0.0668, 0.0847 0.18
B6.A-Chr7 m 0.0671 0.00632   9 0.00211 0.0941 0.0591, 0.0764 -0.3
B6.A-Chr8 f 0.0748 0.00782   12 0.00226 0.105 0.062, 0.0865 0.22
B6.A-Chr8 m 0.0723 0.0072   11 0.00217 0.0995 0.0639, 0.087 0.39
B6.A-Chr9 f 0.0661 0.0137   9 0.00456 0.207 0.0476, 0.0858 -1.47
B6.A-Chr9 m 0.0536 0.0103   10 0.00325 0.192 0.0357, 0.0723 -2.11
B6.A-ChrX f 0.0798 0.00814   12 0.00235 0.102 0.0654, 0.0911 1.19
B6.A-ChrX m 0.0759 0.0113   13 0.00314 0.149 0.0573, 0.0988 0.88
B6.A-ChrY m 0.07 0.00831   9 0.00277 0.119 0.0527, 0.0796 0.09
C57BL/6J f 0.0755 0.0101   12 0.00293 0.134 0.058, 0.0912 0.35
C57BL/6J m 0.0818 0.00985   10 0.00312 0.12 0.0684, 0.1 1.67


  LEAST SQUARES MEANS (MODEL-ADJUSTED)
Strain Sex Mean SEM UpperCL LowerCL
A/J f 0.0708 0.0036 0.0779 0.0638
A/J m 0.0623 0.0046 0.0713 0.0534
B6.A-Chr1 f 0.0695 0.0034 0.0762 0.0628
B6.A-Chr1 m 0.0618 0.0032 0.0682 0.0555
B6.A-Chr10 f 0.0749 0.0032 0.0812 0.0685
B6.A-Chr10 m 0.0705 0.0029 0.0763 0.0647
B6.A-Chr11 f 0.0776 0.0042 0.0858 0.0694
B6.A-Chr11 m 0.0729 0.0029 0.0787 0.0672
B6.A-Chr12 f 0.0718 0.0031 0.0778 0.0657
B6.A-Chr12 m 0.0758 0.0034 0.0825 0.0691
B6.A-Chr13 f 0.0618 0.0034 0.0684 0.0551
B6.A-Chr13 m 0.0616 0.0032 0.0679 0.0553
B6.A-Chr14 f 0.0809 0.0032 0.0872 0.0745
B6.A-Chr14 m 0.0816 0.0034 0.0883 0.0749
B6.A-Chr15 f 0.0772 0.0032 0.0835 0.0708
B6.A-Chr15 m 0.0757 0.0032 0.082 0.0693
B6.A-Chr16 f 0.0725 0.0039 0.0801 0.0649
B6.A-Chr16 m 0.0623 0.0046 0.0713 0.0534
B6.A-Chr17 f 0.0774 0.0027 0.0828 0.0721
B6.A-Chr17 m 0.0722 0.0024 0.077 0.0675
B6.A-Chr18 f 0.0733 0.0031 0.0793 0.0673
B6.A-Chr18 m 0.0607 0.0036 0.0678 0.0536
B6.A-Chr19 f 0.0713 0.0032 0.0776 0.0649
B6.A-Chr19 m 0.0674 0.0034 0.0741 0.0607
B6.A-Chr2 f 0.075 0.0034 0.0817 0.0683
B6.A-Chr2 m 0.0687 0.0036 0.0758 0.0616
B6.A-Chr3 f 0.079 0.0028 0.0846 0.0735
B6.A-Chr3 m 0.0742 0.0031 0.0802 0.0682
B6.A-Chr4 f 0.0771 0.0036 0.0842 0.07
B6.A-Chr4 m 0.0799 0.0036 0.087 0.0728
B6.A-Chr5 f 0.0776 0.0036 0.0847 0.0705
B6.A-Chr5 m 0.066 0.0036 0.0731 0.0589
B6.A-Chr6 f 0.0625 0.0036 0.0696 0.0554
B6.A-Chr6 m 0.061 0.0034 0.0677 0.0543
B6.A-Chr7 f 0.0746 0.0036 0.0817 0.0675
B6.A-Chr7 m 0.0671 0.0034 0.0738 0.0604
B6.A-Chr8 f 0.0748 0.0029 0.0806 0.069
B6.A-Chr8 m 0.0723 0.0031 0.0784 0.0663
B6.A-Chr9 f 0.0661 0.0034 0.0728 0.0594
B6.A-Chr9 m 0.0536 0.0032 0.06 0.0473
B6.A-ChrX f 0.0798 0.0029 0.0856 0.074
B6.A-ChrX m 0.0759 0.0028 0.0814 0.0703
C57BL/6J f 0.0755 0.0029 0.0813 0.0697
C57BL/6J m 0.0818 0.0032 0.0882 0.0755


  LEAST SQUARES MEANS (MODEL-ADJUSTED), SEXES COMBINED
Strain Sex Mean SEM UpperCL LowerCL
A/J both 0.0666 0.0029 0.0723 0.0609
B6.A-Chr1 both 0.0657 0.0023 0.0703 0.0611
B6.A-Chr10 both 0.0727 0.0022 0.077 0.0684
B6.A-Chr11 both 0.0753 0.0025 0.0803 0.0702
B6.A-Chr12 both 0.0738 0.0023 0.0783 0.0693
B6.A-Chr13 both 0.0617 0.0023 0.0663 0.0571
B6.A-Chr14 both 0.0812 0.0023 0.0858 0.0766
B6.A-Chr15 both 0.0764 0.0023 0.0809 0.0719
B6.A-Chr16 both 0.0674 0.003 0.0733 0.0615
B6.A-Chr17 both 0.0748 0.0018 0.0784 0.0713
B6.A-Chr18 both 0.067 0.0024 0.0716 0.0623
B6.A-Chr19 both 0.0694 0.0023 0.074 0.0647
B6.A-Chr2 both 0.0719 0.0025 0.0767 0.067
B6.A-Chr3 both 0.0766 0.0021 0.0807 0.0725
B6.A-Chr4 both 0.0785 0.0025 0.0835 0.0735
B6.A-Chr5 both 0.0718 0.0025 0.0768 0.0668
B6.A-Chr6 both 0.0618 0.0025 0.0667 0.0569
B6.A-Chr7 both 0.0709 0.0025 0.0757 0.066
B6.A-Chr8 both 0.0735 0.0021 0.0777 0.0694
B6.A-Chr9 both 0.0599 0.0023 0.0645 0.0553
B6.A-ChrX both 0.0778 0.002 0.0818 0.0738
C57BL/6J both 0.0787 0.0022 0.083 0.0744




GWAS analysis not available: Strain panel must be either Inbred, HMDP, BXD, BXH, CXB, or AXB/BXA