Phenotype measure:   Donahue16   body_BMD

ID, description, units MPD:42801   body_BMD   whole body bone mineral density (BMD)   [g/cm2]
Data set, strains Donahue16   B6.A consomic w/par   23 strains     sex: both     age: 24-29wks
Procedure DXA
Ontology mappings

  STRAIN COMPARISON PLOT
Dimensions Width:   px    Height:   px
Download Plot   
Visualization Options

Donahue16 - whole body bone mineral density (BMD)



  MEASURE SUMMARY
Measure Summary FemaleMale
Number of strains tested22 strains23 strains
Mean of the strain means0.0480   g/cm2 0.0492   g/cm2
Median of the strain means0.0480   g/cm2 0.0494   g/cm2
SD of the strain means± 0.00151 ± 0.00195
Coefficient of variation (CV)0.0314 0.0397
Min–max range of strain means0.0451   –   0.0523   g/cm2 0.0440   –   0.0529   g/cm2
Mean sample size per strain9.7   mice 9.5   mice


  ANOVA, Q-Q NORMALITY ASSESSMENT
ANOVA summary      
FactorDFSum of squaresMean sum of squaresF valuep value (Pr>F)
sex 1 0.0002 0.0002 56.2855 < 0.0001
strain 21 0.001 0.0 14.3031 < 0.0001
sex:strain 21 0.0002 0.0 2.443 0.0005
Residuals 384 0.0012 0.0


Q-Q normality assessment based on residuals

  


  STRAIN MEANS (UNADJUSTED)
  
Select table page:
Strain Sex Mean SD N mice SEM CV Min, Max Z score
A/J f 0.0451 0.00205   8 0.000724 0.0454 0.0428, 0.0491 -1.94
A/J m 0.044 0.00093   5 0.000416 0.0211 0.0432, 0.0455 -2.68
B6.A-Chr1 f 0.0483 0.00218   9 0.000726 0.0451 0.0455, 0.0519 0.18
B6.A-Chr1 m 0.0473 0.0014   10 0.000443 0.0296 0.0445, 0.0489 -0.99
B6.A-Chr10 f 0.0466 0.00121   10 0.000384 0.0261 0.0456, 0.0495 -0.94
B6.A-Chr10 m 0.0469 0.00138   12 0.000398 0.0294 0.0442, 0.0487 -1.2
B6.A-Chr11 f 0.0471 0.00181   6 0.000739 0.0384 0.045, 0.0495 -0.61
B6.A-Chr11 m 0.0487 0.00162   12 0.000467 0.0332 0.0462, 0.0505 -0.27
B6.A-Chr12 f 0.0481 0.0019   11 0.000574 0.0395 0.0427, 0.0497 0.05
B6.A-Chr12 m 0.0509 0.00218   9 0.000727 0.0429 0.0474, 0.0545 0.85
B6.A-Chr13 f 0.0485 0.00193   9 0.000643 0.0398 0.0457, 0.0506 0.32
B6.A-Chr13 m 0.05 0.00245   10 0.000773 0.0489 0.046, 0.0536 0.39
B6.A-Chr14 f 0.0523 0.0021   10 0.000664 0.0401 0.0489, 0.056 2.84
B6.A-Chr14 m 0.0529 0.00158   9 0.000527 0.0299 0.0507, 0.0554 1.88
B6.A-Chr15 f 0.0483 0.00157   10 0.000498 0.0326 0.0457, 0.0501 0.18
B6.A-Chr15 m 0.0503 0.00236   10 0.000746 0.0469 0.0459, 0.0532 0.55
B6.A-Chr16 f 0.0489 0.000986   7 0.000373 0.0201 0.0476, 0.0505 0.58
B6.A-Chr16 m 0.0491 0.00255   5 0.00114 0.052 0.0461, 0.0517 -0.07
B6.A-Chr17 f 0.0478 0.00149   14 0.000399 0.0312 0.0456, 0.0506 -0.15
B6.A-Chr17 m 0.0503 0.00144   18 0.00034 0.0287 0.0477, 0.0535 0.55
B6.A-Chr18 f 0.0475 0.00164   11 0.000494 0.0345 0.0439, 0.05 -0.35
B6.A-Chr18 m 0.0475 0.0019   8 0.00067 0.0399 0.0456, 0.0502 -0.89
B6.A-Chr19 f 0.0479 0.00155   10 0.000491 0.0324 0.0459, 0.0506 -0.08
B6.A-Chr19 m 0.0511 0.00214   9 0.000714 0.042 0.0481, 0.0548 0.95
B6.A-Chr2 f 0.0495 0.00169   9 0.000563 0.0341 0.0477, 0.0521 0.98
B6.A-Chr2 m 0.0488 0.0018   8 0.000638 0.037 0.0456, 0.0509 -0.22
B6.A-Chr3 f 0.0474 0.00202   13 0.00056 0.0426 0.0444, 0.05 -0.41
B6.A-Chr3 m 0.0494 0.00274   11 0.000825 0.0554 0.0441, 0.0521 0.08
B6.A-Chr4 f 0.0475 0.00176   8 0.000621 0.037 0.0453, 0.0501 -0.35
B6.A-Chr4 m 0.0505 0.00101   8 0.000357 0.02 0.0484, 0.0515 0.65
B6.A-Chr5 f 0.0496 0.00161   8 0.000569 0.0325 0.0472, 0.0517 1.05
B6.A-Chr5 m 0.0503 0.00165   8 0.000584 0.0329 0.0482, 0.0528 0.55
B6.A-Chr6 f 0.048 0.00127   8 0.00045 0.0265 0.0466, 0.0506 -0.02
B6.A-Chr6 m 0.0479 0.00126   9 0.00042 0.0263 0.0465, 0.0496 -0.68
B6.A-Chr7 f 0.0485 0.00139   8 0.00049 0.0286 0.0464, 0.0507 0.32
B6.A-Chr7 m 0.0492 0.00198   9 0.000658 0.0401 0.0462, 0.0518 -0.02
B6.A-Chr8 f 0.0469 0.00122   12 0.000352 0.026 0.0458, 0.0503 -0.74
B6.A-Chr8 m 0.0494 0.0021   11 0.000632 0.0424 0.0461, 0.0528 0.08
B6.A-Chr9 f 0.0451 0.00182   9 0.000606 0.0403 0.0411, 0.0474 -1.94
B6.A-Chr9 m 0.0461 0.00198   10 0.000626 0.0429 0.0438, 0.0494 -1.6
B6.A-ChrX f 0.0487 0.00173   12 0.0005 0.0356 0.0454, 0.0513 0.45
B6.A-ChrX m 0.0504 0.00214   13 0.000592 0.0423 0.0463, 0.0541 0.6
B6.A-ChrY m 0.0499 0.0018   9 0.000599 0.036 0.0473, 0.0522 0.34
C57BL/6J f 0.0489 0.00112   12 0.000322 0.0228 0.0471, 0.0509 0.58
C57BL/6J m 0.0515 0.002   10 0.000633 0.0389 0.047, 0.054 1.16


  LEAST SQUARES MEANS (MODEL-ADJUSTED)
Strain Sex Mean SEM UpperCL LowerCL
A/J f 0.0451 0.0006 0.0464 0.0439
A/J m 0.044 0.0008 0.0456 0.0424
B6.A-Chr1 f 0.0483 0.0006 0.0495 0.0471
B6.A-Chr1 m 0.0473 0.0006 0.0484 0.0462
B6.A-Chr10 f 0.0466 0.0006 0.0477 0.0455
B6.A-Chr10 m 0.0469 0.0005 0.0479 0.0459
B6.A-Chr11 f 0.0471 0.0007 0.0486 0.0457
B6.A-Chr11 m 0.0487 0.0005 0.0498 0.0477
B6.A-Chr12 f 0.0481 0.0005 0.0492 0.0471
B6.A-Chr12 m 0.0509 0.0006 0.0521 0.0497
B6.A-Chr13 f 0.0485 0.0006 0.0497 0.0473
B6.A-Chr13 m 0.05 0.0006 0.0511 0.0489
B6.A-Chr14 f 0.0523 0.0006 0.0534 0.0512
B6.A-Chr14 m 0.0529 0.0006 0.054 0.0517
B6.A-Chr15 f 0.0484 0.0006 0.0495 0.0472
B6.A-Chr15 m 0.0503 0.0006 0.0514 0.0492
B6.A-Chr16 f 0.0489 0.0007 0.0502 0.0476
B6.A-Chr16 m 0.0491 0.0008 0.0507 0.0475
B6.A-Chr17 f 0.0478 0.0005 0.0487 0.0469
B6.A-Chr17 m 0.0503 0.0004 0.0511 0.0494
B6.A-Chr18 f 0.0475 0.0005 0.0485 0.0464
B6.A-Chr18 m 0.0475 0.0006 0.0488 0.0463
B6.A-Chr19 f 0.0479 0.0006 0.049 0.0468
B6.A-Chr19 m 0.0511 0.0006 0.0522 0.0499
B6.A-Chr2 f 0.0495 0.0006 0.0507 0.0483
B6.A-Chr2 m 0.0488 0.0006 0.05 0.0475
B6.A-Chr3 f 0.0474 0.0005 0.0484 0.0464
B6.A-Chr3 m 0.0494 0.0005 0.0504 0.0483
B6.A-Chr4 f 0.0475 0.0006 0.0487 0.0462
B6.A-Chr4 m 0.0505 0.0006 0.0518 0.0493
B6.A-Chr5 f 0.0496 0.0006 0.0508 0.0483
B6.A-Chr5 m 0.0503 0.0006 0.0515 0.049
B6.A-Chr6 f 0.048 0.0006 0.0492 0.0467
B6.A-Chr6 m 0.0479 0.0006 0.0491 0.0467
B6.A-Chr7 f 0.0485 0.0006 0.0497 0.0472
B6.A-Chr7 m 0.0492 0.0006 0.0504 0.048
B6.A-Chr8 f 0.047 0.0005 0.048 0.0459
B6.A-Chr8 m 0.0494 0.0005 0.0505 0.0484
B6.A-Chr9 f 0.0451 0.0006 0.0462 0.0439
B6.A-Chr9 m 0.0461 0.0006 0.0473 0.045
B6.A-ChrX f 0.0487 0.0005 0.0497 0.0477
B6.A-ChrX m 0.0504 0.0005 0.0514 0.0495
C57BL/6J f 0.0489 0.0005 0.0499 0.0479
C57BL/6J m 0.0515 0.0006 0.0526 0.0504


  LEAST SQUARES MEANS (MODEL-ADJUSTED), SEXES COMBINED
Strain Sex Mean SEM UpperCL LowerCL
A/J both 0.0446 0.0005 0.0456 0.0436
B6.A-Chr1 both 0.0478 0.0004 0.0486 0.047
B6.A-Chr10 both 0.0468 0.0004 0.0475 0.046
B6.A-Chr11 both 0.0479 0.0004 0.0488 0.0471
B6.A-Chr12 both 0.0495 0.0004 0.0503 0.0487
B6.A-Chr13 both 0.0493 0.0004 0.0501 0.0484
B6.A-Chr14 both 0.0526 0.0004 0.0534 0.0518
B6.A-Chr15 both 0.0493 0.0004 0.0501 0.0485
B6.A-Chr16 both 0.049 0.0005 0.05 0.048
B6.A-Chr17 both 0.049 0.0003 0.0497 0.0484
B6.A-Chr18 both 0.0475 0.0004 0.0483 0.0467
B6.A-Chr19 both 0.0495 0.0004 0.0503 0.0487
B6.A-Chr2 both 0.0491 0.0004 0.05 0.0483
B6.A-Chr3 both 0.0484 0.0004 0.0491 0.0477
B6.A-Chr4 both 0.049 0.0004 0.0499 0.0481
B6.A-Chr5 both 0.0499 0.0004 0.0508 0.049
B6.A-Chr6 both 0.0479 0.0004 0.0488 0.0471
B6.A-Chr7 both 0.0488 0.0004 0.0497 0.048
B6.A-Chr8 both 0.0482 0.0004 0.0489 0.0475
B6.A-Chr9 both 0.0456 0.0004 0.0464 0.0448
B6.A-ChrX both 0.0496 0.0004 0.0503 0.0489
C57BL/6J both 0.0502 0.0004 0.051 0.0495




GWAS analysis not available: Strain panel must be either Inbred, HMDP, BXD, BXH, CXB, or AXB/BXA